# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 314 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.114 0.219 0.081 0.032 0.276 0.027 0.038 0.045 0.047 0.068 0.052 2 R 0.159 0.179 0.086 0.030 0.274 0.023 0.030 0.030 0.033 0.075 0.081 3 A 0.088 0.376 0.160 0.020 0.230 0.013 0.018 0.019 0.024 0.025 0.027 4 P 0.118 0.294 0.129 0.016 0.266 0.014 0.019 0.029 0.036 0.034 0.046 5 I 0.159 0.275 0.074 0.013 0.205 0.012 0.029 0.059 0.099 0.029 0.045 6 P 0.052 0.154 0.089 0.033 0.110 0.053 0.111 0.093 0.126 0.118 0.061 7 E 0.115 0.269 0.116 0.020 0.273 0.009 0.028 0.030 0.026 0.078 0.037 8 P 0.093 0.307 0.160 0.040 0.209 0.023 0.020 0.014 0.023 0.070 0.040 9 K 0.021 0.142 0.723 0.035 0.048 0.010 0.006 0.005 0.003 0.003 0.004 10 P 0.012 0.020 0.011 0.015 0.017 0.018 0.183 0.336 0.360 0.018 0.010 11 G 0.030 0.064 0.051 0.076 0.030 0.046 0.041 0.059 0.075 0.476 0.052 12 D 0.070 0.208 0.052 0.024 0.229 0.022 0.046 0.050 0.039 0.180 0.080 13 L 0.371 0.051 0.005 0.001 0.500 0.002 0.007 0.014 0.011 0.010 0.028 14 I 0.174 0.173 0.016 0.005 0.547 0.012 0.012 0.016 0.011 0.008 0.027 15 E 0.309 0.085 0.012 0.003 0.528 0.005 0.007 0.007 0.003 0.006 0.036 16 I 0.281 0.169 0.028 0.009 0.358 0.008 0.011 0.015 0.009 0.023 0.088 17 F 0.207 0.142 0.052 0.037 0.240 0.037 0.046 0.022 0.016 0.086 0.115 18 R 0.085 0.300 0.223 0.064 0.203 0.027 0.018 0.019 0.019 0.022 0.020 19 P 0.111 0.219 0.111 0.059 0.188 0.045 0.047 0.069 0.064 0.049 0.038 20 F 0.212 0.113 0.041 0.028 0.192 0.033 0.056 0.083 0.089 0.086 0.068 21 Y 0.187 0.157 0.062 0.021 0.288 0.036 0.032 0.057 0.049 0.052 0.058 22 R 0.211 0.126 0.036 0.021 0.281 0.051 0.084 0.054 0.034 0.050 0.051 23 H 0.325 0.110 0.023 0.012 0.364 0.019 0.025 0.013 0.011 0.030 0.068 24 W 0.217 0.137 0.018 0.011 0.475 0.025 0.039 0.011 0.010 0.019 0.037 25 A 0.278 0.045 0.003 0.001 0.657 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 26 I 0.177 0.107 0.008 0.002 0.675 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.024 27 Y 0.355 0.089 0.012 0.005 0.447 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.076 28 V 0.177 0.142 0.158 0.145 0.133 0.060 0.040 0.018 0.016 0.035 0.076 29 G 0.024 0.025 0.142 0.449 0.020 0.150 0.073 0.040 0.031 0.030 0.015 30 D 0.029 0.119 0.085 0.216 0.077 0.094 0.142 0.069 0.097 0.057 0.016 31 G 0.047 0.023 0.019 0.077 0.021 0.045 0.018 0.010 0.023 0.557 0.160 32 Y 0.057 0.375 0.063 0.008 0.416 0.009 0.025 0.005 0.006 0.019 0.018 33 V 0.334 0.036 0.002 0.001 0.613 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 34 V 0.240 0.113 0.008 0.003 0.599 0.004 0.004 0.002 0.003 0.002 0.024 35 H 0.314 0.079 0.007 0.002 0.506 0.004 0.008 0.003 0.002 0.007 0.067 36 L 0.245 0.123 0.032 0.012 0.254 0.006 0.014 0.007 0.012 0.098 0.196 37 A 0.062 0.336 0.228 0.042 0.230 0.015 0.017 0.005 0.008 0.035 0.023 38 P 0.035 0.444 0.327 0.019 0.132 0.006 0.006 0.007 0.011 0.007 0.007 39 P 0.054 0.187 0.074 0.020 0.114 0.023 0.068 0.133 0.227 0.069 0.031 40 S 0.032 0.129 0.057 0.013 0.075 0.022 0.095 0.225 0.230 0.099 0.023 41 E 0.054 0.107 0.056 0.010 0.074 0.011 0.042 0.210 0.136 0.228 0.072 42 V 0.092 0.126 0.058 0.016 0.149 0.021 0.039 0.202 0.103 0.142 0.051 43 A 0.042 0.259 0.128 0.046 0.088 0.050 0.074 0.163 0.064 0.059 0.026 44 G 0.092 0.055 0.078 0.061 0.089 0.029 0.042 0.130 0.060 0.248 0.118 45 A 0.035 0.270 0.133 0.070 0.106 0.039 0.057 0.129 0.077 0.065 0.020 46 G 0.055 0.092 0.124 0.145 0.071 0.060 0.038 0.099 0.052 0.191 0.073 47 A 0.078 0.103 0.054 0.031 0.127 0.015 0.028 0.214 0.139 0.157 0.055 48 A 0.074 0.175 0.070 0.014 0.169 0.022 0.027 0.242 0.106 0.070 0.032 49 S 0.088 0.132 0.057 0.012 0.173 0.019 0.040 0.290 0.099 0.057 0.033 50 V 0.119 0.078 0.026 0.010 0.141 0.016 0.039 0.311 0.132 0.085 0.044 51 M 0.069 0.122 0.048 0.022 0.124 0.030 0.039 0.275 0.137 0.095 0.038 52 S 0.067 0.106 0.052 0.020 0.130 0.019 0.037 0.310 0.136 0.093 0.032 53 A 0.047 0.079 0.027 0.008 0.094 0.011 0.051 0.415 0.167 0.078 0.023 54 L 0.084 0.067 0.028 0.014 0.103 0.020 0.059 0.295 0.159 0.132 0.040 55 T 0.061 0.197 0.131 0.039 0.124 0.041 0.048 0.173 0.095 0.066 0.025 56 D 0.058 0.147 0.097 0.028 0.118 0.034 0.075 0.210 0.106 0.093 0.033 57 K 0.082 0.105 0.037 0.011 0.098 0.016 0.059 0.185 0.145 0.206 0.057 58 A 0.059 0.218 0.055 0.010 0.190 0.020 0.053 0.195 0.076 0.084 0.042 59 I 0.181 0.141 0.016 0.003 0.407 0.006 0.024 0.133 0.034 0.026 0.029 60 V 0.196 0.151 0.019 0.004 0.427 0.009 0.011 0.114 0.026 0.016 0.027 61 K 0.165 0.151 0.028 0.006 0.343 0.014 0.015 0.195 0.025 0.018 0.039 62 K 0.156 0.093 0.021 0.006 0.187 0.009 0.013 0.366 0.074 0.032 0.044 63 E 0.064 0.131 0.045 0.012 0.172 0.020 0.045 0.400 0.059 0.034 0.018 64 L 0.119 0.110 0.025 0.006 0.168 0.005 0.017 0.421 0.067 0.034 0.027 65 L 0.031 0.013 0.003 0.003 0.028 0.005 0.010 0.666 0.210 0.019 0.012 66 Y 0.010 0.020 0.008 0.004 0.026 0.020 0.050 0.702 0.144 0.013 0.004 67 D 0.052 0.049 0.017 0.004 0.087 0.008 0.062 0.512 0.112 0.076 0.019 68 V 0.106 0.034 0.018 0.009 0.073 0.013 0.061 0.363 0.131 0.128 0.065 69 A 0.058 0.104 0.078 0.083 0.079 0.096 0.141 0.182 0.085 0.068 0.026 70 G 0.026 0.079 0.073 0.291 0.035 0.111 0.121 0.073 0.057 0.109 0.025 71 S 0.054 0.053 0.089 0.200 0.064 0.038 0.030 0.037 0.053 0.304 0.080 72 D 0.077 0.239 0.139 0.026 0.225 0.024 0.035 0.059 0.055 0.080 0.041 73 K 0.171 0.180 0.031 0.009 0.231 0.017 0.053 0.059 0.061 0.094 0.093 74 Y 0.198 0.213 0.035 0.004 0.458 0.007 0.011 0.015 0.011 0.014 0.033 75 Q 0.214 0.125 0.016 0.003 0.568 0.007 0.012 0.016 0.006 0.007 0.027 76 V 0.379 0.095 0.015 0.008 0.357 0.010 0.009 0.019 0.010 0.016 0.081 77 N 0.119 0.150 0.068 0.080 0.227 0.089 0.058 0.051 0.027 0.066 0.065 78 N 0.147 0.139 0.116 0.045 0.259 0.017 0.023 0.053 0.036 0.101 0.063 79 K 0.120 0.130 0.070 0.028 0.194 0.024 0.044 0.142 0.105 0.095 0.047 80 H 0.067 0.202 0.091 0.052 0.155 0.061 0.077 0.094 0.075 0.096 0.031 81 D 0.098 0.168 0.136 0.066 0.155 0.033 0.037 0.083 0.087 0.084 0.055 82 D 0.033 0.074 0.052 0.022 0.061 0.034 0.063 0.226 0.273 0.131 0.030 83 K 0.065 0.196 0.054 0.011 0.126 0.012 0.055 0.156 0.168 0.119 0.038 84 Y 0.080 0.141 0.061 0.020 0.134 0.020 0.035 0.070 0.143 0.208 0.089 85 S 0.044 0.370 0.199 0.016 0.195 0.012 0.029 0.037 0.042 0.035 0.019 86 P 0.097 0.204 0.073 0.014 0.127 0.013 0.044 0.051 0.099 0.201 0.078 87 L 0.017 0.397 0.398 0.016 0.092 0.009 0.017 0.018 0.014 0.015 0.007 88 P 0.036 0.500 0.275 0.008 0.072 0.004 0.010 0.052 0.021 0.011 0.012 89 C 0.006 0.018 0.005 0.002 0.010 0.004 0.013 0.570 0.337 0.030 0.005 90 S 0.002 0.007 0.002 0.001 0.003 0.004 0.010 0.811 0.135 0.020 0.003 91 K 0.005 0.010 0.003 0.001 0.012 0.001 0.003 0.898 0.041 0.022 0.005 92 I 0.005 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.953 0.025 0.005 0.002 93 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.049 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.966 0.030 0.001 0.001 95 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.964 0.022 0.003 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.913 0.075 0.005 0.001 97 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.886 0.108 0.002 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.897 0.084 0.004 0.001 99 L 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.064 0.776 0.084 0.051 0.007 100 V 0.015 0.517 0.057 0.019 0.040 0.017 0.072 0.175 0.041 0.038 0.009 101 G 0.012 0.002 0.004 0.030 0.004 0.018 0.012 0.112 0.047 0.533 0.226 102 Q 0.013 0.491 0.223 0.009 0.122 0.005 0.020 0.061 0.026 0.025 0.005 103 E 0.217 0.110 0.024 0.008 0.199 0.023 0.036 0.111 0.043 0.074 0.155 104 V 0.128 0.201 0.054 0.016 0.306 0.015 0.024 0.149 0.048 0.027 0.032 105 L 0.191 0.105 0.014 0.004 0.381 0.009 0.023 0.194 0.041 0.014 0.022 106 Y 0.208 0.142 0.028 0.005 0.396 0.010 0.011 0.117 0.038 0.013 0.034 107 K 0.169 0.114 0.031 0.007 0.411 0.013 0.032 0.132 0.026 0.024 0.040 108 L 0.209 0.121 0.028 0.010 0.237 0.010 0.033 0.204 0.048 0.047 0.054 109 T 0.088 0.116 0.046 0.043 0.117 0.032 0.057 0.298 0.085 0.070 0.050 110 S 0.023 0.046 0.043 0.051 0.044 0.048 0.081 0.480 0.130 0.034 0.019 111 E 0.014 0.080 0.062 0.047 0.027 0.043 0.085 0.446 0.102 0.076 0.018 112 N 0.041 0.059 0.040 0.015 0.039 0.011 0.014 0.252 0.072 0.386 0.071 113 C 0.036 0.054 0.014 0.003 0.057 0.003 0.005 0.651 0.135 0.030 0.013 114 E 0.006 0.007 0.002 0.001 0.010 0.004 0.009 0.866 0.088 0.004 0.003 115 H 0.013 0.017 0.007 0.002 0.020 0.004 0.016 0.853 0.050 0.015 0.004 116 F 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.926 0.046 0.006 0.002 117 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.850 0.133 0.003 0.001 118 N 0.002 0.007 0.003 0.001 0.005 0.004 0.023 0.888 0.062 0.004 0.001 119 E 0.020 0.019 0.006 0.002 0.029 0.005 0.093 0.730 0.051 0.035 0.010 120 L 0.035 0.038 0.014 0.004 0.044 0.003 0.014 0.554 0.222 0.047 0.024 121 R 0.017 0.012 0.010 0.009 0.016 0.046 0.192 0.540 0.098 0.036 0.023 122 Y 0.011 0.391 0.182 0.071 0.034 0.033 0.146 0.067 0.025 0.032 0.009 123 G 0.040 0.033 0.070 0.132 0.030 0.022 0.013 0.041 0.033 0.370 0.217 124 V 0.057 0.297 0.111 0.021 0.182 0.012 0.019 0.094 0.080 0.079 0.046 125 A 0.111 0.192 0.087 0.023 0.160 0.039 0.052 0.121 0.071 0.072 0.072 126 R 0.070 0.140 0.105 0.052 0.091 0.040 0.058 0.132 0.099 0.161 0.052 127 S 0.081 0.273 0.157 0.016 0.253 0.009 0.009 0.084 0.055 0.037 0.026 128 D 0.028 0.054 0.027 0.007 0.044 0.024 0.051 0.394 0.301 0.054 0.016 129 Q 0.062 0.060 0.028 0.009 0.099 0.010 0.063 0.360 0.143 0.138 0.028 130 V 0.122 0.112 0.033 0.023 0.171 0.021 0.034 0.196 0.102 0.124 0.061 131 R 0.044 0.142 0.106 0.091 0.077 0.072 0.068 0.199 0.081 0.089 0.031 132 D 0.082 0.141 0.097 0.029 0.163 0.018 0.032 0.148 0.082 0.159 0.048