# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 222 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.176 0.093 0.114 0.147 0.164 0.129 0.077 0.051 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 2 R 0.334 0.179 0.132 0.117 0.100 0.059 0.042 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 3 A 0.276 0.145 0.137 0.155 0.117 0.079 0.038 0.025 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 4 P 0.340 0.170 0.134 0.123 0.103 0.058 0.044 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 5 I 0.194 0.139 0.165 0.194 0.128 0.088 0.043 0.023 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 6 P 0.513 0.225 0.118 0.071 0.035 0.018 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.257 0.249 0.187 0.125 0.082 0.049 0.026 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 8 P 0.079 0.057 0.090 0.133 0.193 0.170 0.135 0.079 0.035 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 9 K 0.144 0.176 0.165 0.171 0.128 0.082 0.060 0.034 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 10 P 0.069 0.042 0.071 0.110 0.152 0.153 0.110 0.111 0.084 0.047 0.027 0.013 0.007 0.004 11 G 0.025 0.028 0.039 0.063 0.105 0.138 0.147 0.141 0.110 0.083 0.064 0.034 0.017 0.007 12 D 0.013 0.015 0.020 0.040 0.069 0.083 0.111 0.147 0.164 0.137 0.102 0.059 0.028 0.013 13 L 0.010 0.008 0.010 0.023 0.040 0.057 0.081 0.115 0.151 0.159 0.161 0.108 0.043 0.035 14 I 0.004 0.004 0.005 0.005 0.009 0.018 0.042 0.057 0.106 0.167 0.212 0.202 0.119 0.051 15 E 0.020 0.015 0.024 0.043 0.072 0.085 0.107 0.149 0.163 0.119 0.096 0.061 0.033 0.014 16 I 0.010 0.009 0.011 0.020 0.036 0.051 0.082 0.118 0.161 0.176 0.160 0.094 0.042 0.029 17 F 0.018 0.025 0.035 0.063 0.099 0.128 0.139 0.163 0.115 0.092 0.063 0.033 0.015 0.012 18 R 0.025 0.046 0.074 0.118 0.140 0.142 0.123 0.114 0.087 0.063 0.037 0.019 0.009 0.004 19 P 0.039 0.069 0.104 0.134 0.157 0.145 0.120 0.095 0.067 0.038 0.018 0.008 0.004 0.002 20 F 0.036 0.059 0.094 0.145 0.153 0.160 0.122 0.100 0.060 0.036 0.020 0.008 0.004 0.002 21 Y 0.014 0.020 0.040 0.073 0.131 0.159 0.163 0.155 0.109 0.071 0.037 0.017 0.007 0.004 22 R 0.022 0.031 0.051 0.077 0.108 0.138 0.141 0.139 0.118 0.080 0.050 0.023 0.013 0.009 23 H 0.007 0.006 0.009 0.017 0.030 0.050 0.085 0.120 0.177 0.167 0.149 0.102 0.050 0.029 24 W 0.003 0.003 0.005 0.009 0.016 0.028 0.056 0.076 0.136 0.181 0.180 0.161 0.084 0.063 25 A 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.009 0.022 0.036 0.088 0.172 0.199 0.216 0.150 0.095 26 I 0.003 0.003 0.004 0.005 0.009 0.017 0.037 0.065 0.123 0.172 0.194 0.173 0.126 0.069 27 Y 0.007 0.007 0.009 0.015 0.025 0.037 0.057 0.097 0.149 0.167 0.170 0.128 0.075 0.057 28 V 0.005 0.009 0.015 0.028 0.051 0.072 0.102 0.134 0.141 0.134 0.128 0.095 0.045 0.040 29 G 0.009 0.022 0.041 0.071 0.092 0.127 0.139 0.147 0.117 0.098 0.069 0.039 0.017 0.013 30 D 0.026 0.061 0.093 0.116 0.124 0.131 0.130 0.104 0.095 0.058 0.033 0.015 0.009 0.006 31 G 0.039 0.062 0.088 0.116 0.132 0.139 0.118 0.101 0.100 0.049 0.028 0.015 0.009 0.005 32 Y 0.022 0.027 0.053 0.080 0.104 0.135 0.148 0.131 0.119 0.078 0.050 0.029 0.016 0.007 33 V 0.017 0.016 0.026 0.041 0.064 0.096 0.135 0.148 0.135 0.122 0.095 0.059 0.029 0.017 34 V 0.015 0.015 0.019 0.021 0.034 0.052 0.078 0.111 0.144 0.166 0.151 0.107 0.058 0.029 35 H 0.024 0.020 0.028 0.044 0.063 0.075 0.093 0.129 0.139 0.138 0.112 0.077 0.037 0.020 36 L 0.013 0.013 0.018 0.027 0.043 0.061 0.080 0.115 0.140 0.176 0.143 0.095 0.048 0.028 37 A 0.026 0.034 0.051 0.071 0.098 0.123 0.130 0.132 0.110 0.094 0.065 0.036 0.019 0.011 38 P 0.062 0.090 0.109 0.137 0.130 0.127 0.111 0.082 0.062 0.042 0.025 0.013 0.006 0.004 39 P 0.104 0.110 0.121 0.131 0.141 0.119 0.102 0.068 0.053 0.026 0.014 0.006 0.003 0.002 40 S 0.238 0.194 0.151 0.137 0.106 0.065 0.044 0.026 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 41 E 0.271 0.185 0.145 0.133 0.101 0.065 0.042 0.024 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 42 V 0.126 0.086 0.128 0.146 0.143 0.138 0.106 0.062 0.036 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 43 A 0.172 0.130 0.132 0.139 0.134 0.105 0.076 0.049 0.033 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 44 G 0.176 0.123 0.119 0.123 0.126 0.107 0.078 0.059 0.042 0.022 0.013 0.006 0.003 0.001 45 A 0.095 0.075 0.093 0.115 0.141 0.137 0.110 0.088 0.060 0.039 0.024 0.013 0.006 0.003 46 G 0.102 0.097 0.109 0.131 0.140 0.121 0.099 0.080 0.052 0.033 0.019 0.010 0.005 0.002 47 A 0.088 0.069 0.079 0.107 0.138 0.134 0.109 0.099 0.074 0.047 0.030 0.015 0.008 0.004 48 A 0.081 0.065 0.075 0.104 0.129 0.129 0.115 0.105 0.080 0.051 0.034 0.018 0.009 0.004 49 S 0.088 0.075 0.084 0.115 0.126 0.117 0.103 0.094 0.081 0.051 0.034 0.017 0.009 0.005 50 V 0.044 0.035 0.049 0.072 0.101 0.124 0.130 0.129 0.112 0.086 0.060 0.034 0.016 0.007 51 M 0.057 0.055 0.069 0.090 0.116 0.126 0.119 0.115 0.092 0.072 0.046 0.024 0.012 0.006 52 S 0.086 0.071 0.084 0.105 0.121 0.117 0.098 0.099 0.088 0.060 0.037 0.019 0.010 0.005 53 A 0.058 0.050 0.069 0.098 0.130 0.135 0.115 0.111 0.092 0.063 0.042 0.023 0.010 0.005 54 L 0.059 0.062 0.084 0.117 0.146 0.151 0.129 0.098 0.065 0.042 0.025 0.014 0.006 0.003 55 T 0.126 0.118 0.124 0.129 0.128 0.114 0.095 0.066 0.047 0.026 0.016 0.007 0.004 0.002 56 D 0.246 0.182 0.131 0.117 0.103 0.071 0.058 0.037 0.029 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 57 K 0.158 0.139 0.127 0.145 0.138 0.103 0.070 0.049 0.039 0.016 0.009 0.004 0.003 0.001 58 A 0.100 0.071 0.098 0.121 0.153 0.143 0.119 0.084 0.053 0.030 0.016 0.008 0.004 0.001 59 I 0.114 0.097 0.110 0.145 0.147 0.125 0.094 0.073 0.047 0.025 0.013 0.005 0.003 0.001 60 V 0.069 0.063 0.088 0.128 0.159 0.145 0.104 0.095 0.066 0.038 0.025 0.014 0.006 0.002 61 K 0.089 0.102 0.115 0.153 0.153 0.129 0.108 0.067 0.041 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 62 K 0.087 0.081 0.099 0.124 0.136 0.137 0.108 0.090 0.061 0.035 0.022 0.011 0.006 0.002 63 E 0.242 0.180 0.118 0.114 0.103 0.070 0.064 0.041 0.037 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 64 L 0.062 0.055 0.086 0.127 0.142 0.139 0.110 0.098 0.076 0.045 0.029 0.017 0.010 0.003 65 L 0.035 0.034 0.055 0.075 0.116 0.148 0.163 0.139 0.093 0.069 0.039 0.020 0.010 0.004 66 Y 0.080 0.085 0.102 0.124 0.138 0.121 0.103 0.101 0.065 0.041 0.023 0.010 0.005 0.002 67 D 0.169 0.137 0.107 0.123 0.121 0.088 0.068 0.065 0.062 0.030 0.017 0.007 0.004 0.002 68 V 0.057 0.050 0.076 0.112 0.143 0.151 0.129 0.109 0.072 0.047 0.028 0.016 0.007 0.003 69 A 0.071 0.074 0.104 0.134 0.154 0.154 0.125 0.081 0.048 0.028 0.015 0.007 0.003 0.001 70 G 0.168 0.138 0.129 0.125 0.127 0.107 0.080 0.055 0.036 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 71 S 0.279 0.206 0.130 0.121 0.091 0.061 0.049 0.027 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 72 D 0.229 0.160 0.138 0.141 0.114 0.079 0.058 0.033 0.026 0.010 0.006 0.003 0.002 0.001 73 K 0.154 0.118 0.118 0.153 0.150 0.111 0.082 0.050 0.038 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 74 Y 0.059 0.044 0.071 0.098 0.121 0.149 0.155 0.125 0.077 0.048 0.030 0.014 0.007 0.003 75 Q 0.072 0.070 0.087 0.128 0.147 0.129 0.106 0.099 0.076 0.041 0.025 0.012 0.006 0.003 76 V 0.031 0.024 0.037 0.051 0.084 0.110 0.117 0.139 0.120 0.112 0.088 0.056 0.024 0.009 77 N 0.056 0.065 0.077 0.101 0.121 0.124 0.119 0.109 0.083 0.065 0.043 0.022 0.011 0.005 78 N 0.068 0.060 0.075 0.090 0.115 0.112 0.102 0.113 0.097 0.074 0.048 0.026 0.014 0.006 79 K 0.097 0.093 0.091 0.130 0.143 0.119 0.097 0.081 0.068 0.038 0.024 0.011 0.005 0.003 80 H 0.073 0.066 0.089 0.114 0.139 0.141 0.125 0.097 0.063 0.043 0.026 0.014 0.007 0.003 81 D 0.159 0.141 0.128 0.138 0.128 0.096 0.078 0.053 0.041 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 82 D 0.199 0.149 0.132 0.130 0.119 0.088 0.061 0.046 0.039 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 83 K 0.188 0.133 0.124 0.143 0.127 0.104 0.076 0.046 0.032 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 84 Y 0.122 0.084 0.120 0.131 0.151 0.132 0.100 0.070 0.041 0.025 0.013 0.006 0.003 0.001 85 S 0.224 0.184 0.141 0.143 0.112 0.074 0.047 0.032 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 86 P 0.178 0.102 0.113 0.125 0.143 0.118 0.080 0.060 0.040 0.021 0.011 0.005 0.003 0.001 87 L 0.186 0.124 0.127 0.138 0.132 0.110 0.079 0.046 0.028 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 88 P 0.222 0.151 0.144 0.134 0.125 0.086 0.058 0.037 0.023 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 89 C 0.166 0.113 0.109 0.134 0.155 0.120 0.084 0.053 0.036 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 90 S 0.294 0.183 0.135 0.132 0.103 0.066 0.041 0.021 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 91 K 0.412 0.193 0.125 0.095 0.075 0.043 0.026 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 92 I 0.106 0.070 0.105 0.163 0.193 0.150 0.089 0.064 0.034 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 93 I 0.082 0.063 0.092 0.145 0.195 0.158 0.114 0.078 0.040 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 94 Q 0.310 0.182 0.155 0.139 0.092 0.058 0.032 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 95 R 0.297 0.210 0.164 0.137 0.091 0.050 0.029 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.137 0.110 0.149 0.171 0.178 0.125 0.068 0.035 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 97 E 0.407 0.217 0.142 0.105 0.067 0.034 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 E 0.629 0.225 0.070 0.037 0.020 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.249 0.127 0.150 0.171 0.147 0.082 0.041 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 100 V 0.249 0.148 0.153 0.187 0.124 0.071 0.041 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 101 G 0.384 0.136 0.126 0.126 0.099 0.061 0.041 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 102 Q 0.471 0.173 0.120 0.099 0.064 0.036 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 E 0.334 0.157 0.132 0.121 0.096 0.069 0.041 0.024 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 104 V 0.145 0.082 0.108 0.145 0.161 0.138 0.095 0.058 0.034 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 105 L 0.131 0.077 0.087 0.134 0.166 0.139 0.102 0.074 0.044 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 106 Y 0.088 0.057 0.063 0.089 0.138 0.139 0.124 0.104 0.082 0.051 0.035 0.018 0.008 0.003 107 K 0.183 0.120 0.122 0.135 0.126 0.096 0.078 0.060 0.039 0.020 0.012 0.005 0.003 0.001 108 L 0.062 0.028 0.041 0.060 0.095 0.118 0.127 0.133 0.112 0.079 0.068 0.052 0.018 0.006 109 T 0.077 0.052 0.059 0.075 0.108 0.142 0.149 0.133 0.088 0.058 0.035 0.014 0.007 0.003 110 S 0.138 0.114 0.114 0.132 0.144 0.104 0.096 0.063 0.042 0.026 0.015 0.007 0.003 0.002 111 E 0.217 0.161 0.141 0.131 0.119 0.081 0.058 0.039 0.026 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 112 N 0.065 0.054 0.080 0.123 0.171 0.167 0.133 0.093 0.053 0.030 0.016 0.009 0.004 0.001 113 C 0.044 0.032 0.048 0.082 0.144 0.172 0.160 0.147 0.086 0.051 0.022 0.007 0.003 0.002 114 E 0.116 0.089 0.088 0.117 0.157 0.130 0.101 0.083 0.055 0.034 0.019 0.008 0.003 0.002 115 H 0.141 0.080 0.087 0.117 0.128 0.124 0.095 0.082 0.060 0.039 0.024 0.014 0.006 0.003 116 F 0.052 0.030 0.043 0.068 0.101 0.144 0.161 0.137 0.102 0.072 0.046 0.029 0.011 0.005 117 V 0.053 0.034 0.045 0.058 0.093 0.130 0.135 0.149 0.125 0.083 0.054 0.024 0.011 0.006 118 N 0.115 0.096 0.096 0.118 0.131 0.121 0.118 0.083 0.053 0.033 0.019 0.010 0.005 0.002 119 E 0.084 0.074 0.097 0.148 0.176 0.143 0.098 0.079 0.048 0.026 0.014 0.007 0.004 0.002 120 L 0.047 0.028 0.040 0.060 0.106 0.139 0.175 0.159 0.104 0.066 0.041 0.023 0.009 0.004 121 R 0.100 0.085 0.122 0.170 0.165 0.137 0.086 0.066 0.036 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 122 Y 0.112 0.073 0.093 0.129 0.157 0.138 0.105 0.080 0.055 0.030 0.016 0.008 0.003 0.002 123 G 0.144 0.103 0.114 0.140 0.155 0.132 0.096 0.055 0.029 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 124 V 0.176 0.127 0.131 0.138 0.125 0.106 0.081 0.049 0.031 0.017 0.010 0.005 0.003 0.001 125 A 0.226 0.123 0.119 0.123 0.130 0.095 0.074 0.047 0.032 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 126 R 0.162 0.096 0.106 0.138 0.150 0.120 0.083 0.060 0.039 0.022 0.013 0.006 0.003 0.002 127 S 0.129 0.074 0.084 0.109 0.141 0.129 0.108 0.085 0.062 0.039 0.023 0.011 0.005 0.002 128 D 0.247 0.122 0.116 0.125 0.117 0.091 0.069 0.046 0.032 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 129 Q 0.143 0.081 0.101 0.136 0.149 0.125 0.079 0.073 0.052 0.030 0.019 0.008 0.004 0.002 130 V 0.092 0.062 0.073 0.100 0.151 0.142 0.132 0.098 0.063 0.043 0.024 0.013 0.005 0.002 131 R 0.282 0.162 0.144 0.143 0.091 0.070 0.053 0.025 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 132 D 0.366 0.138 0.119 0.106 0.100 0.064 0.051 0.024 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001