# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 222 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.605 0.200 0.091 0.064 0.031 0.007 0.001 2 R 0.596 0.252 0.103 0.037 0.010 0.002 0.001 3 A 0.521 0.222 0.142 0.087 0.023 0.005 0.001 4 P 0.667 0.238 0.059 0.024 0.009 0.002 0.001 5 I 0.461 0.215 0.165 0.116 0.035 0.007 0.001 6 P 0.702 0.222 0.052 0.018 0.006 0.001 0.001 7 E 0.468 0.311 0.130 0.063 0.021 0.006 0.001 8 P 0.220 0.132 0.178 0.220 0.182 0.060 0.008 9 K 0.271 0.284 0.209 0.125 0.074 0.032 0.004 10 P 0.148 0.184 0.206 0.208 0.141 0.089 0.024 11 G 0.086 0.092 0.123 0.182 0.231 0.210 0.075 12 D 0.053 0.072 0.088 0.128 0.210 0.288 0.160 13 L 0.023 0.021 0.029 0.057 0.107 0.313 0.450 14 I 0.019 0.016 0.022 0.052 0.097 0.298 0.495 15 E 0.029 0.041 0.059 0.101 0.150 0.292 0.328 16 I 0.026 0.035 0.053 0.101 0.188 0.304 0.292 17 F 0.042 0.071 0.076 0.131 0.178 0.287 0.215 18 R 0.065 0.110 0.170 0.212 0.206 0.163 0.075 19 P 0.097 0.153 0.176 0.210 0.169 0.138 0.057 20 F 0.072 0.098 0.116 0.173 0.211 0.222 0.108 21 Y 0.025 0.031 0.050 0.121 0.222 0.335 0.216 22 R 0.036 0.085 0.146 0.215 0.192 0.193 0.134 23 H 0.009 0.009 0.015 0.042 0.136 0.375 0.413 24 W 0.006 0.013 0.023 0.048 0.122 0.323 0.465 25 A 0.004 0.005 0.009 0.031 0.062 0.255 0.633 26 I 0.002 0.004 0.007 0.017 0.053 0.269 0.647 27 Y 0.005 0.013 0.026 0.069 0.170 0.348 0.369 28 V 0.010 0.028 0.053 0.148 0.252 0.321 0.187 29 G 0.020 0.063 0.113 0.233 0.277 0.230 0.064 30 D 0.076 0.196 0.243 0.215 0.159 0.091 0.020 31 G 0.055 0.133 0.211 0.246 0.204 0.127 0.024 32 Y 0.018 0.056 0.135 0.249 0.269 0.220 0.052 33 V 0.006 0.008 0.015 0.044 0.138 0.494 0.296 34 V 0.004 0.006 0.010 0.025 0.086 0.377 0.493 35 H 0.007 0.017 0.035 0.066 0.151 0.353 0.370 36 L 0.007 0.022 0.047 0.091 0.215 0.368 0.250 37 A 0.016 0.043 0.083 0.163 0.256 0.336 0.102 38 P 0.088 0.181 0.224 0.229 0.183 0.085 0.010 39 P 0.233 0.278 0.199 0.160 0.087 0.040 0.004 40 S 0.319 0.264 0.189 0.132 0.071 0.024 0.002 41 E 0.322 0.290 0.186 0.127 0.052 0.021 0.002 42 V 0.203 0.196 0.199 0.199 0.141 0.056 0.005 43 A 0.232 0.222 0.204 0.180 0.107 0.049 0.005 44 G 0.257 0.238 0.199 0.160 0.091 0.047 0.007 45 A 0.207 0.182 0.177 0.187 0.146 0.084 0.017 46 G 0.189 0.203 0.185 0.178 0.138 0.086 0.021 47 A 0.149 0.167 0.174 0.190 0.166 0.119 0.035 48 A 0.120 0.152 0.171 0.197 0.186 0.131 0.041 49 S 0.086 0.134 0.145 0.191 0.207 0.173 0.063 50 V 0.052 0.067 0.075 0.135 0.229 0.303 0.137 51 M 0.055 0.092 0.114 0.177 0.226 0.249 0.087 52 S 0.074 0.124 0.152 0.195 0.203 0.186 0.065 53 A 0.050 0.070 0.092 0.162 0.247 0.275 0.105 54 L 0.054 0.095 0.137 0.188 0.242 0.224 0.060 55 T 0.107 0.167 0.257 0.255 0.125 0.073 0.017 56 D 0.320 0.296 0.194 0.115 0.051 0.021 0.004 57 K 0.242 0.279 0.196 0.160 0.079 0.037 0.006 58 A 0.062 0.090 0.125 0.218 0.298 0.186 0.021 59 I 0.075 0.209 0.247 0.249 0.136 0.076 0.008 60 V 0.059 0.102 0.151 0.225 0.264 0.173 0.025 61 K 0.070 0.171 0.225 0.248 0.182 0.093 0.012 62 K 0.071 0.159 0.219 0.262 0.192 0.086 0.011 63 E 0.140 0.270 0.223 0.185 0.125 0.051 0.007 64 L 0.023 0.084 0.142 0.265 0.283 0.178 0.025 65 L 0.018 0.041 0.066 0.143 0.303 0.359 0.071 66 Y 0.034 0.117 0.216 0.296 0.198 0.124 0.016 67 D 0.074 0.163 0.218 0.220 0.197 0.112 0.016 68 V 0.034 0.065 0.101 0.203 0.307 0.251 0.039 69 A 0.061 0.119 0.177 0.222 0.247 0.154 0.020 70 G 0.147 0.231 0.279 0.221 0.082 0.036 0.004 71 S 0.407 0.313 0.158 0.080 0.031 0.011 0.001 72 D 0.289 0.251 0.198 0.155 0.078 0.025 0.003 73 K 0.223 0.299 0.197 0.150 0.086 0.039 0.006 74 Y 0.065 0.117 0.138 0.240 0.255 0.164 0.020 75 Q 0.056 0.140 0.198 0.262 0.186 0.138 0.021 76 V 0.036 0.049 0.065 0.113 0.232 0.388 0.118 77 N 0.055 0.114 0.157 0.211 0.223 0.185 0.055 78 N 0.061 0.104 0.141 0.192 0.252 0.200 0.050 79 K 0.133 0.223 0.217 0.185 0.137 0.084 0.021 80 H 0.098 0.120 0.143 0.200 0.232 0.172 0.035 81 D 0.179 0.215 0.212 0.182 0.124 0.073 0.013 82 D 0.311 0.256 0.177 0.133 0.076 0.040 0.007 83 K 0.293 0.250 0.177 0.142 0.086 0.044 0.008 84 Y 0.155 0.157 0.173 0.214 0.181 0.103 0.016 85 S 0.211 0.228 0.186 0.167 0.122 0.075 0.011 86 P 0.187 0.225 0.197 0.175 0.131 0.075 0.011 87 L 0.117 0.146 0.197 0.229 0.190 0.104 0.016 88 P 0.115 0.159 0.196 0.220 0.187 0.108 0.017 89 C 0.132 0.172 0.210 0.221 0.158 0.093 0.015 90 S 0.293 0.305 0.192 0.123 0.062 0.023 0.003 91 K 0.269 0.341 0.184 0.128 0.056 0.019 0.002 92 I 0.033 0.082 0.147 0.266 0.281 0.173 0.017 93 I 0.035 0.073 0.139 0.254 0.301 0.182 0.015 94 Q 0.092 0.254 0.293 0.220 0.107 0.032 0.002 95 R 0.098 0.217 0.242 0.257 0.143 0.041 0.002 96 A 0.051 0.096 0.207 0.334 0.227 0.083 0.003 97 E 0.308 0.313 0.194 0.118 0.054 0.012 0.001 98 E 0.464 0.345 0.127 0.047 0.013 0.003 0.001 99 L 0.213 0.203 0.218 0.223 0.117 0.026 0.001 100 V 0.240 0.251 0.261 0.166 0.065 0.017 0.001 101 G 0.398 0.241 0.178 0.119 0.053 0.012 0.001 102 Q 0.580 0.311 0.072 0.025 0.011 0.003 0.001 103 E 0.330 0.264 0.173 0.146 0.067 0.018 0.001 104 V 0.227 0.278 0.233 0.152 0.083 0.025 0.002 105 L 0.110 0.215 0.276 0.243 0.103 0.046 0.006 106 Y 0.051 0.066 0.139 0.229 0.321 0.175 0.019 107 K 0.098 0.253 0.272 0.234 0.100 0.039 0.004 108 L 0.032 0.040 0.071 0.161 0.287 0.327 0.081 109 T 0.036 0.066 0.098 0.184 0.243 0.295 0.078 110 S 0.148 0.240 0.259 0.195 0.104 0.046 0.009 111 E 0.122 0.223 0.269 0.235 0.097 0.043 0.010 112 N 0.038 0.056 0.084 0.163 0.277 0.295 0.087 113 C 0.031 0.043 0.071 0.154 0.258 0.307 0.137 114 E 0.078 0.129 0.162 0.196 0.200 0.172 0.062 115 H 0.053 0.071 0.100 0.150 0.240 0.246 0.139 116 F 0.017 0.021 0.026 0.055 0.113 0.345 0.423 117 V 0.029 0.037 0.066 0.133 0.181 0.285 0.268 118 N 0.058 0.103 0.169 0.214 0.191 0.181 0.084 119 E 0.098 0.141 0.173 0.219 0.174 0.143 0.053 120 L 0.061 0.046 0.060 0.166 0.234 0.322 0.110 121 R 0.152 0.210 0.217 0.194 0.140 0.076 0.011 122 Y 0.191 0.180 0.193 0.206 0.133 0.083 0.013 123 G 0.300 0.234 0.145 0.142 0.109 0.060 0.009 124 V 0.320 0.229 0.186 0.149 0.078 0.033 0.005 125 A 0.435 0.259 0.135 0.090 0.056 0.022 0.003 126 R 0.302 0.253 0.194 0.142 0.071 0.033 0.005 127 S 0.212 0.129 0.144 0.198 0.199 0.105 0.013 128 D 0.370 0.379 0.140 0.063 0.034 0.014 0.001 129 Q 0.141 0.133 0.192 0.264 0.174 0.086 0.009 130 V 0.219 0.171 0.213 0.208 0.132 0.053 0.004 131 R 0.651 0.223 0.080 0.033 0.010 0.002 0.001 132 D 0.777 0.168 0.037 0.014 0.003 0.001 0.001