# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 310 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.049 0.013 0.003 0.026 0.054 0.085 0.071 0.001 0.001 0.004 0.694 2 R 0.024 0.005 0.001 0.014 0.018 0.040 0.060 0.001 0.001 0.003 0.835 3 A 0.062 0.004 0.002 0.027 0.040 0.055 0.060 0.001 0.001 0.002 0.748 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.991 5 I 0.030 0.001 0.001 0.026 0.058 0.108 0.053 0.001 0.001 0.001 0.722 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.996 7 E 0.024 0.001 0.001 0.013 0.023 0.039 0.033 0.001 0.001 0.001 0.867 8 P 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.960 9 K 0.046 0.001 0.001 0.020 0.049 0.058 0.208 0.001 0.001 0.001 0.617 10 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.996 11 G 0.023 0.002 0.001 0.037 0.260 0.363 0.041 0.001 0.001 0.004 0.270 12 D 0.509 0.004 0.001 0.051 0.157 0.137 0.030 0.001 0.001 0.005 0.106 13 L 0.026 0.005 0.001 0.087 0.360 0.320 0.062 0.001 0.001 0.003 0.135 14 I 0.011 0.003 0.001 0.270 0.301 0.366 0.013 0.001 0.001 0.003 0.034 15 E 0.004 0.006 0.001 0.277 0.207 0.374 0.032 0.001 0.001 0.002 0.097 16 I 0.005 0.008 0.001 0.274 0.255 0.310 0.024 0.001 0.001 0.003 0.120 17 F 0.003 0.012 0.001 0.159 0.151 0.333 0.055 0.001 0.001 0.002 0.283 18 R 0.010 0.006 0.001 0.127 0.186 0.314 0.056 0.001 0.001 0.003 0.297 19 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.973 20 F 0.079 0.007 0.002 0.107 0.068 0.154 0.100 0.001 0.001 0.011 0.470 21 Y 0.163 0.036 0.003 0.105 0.099 0.114 0.054 0.001 0.001 0.010 0.416 22 R 0.076 0.028 0.002 0.107 0.100 0.140 0.066 0.002 0.001 0.008 0.472 23 H 0.114 0.027 0.005 0.117 0.125 0.169 0.076 0.002 0.001 0.007 0.359 24 W 0.059 0.018 0.003 0.185 0.231 0.290 0.056 0.001 0.001 0.004 0.154 25 A 0.022 0.008 0.005 0.172 0.206 0.355 0.041 0.001 0.001 0.003 0.186 26 I 0.007 0.005 0.001 0.265 0.267 0.374 0.015 0.001 0.001 0.002 0.064 27 Y 0.004 0.007 0.001 0.116 0.349 0.386 0.023 0.001 0.001 0.001 0.112 28 V 0.004 0.006 0.001 0.104 0.321 0.443 0.013 0.001 0.001 0.001 0.106 29 G 0.006 0.005 0.001 0.067 0.220 0.338 0.095 0.001 0.001 0.003 0.264 30 D 0.030 0.002 0.001 0.066 0.095 0.178 0.091 0.001 0.001 0.006 0.531 31 G 0.042 0.002 0.003 0.060 0.074 0.113 0.169 0.001 0.001 0.032 0.503 32 Y 0.337 0.001 0.007 0.141 0.144 0.125 0.104 0.001 0.001 0.010 0.130 33 V 0.009 0.001 0.001 0.074 0.051 0.053 0.089 0.001 0.001 0.001 0.720 34 V 0.004 0.001 0.001 0.255 0.253 0.462 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 35 H 0.003 0.001 0.001 0.407 0.143 0.249 0.023 0.001 0.001 0.001 0.172 36 L 0.004 0.001 0.001 0.420 0.121 0.240 0.018 0.001 0.001 0.003 0.192 37 A 0.008 0.002 0.001 0.224 0.114 0.279 0.078 0.001 0.001 0.005 0.290 38 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.056 0.001 0.001 0.001 0.934 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.983 40 S 0.045 0.001 0.001 0.009 0.008 0.020 0.129 0.001 0.001 0.008 0.780 41 E 0.307 0.008 0.001 0.008 0.006 0.010 0.083 0.001 0.001 0.016 0.560 42 V 0.267 0.040 0.004 0.020 0.028 0.043 0.143 0.001 0.001 0.008 0.446 43 A 0.061 0.038 0.002 0.021 0.029 0.032 0.100 0.001 0.001 0.005 0.712 44 G 0.079 0.055 0.003 0.028 0.044 0.083 0.101 0.004 0.001 0.007 0.597 45 A 0.232 0.060 0.007 0.030 0.022 0.039 0.092 0.004 0.001 0.006 0.510 46 G 0.070 0.037 0.006 0.035 0.024 0.031 0.178 0.005 0.001 0.014 0.601 47 A 0.147 0.038 0.022 0.046 0.021 0.042 0.130 0.003 0.001 0.006 0.545 48 A 0.054 0.049 0.005 0.047 0.034 0.053 0.161 0.002 0.001 0.006 0.590 49 S 0.039 0.048 0.003 0.031 0.024 0.044 0.248 0.002 0.001 0.006 0.555 50 V 0.104 0.188 0.007 0.056 0.031 0.067 0.090 0.003 0.001 0.006 0.448 51 M 0.065 0.276 0.005 0.035 0.038 0.062 0.163 0.003 0.001 0.007 0.346 52 S 0.127 0.323 0.005 0.018 0.025 0.039 0.134 0.007 0.001 0.008 0.313 53 A 0.154 0.457 0.010 0.021 0.019 0.032 0.031 0.012 0.001 0.004 0.260 54 L 0.078 0.500 0.018 0.017 0.034 0.043 0.087 0.011 0.001 0.003 0.210 55 T 0.097 0.430 0.011 0.016 0.036 0.049 0.086 0.013 0.001 0.005 0.256 56 D 0.140 0.324 0.006 0.012 0.020 0.042 0.027 0.028 0.001 0.009 0.392 57 K 0.288 0.174 0.055 0.016 0.015 0.021 0.161 0.013 0.001 0.008 0.249 58 A 0.254 0.182 0.030 0.022 0.048 0.040 0.179 0.009 0.001 0.012 0.223 59 I 0.117 0.128 0.019 0.041 0.053 0.086 0.079 0.011 0.001 0.007 0.459 60 V 0.043 0.092 0.035 0.075 0.121 0.140 0.084 0.004 0.001 0.002 0.406 61 K 0.019 0.061 0.002 0.082 0.218 0.310 0.061 0.001 0.001 0.002 0.244 62 K 0.016 0.099 0.001 0.049 0.118 0.194 0.050 0.002 0.001 0.002 0.469 63 E 0.034 0.112 0.002 0.066 0.108 0.138 0.080 0.002 0.001 0.004 0.454 64 L 0.064 0.072 0.004 0.036 0.028 0.053 0.150 0.003 0.001 0.004 0.586 65 L 0.102 0.274 0.011 0.080 0.058 0.137 0.050 0.003 0.001 0.005 0.281 66 Y 0.038 0.333 0.006 0.043 0.062 0.083 0.062 0.003 0.001 0.004 0.367 67 D 0.057 0.315 0.004 0.026 0.036 0.047 0.061 0.008 0.001 0.003 0.444 68 V 0.134 0.477 0.005 0.028 0.035 0.052 0.024 0.012 0.001 0.002 0.232 69 A 0.098 0.494 0.009 0.027 0.059 0.051 0.057 0.016 0.001 0.003 0.185 70 G 0.169 0.286 0.012 0.022 0.036 0.054 0.040 0.044 0.001 0.009 0.328 71 S 0.319 0.103 0.027 0.024 0.015 0.030 0.040 0.039 0.001 0.010 0.393 72 D 0.227 0.022 0.052 0.027 0.029 0.026 0.117 0.012 0.001 0.013 0.473 73 K 0.053 0.006 0.023 0.044 0.031 0.036 0.154 0.003 0.001 0.008 0.643 74 Y 0.039 0.010 0.013 0.134 0.107 0.172 0.185 0.001 0.001 0.007 0.332 75 Q 0.038 0.009 0.001 0.228 0.221 0.274 0.069 0.001 0.001 0.004 0.155 76 V 0.010 0.014 0.002 0.133 0.150 0.203 0.050 0.001 0.001 0.001 0.436 77 N 0.015 0.013 0.001 0.189 0.214 0.427 0.030 0.001 0.001 0.003 0.109 78 N 0.025 0.012 0.001 0.071 0.077 0.115 0.117 0.003 0.001 0.010 0.569 79 K 0.082 0.013 0.007 0.071 0.051 0.092 0.175 0.003 0.001 0.010 0.496 80 H 0.050 0.008 0.003 0.033 0.017 0.035 0.345 0.002 0.001 0.011 0.497 81 D 0.065 0.009 0.003 0.021 0.019 0.031 0.182 0.002 0.001 0.017 0.652 82 D 0.090 0.013 0.003 0.021 0.019 0.032 0.165 0.002 0.001 0.019 0.635 83 K 0.150 0.016 0.005 0.018 0.017 0.026 0.324 0.003 0.001 0.012 0.430 84 Y 0.262 0.035 0.008 0.027 0.025 0.049 0.141 0.003 0.001 0.021 0.428 85 S 0.155 0.026 0.013 0.049 0.059 0.055 0.096 0.003 0.001 0.006 0.538 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.992 87 L 0.048 0.003 0.003 0.049 0.051 0.128 0.222 0.001 0.001 0.003 0.494 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.986 89 C 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.044 0.001 0.001 0.001 0.936 90 S 0.047 0.024 0.001 0.016 0.009 0.018 0.199 0.001 0.001 0.005 0.681 91 K 0.177 0.090 0.001 0.007 0.012 0.012 0.169 0.001 0.001 0.008 0.525 92 I 0.073 0.559 0.002 0.008 0.012 0.016 0.069 0.001 0.001 0.002 0.257 93 I 0.014 0.821 0.002 0.011 0.009 0.020 0.012 0.001 0.001 0.001 0.111 94 Q 0.004 0.905 0.001 0.002 0.009 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.064 95 R 0.005 0.921 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.063 96 A 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 97 E 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 98 E 0.012 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.019 99 L 0.110 0.827 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.022 100 V 0.065 0.869 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.020 101 G 0.131 0.524 0.050 0.004 0.002 0.003 0.003 0.076 0.001 0.002 0.204 102 Q 0.125 0.432 0.144 0.008 0.004 0.003 0.016 0.043 0.001 0.002 0.223 103 E 0.145 0.148 0.028 0.012 0.004 0.004 0.045 0.024 0.001 0.003 0.588 104 V 0.115 0.130 0.036 0.024 0.032 0.031 0.107 0.009 0.001 0.003 0.513 105 L 0.047 0.032 0.008 0.039 0.016 0.032 0.091 0.005 0.001 0.002 0.728 106 Y 0.087 0.053 0.010 0.097 0.069 0.109 0.068 0.003 0.001 0.003 0.500 107 K 0.044 0.056 0.003 0.149 0.133 0.128 0.109 0.002 0.001 0.004 0.373 108 L 0.021 0.045 0.004 0.114 0.065 0.086 0.074 0.002 0.001 0.002 0.588 109 T 0.027 0.069 0.003 0.269 0.134 0.203 0.092 0.001 0.001 0.006 0.196 110 S 0.124 0.090 0.003 0.127 0.079 0.132 0.143 0.002 0.001 0.006 0.293 111 E 0.089 0.225 0.005 0.094 0.047 0.058 0.149 0.005 0.001 0.013 0.314 112 N 0.125 0.081 0.012 0.043 0.012 0.024 0.282 0.008 0.001 0.026 0.386 113 C 0.296 0.096 0.084 0.052 0.012 0.032 0.133 0.005 0.001 0.014 0.276 114 E 0.052 0.120 0.018 0.043 0.022 0.040 0.239 0.003 0.001 0.012 0.450 115 H 0.029 0.106 0.008 0.011 0.011 0.015 0.178 0.003 0.001 0.006 0.632 116 F 0.103 0.488 0.007 0.023 0.017 0.046 0.065 0.005 0.001 0.004 0.244 117 V 0.038 0.724 0.008 0.020 0.018 0.033 0.027 0.003 0.001 0.001 0.128 118 N 0.011 0.778 0.003 0.011 0.040 0.041 0.011 0.002 0.001 0.001 0.102 119 E 0.020 0.834 0.001 0.006 0.015 0.023 0.012 0.004 0.001 0.001 0.084 120 L 0.030 0.896 0.001 0.005 0.018 0.014 0.003 0.006 0.001 0.001 0.027 121 R 0.027 0.839 0.004 0.006 0.042 0.030 0.012 0.007 0.001 0.001 0.032 122 Y 0.131 0.618 0.017 0.008 0.019 0.023 0.019 0.033 0.001 0.002 0.129 123 G 0.419 0.224 0.022 0.016 0.015 0.037 0.010 0.074 0.001 0.009 0.173 124 V 0.180 0.095 0.301 0.020 0.022 0.021 0.068 0.032 0.001 0.002 0.259 125 A 0.030 0.025 0.019 0.025 0.042 0.050 0.074 0.008 0.001 0.002 0.725 126 R 0.049 0.033 0.012 0.037 0.059 0.152 0.112 0.005 0.001 0.002 0.541 127 S 0.091 0.042 0.004 0.036 0.035 0.082 0.097 0.003 0.001 0.003 0.608 128 D 0.040 0.016 0.002 0.016 0.021 0.036 0.079 0.002 0.001 0.026 0.762 129 Q 0.070 0.009 0.009 0.011 0.006 0.008 0.408 0.001 0.001 0.006 0.471 130 V 0.253 0.059 0.006 0.036 0.035 0.062 0.204 0.003 0.001 0.010 0.333 131 R 0.065 0.163 0.007 0.040 0.056 0.100 0.104 0.003 0.001 0.007 0.455 132 D 0.037 0.075 0.004 0.024 0.039 0.074 0.073 0.005 0.001 0.004 0.663