# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 222 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.156 0.262 0.229 0.114 0.088 0.040 0.069 0.008 0.025 0.009 0.002 2 R 0.108 0.279 0.276 0.185 0.032 0.064 0.025 0.003 0.023 0.002 0.003 3 A 0.040 0.389 0.380 0.013 0.043 0.012 0.005 0.001 0.112 0.003 0.002 4 P 0.080 0.017 0.776 0.023 0.004 0.040 0.002 0.001 0.004 0.001 0.053 5 I 0.030 0.229 0.552 0.011 0.030 0.020 0.005 0.001 0.119 0.002 0.003 6 P 0.218 0.008 0.604 0.038 0.004 0.025 0.001 0.001 0.003 0.002 0.096 7 E 0.013 0.237 0.478 0.014 0.014 0.030 0.005 0.001 0.207 0.001 0.001 8 P 0.055 0.002 0.750 0.014 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.146 9 K 0.013 0.358 0.334 0.009 0.020 0.012 0.003 0.001 0.246 0.002 0.001 10 P 0.136 0.002 0.676 0.023 0.003 0.007 0.002 0.001 0.002 0.003 0.145 11 G 0.033 0.011 0.041 0.030 0.058 0.008 0.020 0.694 0.002 0.105 0.001 12 D 0.114 0.184 0.468 0.122 0.053 0.034 0.010 0.002 0.009 0.002 0.003 13 L 0.077 0.549 0.215 0.051 0.057 0.024 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 14 I 0.040 0.685 0.178 0.014 0.048 0.021 0.002 0.001 0.009 0.001 0.002 15 E 0.021 0.680 0.203 0.010 0.025 0.050 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 16 I 0.040 0.650 0.199 0.013 0.041 0.031 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 17 F 0.103 0.385 0.285 0.062 0.070 0.051 0.012 0.001 0.028 0.002 0.002 18 R 0.035 0.356 0.288 0.007 0.092 0.014 0.011 0.001 0.190 0.005 0.001 19 P 0.237 0.011 0.668 0.015 0.005 0.028 0.002 0.001 0.003 0.001 0.031 20 F 0.245 0.333 0.176 0.115 0.058 0.034 0.009 0.008 0.021 0.001 0.001 21 Y 0.166 0.362 0.283 0.046 0.074 0.033 0.007 0.002 0.026 0.002 0.001 22 R 0.336 0.279 0.197 0.082 0.049 0.028 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 23 H 0.178 0.314 0.140 0.097 0.191 0.032 0.017 0.003 0.024 0.002 0.001 24 W 0.157 0.556 0.094 0.053 0.105 0.014 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 25 A 0.083 0.611 0.161 0.015 0.074 0.038 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 26 I 0.029 0.856 0.070 0.005 0.012 0.017 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 27 Y 0.038 0.371 0.354 0.011 0.062 0.121 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 28 V 0.073 0.595 0.204 0.046 0.027 0.015 0.005 0.001 0.032 0.001 0.001 29 G 0.062 0.089 0.075 0.034 0.224 0.019 0.107 0.094 0.017 0.278 0.001 30 D 0.075 0.047 0.205 0.391 0.063 0.017 0.161 0.010 0.012 0.017 0.001 31 G 0.009 0.013 0.019 0.024 0.063 0.003 0.130 0.613 0.003 0.123 0.001 32 Y 0.022 0.558 0.289 0.020 0.078 0.017 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 33 V 0.016 0.649 0.247 0.013 0.017 0.046 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 34 V 0.021 0.735 0.124 0.021 0.064 0.018 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 35 H 0.020 0.476 0.245 0.028 0.119 0.056 0.015 0.001 0.039 0.001 0.001 36 L 0.059 0.558 0.185 0.059 0.072 0.035 0.006 0.001 0.020 0.001 0.004 37 A 0.015 0.523 0.283 0.005 0.061 0.013 0.003 0.001 0.091 0.004 0.001 38 P 0.015 0.015 0.907 0.001 0.005 0.021 0.001 0.001 0.020 0.001 0.013 39 P 0.495 0.005 0.429 0.025 0.004 0.014 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 40 S 0.609 0.056 0.132 0.136 0.022 0.016 0.012 0.008 0.007 0.002 0.001 41 E 0.340 0.113 0.164 0.261 0.045 0.027 0.025 0.004 0.017 0.003 0.001 42 V 0.265 0.257 0.269 0.098 0.024 0.030 0.011 0.001 0.042 0.001 0.002 43 A 0.242 0.188 0.361 0.112 0.027 0.024 0.018 0.001 0.021 0.003 0.003 44 G 0.145 0.083 0.159 0.077 0.158 0.031 0.056 0.132 0.019 0.137 0.001 45 A 0.195 0.156 0.366 0.160 0.059 0.018 0.020 0.004 0.014 0.006 0.001 46 G 0.094 0.060 0.153 0.051 0.146 0.028 0.063 0.170 0.015 0.219 0.001 47 A 0.382 0.146 0.290 0.080 0.049 0.028 0.008 0.001 0.012 0.003 0.002 48 A 0.485 0.188 0.165 0.069 0.050 0.020 0.006 0.001 0.014 0.002 0.001 49 S 0.511 0.181 0.138 0.059 0.061 0.025 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 50 V 0.493 0.236 0.126 0.060 0.042 0.022 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 51 M 0.484 0.231 0.138 0.062 0.037 0.023 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 52 S 0.585 0.129 0.114 0.060 0.055 0.021 0.012 0.001 0.020 0.002 0.001 53 A 0.693 0.089 0.077 0.074 0.031 0.015 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 54 L 0.593 0.091 0.082 0.168 0.024 0.017 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 55 T 0.549 0.081 0.106 0.151 0.034 0.021 0.032 0.004 0.017 0.004 0.001 56 D 0.501 0.052 0.112 0.194 0.025 0.031 0.063 0.005 0.011 0.004 0.001 57 K 0.516 0.084 0.095 0.211 0.028 0.016 0.029 0.006 0.011 0.003 0.001 58 A 0.577 0.099 0.160 0.076 0.029 0.020 0.022 0.003 0.012 0.002 0.001 59 I 0.476 0.202 0.162 0.085 0.023 0.028 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 60 V 0.345 0.321 0.176 0.057 0.043 0.022 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 61 K 0.389 0.181 0.269 0.064 0.035 0.032 0.008 0.001 0.020 0.001 0.001 62 K 0.583 0.117 0.158 0.058 0.038 0.016 0.009 0.001 0.019 0.002 0.001 63 E 0.543 0.106 0.201 0.075 0.030 0.018 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 64 L 0.438 0.137 0.234 0.097 0.025 0.035 0.010 0.001 0.021 0.001 0.001 65 L 0.486 0.141 0.210 0.082 0.021 0.033 0.011 0.001 0.013 0.001 0.001 66 Y 0.476 0.242 0.127 0.078 0.027 0.016 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 67 D 0.325 0.116 0.294 0.091 0.047 0.071 0.027 0.002 0.025 0.003 0.001 68 V 0.402 0.305 0.116 0.095 0.026 0.014 0.005 0.001 0.034 0.001 0.001 69 A 0.282 0.174 0.247 0.158 0.059 0.016 0.026 0.002 0.032 0.004 0.001 70 G 0.034 0.014 0.049 0.042 0.067 0.008 0.074 0.395 0.005 0.311 0.001 71 S 0.161 0.083 0.263 0.143 0.095 0.027 0.062 0.070 0.013 0.082 0.001 72 D 0.141 0.116 0.269 0.280 0.056 0.042 0.048 0.012 0.020 0.016 0.001 73 K 0.207 0.202 0.233 0.166 0.074 0.025 0.045 0.010 0.026 0.009 0.002 74 Y 0.116 0.421 0.209 0.083 0.095 0.034 0.011 0.003 0.025 0.002 0.001 75 Q 0.059 0.503 0.261 0.045 0.044 0.059 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 76 V 0.120 0.489 0.215 0.066 0.026 0.050 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 77 N 0.133 0.156 0.177 0.219 0.088 0.063 0.097 0.011 0.042 0.014 0.001 78 N 0.102 0.099 0.102 0.221 0.125 0.047 0.165 0.063 0.039 0.036 0.001 79 K 0.229 0.254 0.207 0.192 0.040 0.027 0.018 0.006 0.021 0.005 0.001 80 H 0.229 0.267 0.216 0.136 0.038 0.050 0.022 0.005 0.029 0.006 0.002 81 D 0.269 0.124 0.217 0.191 0.053 0.058 0.041 0.005 0.030 0.009 0.004 82 D 0.334 0.102 0.151 0.271 0.037 0.032 0.035 0.009 0.021 0.007 0.001 83 K 0.336 0.137 0.160 0.238 0.035 0.029 0.035 0.007 0.015 0.004 0.003 84 Y 0.153 0.265 0.257 0.196 0.031 0.033 0.028 0.008 0.023 0.004 0.002 85 S 0.029 0.252 0.501 0.009 0.030 0.017 0.012 0.001 0.144 0.003 0.001 86 P 0.167 0.007 0.680 0.025 0.003 0.028 0.002 0.001 0.003 0.001 0.083 87 L 0.020 0.226 0.474 0.006 0.022 0.014 0.003 0.001 0.233 0.001 0.001 88 P 0.128 0.002 0.767 0.008 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 89 C 0.512 0.124 0.177 0.109 0.027 0.024 0.008 0.005 0.012 0.001 0.001 90 S 0.686 0.055 0.143 0.051 0.031 0.018 0.006 0.002 0.005 0.002 0.001 91 K 0.813 0.040 0.062 0.040 0.019 0.014 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 92 I 0.874 0.058 0.031 0.016 0.008 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 93 I 0.965 0.017 0.008 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.991 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 R 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.988 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 E 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 E 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.922 0.007 0.005 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 100 V 0.579 0.014 0.054 0.309 0.004 0.003 0.027 0.001 0.008 0.001 0.001 101 G 0.081 0.004 0.023 0.079 0.011 0.003 0.278 0.427 0.001 0.094 0.001 102 Q 0.163 0.077 0.323 0.175 0.060 0.031 0.107 0.038 0.011 0.016 0.001 103 E 0.081 0.227 0.505 0.085 0.031 0.039 0.012 0.002 0.016 0.001 0.001 104 V 0.033 0.664 0.195 0.014 0.035 0.027 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 105 L 0.050 0.266 0.506 0.022 0.022 0.116 0.003 0.001 0.007 0.001 0.007 106 Y 0.051 0.662 0.094 0.043 0.100 0.017 0.005 0.002 0.026 0.001 0.001 107 K 0.034 0.433 0.239 0.020 0.151 0.060 0.017 0.001 0.043 0.002 0.001 108 L 0.090 0.466 0.295 0.030 0.036 0.057 0.004 0.001 0.020 0.001 0.002 109 T 0.184 0.473 0.186 0.051 0.041 0.037 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 110 S 0.205 0.296 0.160 0.102 0.128 0.039 0.025 0.004 0.034 0.004 0.001 111 E 0.274 0.153 0.170 0.185 0.073 0.038 0.068 0.008 0.022 0.009 0.001 112 N 0.191 0.097 0.196 0.189 0.082 0.083 0.086 0.022 0.031 0.024 0.001 113 C 0.611 0.089 0.139 0.085 0.024 0.025 0.009 0.002 0.012 0.003 0.001 114 E 0.883 0.021 0.037 0.038 0.006 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 115 H 0.856 0.036 0.020 0.052 0.020 0.005 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 116 F 0.817 0.074 0.031 0.039 0.017 0.009 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 117 V 0.895 0.054 0.027 0.013 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 118 N 0.900 0.034 0.008 0.027 0.021 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 119 E 0.851 0.046 0.019 0.040 0.027 0.004 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 120 L 0.744 0.103 0.062 0.065 0.007 0.009 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 121 R 0.716 0.079 0.076 0.056 0.021 0.017 0.008 0.001 0.025 0.001 0.001 122 Y 0.200 0.064 0.171 0.442 0.021 0.013 0.073 0.002 0.011 0.002 0.001 123 G 0.020 0.005 0.026 0.013 0.035 0.006 0.131 0.595 0.002 0.166 0.001 124 V 0.212 0.243 0.428 0.047 0.028 0.020 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 125 A 0.141 0.141 0.493 0.065 0.033 0.091 0.009 0.001 0.022 0.002 0.002 126 R 0.155 0.336 0.280 0.094 0.049 0.050 0.007 0.002 0.024 0.002 0.002 127 S 0.412 0.142 0.228 0.036 0.102 0.021 0.012 0.003 0.031 0.010 0.001 128 D 0.882 0.012 0.051 0.031 0.011 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 129 Q 0.649 0.034 0.053 0.209 0.017 0.013 0.013 0.002 0.008 0.001 0.001 130 V 0.495 0.151 0.129 0.154 0.015 0.017 0.015 0.002 0.020 0.001 0.001 131 R 0.459 0.139 0.180 0.132 0.017 0.023 0.032 0.001 0.014 0.002 0.001 132 D 0.218 0.090 0.195 0.242 0.051 0.057 0.083 0.014 0.034 0.015 0.001