# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 310 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.002 0.001 0.033 0.017 0.035 0.120 0.001 0.001 0.034 0.741 2 R 0.026 0.002 0.001 0.016 0.021 0.037 0.117 0.002 0.001 0.064 0.716 3 A 0.008 0.001 0.001 0.015 0.034 0.029 0.125 0.001 0.001 0.036 0.750 4 P 0.044 0.002 0.001 0.012 0.013 0.022 0.123 0.002 0.001 0.054 0.728 5 I 0.028 0.001 0.001 0.009 0.016 0.024 0.143 0.002 0.001 0.052 0.724 6 P 0.053 0.001 0.001 0.006 0.008 0.014 0.108 0.001 0.001 0.058 0.752 7 E 0.007 0.001 0.001 0.006 0.013 0.017 0.135 0.001 0.001 0.032 0.788 8 P 0.015 0.001 0.001 0.008 0.009 0.010 0.127 0.001 0.001 0.018 0.811 9 K 0.416 0.007 0.001 0.010 0.022 0.017 0.109 0.003 0.001 0.073 0.342 10 P 0.011 0.006 0.001 0.008 0.009 0.026 0.152 0.001 0.001 0.020 0.765 11 G 0.008 0.011 0.001 0.023 0.048 0.106 0.148 0.001 0.001 0.031 0.622 12 D 0.005 0.007 0.001 0.084 0.258 0.461 0.044 0.001 0.001 0.046 0.094 13 L 0.011 0.007 0.001 0.095 0.165 0.303 0.062 0.002 0.001 0.073 0.281 14 I 0.004 0.003 0.001 0.140 0.332 0.369 0.021 0.001 0.001 0.031 0.099 15 E 0.007 0.003 0.001 0.105 0.225 0.414 0.034 0.001 0.001 0.060 0.151 16 I 0.007 0.008 0.002 0.112 0.202 0.278 0.059 0.002 0.001 0.071 0.259 17 F 0.047 0.031 0.003 0.069 0.156 0.174 0.081 0.009 0.001 0.064 0.365 18 R 0.097 0.035 0.004 0.036 0.082 0.100 0.100 0.008 0.002 0.091 0.447 19 P 0.050 0.039 0.006 0.039 0.066 0.098 0.121 0.006 0.002 0.083 0.489 20 F 0.087 0.033 0.006 0.056 0.052 0.125 0.134 0.008 0.002 0.083 0.413 21 Y 0.064 0.019 0.007 0.091 0.062 0.116 0.164 0.007 0.002 0.104 0.364 22 R 0.015 0.014 0.002 0.137 0.087 0.269 0.085 0.005 0.001 0.071 0.315 23 H 0.011 0.009 0.002 0.105 0.091 0.260 0.068 0.003 0.001 0.100 0.350 24 W 0.007 0.006 0.001 0.153 0.240 0.369 0.038 0.001 0.001 0.050 0.135 25 A 0.007 0.003 0.001 0.166 0.181 0.415 0.034 0.001 0.001 0.053 0.139 26 I 0.004 0.001 0.001 0.173 0.290 0.383 0.023 0.001 0.001 0.029 0.096 27 Y 0.007 0.001 0.003 0.128 0.203 0.435 0.045 0.001 0.003 0.056 0.119 28 V 0.051 0.002 0.002 0.116 0.079 0.184 0.118 0.004 0.002 0.060 0.382 29 G 0.489 0.002 0.001 0.036 0.013 0.025 0.089 0.006 0.001 0.078 0.261 30 D 0.005 0.001 0.001 0.041 0.006 0.028 0.156 0.001 0.001 0.029 0.734 31 G 0.003 0.002 0.001 0.105 0.025 0.091 0.105 0.001 0.001 0.067 0.601 32 Y 0.001 0.001 0.001 0.150 0.377 0.313 0.019 0.001 0.001 0.062 0.076 33 V 0.003 0.001 0.001 0.310 0.186 0.236 0.026 0.001 0.001 0.064 0.173 34 V 0.002 0.001 0.001 0.252 0.286 0.323 0.014 0.001 0.001 0.044 0.078 35 H 0.003 0.001 0.001 0.274 0.165 0.338 0.032 0.001 0.001 0.050 0.137 36 L 0.003 0.001 0.001 0.224 0.110 0.230 0.086 0.001 0.001 0.050 0.294 37 A 0.013 0.003 0.001 0.093 0.061 0.092 0.142 0.002 0.001 0.042 0.550 38 P 0.255 0.022 0.001 0.022 0.014 0.020 0.122 0.012 0.001 0.054 0.477 39 P 0.220 0.039 0.001 0.008 0.005 0.008 0.103 0.009 0.001 0.041 0.565 40 S 0.047 0.044 0.004 0.011 0.010 0.018 0.110 0.005 0.001 0.039 0.711 41 E 0.132 0.050 0.001 0.015 0.019 0.028 0.110 0.005 0.001 0.042 0.596 42 V 0.161 0.041 0.009 0.025 0.040 0.033 0.113 0.009 0.003 0.080 0.485 43 A 0.085 0.029 0.001 0.030 0.013 0.025 0.103 0.003 0.001 0.030 0.680 44 G 0.140 0.051 0.001 0.019 0.013 0.028 0.089 0.005 0.001 0.044 0.609 45 A 0.032 0.037 0.001 0.032 0.024 0.023 0.140 0.002 0.001 0.049 0.658 46 G 0.041 0.175 0.002 0.033 0.016 0.030 0.105 0.006 0.001 0.088 0.503 47 A 0.102 0.338 0.002 0.017 0.036 0.027 0.075 0.013 0.001 0.043 0.346 48 A 0.070 0.292 0.007 0.048 0.022 0.030 0.091 0.008 0.001 0.109 0.322 49 S 0.056 0.387 0.007 0.025 0.023 0.034 0.068 0.010 0.001 0.118 0.271 50 V 0.095 0.472 0.004 0.017 0.022 0.032 0.053 0.015 0.001 0.052 0.238 51 M 0.040 0.091 0.004 0.018 0.019 0.033 0.059 0.005 0.001 0.509 0.222 52 S 0.024 0.155 0.008 0.023 0.033 0.050 0.101 0.005 0.003 0.306 0.291 53 A 0.144 0.237 0.007 0.017 0.034 0.036 0.063 0.015 0.002 0.056 0.389 54 L 0.105 0.148 0.014 0.019 0.039 0.050 0.077 0.010 0.004 0.045 0.489 55 T 0.102 0.106 0.006 0.016 0.017 0.027 0.110 0.006 0.002 0.044 0.562 56 D 0.108 0.140 0.004 0.016 0.032 0.070 0.109 0.007 0.001 0.050 0.462 57 K 0.030 0.103 0.003 0.023 0.049 0.108 0.114 0.005 0.001 0.040 0.524 58 A 0.011 0.075 0.002 0.057 0.119 0.275 0.072 0.002 0.001 0.039 0.348 59 I 0.016 0.057 0.002 0.046 0.207 0.302 0.048 0.002 0.001 0.035 0.286 60 V 0.013 0.052 0.004 0.049 0.268 0.184 0.040 0.003 0.001 0.033 0.354 61 K 0.067 0.122 0.004 0.068 0.163 0.188 0.041 0.006 0.001 0.046 0.294 62 K 0.077 0.118 0.003 0.028 0.095 0.136 0.058 0.005 0.001 0.036 0.443 63 E 0.026 0.130 0.008 0.041 0.147 0.125 0.057 0.004 0.002 0.037 0.423 64 L 0.107 0.393 0.004 0.018 0.068 0.080 0.035 0.014 0.001 0.038 0.242 65 L 0.159 0.376 0.005 0.012 0.044 0.039 0.050 0.026 0.001 0.049 0.239 66 Y 0.068 0.210 0.008 0.026 0.068 0.061 0.059 0.008 0.003 0.066 0.423 67 D 0.134 0.078 0.023 0.022 0.031 0.068 0.081 0.012 0.010 0.124 0.416 68 V 0.198 0.028 0.008 0.023 0.037 0.047 0.110 0.011 0.006 0.091 0.441 69 A 0.261 0.012 0.005 0.027 0.022 0.031 0.089 0.005 0.002 0.048 0.499 70 G 0.022 0.007 0.001 0.023 0.009 0.034 0.109 0.002 0.001 0.016 0.776 71 S 0.019 0.007 0.001 0.019 0.012 0.035 0.153 0.003 0.001 0.040 0.710 72 D 0.016 0.009 0.001 0.052 0.203 0.202 0.129 0.003 0.001 0.052 0.333 73 K 0.008 0.005 0.001 0.086 0.066 0.255 0.081 0.002 0.001 0.064 0.431 74 Y 0.004 0.003 0.001 0.104 0.255 0.309 0.042 0.001 0.001 0.044 0.236 75 Q 0.011 0.005 0.001 0.132 0.223 0.316 0.038 0.001 0.001 0.053 0.220 76 V 0.033 0.007 0.001 0.096 0.158 0.186 0.065 0.003 0.001 0.054 0.396 77 N 0.020 0.007 0.002 0.094 0.117 0.176 0.079 0.003 0.002 0.049 0.452 78 N 0.071 0.014 0.001 0.025 0.052 0.104 0.092 0.004 0.001 0.050 0.584 79 K 0.079 0.011 0.002 0.016 0.041 0.036 0.092 0.005 0.001 0.047 0.670 80 H 0.130 0.010 0.002 0.012 0.023 0.021 0.100 0.005 0.001 0.029 0.668 81 D 0.118 0.008 0.001 0.011 0.009 0.020 0.104 0.005 0.001 0.045 0.678 82 D 0.051 0.004 0.001 0.008 0.017 0.029 0.099 0.002 0.001 0.037 0.752 83 K 0.017 0.003 0.001 0.019 0.029 0.050 0.102 0.001 0.001 0.032 0.745 84 Y 0.017 0.002 0.001 0.016 0.032 0.042 0.119 0.001 0.001 0.044 0.726 85 S 0.018 0.002 0.001 0.034 0.053 0.068 0.124 0.001 0.001 0.056 0.645 86 P 0.013 0.004 0.001 0.015 0.016 0.030 0.122 0.001 0.001 0.040 0.759 87 L 0.020 0.023 0.001 0.025 0.017 0.020 0.169 0.001 0.001 0.027 0.697 88 P 0.176 0.438 0.001 0.005 0.005 0.005 0.050 0.006 0.001 0.069 0.244 89 C 0.018 0.819 0.001 0.002 0.002 0.002 0.022 0.002 0.001 0.015 0.118 90 S 0.005 0.849 0.001 0.004 0.003 0.006 0.018 0.001 0.001 0.034 0.082 91 K 0.002 0.932 0.001 0.004 0.005 0.008 0.005 0.001 0.001 0.022 0.021 92 I 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.008 93 I 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 94 Q 0.004 0.958 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.011 0.017 95 R 0.013 0.944 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.009 0.019 96 A 0.043 0.858 0.006 0.002 0.001 0.003 0.014 0.009 0.001 0.035 0.028 97 E 0.064 0.434 0.078 0.009 0.008 0.010 0.045 0.009 0.034 0.150 0.161 98 E 0.313 0.188 0.007 0.006 0.006 0.010 0.056 0.007 0.003 0.049 0.355 99 L 0.118 0.069 0.010 0.009 0.007 0.009 0.078 0.008 0.002 0.043 0.647 100 V 0.109 0.023 0.010 0.009 0.012 0.012 0.115 0.004 0.001 0.024 0.681 101 G 0.029 0.015 0.001 0.005 0.003 0.009 0.083 0.002 0.001 0.021 0.832 102 Q 0.029 0.021 0.002 0.013 0.034 0.047 0.129 0.003 0.001 0.020 0.701 103 E 0.023 0.020 0.003 0.060 0.053 0.101 0.107 0.003 0.001 0.043 0.586 104 V 0.020 0.024 0.003 0.049 0.091 0.128 0.083 0.004 0.001 0.052 0.545 105 L 0.025 0.016 0.002 0.100 0.064 0.118 0.071 0.005 0.001 0.106 0.493 106 Y 0.009 0.012 0.002 0.077 0.191 0.183 0.060 0.001 0.001 0.102 0.362 107 K 0.011 0.023 0.002 0.103 0.131 0.196 0.078 0.002 0.001 0.067 0.387 108 L 0.014 0.044 0.004 0.077 0.131 0.107 0.081 0.004 0.002 0.083 0.453 109 T 0.147 0.258 0.009 0.036 0.096 0.073 0.042 0.026 0.004 0.084 0.226 110 S 0.201 0.227 0.002 0.015 0.020 0.030 0.049 0.010 0.001 0.075 0.370 111 E 0.034 0.249 0.007 0.037 0.019 0.024 0.096 0.003 0.001 0.081 0.448 112 N 0.014 0.574 0.003 0.012 0.007 0.008 0.051 0.005 0.001 0.114 0.211 113 C 0.021 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.001 0.035 0.029 114 E 0.011 0.308 0.001 0.003 0.003 0.005 0.013 0.001 0.001 0.624 0.030 115 H 0.007 0.622 0.003 0.005 0.003 0.005 0.020 0.001 0.001 0.289 0.045 116 F 0.039 0.851 0.006 0.003 0.005 0.004 0.012 0.020 0.001 0.026 0.034 117 V 0.032 0.725 0.010 0.018 0.006 0.024 0.028 0.010 0.003 0.046 0.099 118 N 0.047 0.348 0.008 0.027 0.019 0.045 0.071 0.004 0.004 0.151 0.274 119 E 0.049 0.155 0.040 0.048 0.022 0.048 0.125 0.010 0.010 0.193 0.298 120 L 0.238 0.075 0.014 0.040 0.023 0.040 0.122 0.019 0.003 0.099 0.328 121 R 0.144 0.043 0.007 0.032 0.023 0.043 0.124 0.007 0.002 0.068 0.507 122 Y 0.019 0.025 0.002 0.037 0.014 0.038 0.122 0.002 0.001 0.030 0.710 123 G 0.037 0.026 0.002 0.047 0.034 0.103 0.106 0.004 0.001 0.110 0.529 124 V 0.033 0.018 0.002 0.042 0.077 0.067 0.139 0.002 0.001 0.098 0.520 125 A 0.040 0.034 0.002 0.051 0.026 0.042 0.127 0.003 0.001 0.054 0.620 126 R 0.114 0.112 0.002 0.014 0.022 0.031 0.084 0.014 0.001 0.039 0.567 127 S 0.134 0.161 0.002 0.010 0.013 0.025 0.090 0.016 0.001 0.071 0.478 128 D 0.053 0.103 0.006 0.016 0.044 0.064 0.094 0.007 0.002 0.117 0.494 129 Q 0.086 0.048 0.006 0.016 0.052 0.063 0.092 0.006 0.002 0.087 0.543 130 V 0.095 0.021 0.006 0.024 0.048 0.050 0.121 0.006 0.002 0.086 0.540 131 R 0.076 0.019 0.003 0.021 0.028 0.044 0.117 0.004 0.001 0.045 0.641 132 D 0.048 0.019 0.002 0.012 0.014 0.029 0.102 0.003 0.001 0.032 0.738