# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 310 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.012 0.035 0.035 0.052 0.063 0.007 0.760 2 R 0.030 0.013 0.021 0.025 0.045 0.064 0.009 0.792 3 A 0.070 0.011 0.032 0.046 0.063 0.054 0.008 0.715 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 I 0.037 0.003 0.021 0.041 0.091 0.082 0.003 0.722 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 7 E 0.030 0.001 0.010 0.029 0.056 0.062 0.002 0.810 8 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 9 K 0.073 0.002 0.027 0.042 0.082 0.312 0.003 0.460 10 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 11 G 0.020 0.004 0.057 0.074 0.120 0.160 0.006 0.560 12 D 0.653 0.001 0.045 0.025 0.026 0.074 0.010 0.165 13 L 0.058 0.005 0.337 0.120 0.142 0.074 0.003 0.261 14 I 0.017 0.006 0.186 0.322 0.406 0.032 0.001 0.031 15 E 0.018 0.006 0.341 0.181 0.310 0.033 0.003 0.109 16 I 0.007 0.008 0.218 0.272 0.316 0.024 0.003 0.153 17 F 0.007 0.012 0.164 0.147 0.320 0.051 0.006 0.292 18 R 0.014 0.012 0.072 0.111 0.227 0.080 0.006 0.478 19 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.986 20 F 0.068 0.009 0.028 0.057 0.115 0.202 0.021 0.499 21 Y 0.184 0.040 0.089 0.113 0.078 0.091 0.025 0.381 22 R 0.055 0.022 0.121 0.150 0.188 0.096 0.018 0.350 23 H 0.061 0.012 0.125 0.117 0.154 0.096 0.009 0.427 24 W 0.036 0.008 0.365 0.228 0.253 0.036 0.005 0.069 25 A 0.006 0.004 0.272 0.278 0.259 0.026 0.003 0.153 26 I 0.002 0.002 0.432 0.238 0.266 0.007 0.002 0.052 27 Y 0.003 0.003 0.274 0.275 0.301 0.026 0.002 0.117 28 V 0.003 0.002 0.262 0.223 0.338 0.028 0.003 0.141 29 G 0.005 0.003 0.124 0.107 0.249 0.150 0.005 0.357 30 D 0.014 0.002 0.042 0.034 0.053 0.125 0.013 0.717 31 G 0.054 0.009 0.103 0.098 0.049 0.129 0.065 0.493 32 Y 0.569 0.001 0.031 0.023 0.058 0.235 0.012 0.073 33 V 0.019 0.001 0.132 0.238 0.176 0.068 0.003 0.361 34 V 0.007 0.001 0.107 0.331 0.477 0.020 0.001 0.056 35 H 0.004 0.001 0.145 0.335 0.330 0.015 0.002 0.168 36 L 0.007 0.001 0.105 0.168 0.492 0.019 0.003 0.205 37 A 0.009 0.001 0.118 0.209 0.442 0.052 0.003 0.166 38 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.992 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 40 S 0.031 0.001 0.011 0.018 0.033 0.142 0.005 0.759 41 E 0.444 0.003 0.010 0.008 0.012 0.100 0.011 0.413 42 V 0.255 0.027 0.063 0.027 0.043 0.122 0.005 0.458 43 A 0.050 0.054 0.051 0.037 0.055 0.115 0.006 0.631 44 G 0.095 0.065 0.053 0.031 0.054 0.089 0.017 0.596 45 A 0.160 0.063 0.072 0.032 0.053 0.104 0.018 0.498 46 G 0.102 0.046 0.040 0.031 0.043 0.131 0.022 0.586 47 A 0.103 0.039 0.053 0.019 0.037 0.084 0.011 0.655 48 A 0.044 0.061 0.056 0.033 0.049 0.125 0.009 0.623 49 S 0.071 0.052 0.032 0.022 0.041 0.165 0.011 0.605 50 V 0.115 0.147 0.060 0.028 0.060 0.125 0.011 0.455 51 M 0.101 0.262 0.059 0.041 0.077 0.193 0.013 0.254 52 S 0.118 0.280 0.028 0.037 0.053 0.184 0.023 0.277 53 A 0.179 0.352 0.026 0.024 0.045 0.053 0.017 0.304 54 L 0.160 0.372 0.033 0.036 0.058 0.118 0.025 0.197 55 T 0.172 0.258 0.029 0.042 0.056 0.135 0.051 0.256 56 D 0.127 0.207 0.022 0.024 0.040 0.049 0.039 0.492 57 K 0.184 0.095 0.035 0.026 0.044 0.187 0.043 0.386 58 A 0.219 0.105 0.049 0.074 0.050 0.178 0.038 0.286 59 I 0.079 0.046 0.058 0.056 0.074 0.077 0.014 0.596 60 V 0.042 0.039 0.110 0.186 0.234 0.082 0.005 0.301 61 K 0.015 0.038 0.103 0.236 0.281 0.043 0.003 0.283 62 K 0.006 0.039 0.055 0.146 0.271 0.030 0.003 0.452 63 E 0.014 0.073 0.098 0.203 0.263 0.053 0.006 0.291 64 L 0.030 0.101 0.040 0.093 0.139 0.082 0.009 0.507 65 L 0.075 0.155 0.067 0.103 0.286 0.070 0.011 0.233 66 Y 0.053 0.175 0.039 0.086 0.136 0.100 0.013 0.397 67 D 0.102 0.222 0.022 0.056 0.087 0.079 0.026 0.405 68 V 0.189 0.398 0.030 0.051 0.076 0.037 0.022 0.198 69 A 0.084 0.431 0.041 0.088 0.119 0.066 0.027 0.144 70 G 0.173 0.163 0.031 0.069 0.100 0.053 0.074 0.338 71 S 0.210 0.080 0.051 0.033 0.042 0.067 0.076 0.441 72 D 0.164 0.033 0.055 0.039 0.028 0.092 0.053 0.535 73 K 0.043 0.008 0.057 0.029 0.039 0.111 0.013 0.700 74 Y 0.048 0.009 0.132 0.138 0.182 0.137 0.008 0.345 75 Q 0.034 0.005 0.226 0.210 0.264 0.088 0.004 0.169 76 V 0.009 0.008 0.105 0.162 0.206 0.042 0.002 0.467 77 N 0.006 0.011 0.186 0.235 0.342 0.047 0.003 0.170 78 N 0.023 0.009 0.059 0.124 0.181 0.082 0.007 0.514 79 K 0.050 0.006 0.055 0.047 0.121 0.228 0.007 0.486 80 H 0.044 0.006 0.019 0.022 0.043 0.459 0.008 0.400 81 D 0.074 0.036 0.024 0.029 0.040 0.219 0.015 0.564 82 D 0.067 0.028 0.027 0.024 0.027 0.142 0.017 0.669 83 K 0.108 0.009 0.013 0.010 0.023 0.583 0.017 0.236 84 Y 0.377 0.037 0.026 0.024 0.054 0.162 0.025 0.294 85 S 0.067 0.043 0.040 0.080 0.092 0.139 0.009 0.530 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 87 L 0.028 0.005 0.021 0.047 0.125 0.269 0.005 0.500 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 89 C 0.016 0.013 0.007 0.012 0.049 0.092 0.001 0.809 90 S 0.100 0.034 0.008 0.005 0.008 0.113 0.004 0.729 91 K 0.202 0.083 0.005 0.005 0.008 0.168 0.004 0.525 92 I 0.085 0.633 0.008 0.014 0.014 0.047 0.003 0.196 93 I 0.009 0.813 0.010 0.007 0.016 0.013 0.002 0.129 94 Q 0.002 0.935 0.002 0.004 0.007 0.005 0.001 0.044 95 R 0.002 0.966 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.025 96 A 0.006 0.962 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.023 97 E 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 98 E 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 99 L 0.026 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 100 V 0.032 0.918 0.004 0.003 0.002 0.002 0.016 0.024 101 G 0.109 0.633 0.029 0.012 0.009 0.010 0.067 0.130 102 Q 0.221 0.322 0.077 0.020 0.017 0.045 0.064 0.233 103 E 0.080 0.148 0.050 0.017 0.017 0.059 0.028 0.600 104 V 0.066 0.108 0.098 0.049 0.053 0.099 0.017 0.511 105 L 0.015 0.041 0.064 0.043 0.040 0.072 0.007 0.716 106 Y 0.035 0.063 0.138 0.129 0.141 0.068 0.010 0.417 107 K 0.066 0.041 0.093 0.120 0.165 0.095 0.009 0.412 108 L 0.049 0.040 0.102 0.104 0.185 0.070 0.005 0.444 109 T 0.037 0.094 0.123 0.199 0.252 0.086 0.009 0.201 110 S 0.059 0.109 0.102 0.111 0.163 0.067 0.015 0.374 111 E 0.084 0.104 0.075 0.072 0.115 0.175 0.025 0.350 112 N 0.172 0.042 0.028 0.022 0.030 0.217 0.043 0.446 113 C 0.197 0.088 0.064 0.031 0.038 0.171 0.033 0.378 114 E 0.052 0.088 0.056 0.037 0.059 0.299 0.013 0.397 115 H 0.042 0.071 0.021 0.032 0.059 0.188 0.009 0.577 116 F 0.058 0.316 0.040 0.073 0.111 0.109 0.009 0.283 117 V 0.024 0.519 0.051 0.082 0.110 0.041 0.008 0.165 118 N 0.027 0.454 0.039 0.117 0.160 0.040 0.011 0.153 119 E 0.058 0.443 0.025 0.092 0.150 0.039 0.012 0.182 120 L 0.045 0.508 0.033 0.107 0.166 0.034 0.015 0.092 121 R 0.042 0.527 0.035 0.131 0.116 0.034 0.020 0.096 122 Y 0.044 0.425 0.053 0.106 0.104 0.024 0.026 0.219 123 G 0.223 0.137 0.042 0.109 0.116 0.043 0.060 0.270 124 V 0.120 0.061 0.084 0.060 0.074 0.063 0.014 0.524 125 A 0.013 0.053 0.037 0.085 0.111 0.064 0.008 0.629 126 R 0.054 0.042 0.036 0.040 0.089 0.121 0.014 0.603 127 S 0.067 0.066 0.030 0.043 0.066 0.130 0.014 0.583 128 D 0.093 0.056 0.036 0.042 0.047 0.112 0.018 0.597 129 Q 0.133 0.034 0.016 0.018 0.035 0.413 0.014 0.336 130 V 0.220 0.120 0.044 0.049 0.097 0.139 0.014 0.318 131 R 0.047 0.223 0.032 0.071 0.103 0.106 0.010 0.407 132 D 0.037 0.088 0.020 0.032 0.065 0.058 0.016 0.684