# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 222 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.010 0.003 0.041 0.018 0.030 0.014 0.002 0.001 0.001 0.855 2 R 0.017 0.005 0.003 0.031 0.038 0.064 0.035 0.002 0.001 0.002 0.802 3 A 0.061 0.005 0.010 0.067 0.049 0.103 0.061 0.001 0.001 0.003 0.640 4 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.988 5 I 0.029 0.002 0.001 0.029 0.034 0.070 0.109 0.001 0.001 0.003 0.722 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 7 E 0.053 0.001 0.001 0.035 0.058 0.127 0.107 0.001 0.001 0.003 0.615 8 P 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 9 K 0.034 0.003 0.001 0.059 0.152 0.191 0.131 0.001 0.001 0.003 0.427 10 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 11 G 0.020 0.002 0.001 0.071 0.124 0.218 0.076 0.001 0.001 0.008 0.482 12 D 0.512 0.001 0.004 0.079 0.043 0.039 0.094 0.001 0.001 0.011 0.218 13 L 0.053 0.007 0.003 0.125 0.067 0.111 0.133 0.001 0.001 0.005 0.495 14 I 0.007 0.002 0.001 0.253 0.298 0.386 0.015 0.001 0.001 0.003 0.036 15 E 0.005 0.006 0.001 0.144 0.198 0.276 0.059 0.001 0.001 0.003 0.307 16 I 0.017 0.002 0.001 0.184 0.222 0.433 0.014 0.001 0.001 0.001 0.127 17 F 0.007 0.004 0.001 0.134 0.151 0.366 0.045 0.001 0.001 0.005 0.287 18 R 0.011 0.004 0.002 0.076 0.199 0.235 0.069 0.001 0.001 0.004 0.400 19 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.991 20 F 0.016 0.003 0.001 0.035 0.073 0.327 0.123 0.001 0.001 0.008 0.413 21 Y 0.221 0.019 0.002 0.050 0.091 0.174 0.064 0.001 0.001 0.012 0.366 22 R 0.107 0.048 0.004 0.064 0.139 0.195 0.064 0.002 0.001 0.004 0.374 23 H 0.071 0.051 0.006 0.100 0.143 0.194 0.079 0.003 0.001 0.009 0.343 24 W 0.087 0.027 0.004 0.173 0.230 0.274 0.033 0.002 0.001 0.004 0.168 25 A 0.014 0.018 0.004 0.179 0.241 0.359 0.029 0.001 0.001 0.003 0.150 26 I 0.005 0.005 0.001 0.149 0.362 0.417 0.009 0.001 0.001 0.001 0.050 27 Y 0.003 0.004 0.001 0.104 0.307 0.475 0.011 0.001 0.001 0.001 0.094 28 V 0.004 0.003 0.001 0.126 0.307 0.451 0.014 0.001 0.001 0.001 0.093 29 G 0.002 0.003 0.001 0.087 0.304 0.341 0.076 0.001 0.001 0.005 0.181 30 D 0.014 0.001 0.002 0.045 0.042 0.068 0.083 0.001 0.001 0.017 0.728 31 G 0.064 0.001 0.002 0.045 0.047 0.031 0.212 0.001 0.001 0.069 0.530 32 Y 0.447 0.001 0.018 0.032 0.031 0.027 0.238 0.001 0.001 0.091 0.115 33 V 0.007 0.001 0.002 0.150 0.092 0.111 0.244 0.001 0.001 0.007 0.385 34 V 0.001 0.001 0.001 0.110 0.308 0.532 0.011 0.001 0.001 0.002 0.035 35 H 0.002 0.001 0.001 0.253 0.187 0.383 0.033 0.001 0.001 0.001 0.139 36 L 0.005 0.001 0.001 0.165 0.190 0.394 0.026 0.001 0.001 0.001 0.218 37 A 0.003 0.001 0.001 0.192 0.153 0.310 0.083 0.001 0.001 0.004 0.255 38 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 40 S 0.025 0.001 0.001 0.014 0.012 0.039 0.098 0.001 0.001 0.007 0.805 41 E 0.294 0.003 0.001 0.009 0.007 0.012 0.081 0.001 0.001 0.005 0.589 42 V 0.313 0.032 0.002 0.026 0.023 0.036 0.104 0.001 0.001 0.005 0.460 43 A 0.146 0.077 0.003 0.039 0.055 0.073 0.075 0.002 0.001 0.005 0.525 44 G 0.105 0.082 0.004 0.042 0.048 0.075 0.088 0.005 0.001 0.006 0.546 45 A 0.127 0.090 0.020 0.062 0.059 0.089 0.073 0.005 0.001 0.007 0.470 46 G 0.064 0.048 0.006 0.046 0.045 0.070 0.119 0.006 0.001 0.009 0.586 47 A 0.087 0.039 0.025 0.046 0.033 0.064 0.090 0.003 0.001 0.008 0.605 48 A 0.049 0.066 0.008 0.069 0.065 0.101 0.132 0.002 0.001 0.007 0.501 49 S 0.088 0.065 0.008 0.067 0.054 0.083 0.151 0.003 0.001 0.011 0.470 50 V 0.115 0.187 0.009 0.086 0.058 0.108 0.074 0.003 0.001 0.005 0.356 51 M 0.079 0.203 0.008 0.080 0.079 0.149 0.084 0.004 0.001 0.005 0.308 52 S 0.068 0.230 0.005 0.052 0.055 0.076 0.083 0.005 0.001 0.006 0.419 53 A 0.091 0.303 0.008 0.041 0.042 0.081 0.065 0.007 0.001 0.005 0.359 54 L 0.118 0.324 0.007 0.030 0.026 0.069 0.125 0.014 0.001 0.006 0.280 55 T 0.145 0.332 0.013 0.025 0.025 0.060 0.104 0.014 0.001 0.007 0.273 56 D 0.126 0.305 0.014 0.020 0.023 0.042 0.057 0.014 0.001 0.008 0.392 57 K 0.169 0.214 0.036 0.025 0.018 0.029 0.081 0.010 0.001 0.010 0.409 58 A 0.091 0.190 0.029 0.038 0.030 0.043 0.189 0.008 0.001 0.007 0.376 59 I 0.113 0.170 0.016 0.064 0.052 0.094 0.088 0.005 0.001 0.008 0.390 60 V 0.066 0.304 0.015 0.073 0.065 0.093 0.037 0.003 0.001 0.004 0.339 61 K 0.046 0.273 0.007 0.059 0.056 0.105 0.068 0.007 0.001 0.003 0.374 62 K 0.072 0.201 0.006 0.045 0.036 0.075 0.040 0.006 0.001 0.003 0.517 63 E 0.072 0.254 0.006 0.043 0.062 0.089 0.075 0.006 0.001 0.007 0.386 64 L 0.121 0.160 0.020 0.042 0.035 0.059 0.085 0.008 0.001 0.009 0.462 65 L 0.119 0.210 0.021 0.068 0.042 0.100 0.092 0.007 0.001 0.005 0.336 66 Y 0.061 0.173 0.018 0.061 0.076 0.116 0.072 0.005 0.001 0.006 0.413 67 D 0.047 0.157 0.004 0.036 0.070 0.077 0.042 0.004 0.001 0.004 0.558 68 V 0.124 0.208 0.008 0.041 0.068 0.088 0.056 0.004 0.001 0.004 0.398 69 A 0.073 0.325 0.006 0.044 0.087 0.109 0.113 0.008 0.001 0.006 0.229 70 G 0.164 0.158 0.008 0.039 0.071 0.127 0.102 0.019 0.001 0.012 0.301 71 S 0.183 0.103 0.024 0.032 0.033 0.050 0.042 0.009 0.001 0.012 0.513 72 D 0.087 0.022 0.014 0.017 0.022 0.023 0.100 0.005 0.001 0.013 0.698 73 K 0.089 0.013 0.026 0.025 0.026 0.033 0.203 0.002 0.001 0.025 0.557 74 Y 0.070 0.020 0.013 0.054 0.129 0.160 0.219 0.002 0.001 0.013 0.319 75 Q 0.056 0.016 0.004 0.078 0.166 0.222 0.132 0.001 0.001 0.008 0.315 76 V 0.032 0.031 0.003 0.085 0.168 0.240 0.064 0.001 0.001 0.003 0.373 77 N 0.013 0.030 0.001 0.066 0.216 0.320 0.068 0.001 0.001 0.005 0.281 78 N 0.045 0.023 0.004 0.046 0.119 0.118 0.111 0.003 0.001 0.015 0.515 79 K 0.124 0.021 0.016 0.043 0.046 0.057 0.201 0.002 0.001 0.013 0.477 80 H 0.032 0.017 0.004 0.029 0.042 0.086 0.321 0.002 0.001 0.013 0.454 81 D 0.064 0.028 0.004 0.026 0.088 0.127 0.140 0.002 0.001 0.022 0.500 82 D 0.076 0.047 0.006 0.014 0.030 0.034 0.097 0.002 0.001 0.010 0.686 83 K 0.107 0.034 0.005 0.014 0.016 0.025 0.343 0.004 0.001 0.011 0.441 84 Y 0.280 0.038 0.012 0.020 0.022 0.041 0.229 0.008 0.001 0.028 0.322 85 S 0.156 0.046 0.016 0.025 0.048 0.062 0.145 0.004 0.001 0.007 0.491 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 87 L 0.021 0.008 0.003 0.023 0.044 0.112 0.173 0.001 0.001 0.004 0.612 88 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.994 89 C 0.034 0.017 0.001 0.013 0.019 0.063 0.082 0.001 0.001 0.002 0.768 90 S 0.047 0.027 0.001 0.011 0.013 0.019 0.092 0.001 0.001 0.003 0.786 91 K 0.129 0.063 0.002 0.011 0.011 0.013 0.148 0.001 0.001 0.003 0.621 92 I 0.074 0.296 0.004 0.021 0.018 0.023 0.149 0.001 0.001 0.002 0.413 93 I 0.025 0.610 0.002 0.016 0.031 0.036 0.040 0.001 0.001 0.002 0.237 94 Q 0.009 0.831 0.001 0.007 0.013 0.013 0.018 0.001 0.001 0.001 0.106 95 R 0.008 0.914 0.001 0.002 0.005 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.048 96 A 0.015 0.952 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 97 E 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.017 98 E 0.029 0.910 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.001 0.034 99 L 0.104 0.840 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.001 0.022 100 V 0.145 0.727 0.022 0.001 0.002 0.002 0.005 0.042 0.001 0.001 0.052 101 G 0.097 0.459 0.111 0.006 0.009 0.011 0.020 0.056 0.001 0.002 0.229 102 Q 0.140 0.167 0.166 0.015 0.011 0.016 0.032 0.020 0.001 0.006 0.428 103 E 0.104 0.076 0.027 0.021 0.013 0.014 0.115 0.011 0.001 0.005 0.613 104 V 0.101 0.065 0.024 0.046 0.039 0.043 0.111 0.005 0.001 0.009 0.558 105 L 0.089 0.101 0.012 0.099 0.051 0.101 0.076 0.005 0.001 0.008 0.459 106 Y 0.089 0.080 0.010 0.135 0.116 0.170 0.062 0.003 0.001 0.004 0.331 107 K 0.060 0.078 0.005 0.150 0.123 0.151 0.067 0.003 0.001 0.007 0.357 108 L 0.055 0.100 0.017 0.136 0.120 0.153 0.070 0.003 0.001 0.005 0.341 109 T 0.049 0.058 0.002 0.167 0.123 0.276 0.081 0.004 0.001 0.004 0.236 110 S 0.073 0.109 0.008 0.094 0.067 0.149 0.098 0.004 0.001 0.008 0.389 111 E 0.036 0.107 0.004 0.070 0.048 0.071 0.161 0.003 0.001 0.005 0.494 112 N 0.076 0.046 0.005 0.020 0.011 0.029 0.333 0.006 0.001 0.015 0.460 113 C 0.085 0.228 0.019 0.031 0.015 0.037 0.150 0.003 0.001 0.008 0.426 114 E 0.014 0.161 0.003 0.010 0.012 0.020 0.305 0.001 0.001 0.003 0.470 115 H 0.037 0.222 0.003 0.007 0.004 0.005 0.291 0.002 0.001 0.006 0.422 116 F 0.072 0.802 0.002 0.005 0.004 0.007 0.017 0.001 0.001 0.001 0.088 117 V 0.015 0.928 0.003 0.003 0.007 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.029 118 N 0.009 0.934 0.002 0.003 0.007 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.035 119 E 0.023 0.915 0.004 0.002 0.006 0.007 0.005 0.005 0.001 0.001 0.031 120 L 0.069 0.854 0.002 0.004 0.008 0.009 0.004 0.013 0.001 0.001 0.035 121 R 0.102 0.678 0.015 0.013 0.019 0.023 0.021 0.033 0.001 0.002 0.095 122 Y 0.076 0.560 0.085 0.021 0.016 0.022 0.016 0.022 0.001 0.003 0.179 123 G 0.161 0.195 0.018 0.038 0.050 0.054 0.068 0.063 0.001 0.013 0.340 124 V 0.262 0.041 0.180 0.025 0.014 0.017 0.073 0.006 0.001 0.010 0.373 125 A 0.013 0.041 0.009 0.043 0.046 0.052 0.138 0.002 0.001 0.004 0.652 126 R 0.070 0.024 0.009 0.046 0.047 0.116 0.174 0.004 0.001 0.019 0.491 127 S 0.061 0.097 0.004 0.038 0.044 0.065 0.135 0.003 0.001 0.008 0.545 128 D 0.100 0.021 0.007 0.017 0.043 0.040 0.087 0.001 0.001 0.012 0.672 129 Q 0.148 0.028 0.008 0.020 0.024 0.026 0.384 0.002 0.001 0.013 0.347 130 V 0.089 0.067 0.005 0.035 0.092 0.133 0.137 0.002 0.001 0.008 0.432 131 R 0.048 0.095 0.003 0.030 0.097 0.218 0.142 0.004 0.001 0.012 0.349 132 D 0.087 0.074 0.009 0.014 0.072 0.083 0.136 0.006 0.001 0.017 0.503