# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 314 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.129 0.046 0.191 0.327 0.009 0.078 0.019 0.013 0.016 0.014 0.031 0.023 0.060 0.004 0.008 0.031 2 R 0.053 0.111 0.210 0.468 0.007 0.034 0.009 0.007 0.010 0.004 0.018 0.021 0.022 0.003 0.003 0.018 3 A 0.034 0.037 0.147 0.641 0.010 0.063 0.006 0.005 0.006 0.003 0.009 0.011 0.016 0.001 0.002 0.009 4 P 0.018 0.075 0.163 0.592 0.010 0.077 0.005 0.007 0.004 0.004 0.015 0.008 0.014 0.001 0.002 0.006 5 I 0.015 0.064 0.050 0.585 0.013 0.193 0.005 0.006 0.005 0.004 0.024 0.013 0.016 0.001 0.001 0.003 6 P 0.016 0.171 0.082 0.564 0.008 0.034 0.006 0.012 0.010 0.003 0.049 0.022 0.013 0.002 0.003 0.004 7 E 0.017 0.066 0.134 0.662 0.011 0.024 0.007 0.004 0.017 0.003 0.007 0.017 0.012 0.001 0.002 0.016 8 P 0.025 0.017 0.311 0.603 0.010 0.009 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.005 9 K 0.003 0.002 0.010 0.047 0.762 0.124 0.035 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 10 P 0.001 0.048 0.003 0.066 0.005 0.013 0.001 0.788 0.001 0.001 0.057 0.001 0.002 0.001 0.014 0.001 11 G 0.002 0.018 0.003 0.073 0.001 0.025 0.001 0.005 0.617 0.200 0.008 0.034 0.003 0.001 0.001 0.010 12 D 0.592 0.147 0.053 0.063 0.001 0.042 0.002 0.003 0.005 0.002 0.011 0.048 0.026 0.001 0.002 0.003 13 L 0.012 0.030 0.430 0.338 0.001 0.032 0.001 0.006 0.002 0.001 0.109 0.013 0.019 0.001 0.001 0.007 14 I 0.010 0.014 0.360 0.531 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.034 0.001 0.001 0.002 15 E 0.003 0.010 0.050 0.868 0.010 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.033 0.002 0.001 0.002 16 I 0.002 0.018 0.025 0.760 0.026 0.106 0.006 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.042 0.001 0.001 0.002 17 F 0.003 0.129 0.048 0.622 0.036 0.073 0.007 0.012 0.003 0.003 0.015 0.005 0.030 0.002 0.001 0.011 18 R 0.019 0.048 0.035 0.557 0.070 0.130 0.011 0.023 0.010 0.011 0.034 0.016 0.025 0.005 0.003 0.005 19 P 0.019 0.126 0.069 0.224 0.032 0.184 0.013 0.068 0.011 0.014 0.130 0.030 0.059 0.004 0.010 0.008 20 F 0.020 0.244 0.052 0.325 0.008 0.048 0.005 0.024 0.047 0.008 0.076 0.065 0.043 0.002 0.007 0.025 21 Y 0.064 0.051 0.149 0.359 0.021 0.118 0.024 0.006 0.014 0.006 0.028 0.070 0.070 0.003 0.004 0.014 22 R 0.018 0.195 0.269 0.383 0.004 0.043 0.004 0.010 0.005 0.001 0.011 0.014 0.028 0.001 0.004 0.010 23 H 0.015 0.048 0.077 0.726 0.005 0.072 0.004 0.004 0.007 0.002 0.012 0.007 0.013 0.002 0.001 0.007 24 W 0.013 0.099 0.241 0.616 0.001 0.007 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.002 0.002 25 A 0.002 0.002 0.070 0.914 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 26 I 0.008 0.002 0.095 0.881 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.001 0.002 0.005 0.538 0.377 0.070 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 V 0.001 0.035 0.003 0.237 0.351 0.178 0.001 0.175 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 29 G 0.001 0.017 0.001 0.014 0.722 0.035 0.027 0.020 0.020 0.067 0.045 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 30 D 0.009 0.021 0.001 0.008 0.001 0.009 0.001 0.700 0.008 0.003 0.016 0.011 0.001 0.001 0.212 0.001 31 G 0.005 0.035 0.016 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.663 0.035 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.227 32 Y 0.936 0.002 0.033 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.004 0.002 0.920 0.066 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 V 0.001 0.014 0.024 0.941 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 H 0.001 0.008 0.006 0.940 0.011 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 L 0.002 0.036 0.030 0.886 0.013 0.014 0.001 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 37 A 0.005 0.037 0.045 0.843 0.020 0.032 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 38 P 0.004 0.028 0.027 0.202 0.044 0.658 0.004 0.012 0.001 0.006 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 39 P 0.002 0.172 0.007 0.097 0.012 0.224 0.002 0.043 0.007 0.006 0.410 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 40 S 0.008 0.212 0.016 0.116 0.007 0.058 0.004 0.017 0.052 0.009 0.102 0.379 0.011 0.001 0.005 0.004 41 E 0.040 0.103 0.229 0.144 0.012 0.040 0.015 0.009 0.029 0.007 0.065 0.151 0.103 0.005 0.011 0.037 42 V 0.024 0.017 0.173 0.058 0.181 0.060 0.221 0.008 0.004 0.004 0.028 0.039 0.073 0.086 0.005 0.017 43 A 0.011 0.078 0.121 0.128 0.011 0.031 0.010 0.299 0.007 0.004 0.044 0.026 0.085 0.003 0.133 0.011 44 G 0.011 0.016 0.022 0.064 0.145 0.051 0.084 0.007 0.135 0.152 0.037 0.035 0.061 0.078 0.003 0.100 45 A 0.215 0.065 0.084 0.124 0.010 0.015 0.013 0.172 0.006 0.003 0.050 0.043 0.071 0.004 0.118 0.007 46 G 0.009 0.034 0.106 0.104 0.013 0.153 0.016 0.021 0.082 0.152 0.030 0.084 0.093 0.007 0.009 0.087 47 A 0.228 0.076 0.074 0.172 0.011 0.055 0.010 0.021 0.011 0.006 0.134 0.048 0.119 0.005 0.013 0.018 48 A 0.025 0.077 0.186 0.213 0.005 0.086 0.006 0.012 0.012 0.010 0.052 0.170 0.121 0.003 0.009 0.014 49 S 0.025 0.031 0.075 0.117 0.012 0.284 0.010 0.007 0.004 0.007 0.062 0.108 0.243 0.003 0.004 0.010 50 V 0.010 0.068 0.045 0.109 0.009 0.109 0.008 0.015 0.003 0.001 0.267 0.079 0.249 0.010 0.005 0.010 51 M 0.008 0.075 0.102 0.194 0.003 0.021 0.007 0.015 0.007 0.002 0.037 0.192 0.293 0.004 0.026 0.015 52 S 0.012 0.008 0.052 0.080 0.004 0.081 0.014 0.004 0.005 0.005 0.026 0.033 0.638 0.004 0.006 0.028 53 A 0.025 0.050 0.062 0.061 0.009 0.063 0.019 0.008 0.003 0.001 0.132 0.037 0.478 0.019 0.007 0.028 54 L 0.011 0.076 0.096 0.097 0.024 0.038 0.073 0.013 0.004 0.002 0.040 0.115 0.293 0.062 0.029 0.025 55 T 0.010 0.033 0.113 0.054 0.011 0.075 0.046 0.033 0.004 0.005 0.023 0.032 0.389 0.017 0.114 0.043 56 D 0.022 0.042 0.052 0.035 0.004 0.091 0.015 0.022 0.017 0.014 0.162 0.027 0.317 0.017 0.028 0.135 57 K 0.132 0.201 0.108 0.067 0.001 0.017 0.013 0.008 0.018 0.003 0.059 0.126 0.146 0.012 0.031 0.059 58 A 0.068 0.038 0.362 0.101 0.001 0.051 0.016 0.003 0.006 0.003 0.018 0.054 0.212 0.003 0.016 0.051 59 I 0.034 0.065 0.507 0.175 0.001 0.029 0.007 0.001 0.002 0.001 0.020 0.012 0.105 0.001 0.002 0.037 60 V 0.018 0.059 0.188 0.540 0.003 0.073 0.005 0.002 0.001 0.001 0.012 0.025 0.065 0.001 0.001 0.006 61 K 0.005 0.064 0.138 0.433 0.006 0.187 0.003 0.006 0.001 0.001 0.028 0.018 0.104 0.001 0.002 0.005 62 K 0.005 0.031 0.031 0.266 0.011 0.217 0.004 0.006 0.003 0.002 0.223 0.022 0.171 0.003 0.001 0.005 63 E 0.007 0.183 0.044 0.280 0.002 0.041 0.003 0.010 0.002 0.001 0.073 0.174 0.168 0.001 0.005 0.004 64 L 0.003 0.012 0.011 0.063 0.003 0.418 0.003 0.002 0.003 0.003 0.018 0.085 0.364 0.001 0.001 0.008 65 L 0.002 0.013 0.015 0.016 0.003 0.072 0.008 0.003 0.001 0.001 0.281 0.034 0.543 0.005 0.002 0.002 66 Y 0.001 0.034 0.009 0.034 0.001 0.009 0.004 0.007 0.002 0.001 0.042 0.285 0.550 0.005 0.013 0.004 67 D 0.003 0.003 0.008 0.017 0.001 0.005 0.008 0.001 0.004 0.001 0.007 0.015 0.860 0.015 0.007 0.045 68 V 0.009 0.006 0.066 0.010 0.011 0.006 0.207 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.456 0.147 0.014 0.046 69 A 0.006 0.025 0.137 0.024 0.015 0.012 0.120 0.060 0.001 0.001 0.006 0.011 0.244 0.072 0.219 0.047 70 G 0.014 0.024 0.080 0.033 0.011 0.035 0.044 0.037 0.036 0.040 0.019 0.005 0.171 0.035 0.084 0.332 71 S 0.246 0.125 0.085 0.052 0.003 0.044 0.028 0.015 0.032 0.020 0.069 0.021 0.092 0.015 0.037 0.115 72 D 0.171 0.173 0.229 0.053 0.001 0.099 0.018 0.008 0.016 0.007 0.037 0.080 0.052 0.003 0.020 0.035 73 K 0.056 0.229 0.424 0.176 0.001 0.007 0.003 0.002 0.014 0.001 0.015 0.019 0.014 0.001 0.003 0.035 74 Y 0.035 0.010 0.516 0.400 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.001 0.001 0.005 75 Q 0.006 0.009 0.340 0.566 0.026 0.033 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 76 V 0.002 0.016 0.010 0.479 0.340 0.104 0.010 0.008 0.001 0.001 0.012 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 77 N 0.002 0.125 0.017 0.412 0.040 0.074 0.004 0.246 0.013 0.006 0.022 0.011 0.007 0.002 0.016 0.002 78 N 0.011 0.049 0.020 0.207 0.019 0.167 0.007 0.041 0.162 0.165 0.061 0.032 0.022 0.001 0.005 0.029 79 K 0.200 0.128 0.094 0.114 0.038 0.059 0.019 0.023 0.019 0.013 0.166 0.069 0.026 0.007 0.004 0.018 80 H 0.032 0.098 0.218 0.149 0.026 0.111 0.026 0.057 0.008 0.007 0.051 0.122 0.034 0.017 0.034 0.011 81 D 0.013 0.096 0.116 0.112 0.010 0.279 0.015 0.037 0.021 0.024 0.059 0.056 0.085 0.004 0.048 0.027 82 D 0.058 0.098 0.043 0.098 0.007 0.106 0.011 0.012 0.037 0.015 0.284 0.083 0.087 0.005 0.006 0.050 83 K 0.112 0.204 0.197 0.122 0.005 0.020 0.020 0.006 0.015 0.002 0.035 0.151 0.051 0.013 0.013 0.033 84 Y 0.021 0.040 0.609 0.180 0.002 0.013 0.027 0.003 0.004 0.002 0.003 0.013 0.037 0.004 0.014 0.029 85 S 0.036 0.021 0.341 0.229 0.013 0.179 0.037 0.006 0.005 0.008 0.018 0.008 0.062 0.002 0.004 0.031 86 P 0.060 0.199 0.129 0.405 0.012 0.037 0.007 0.009 0.009 0.003 0.067 0.012 0.021 0.003 0.002 0.026 87 L 0.028 0.074 0.130 0.587 0.018 0.042 0.009 0.005 0.005 0.008 0.008 0.061 0.015 0.002 0.002 0.006 88 P 0.003 0.006 0.016 0.024 0.008 0.842 0.002 0.009 0.001 0.007 0.026 0.010 0.044 0.001 0.001 0.001 89 C 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.060 0.001 0.004 0.001 0.001 0.871 0.024 0.029 0.001 0.001 0.001 90 S 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.929 0.028 0.001 0.001 0.001 91 K 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.061 0.905 0.001 0.001 0.001 92 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.974 0.001 0.001 0.001 93 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.980 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 95 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.003 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 97 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.002 99 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.854 0.001 0.013 100 V 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 0.002 0.771 0.003 101 G 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.015 0.010 0.002 0.001 0.223 0.012 0.003 0.709 102 Q 0.662 0.010 0.010 0.007 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.027 0.014 0.232 0.003 0.010 0.011 103 E 0.014 0.186 0.499 0.023 0.001 0.010 0.015 0.001 0.004 0.001 0.008 0.037 0.107 0.012 0.008 0.075 104 V 0.035 0.021 0.262 0.232 0.007 0.128 0.041 0.004 0.001 0.001 0.022 0.025 0.192 0.004 0.013 0.011 105 L 0.005 0.250 0.388 0.235 0.003 0.015 0.005 0.005 0.003 0.001 0.010 0.007 0.048 0.002 0.003 0.020 106 Y 0.015 0.011 0.052 0.853 0.001 0.018 0.001 0.003 0.004 0.002 0.006 0.005 0.021 0.001 0.001 0.006 107 K 0.023 0.034 0.240 0.415 0.016 0.166 0.006 0.002 0.003 0.004 0.010 0.012 0.060 0.001 0.001 0.006 108 L 0.007 0.041 0.024 0.478 0.033 0.184 0.004 0.010 0.001 0.001 0.142 0.015 0.053 0.003 0.001 0.003 109 T 0.004 0.113 0.041 0.307 0.100 0.114 0.013 0.025 0.006 0.003 0.051 0.136 0.070 0.008 0.005 0.005 110 S 0.011 0.044 0.036 0.121 0.144 0.081 0.058 0.058 0.014 0.015 0.080 0.039 0.201 0.047 0.024 0.026 111 E 0.022 0.052 0.067 0.072 0.011 0.050 0.015 0.167 0.026 0.036 0.109 0.073 0.171 0.009 0.079 0.040 112 N 0.027 0.025 0.024 0.026 0.001 0.144 0.003 0.013 0.021 0.050 0.099 0.154 0.361 0.001 0.012 0.040 113 C 0.025 0.005 0.007 0.004 0.001 0.042 0.002 0.001 0.002 0.003 0.264 0.184 0.454 0.001 0.001 0.005 114 E 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.403 0.493 0.001 0.001 0.001 115 H 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.065 0.906 0.001 0.001 0.001 116 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.966 0.001 0.001 0.001 117 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 118 N 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 119 E 0.001 0.004 0.001 0.012 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.958 0.002 0.001 0.010 120 L 0.002 0.001 0.019 0.011 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.924 0.005 0.010 0.013 121 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.914 0.001 0.005 122 Y 0.001 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.897 0.003 123 G 0.002 0.005 0.017 0.005 0.001 0.003 0.007 0.001 0.066 0.084 0.005 0.001 0.051 0.003 0.001 0.749 124 V 0.905 0.007 0.009 0.014 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.022 0.001 0.001 0.002 125 A 0.010 0.112 0.345 0.079 0.014 0.164 0.012 0.018 0.004 0.005 0.059 0.060 0.086 0.006 0.008 0.016 126 R 0.015 0.174 0.086 0.290 0.021 0.094 0.018 0.017 0.012 0.007 0.068 0.069 0.083 0.013 0.012 0.020 127 S 0.017 0.037 0.072 0.135 0.009 0.325 0.017 0.018 0.011 0.009 0.059 0.094 0.168 0.003 0.019 0.008 128 D 0.016 0.153 0.099 0.133 0.002 0.027 0.005 0.013 0.017 0.005 0.220 0.078 0.180 0.003 0.009 0.040 129 Q 0.093 0.045 0.090 0.240 0.009 0.037 0.018 0.003 0.020 0.003 0.020 0.177 0.170 0.020 0.005 0.049 130 V 0.013 0.021 0.481 0.114 0.027 0.043 0.061 0.005 0.001 0.001 0.014 0.012 0.175 0.009 0.011 0.011 131 R 0.006 0.061 0.099 0.169 0.113 0.123 0.088 0.044 0.005 0.008 0.037 0.023 0.135 0.046 0.015 0.028 132 D 0.020 0.077 0.038 0.126 0.033 0.128 0.028 0.124 0.024 0.020 0.112 0.047 0.123 0.019 0.057 0.024