# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 314 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.026 0.724 0.004 0.008 0.008 0.001 0.001 0.028 0.080 0.015 0.067 0.032 2 R 0.003 0.026 0.774 0.004 0.007 0.005 0.001 0.001 0.024 0.068 0.019 0.014 0.055 3 A 0.002 0.029 0.673 0.004 0.014 0.007 0.001 0.001 0.024 0.158 0.045 0.026 0.018 4 P 0.001 0.013 0.741 0.005 0.018 0.005 0.001 0.001 0.017 0.123 0.047 0.007 0.021 5 I 0.001 0.018 0.597 0.002 0.036 0.007 0.001 0.001 0.017 0.194 0.097 0.018 0.011 6 P 0.001 0.024 0.628 0.002 0.024 0.003 0.001 0.001 0.016 0.178 0.094 0.009 0.019 7 E 0.001 0.047 0.686 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.011 0.163 0.036 0.019 0.018 8 P 0.001 0.044 0.790 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.111 0.017 0.005 0.020 9 K 0.001 0.017 0.814 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.120 0.015 0.012 0.007 10 P 0.001 0.010 0.321 0.008 0.037 0.004 0.001 0.001 0.007 0.144 0.441 0.003 0.024 11 G 0.001 0.007 0.284 0.014 0.013 0.002 0.001 0.001 0.005 0.419 0.221 0.028 0.004 12 D 0.015 0.026 0.491 0.028 0.017 0.007 0.004 0.004 0.040 0.190 0.018 0.083 0.078 13 L 0.134 0.015 0.062 0.009 0.009 0.010 0.070 0.044 0.102 0.014 0.007 0.038 0.486 14 I 0.348 0.006 0.022 0.069 0.006 0.009 0.145 0.073 0.057 0.005 0.003 0.192 0.065 15 E 0.403 0.004 0.016 0.024 0.005 0.007 0.108 0.040 0.041 0.004 0.004 0.069 0.276 16 I 0.262 0.004 0.051 0.032 0.007 0.008 0.049 0.018 0.054 0.012 0.013 0.390 0.099 17 F 0.120 0.012 0.224 0.028 0.013 0.016 0.027 0.009 0.058 0.065 0.049 0.049 0.329 18 R 0.022 0.009 0.408 0.017 0.009 0.017 0.004 0.001 0.028 0.181 0.036 0.210 0.058 19 P 0.017 0.014 0.352 0.013 0.024 0.040 0.003 0.001 0.011 0.129 0.146 0.039 0.211 20 F 0.023 0.020 0.293 0.021 0.067 0.060 0.003 0.002 0.008 0.147 0.169 0.100 0.088 21 Y 0.038 0.014 0.212 0.038 0.076 0.054 0.005 0.002 0.013 0.140 0.142 0.072 0.194 22 R 0.094 0.010 0.169 0.073 0.056 0.012 0.005 0.002 0.010 0.103 0.119 0.140 0.206 23 H 0.283 0.005 0.096 0.137 0.019 0.005 0.015 0.004 0.018 0.060 0.043 0.077 0.239 24 W 0.494 0.002 0.025 0.058 0.002 0.002 0.032 0.007 0.017 0.032 0.009 0.219 0.103 25 A 0.684 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.049 0.009 0.009 0.001 0.001 0.046 0.191 26 I 0.813 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.064 0.012 0.005 0.001 0.001 0.080 0.022 27 Y 0.706 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.057 0.018 0.011 0.001 0.001 0.097 0.102 28 V 0.423 0.006 0.069 0.017 0.001 0.001 0.033 0.015 0.030 0.006 0.008 0.108 0.282 29 G 0.047 0.001 0.155 0.150 0.004 0.001 0.006 0.002 0.023 0.171 0.187 0.174 0.079 30 D 0.002 0.001 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.781 0.007 0.033 31 G 0.007 0.002 0.083 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.385 0.433 0.058 0.010 32 Y 0.182 0.034 0.200 0.021 0.004 0.001 0.022 0.009 0.024 0.100 0.015 0.228 0.161 33 V 0.295 0.015 0.029 0.005 0.001 0.001 0.096 0.050 0.053 0.006 0.003 0.050 0.396 34 V 0.499 0.003 0.009 0.082 0.001 0.001 0.172 0.037 0.018 0.002 0.001 0.115 0.061 35 H 0.393 0.003 0.010 0.011 0.001 0.001 0.120 0.025 0.048 0.002 0.001 0.239 0.146 36 L 0.288 0.018 0.074 0.012 0.002 0.001 0.070 0.018 0.043 0.015 0.007 0.081 0.372 37 A 0.025 0.017 0.472 0.010 0.002 0.001 0.009 0.005 0.075 0.100 0.018 0.193 0.073 38 P 0.002 0.013 0.441 0.004 0.009 0.004 0.001 0.001 0.012 0.279 0.157 0.008 0.070 39 P 0.001 0.010 0.259 0.006 0.076 0.013 0.001 0.001 0.002 0.182 0.437 0.008 0.005 40 S 0.001 0.010 0.177 0.004 0.202 0.031 0.001 0.001 0.001 0.182 0.381 0.004 0.006 41 E 0.005 0.032 0.289 0.003 0.196 0.065 0.001 0.001 0.003 0.177 0.201 0.011 0.016 42 V 0.010 0.079 0.336 0.003 0.127 0.133 0.002 0.002 0.008 0.115 0.122 0.015 0.046 43 A 0.008 0.075 0.360 0.008 0.073 0.120 0.002 0.001 0.010 0.120 0.153 0.031 0.040 44 G 0.004 0.033 0.357 0.008 0.059 0.099 0.001 0.001 0.007 0.158 0.200 0.030 0.044 45 A 0.002 0.015 0.217 0.008 0.069 0.121 0.001 0.001 0.003 0.151 0.380 0.010 0.022 46 G 0.002 0.013 0.217 0.006 0.043 0.102 0.001 0.001 0.003 0.222 0.360 0.019 0.011 47 A 0.004 0.020 0.373 0.004 0.042 0.153 0.001 0.001 0.006 0.181 0.160 0.011 0.043 48 A 0.007 0.024 0.342 0.010 0.049 0.202 0.002 0.002 0.010 0.150 0.136 0.037 0.030 49 S 0.013 0.024 0.275 0.013 0.062 0.275 0.003 0.002 0.013 0.110 0.108 0.036 0.064 50 V 0.022 0.019 0.214 0.016 0.081 0.352 0.004 0.002 0.015 0.068 0.093 0.034 0.081 51 M 0.033 0.014 0.185 0.027 0.096 0.339 0.005 0.002 0.012 0.069 0.087 0.060 0.071 52 S 0.033 0.013 0.187 0.016 0.107 0.308 0.004 0.002 0.009 0.071 0.078 0.069 0.103 53 A 0.036 0.016 0.138 0.010 0.090 0.355 0.004 0.002 0.009 0.060 0.111 0.062 0.107 54 L 0.025 0.019 0.221 0.011 0.061 0.241 0.003 0.001 0.007 0.073 0.174 0.057 0.107 55 T 0.009 0.009 0.258 0.022 0.063 0.180 0.001 0.001 0.004 0.124 0.246 0.035 0.049 56 D 0.006 0.005 0.153 0.025 0.042 0.142 0.001 0.001 0.003 0.211 0.353 0.034 0.025 57 K 0.015 0.009 0.256 0.020 0.041 0.132 0.002 0.001 0.006 0.144 0.253 0.023 0.099 58 A 0.045 0.013 0.299 0.024 0.018 0.126 0.007 0.002 0.022 0.104 0.067 0.183 0.090 59 I 0.091 0.014 0.195 0.015 0.007 0.104 0.018 0.006 0.055 0.035 0.024 0.135 0.299 60 V 0.176 0.010 0.107 0.057 0.011 0.085 0.031 0.012 0.058 0.014 0.009 0.155 0.274 61 K 0.197 0.006 0.072 0.072 0.014 0.116 0.034 0.008 0.063 0.017 0.015 0.225 0.160 62 K 0.143 0.006 0.072 0.023 0.026 0.134 0.016 0.004 0.035 0.019 0.026 0.058 0.439 63 E 0.110 0.005 0.115 0.040 0.018 0.108 0.008 0.003 0.033 0.037 0.020 0.347 0.156 64 L 0.074 0.008 0.205 0.020 0.023 0.198 0.005 0.002 0.024 0.049 0.028 0.075 0.288 65 L 0.029 0.004 0.086 0.013 0.046 0.678 0.003 0.001 0.009 0.023 0.024 0.035 0.049 66 Y 0.025 0.002 0.032 0.011 0.071 0.737 0.001 0.001 0.002 0.011 0.050 0.025 0.032 67 D 0.028 0.004 0.038 0.003 0.071 0.724 0.002 0.001 0.002 0.011 0.054 0.025 0.038 68 V 0.030 0.008 0.058 0.005 0.083 0.651 0.003 0.001 0.003 0.015 0.065 0.018 0.060 69 A 0.016 0.009 0.103 0.011 0.047 0.313 0.001 0.001 0.003 0.052 0.382 0.035 0.027 70 G 0.002 0.004 0.076 0.006 0.025 0.044 0.001 0.001 0.002 0.079 0.733 0.010 0.019 71 S 0.001 0.002 0.110 0.008 0.009 0.007 0.001 0.001 0.002 0.239 0.604 0.008 0.010 72 D 0.006 0.009 0.231 0.027 0.010 0.010 0.001 0.001 0.008 0.383 0.236 0.059 0.020 73 K 0.062 0.032 0.236 0.015 0.011 0.015 0.014 0.009 0.055 0.100 0.107 0.056 0.287 74 Y 0.173 0.019 0.118 0.032 0.006 0.013 0.054 0.048 0.111 0.023 0.010 0.203 0.190 75 Q 0.253 0.012 0.040 0.029 0.004 0.009 0.096 0.044 0.115 0.008 0.004 0.186 0.199 76 V 0.236 0.017 0.068 0.027 0.011 0.008 0.053 0.035 0.068 0.012 0.012 0.149 0.303 77 N 0.086 0.013 0.187 0.060 0.014 0.007 0.022 0.014 0.061 0.076 0.060 0.269 0.130 78 N 0.014 0.015 0.370 0.010 0.009 0.003 0.004 0.003 0.021 0.256 0.084 0.059 0.152 79 K 0.007 0.032 0.504 0.009 0.020 0.005 0.002 0.001 0.010 0.186 0.128 0.041 0.052 80 H 0.006 0.036 0.395 0.011 0.046 0.010 0.001 0.001 0.006 0.183 0.235 0.029 0.039 81 D 0.002 0.020 0.313 0.010 0.062 0.013 0.001 0.001 0.003 0.264 0.266 0.016 0.029 82 D 0.003 0.017 0.216 0.013 0.060 0.011 0.001 0.001 0.002 0.292 0.346 0.018 0.020 83 K 0.009 0.052 0.406 0.007 0.059 0.018 0.003 0.001 0.009 0.182 0.166 0.044 0.043 84 Y 0.009 0.048 0.450 0.007 0.044 0.015 0.004 0.003 0.012 0.194 0.090 0.028 0.096 85 S 0.004 0.025 0.507 0.005 0.013 0.008 0.002 0.001 0.013 0.225 0.066 0.108 0.023 86 P 0.003 0.071 0.489 0.004 0.016 0.017 0.001 0.001 0.007 0.175 0.113 0.013 0.089 87 L 0.001 0.046 0.621 0.003 0.005 0.019 0.001 0.001 0.005 0.214 0.028 0.047 0.011 88 P 0.001 0.014 0.749 0.002 0.007 0.065 0.001 0.001 0.003 0.093 0.025 0.004 0.037 89 C 0.001 0.003 0.042 0.001 0.023 0.882 0.001 0.001 0.001 0.016 0.029 0.001 0.002 90 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.017 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 91 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 92 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 100 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.685 0.001 0.001 0.001 0.010 0.290 0.001 0.001 101 G 0.001 0.001 0.038 0.001 0.010 0.132 0.001 0.001 0.001 0.058 0.759 0.001 0.001 102 Q 0.001 0.006 0.373 0.002 0.018 0.212 0.001 0.001 0.005 0.198 0.160 0.013 0.010 103 E 0.005 0.011 0.416 0.005 0.026 0.154 0.002 0.002 0.032 0.091 0.148 0.011 0.098 104 V 0.015 0.017 0.332 0.026 0.026 0.172 0.005 0.005 0.071 0.099 0.103 0.088 0.041 105 L 0.029 0.021 0.276 0.043 0.025 0.152 0.014 0.007 0.137 0.055 0.066 0.038 0.137 106 Y 0.058 0.015 0.201 0.049 0.034 0.197 0.015 0.012 0.118 0.050 0.022 0.123 0.106 107 K 0.042 0.008 0.130 0.050 0.024 0.288 0.012 0.015 0.102 0.067 0.036 0.101 0.126 108 L 0.064 0.008 0.064 0.011 0.047 0.314 0.028 0.032 0.069 0.031 0.051 0.039 0.241 109 T 0.056 0.010 0.079 0.033 0.109 0.373 0.020 0.027 0.047 0.036 0.077 0.077 0.056 110 S 0.020 0.012 0.091 0.009 0.129 0.434 0.005 0.004 0.019 0.078 0.121 0.028 0.050 111 E 0.003 0.009 0.093 0.004 0.058 0.418 0.001 0.001 0.006 0.107 0.269 0.012 0.017 112 N 0.002 0.016 0.161 0.003 0.038 0.374 0.001 0.001 0.002 0.188 0.188 0.008 0.019 113 C 0.001 0.004 0.136 0.001 0.037 0.734 0.001 0.001 0.001 0.050 0.029 0.002 0.005 114 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.053 0.908 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.001 0.001 115 H 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 0.935 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 116 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 117 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 118 N 0.002 0.001 0.003 0.001 0.010 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 119 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 120 L 0.002 0.001 0.011 0.001 0.010 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.001 0.002 121 R 0.004 0.001 0.021 0.003 0.030 0.819 0.001 0.001 0.001 0.014 0.093 0.007 0.007 122 Y 0.001 0.001 0.029 0.002 0.016 0.220 0.001 0.001 0.001 0.054 0.663 0.003 0.007 123 G 0.001 0.002 0.124 0.001 0.004 0.027 0.001 0.001 0.003 0.160 0.667 0.006 0.004 124 V 0.002 0.016 0.777 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 0.015 0.102 0.023 0.019 0.020 125 A 0.002 0.039 0.651 0.003 0.011 0.036 0.001 0.001 0.023 0.109 0.043 0.021 0.060 126 R 0.003 0.034 0.459 0.016 0.049 0.159 0.001 0.001 0.015 0.126 0.072 0.030 0.035 127 S 0.003 0.014 0.257 0.030 0.117 0.235 0.001 0.001 0.010 0.102 0.168 0.016 0.045 128 D 0.007 0.011 0.184 0.014 0.177 0.216 0.001 0.001 0.007 0.091 0.213 0.047 0.032 129 Q 0.013 0.023 0.226 0.006 0.151 0.274 0.002 0.001 0.014 0.054 0.110 0.033 0.091 130 V 0.021 0.045 0.329 0.005 0.081 0.162 0.003 0.001 0.015 0.075 0.089 0.070 0.103 131 R 0.009 0.038 0.445 0.009 0.041 0.092 0.002 0.001 0.010 0.124 0.107 0.048 0.073 132 D 0.003 0.015 0.557 0.007 0.022 0.045 0.001 0.001 0.005 0.180 0.106 0.021 0.040