# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 310 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.002 0.012 0.020 0.036 0.119 0.018 0.775 2 R 0.032 0.003 0.016 0.023 0.049 0.120 0.036 0.721 3 A 0.030 0.003 0.012 0.030 0.034 0.137 0.032 0.722 4 P 0.080 0.007 0.018 0.024 0.030 0.105 0.042 0.694 5 I 0.103 0.008 0.012 0.026 0.030 0.106 0.037 0.676 6 P 0.077 0.006 0.016 0.019 0.026 0.115 0.044 0.696 7 E 0.036 0.006 0.017 0.023 0.039 0.145 0.042 0.692 8 P 0.034 0.003 0.017 0.010 0.015 0.148 0.030 0.744 9 K 0.340 0.021 0.016 0.017 0.017 0.129 0.054 0.406 10 P 0.093 0.024 0.010 0.005 0.015 0.121 0.021 0.710 11 G 0.030 0.025 0.035 0.017 0.067 0.144 0.044 0.637 12 D 0.020 0.025 0.129 0.144 0.322 0.077 0.098 0.186 13 L 0.006 0.010 0.112 0.148 0.285 0.046 0.090 0.303 14 I 0.006 0.006 0.157 0.358 0.336 0.020 0.028 0.090 15 E 0.017 0.004 0.126 0.249 0.340 0.036 0.052 0.176 16 I 0.008 0.005 0.083 0.235 0.284 0.066 0.047 0.271 17 F 0.028 0.011 0.047 0.086 0.173 0.091 0.041 0.524 18 R 0.095 0.015 0.030 0.099 0.105 0.100 0.093 0.462 19 P 0.053 0.023 0.039 0.077 0.119 0.098 0.095 0.496 20 F 0.059 0.018 0.061 0.042 0.108 0.127 0.139 0.446 21 Y 0.032 0.009 0.078 0.093 0.112 0.155 0.100 0.422 22 R 0.014 0.005 0.080 0.056 0.110 0.144 0.084 0.507 23 H 0.003 0.003 0.124 0.092 0.196 0.122 0.105 0.355 24 W 0.002 0.001 0.363 0.159 0.291 0.036 0.071 0.077 25 A 0.002 0.001 0.356 0.215 0.274 0.017 0.053 0.082 26 I 0.002 0.001 0.359 0.298 0.249 0.014 0.031 0.047 27 Y 0.006 0.001 0.391 0.165 0.266 0.033 0.057 0.081 28 V 0.103 0.001 0.211 0.056 0.111 0.130 0.112 0.275 29 G 0.225 0.001 0.050 0.016 0.024 0.143 0.049 0.492 30 D 0.021 0.001 0.030 0.007 0.035 0.232 0.014 0.660 31 G 0.001 0.001 0.077 0.018 0.125 0.151 0.035 0.592 32 Y 0.001 0.001 0.275 0.287 0.303 0.035 0.054 0.044 33 V 0.002 0.001 0.252 0.256 0.238 0.019 0.078 0.156 34 V 0.002 0.001 0.357 0.332 0.202 0.011 0.019 0.076 35 H 0.006 0.001 0.457 0.159 0.243 0.023 0.026 0.087 36 L 0.009 0.002 0.194 0.121 0.181 0.080 0.052 0.362 37 A 0.027 0.008 0.132 0.083 0.100 0.135 0.042 0.474 38 P 0.160 0.030 0.029 0.026 0.036 0.147 0.068 0.503 39 P 0.230 0.073 0.014 0.013 0.019 0.111 0.054 0.485 40 S 0.073 0.070 0.023 0.019 0.037 0.119 0.064 0.595 41 E 0.113 0.065 0.015 0.017 0.028 0.139 0.045 0.578 42 V 0.106 0.045 0.030 0.040 0.041 0.139 0.080 0.518 43 A 0.073 0.042 0.016 0.014 0.027 0.129 0.035 0.663 44 G 0.233 0.082 0.017 0.015 0.028 0.084 0.067 0.475 45 A 0.042 0.038 0.014 0.017 0.020 0.130 0.038 0.701 46 G 0.052 0.113 0.022 0.016 0.030 0.104 0.093 0.569 47 A 0.100 0.231 0.016 0.017 0.025 0.102 0.063 0.446 48 A 0.056 0.143 0.032 0.027 0.037 0.114 0.140 0.451 49 S 0.051 0.327 0.029 0.027 0.043 0.081 0.127 0.315 50 V 0.145 0.344 0.022 0.018 0.036 0.079 0.070 0.285 51 M 0.055 0.071 0.036 0.030 0.037 0.084 0.352 0.336 52 S 0.029 0.114 0.027 0.028 0.043 0.103 0.329 0.327 53 A 0.112 0.187 0.025 0.019 0.033 0.112 0.077 0.435 54 L 0.118 0.112 0.022 0.028 0.044 0.111 0.054 0.510 55 T 0.117 0.097 0.015 0.012 0.026 0.086 0.080 0.566 56 D 0.086 0.231 0.010 0.015 0.029 0.090 0.058 0.481 57 K 0.035 0.121 0.031 0.027 0.053 0.114 0.047 0.572 58 A 0.026 0.159 0.045 0.084 0.126 0.087 0.079 0.393 59 I 0.035 0.144 0.064 0.085 0.130 0.072 0.082 0.388 60 V 0.038 0.109 0.096 0.136 0.124 0.070 0.100 0.327 61 K 0.051 0.194 0.047 0.086 0.102 0.058 0.090 0.372 62 K 0.084 0.209 0.026 0.039 0.054 0.062 0.069 0.457 63 E 0.032 0.196 0.040 0.066 0.065 0.099 0.070 0.433 64 L 0.049 0.396 0.016 0.027 0.038 0.059 0.055 0.361 65 L 0.106 0.480 0.018 0.024 0.028 0.045 0.096 0.202 66 Y 0.084 0.310 0.024 0.049 0.050 0.052 0.129 0.302 67 D 0.092 0.077 0.046 0.058 0.066 0.076 0.199 0.386 68 V 0.078 0.029 0.052 0.053 0.070 0.141 0.146 0.430 69 A 0.142 0.014 0.050 0.027 0.048 0.111 0.066 0.541 70 G 0.096 0.011 0.009 0.012 0.026 0.084 0.021 0.740 71 S 0.023 0.008 0.010 0.007 0.018 0.091 0.021 0.822 72 D 0.028 0.018 0.037 0.063 0.123 0.161 0.048 0.522 73 K 0.012 0.007 0.077 0.095 0.190 0.094 0.094 0.430 74 Y 0.007 0.006 0.103 0.193 0.231 0.059 0.072 0.331 75 Q 0.018 0.006 0.134 0.262 0.273 0.049 0.045 0.211 76 V 0.036 0.007 0.072 0.140 0.147 0.076 0.045 0.478 77 N 0.030 0.010 0.089 0.087 0.118 0.083 0.053 0.531 78 N 0.088 0.014 0.034 0.043 0.059 0.120 0.048 0.594 79 K 0.108 0.013 0.025 0.029 0.030 0.131 0.056 0.608 80 H 0.136 0.015 0.015 0.017 0.024 0.093 0.045 0.655 81 D 0.187 0.014 0.010 0.014 0.027 0.085 0.073 0.591 82 D 0.037 0.007 0.016 0.034 0.050 0.108 0.058 0.690 83 K 0.020 0.003 0.019 0.034 0.079 0.110 0.023 0.713 84 Y 0.028 0.002 0.023 0.047 0.062 0.100 0.028 0.710 85 S 0.047 0.009 0.028 0.047 0.056 0.136 0.042 0.634 86 P 0.018 0.010 0.013 0.010 0.018 0.106 0.020 0.805 87 L 0.031 0.049 0.013 0.016 0.012 0.132 0.025 0.722 88 P 0.088 0.638 0.004 0.004 0.004 0.026 0.055 0.181 89 C 0.018 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.014 90 S 0.005 0.943 0.002 0.001 0.001 0.004 0.025 0.018 91 K 0.002 0.946 0.004 0.003 0.002 0.003 0.028 0.011 92 I 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 93 I 0.013 0.947 0.004 0.001 0.001 0.002 0.029 0.005 94 Q 0.003 0.925 0.004 0.003 0.002 0.003 0.045 0.016 95 R 0.004 0.958 0.003 0.001 0.001 0.002 0.015 0.017 96 A 0.029 0.916 0.005 0.002 0.001 0.003 0.034 0.011 97 E 0.063 0.532 0.045 0.010 0.005 0.016 0.234 0.094 98 E 0.214 0.325 0.010 0.003 0.003 0.035 0.063 0.346 99 L 0.308 0.113 0.032 0.007 0.005 0.062 0.108 0.366 100 V 0.043 0.034 0.010 0.004 0.005 0.100 0.063 0.741 101 G 0.054 0.031 0.008 0.002 0.004 0.051 0.052 0.798 102 Q 0.054 0.093 0.014 0.015 0.015 0.104 0.037 0.668 103 E 0.046 0.037 0.071 0.016 0.030 0.127 0.044 0.629 104 V 0.048 0.047 0.053 0.067 0.075 0.143 0.067 0.500 105 L 0.011 0.023 0.064 0.024 0.040 0.106 0.118 0.614 106 Y 0.014 0.071 0.105 0.091 0.109 0.077 0.227 0.305 107 K 0.027 0.069 0.211 0.137 0.183 0.056 0.149 0.167 108 L 0.026 0.034 0.234 0.098 0.127 0.070 0.134 0.277 109 T 0.094 0.073 0.209 0.103 0.139 0.062 0.103 0.218 110 S 0.154 0.108 0.044 0.028 0.045 0.092 0.076 0.454 111 E 0.012 0.082 0.039 0.019 0.035 0.175 0.042 0.595 112 N 0.026 0.389 0.020 0.014 0.027 0.086 0.067 0.372 113 C 0.062 0.771 0.006 0.010 0.010 0.021 0.045 0.074 114 E 0.027 0.530 0.019 0.023 0.038 0.034 0.201 0.128 115 H 0.008 0.569 0.015 0.031 0.060 0.026 0.201 0.091 116 F 0.010 0.716 0.017 0.032 0.054 0.018 0.101 0.051 117 V 0.028 0.492 0.051 0.100 0.121 0.025 0.100 0.082 118 N 0.048 0.320 0.044 0.128 0.188 0.036 0.122 0.115 119 E 0.039 0.154 0.081 0.107 0.192 0.065 0.139 0.224 120 L 0.138 0.070 0.053 0.092 0.151 0.095 0.077 0.324 121 R 0.098 0.029 0.026 0.149 0.123 0.080 0.075 0.421 122 Y 0.014 0.012 0.017 0.028 0.068 0.080 0.016 0.766 123 G 0.040 0.015 0.043 0.114 0.211 0.091 0.067 0.418 124 V 0.026 0.008 0.024 0.120 0.097 0.132 0.051 0.543 125 A 0.038 0.015 0.018 0.043 0.054 0.110 0.030 0.692 126 R 0.094 0.043 0.009 0.032 0.036 0.082 0.041 0.664 127 S 0.184 0.124 0.012 0.027 0.037 0.086 0.069 0.462 128 D 0.066 0.058 0.031 0.063 0.103 0.091 0.071 0.517 129 Q 0.075 0.020 0.019 0.073 0.106 0.109 0.058 0.540 130 V 0.154 0.016 0.018 0.068 0.072 0.095 0.082 0.495 131 R 0.043 0.009 0.008 0.027 0.064 0.103 0.033 0.714 132 D 0.038 0.009 0.007 0.024 0.056 0.076 0.032 0.757