# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 314 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.324 0.103 0.036 0.089 0.089 0.088 0.102 0.067 0.050 0.032 0.019 2 R 0.344 0.264 0.058 0.146 0.090 0.034 0.029 0.015 0.010 0.007 0.003 3 A 0.120 0.074 0.032 0.084 0.075 0.102 0.152 0.121 0.114 0.077 0.049 4 P 0.381 0.258 0.054 0.128 0.078 0.037 0.031 0.015 0.009 0.006 0.003 5 I 0.071 0.083 0.029 0.142 0.120 0.164 0.165 0.092 0.069 0.037 0.027 6 P 0.453 0.193 0.050 0.098 0.069 0.042 0.041 0.021 0.016 0.010 0.006 7 E 0.317 0.248 0.043 0.177 0.126 0.041 0.029 0.011 0.005 0.003 0.002 8 P 0.058 0.022 0.015 0.045 0.043 0.065 0.110 0.120 0.181 0.148 0.193 9 K 0.180 0.323 0.066 0.222 0.134 0.036 0.023 0.007 0.005 0.003 0.001 10 P 0.139 0.122 0.054 0.139 0.129 0.096 0.119 0.086 0.061 0.033 0.022 11 G 0.073 0.050 0.029 0.094 0.135 0.158 0.155 0.090 0.096 0.078 0.042 12 D 0.009 0.026 0.021 0.080 0.106 0.142 0.222 0.172 0.121 0.065 0.035 13 L 0.006 0.011 0.018 0.034 0.044 0.051 0.121 0.179 0.198 0.195 0.143 14 I 0.002 0.002 0.006 0.009 0.012 0.021 0.067 0.129 0.219 0.259 0.275 15 E 0.006 0.017 0.038 0.092 0.099 0.092 0.164 0.170 0.153 0.094 0.076 16 I 0.003 0.004 0.012 0.016 0.016 0.035 0.100 0.123 0.234 0.250 0.208 17 F 0.016 0.015 0.029 0.075 0.077 0.107 0.195 0.142 0.157 0.102 0.084 18 R 0.021 0.025 0.030 0.069 0.079 0.123 0.186 0.165 0.149 0.093 0.060 19 P 0.073 0.068 0.055 0.116 0.116 0.135 0.164 0.096 0.081 0.061 0.034 20 F 0.064 0.045 0.052 0.095 0.098 0.090 0.147 0.110 0.120 0.102 0.077 21 Y 0.019 0.016 0.018 0.033 0.045 0.071 0.133 0.145 0.191 0.173 0.156 22 R 0.022 0.041 0.060 0.107 0.127 0.134 0.172 0.102 0.103 0.077 0.055 23 H 0.006 0.009 0.020 0.030 0.051 0.071 0.162 0.194 0.210 0.137 0.111 24 W 0.003 0.005 0.012 0.017 0.031 0.053 0.139 0.193 0.240 0.171 0.136 25 A 0.002 0.003 0.009 0.011 0.013 0.023 0.079 0.121 0.225 0.262 0.251 26 I 0.001 0.002 0.005 0.005 0.007 0.014 0.054 0.126 0.260 0.251 0.276 27 Y 0.003 0.006 0.014 0.019 0.027 0.045 0.126 0.181 0.211 0.184 0.185 28 V 0.006 0.007 0.014 0.029 0.034 0.054 0.158 0.160 0.177 0.193 0.168 29 G 0.025 0.024 0.019 0.064 0.081 0.104 0.181 0.159 0.144 0.095 0.105 30 D 0.068 0.099 0.034 0.152 0.173 0.125 0.129 0.085 0.066 0.042 0.026 31 G 0.133 0.072 0.031 0.116 0.141 0.128 0.131 0.088 0.073 0.051 0.035 32 Y 0.011 0.025 0.019 0.092 0.140 0.152 0.166 0.141 0.123 0.082 0.049 33 V 0.002 0.005 0.006 0.013 0.014 0.024 0.071 0.119 0.209 0.250 0.288 34 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.009 0.045 0.120 0.212 0.269 0.332 35 H 0.004 0.011 0.021 0.042 0.043 0.067 0.134 0.163 0.204 0.167 0.145 36 L 0.004 0.006 0.010 0.025 0.031 0.060 0.155 0.167 0.202 0.181 0.159 37 A 0.019 0.020 0.017 0.059 0.071 0.096 0.190 0.176 0.159 0.113 0.080 38 P 0.090 0.086 0.032 0.128 0.137 0.129 0.138 0.109 0.071 0.052 0.029 39 P 0.251 0.192 0.046 0.144 0.121 0.079 0.064 0.041 0.028 0.021 0.014 40 S 0.283 0.173 0.043 0.133 0.121 0.065 0.061 0.044 0.033 0.026 0.018 41 E 0.337 0.181 0.044 0.127 0.096 0.059 0.057 0.036 0.030 0.021 0.013 42 V 0.132 0.091 0.041 0.109 0.103 0.098 0.135 0.104 0.085 0.060 0.043 43 A 0.075 0.067 0.041 0.106 0.098 0.121 0.164 0.115 0.100 0.069 0.042 44 G 0.194 0.109 0.053 0.135 0.106 0.105 0.120 0.068 0.055 0.034 0.023 45 A 0.102 0.066 0.040 0.099 0.094 0.105 0.138 0.103 0.107 0.084 0.062 46 G 0.208 0.097 0.040 0.115 0.104 0.099 0.116 0.075 0.067 0.045 0.034 47 A 0.126 0.087 0.044 0.129 0.124 0.103 0.123 0.087 0.080 0.058 0.040 48 A 0.074 0.050 0.035 0.087 0.093 0.107 0.145 0.124 0.124 0.091 0.071 49 S 0.068 0.065 0.045 0.114 0.109 0.116 0.155 0.106 0.098 0.074 0.050 50 V 0.026 0.028 0.027 0.063 0.062 0.088 0.150 0.155 0.162 0.138 0.100 51 M 0.033 0.029 0.031 0.075 0.082 0.105 0.166 0.148 0.140 0.113 0.079 52 S 0.049 0.054 0.052 0.117 0.101 0.114 0.154 0.111 0.113 0.084 0.051 53 A 0.061 0.053 0.050 0.105 0.102 0.117 0.155 0.113 0.107 0.082 0.055 54 L 0.046 0.048 0.041 0.093 0.086 0.099 0.160 0.127 0.119 0.104 0.077 55 T 0.061 0.068 0.049 0.109 0.100 0.119 0.142 0.114 0.098 0.088 0.053 56 D 0.281 0.275 0.104 0.160 0.074 0.042 0.031 0.014 0.010 0.007 0.003 57 K 0.174 0.128 0.048 0.197 0.153 0.120 0.091 0.042 0.026 0.014 0.008 58 A 0.130 0.061 0.044 0.086 0.094 0.104 0.155 0.103 0.096 0.078 0.049 59 I 0.059 0.126 0.100 0.264 0.201 0.101 0.083 0.033 0.019 0.010 0.004 60 V 0.002 0.003 0.012 0.011 0.011 0.026 0.077 0.126 0.224 0.270 0.237 61 K 0.021 0.071 0.120 0.266 0.242 0.100 0.095 0.035 0.025 0.018 0.007 62 K 0.036 0.067 0.122 0.189 0.177 0.137 0.125 0.059 0.045 0.028 0.017 63 E 0.182 0.078 0.142 0.180 0.137 0.098 0.086 0.034 0.028 0.023 0.011 64 L 0.029 0.048 0.053 0.110 0.112 0.130 0.201 0.135 0.100 0.055 0.029 65 L 0.005 0.008 0.023 0.032 0.033 0.049 0.102 0.132 0.206 0.227 0.184 66 Y 0.025 0.043 0.123 0.228 0.254 0.121 0.112 0.042 0.028 0.017 0.006 67 D 0.033 0.084 0.137 0.212 0.191 0.122 0.110 0.050 0.036 0.017 0.008 68 V 0.006 0.005 0.007 0.011 0.012 0.027 0.093 0.128 0.226 0.233 0.251 69 A 0.032 0.037 0.031 0.065 0.057 0.093 0.185 0.150 0.154 0.110 0.085 70 G 0.082 0.178 0.125 0.196 0.125 0.086 0.079 0.048 0.037 0.026 0.017 71 S 0.244 0.156 0.046 0.144 0.132 0.091 0.086 0.045 0.028 0.016 0.011 72 D 0.288 0.166 0.033 0.115 0.104 0.070 0.082 0.052 0.042 0.030 0.016 73 K 0.161 0.164 0.041 0.215 0.172 0.095 0.071 0.036 0.024 0.013 0.008 74 Y 0.011 0.013 0.016 0.033 0.039 0.069 0.134 0.172 0.195 0.174 0.144 75 Q 0.027 0.074 0.069 0.237 0.199 0.132 0.122 0.063 0.040 0.026 0.011 76 V 0.006 0.013 0.019 0.029 0.029 0.043 0.107 0.176 0.208 0.209 0.162 77 N 0.032 0.042 0.050 0.124 0.127 0.124 0.160 0.112 0.102 0.084 0.045 78 N 0.088 0.077 0.077 0.134 0.104 0.114 0.139 0.087 0.081 0.063 0.033 79 K 0.184 0.131 0.078 0.179 0.130 0.098 0.084 0.045 0.035 0.025 0.012 80 H 0.117 0.083 0.039 0.099 0.094 0.105 0.154 0.110 0.093 0.067 0.040 81 D 0.130 0.146 0.053 0.143 0.128 0.102 0.108 0.073 0.055 0.038 0.024 82 D 0.361 0.192 0.085 0.120 0.074 0.057 0.048 0.027 0.018 0.012 0.007 83 K 0.318 0.173 0.062 0.196 0.118 0.060 0.039 0.016 0.009 0.005 0.003 84 Y 0.040 0.023 0.014 0.037 0.043 0.062 0.127 0.179 0.192 0.150 0.132 85 S 0.145 0.227 0.075 0.209 0.147 0.083 0.060 0.025 0.016 0.010 0.004 86 P 0.138 0.069 0.070 0.105 0.083 0.089 0.131 0.087 0.097 0.080 0.049 87 L 0.101 0.070 0.041 0.101 0.114 0.124 0.154 0.102 0.088 0.066 0.039 88 P 0.089 0.217 0.059 0.139 0.106 0.092 0.120 0.061 0.054 0.042 0.020 89 C 0.048 0.050 0.023 0.065 0.094 0.107 0.174 0.172 0.121 0.085 0.062 90 S 0.478 0.148 0.077 0.118 0.073 0.042 0.030 0.015 0.009 0.007 0.003 91 K 0.134 0.113 0.095 0.308 0.179 0.081 0.055 0.021 0.009 0.004 0.002 92 I 0.001 0.004 0.007 0.012 0.014 0.028 0.120 0.134 0.251 0.242 0.187 93 I 0.001 0.003 0.014 0.031 0.057 0.131 0.305 0.176 0.152 0.080 0.052 94 Q 0.016 0.021 0.662 0.168 0.066 0.033 0.019 0.007 0.004 0.003 0.001 95 R 0.002 0.007 0.088 0.106 0.152 0.238 0.291 0.064 0.031 0.015 0.006 96 A 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.008 0.049 0.115 0.228 0.283 0.305 97 E 0.006 0.009 0.157 0.157 0.240 0.156 0.165 0.055 0.028 0.022 0.005 98 E 0.010 0.018 0.676 0.138 0.101 0.028 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 99 L 0.011 0.025 0.059 0.050 0.057 0.163 0.338 0.122 0.094 0.058 0.023 100 V 0.019 0.013 0.017 0.019 0.019 0.057 0.200 0.203 0.198 0.149 0.106 101 G 0.305 0.167 0.271 0.116 0.054 0.029 0.022 0.016 0.010 0.008 0.003 102 Q 0.161 0.156 0.181 0.171 0.117 0.104 0.064 0.023 0.013 0.007 0.003 103 E 0.328 0.136 0.070 0.118 0.091 0.069 0.074 0.040 0.034 0.025 0.016 104 V 0.046 0.040 0.039 0.074 0.094 0.150 0.187 0.154 0.105 0.065 0.044 105 L 0.059 0.132 0.238 0.239 0.145 0.081 0.048 0.026 0.016 0.012 0.005 106 Y 0.010 0.012 0.027 0.033 0.045 0.085 0.171 0.198 0.182 0.147 0.090 107 K 0.117 0.158 0.127 0.256 0.174 0.073 0.051 0.021 0.013 0.008 0.003 108 L 0.014 0.013 0.022 0.026 0.022 0.040 0.100 0.116 0.208 0.247 0.193 109 T 0.038 0.040 0.046 0.104 0.101 0.113 0.155 0.111 0.129 0.092 0.071 110 S 0.087 0.111 0.107 0.151 0.136 0.110 0.114 0.061 0.060 0.041 0.021 111 E 0.156 0.120 0.103 0.188 0.153 0.104 0.086 0.040 0.027 0.016 0.008 112 N 0.044 0.032 0.036 0.061 0.074 0.089 0.165 0.161 0.158 0.117 0.063 113 C 0.014 0.018 0.032 0.049 0.064 0.080 0.157 0.170 0.179 0.154 0.085 114 E 0.018 0.031 0.094 0.117 0.133 0.159 0.185 0.100 0.082 0.058 0.024 115 H 0.017 0.028 0.101 0.117 0.138 0.142 0.187 0.109 0.088 0.053 0.020 116 F 0.005 0.006 0.021 0.019 0.023 0.040 0.113 0.143 0.226 0.215 0.190 117 V 0.004 0.005 0.019 0.022 0.024 0.043 0.103 0.122 0.219 0.233 0.205 118 N 0.007 0.016 0.097 0.124 0.168 0.121 0.176 0.131 0.090 0.047 0.022 119 E 0.011 0.031 0.090 0.121 0.121 0.141 0.222 0.103 0.087 0.048 0.023 120 L 0.005 0.003 0.009 0.009 0.006 0.016 0.062 0.079 0.236 0.269 0.307 121 R 0.032 0.038 0.052 0.136 0.132 0.132 0.200 0.119 0.091 0.041 0.028 122 Y 0.027 0.065 0.081 0.101 0.093 0.118 0.161 0.119 0.113 0.075 0.046 123 G 0.171 0.122 0.071 0.131 0.117 0.096 0.128 0.066 0.047 0.034 0.017 124 V 0.248 0.101 0.047 0.104 0.091 0.081 0.110 0.083 0.065 0.046 0.025 125 A 0.289 0.207 0.073 0.138 0.090 0.062 0.052 0.033 0.025 0.020 0.010 126 R 0.127 0.207 0.069 0.155 0.130 0.093 0.099 0.052 0.034 0.022 0.011 127 S 0.079 0.053 0.031 0.087 0.110 0.145 0.171 0.143 0.091 0.056 0.032 128 D 0.278 0.144 0.176 0.200 0.100 0.046 0.029 0.012 0.008 0.006 0.002 129 Q 0.025 0.045 0.067 0.130 0.127 0.130 0.182 0.134 0.084 0.050 0.026 130 V 0.006 0.011 0.018 0.024 0.027 0.049 0.128 0.158 0.211 0.213 0.155 131 R 0.073 0.111 0.212 0.248 0.162 0.088 0.059 0.023 0.013 0.008 0.003 132 D 0.260 0.133 0.253 0.154 0.085 0.048 0.034 0.015 0.009 0.006 0.002