# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 310 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.642 0.212 0.082 0.043 0.018 0.003 0.001 2 R 0.709 0.218 0.054 0.015 0.004 0.001 0.001 3 A 0.460 0.225 0.188 0.101 0.022 0.004 0.001 4 P 0.617 0.250 0.089 0.034 0.009 0.002 0.001 5 I 0.457 0.231 0.171 0.105 0.030 0.006 0.001 6 P 0.661 0.238 0.067 0.025 0.008 0.002 0.001 7 E 0.394 0.323 0.158 0.083 0.032 0.010 0.001 8 P 0.181 0.124 0.172 0.231 0.206 0.075 0.010 9 K 0.228 0.282 0.223 0.134 0.085 0.041 0.006 10 P 0.113 0.170 0.205 0.212 0.161 0.109 0.031 11 G 0.062 0.083 0.122 0.182 0.235 0.224 0.091 12 D 0.035 0.055 0.075 0.115 0.205 0.317 0.199 13 L 0.016 0.017 0.028 0.056 0.104 0.312 0.467 14 I 0.015 0.013 0.020 0.050 0.098 0.303 0.502 15 E 0.022 0.034 0.050 0.088 0.145 0.300 0.360 16 I 0.023 0.033 0.047 0.091 0.170 0.310 0.326 17 F 0.045 0.080 0.085 0.141 0.183 0.267 0.199 18 R 0.073 0.107 0.148 0.193 0.195 0.185 0.098 19 P 0.116 0.148 0.153 0.190 0.167 0.153 0.072 20 F 0.100 0.120 0.129 0.173 0.185 0.192 0.101 21 Y 0.051 0.053 0.083 0.158 0.225 0.268 0.161 22 R 0.071 0.131 0.173 0.204 0.168 0.149 0.105 23 H 0.022 0.020 0.032 0.079 0.182 0.336 0.328 24 W 0.016 0.029 0.043 0.083 0.159 0.318 0.353 25 A 0.013 0.014 0.021 0.061 0.098 0.289 0.505 26 I 0.006 0.010 0.014 0.036 0.083 0.301 0.550 27 Y 0.008 0.021 0.035 0.088 0.198 0.341 0.310 28 V 0.013 0.035 0.060 0.162 0.261 0.293 0.175 29 G 0.019 0.071 0.120 0.240 0.269 0.210 0.071 30 D 0.047 0.146 0.220 0.225 0.197 0.126 0.039 31 G 0.022 0.065 0.145 0.223 0.275 0.216 0.055 32 Y 0.006 0.025 0.085 0.186 0.288 0.312 0.097 33 V 0.001 0.002 0.005 0.017 0.073 0.439 0.463 34 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.030 0.249 0.713 35 H 0.001 0.003 0.007 0.017 0.064 0.267 0.642 36 L 0.002 0.008 0.021 0.047 0.167 0.363 0.392 37 A 0.006 0.029 0.063 0.134 0.245 0.383 0.140 38 P 0.034 0.099 0.197 0.256 0.260 0.136 0.018 39 P 0.151 0.241 0.238 0.203 0.107 0.053 0.006 40 S 0.245 0.211 0.212 0.175 0.106 0.045 0.006 41 E 0.336 0.244 0.186 0.143 0.058 0.029 0.004 42 V 0.292 0.231 0.182 0.157 0.086 0.045 0.007 43 A 0.306 0.212 0.158 0.149 0.100 0.064 0.012 44 G 0.267 0.225 0.165 0.148 0.103 0.073 0.019 45 A 0.215 0.164 0.133 0.150 0.158 0.133 0.048 46 G 0.220 0.218 0.175 0.152 0.113 0.084 0.037 47 A 0.195 0.180 0.152 0.155 0.142 0.116 0.060 48 A 0.153 0.148 0.129 0.148 0.170 0.159 0.092 49 S 0.112 0.131 0.116 0.152 0.175 0.199 0.114 50 V 0.081 0.085 0.082 0.128 0.192 0.274 0.158 51 M 0.104 0.113 0.102 0.146 0.185 0.241 0.109 52 S 0.119 0.140 0.133 0.158 0.183 0.194 0.073 53 A 0.094 0.134 0.150 0.186 0.205 0.181 0.050 54 L 0.119 0.156 0.209 0.218 0.172 0.106 0.020 55 T 0.235 0.229 0.229 0.177 0.084 0.039 0.007 56 D 0.497 0.279 0.124 0.062 0.027 0.009 0.002 57 K 0.353 0.322 0.165 0.101 0.041 0.016 0.003 58 A 0.133 0.217 0.193 0.237 0.156 0.059 0.005 59 I 0.044 0.199 0.300 0.294 0.117 0.044 0.003 60 V 0.025 0.048 0.091 0.205 0.341 0.260 0.031 61 K 0.022 0.113 0.223 0.316 0.223 0.096 0.006 62 K 0.037 0.149 0.223 0.300 0.212 0.074 0.005 63 E 0.062 0.225 0.269 0.233 0.167 0.041 0.003 64 L 0.009 0.062 0.128 0.294 0.315 0.172 0.020 65 L 0.005 0.027 0.086 0.190 0.355 0.300 0.037 66 Y 0.019 0.124 0.333 0.352 0.132 0.039 0.002 67 D 0.026 0.159 0.327 0.263 0.177 0.046 0.002 68 V 0.008 0.023 0.054 0.231 0.368 0.293 0.024 69 A 0.013 0.050 0.165 0.334 0.307 0.125 0.006 70 G 0.121 0.316 0.343 0.180 0.032 0.008 0.001 71 S 0.343 0.445 0.142 0.051 0.016 0.003 0.001 72 D 0.115 0.228 0.226 0.296 0.113 0.022 0.001 73 K 0.049 0.232 0.305 0.250 0.124 0.037 0.002 74 Y 0.017 0.040 0.070 0.185 0.398 0.266 0.023 75 Q 0.019 0.134 0.283 0.347 0.164 0.051 0.003 76 V 0.011 0.035 0.065 0.142 0.334 0.370 0.043 77 N 0.020 0.096 0.227 0.297 0.251 0.102 0.007 78 N 0.081 0.200 0.261 0.259 0.156 0.040 0.002 79 K 0.232 0.327 0.236 0.129 0.059 0.016 0.001 80 H 0.168 0.202 0.249 0.241 0.108 0.031 0.002 81 D 0.398 0.271 0.185 0.101 0.035 0.010 0.001 82 D 0.527 0.279 0.118 0.056 0.017 0.004 0.001 83 K 0.455 0.318 0.128 0.067 0.024 0.007 0.001 84 Y 0.130 0.138 0.189 0.258 0.201 0.077 0.006 85 S 0.172 0.302 0.241 0.164 0.082 0.037 0.003 86 P 0.121 0.174 0.210 0.220 0.177 0.088 0.010 87 L 0.090 0.155 0.240 0.261 0.181 0.067 0.007 88 P 0.111 0.189 0.222 0.214 0.174 0.078 0.011 89 C 0.080 0.145 0.193 0.244 0.207 0.114 0.017 90 S 0.276 0.378 0.181 0.100 0.048 0.016 0.001 91 K 0.084 0.233 0.280 0.263 0.105 0.031 0.004 92 I 0.006 0.015 0.038 0.093 0.284 0.462 0.101 93 I 0.005 0.025 0.071 0.200 0.344 0.316 0.040 94 Q 0.056 0.274 0.270 0.210 0.136 0.050 0.004 95 R 0.008 0.050 0.178 0.356 0.290 0.108 0.010 96 A 0.003 0.009 0.020 0.053 0.241 0.595 0.080 97 E 0.047 0.190 0.322 0.296 0.120 0.024 0.001 98 E 0.212 0.464 0.204 0.091 0.023 0.006 0.001 99 L 0.034 0.105 0.255 0.334 0.218 0.052 0.001 100 V 0.053 0.081 0.199 0.342 0.257 0.066 0.002 101 G 0.466 0.375 0.114 0.032 0.011 0.002 0.001 102 Q 0.519 0.342 0.095 0.035 0.009 0.001 0.001 103 E 0.454 0.359 0.110 0.053 0.021 0.004 0.001 104 V 0.108 0.196 0.279 0.266 0.120 0.028 0.002 105 L 0.088 0.227 0.324 0.229 0.095 0.033 0.003 106 Y 0.028 0.057 0.132 0.242 0.335 0.190 0.015 107 K 0.054 0.207 0.292 0.274 0.125 0.044 0.004 108 L 0.016 0.029 0.057 0.142 0.291 0.377 0.087 109 T 0.018 0.053 0.095 0.198 0.261 0.304 0.072 110 S 0.109 0.227 0.259 0.217 0.126 0.053 0.009 111 E 0.112 0.246 0.270 0.224 0.099 0.041 0.009 112 N 0.021 0.046 0.080 0.165 0.308 0.304 0.077 113 C 0.019 0.038 0.080 0.171 0.284 0.296 0.111 114 E 0.063 0.131 0.189 0.211 0.202 0.155 0.048 115 H 0.042 0.069 0.114 0.168 0.258 0.233 0.116 116 F 0.012 0.016 0.022 0.053 0.112 0.358 0.428 117 V 0.019 0.028 0.054 0.117 0.175 0.306 0.303 118 N 0.042 0.088 0.159 0.208 0.197 0.199 0.106 119 E 0.069 0.118 0.154 0.216 0.195 0.174 0.073 120 L 0.044 0.040 0.052 0.155 0.226 0.345 0.137 121 R 0.114 0.175 0.211 0.215 0.168 0.100 0.017 122 Y 0.168 0.175 0.193 0.213 0.142 0.092 0.017 123 G 0.259 0.211 0.148 0.162 0.131 0.077 0.013 124 V 0.315 0.230 0.185 0.148 0.081 0.035 0.005 125 A 0.483 0.269 0.124 0.070 0.038 0.014 0.002 126 R 0.347 0.239 0.177 0.138 0.068 0.027 0.004 127 S 0.313 0.178 0.177 0.172 0.114 0.041 0.004 128 D 0.521 0.321 0.100 0.038 0.015 0.005 0.001 129 Q 0.333 0.250 0.192 0.141 0.063 0.020 0.001 130 V 0.250 0.150 0.206 0.222 0.125 0.045 0.003 131 R 0.692 0.203 0.070 0.025 0.008 0.002 0.001 132 D 0.832 0.137 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001