# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 310 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.246 0.114 0.113 0.130 0.137 0.105 0.063 0.040 0.024 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 2 R 0.341 0.186 0.153 0.127 0.095 0.042 0.026 0.014 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 3 A 0.221 0.109 0.131 0.146 0.134 0.111 0.066 0.040 0.021 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 4 P 0.320 0.150 0.126 0.126 0.119 0.070 0.038 0.025 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 5 I 0.240 0.142 0.139 0.163 0.134 0.076 0.044 0.032 0.015 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 6 P 0.426 0.194 0.126 0.106 0.073 0.038 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.207 0.171 0.187 0.171 0.128 0.063 0.034 0.018 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 8 P 0.059 0.048 0.061 0.129 0.158 0.196 0.149 0.095 0.050 0.036 0.011 0.004 0.002 0.001 9 K 0.093 0.144 0.147 0.172 0.145 0.111 0.083 0.050 0.025 0.013 0.012 0.003 0.001 0.001 10 P 0.040 0.051 0.078 0.111 0.140 0.160 0.128 0.093 0.071 0.051 0.045 0.017 0.008 0.005 11 G 0.011 0.014 0.023 0.051 0.084 0.111 0.154 0.135 0.159 0.107 0.070 0.048 0.022 0.012 12 D 0.004 0.005 0.010 0.020 0.033 0.061 0.089 0.195 0.168 0.163 0.133 0.060 0.040 0.019 13 L 0.002 0.002 0.003 0.005 0.012 0.024 0.033 0.072 0.112 0.161 0.189 0.204 0.119 0.060 14 I 0.003 0.002 0.003 0.006 0.007 0.015 0.035 0.063 0.117 0.168 0.201 0.215 0.110 0.054 15 E 0.005 0.006 0.009 0.020 0.031 0.050 0.082 0.151 0.183 0.165 0.139 0.088 0.039 0.031 16 I 0.005 0.005 0.006 0.010 0.018 0.043 0.062 0.147 0.156 0.157 0.187 0.115 0.061 0.027 17 F 0.015 0.026 0.034 0.066 0.099 0.110 0.134 0.165 0.140 0.107 0.050 0.029 0.015 0.011 18 R 0.017 0.037 0.056 0.091 0.131 0.122 0.133 0.134 0.120 0.088 0.038 0.019 0.008 0.006 19 P 0.026 0.039 0.070 0.093 0.122 0.165 0.148 0.138 0.090 0.057 0.029 0.011 0.007 0.004 20 F 0.023 0.041 0.053 0.100 0.158 0.158 0.142 0.107 0.090 0.067 0.032 0.014 0.008 0.006 21 Y 0.016 0.024 0.040 0.078 0.101 0.136 0.162 0.128 0.111 0.096 0.057 0.030 0.014 0.008 22 R 0.025 0.034 0.053 0.076 0.093 0.108 0.146 0.138 0.123 0.074 0.067 0.032 0.016 0.012 23 H 0.005 0.005 0.009 0.016 0.028 0.050 0.077 0.139 0.166 0.144 0.173 0.093 0.065 0.032 24 W 0.003 0.002 0.004 0.008 0.015 0.027 0.056 0.111 0.143 0.166 0.149 0.153 0.100 0.061 25 A 0.002 0.001 0.002 0.004 0.009 0.015 0.036 0.089 0.119 0.174 0.174 0.175 0.121 0.079 26 I 0.002 0.001 0.002 0.005 0.009 0.019 0.037 0.078 0.114 0.160 0.186 0.160 0.134 0.094 27 Y 0.004 0.004 0.007 0.017 0.028 0.046 0.082 0.091 0.129 0.152 0.144 0.129 0.082 0.085 28 V 0.005 0.005 0.008 0.022 0.037 0.073 0.111 0.146 0.160 0.154 0.124 0.080 0.048 0.027 29 G 0.008 0.018 0.028 0.068 0.102 0.155 0.166 0.161 0.119 0.076 0.047 0.026 0.015 0.009 30 D 0.017 0.047 0.071 0.129 0.166 0.145 0.144 0.104 0.070 0.053 0.030 0.013 0.006 0.005 31 G 0.021 0.045 0.069 0.097 0.136 0.155 0.156 0.097 0.100 0.061 0.037 0.014 0.006 0.005 32 Y 0.011 0.016 0.031 0.054 0.091 0.141 0.156 0.138 0.131 0.099 0.077 0.028 0.015 0.012 33 V 0.006 0.006 0.012 0.023 0.046 0.070 0.104 0.143 0.147 0.138 0.136 0.092 0.048 0.030 34 V 0.005 0.003 0.005 0.009 0.013 0.025 0.051 0.120 0.144 0.163 0.186 0.153 0.090 0.033 35 H 0.005 0.006 0.010 0.019 0.028 0.043 0.075 0.186 0.173 0.156 0.135 0.087 0.052 0.025 36 L 0.006 0.005 0.006 0.013 0.023 0.042 0.060 0.138 0.149 0.181 0.170 0.122 0.061 0.025 37 A 0.015 0.022 0.034 0.068 0.097 0.120 0.141 0.137 0.136 0.104 0.063 0.038 0.015 0.009 38 P 0.050 0.068 0.088 0.127 0.157 0.149 0.109 0.074 0.083 0.046 0.029 0.012 0.004 0.003 39 P 0.150 0.153 0.165 0.154 0.137 0.090 0.058 0.035 0.033 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 40 S 0.284 0.242 0.158 0.116 0.075 0.052 0.031 0.020 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 41 E 0.377 0.222 0.151 0.086 0.075 0.040 0.022 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 42 V 0.201 0.141 0.152 0.135 0.142 0.092 0.062 0.039 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 43 A 0.216 0.102 0.104 0.116 0.140 0.129 0.085 0.047 0.027 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 44 G 0.220 0.145 0.126 0.135 0.128 0.083 0.058 0.044 0.027 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 45 A 0.145 0.077 0.084 0.110 0.116 0.131 0.107 0.073 0.059 0.047 0.025 0.017 0.007 0.002 46 G 0.173 0.129 0.113 0.129 0.110 0.098 0.081 0.059 0.042 0.027 0.022 0.010 0.004 0.002 47 A 0.108 0.083 0.099 0.102 0.111 0.129 0.109 0.080 0.063 0.046 0.040 0.019 0.007 0.004 48 A 0.093 0.064 0.076 0.099 0.115 0.131 0.115 0.086 0.075 0.063 0.045 0.025 0.010 0.005 49 S 0.101 0.084 0.085 0.102 0.106 0.104 0.105 0.098 0.076 0.053 0.046 0.024 0.010 0.005 50 V 0.042 0.036 0.045 0.068 0.088 0.126 0.128 0.141 0.113 0.091 0.063 0.036 0.016 0.007 51 M 0.061 0.056 0.067 0.097 0.115 0.129 0.124 0.119 0.084 0.062 0.046 0.025 0.011 0.005 52 S 0.125 0.095 0.100 0.121 0.118 0.108 0.096 0.075 0.061 0.044 0.033 0.016 0.006 0.003 53 A 0.103 0.081 0.102 0.131 0.136 0.135 0.111 0.077 0.058 0.032 0.020 0.009 0.004 0.002 54 L 0.124 0.098 0.105 0.143 0.143 0.125 0.097 0.064 0.050 0.026 0.016 0.006 0.002 0.001 55 T 0.243 0.174 0.161 0.129 0.097 0.075 0.052 0.033 0.018 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 56 D 0.419 0.201 0.137 0.088 0.071 0.036 0.022 0.011 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 57 K 0.176 0.157 0.178 0.161 0.146 0.074 0.050 0.025 0.016 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 58 A 0.215 0.103 0.106 0.120 0.126 0.124 0.084 0.062 0.030 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 59 I 0.156 0.113 0.126 0.153 0.172 0.094 0.072 0.057 0.030 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 60 V 0.052 0.029 0.039 0.080 0.119 0.161 0.135 0.169 0.086 0.084 0.025 0.013 0.007 0.001 61 K 0.099 0.109 0.124 0.175 0.183 0.119 0.076 0.045 0.034 0.019 0.009 0.005 0.001 0.001 62 K 0.110 0.084 0.118 0.153 0.156 0.123 0.089 0.059 0.045 0.036 0.018 0.006 0.002 0.001 63 E 0.175 0.130 0.130 0.152 0.134 0.107 0.064 0.043 0.034 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 64 L 0.054 0.065 0.085 0.138 0.158 0.144 0.115 0.119 0.064 0.031 0.015 0.006 0.002 0.001 65 L 0.020 0.021 0.031 0.064 0.121 0.161 0.164 0.195 0.116 0.065 0.026 0.011 0.005 0.001 66 Y 0.104 0.139 0.162 0.173 0.139 0.098 0.077 0.047 0.027 0.014 0.013 0.004 0.002 0.001 67 D 0.179 0.139 0.161 0.131 0.137 0.096 0.060 0.038 0.029 0.014 0.010 0.003 0.001 0.001 68 V 0.038 0.031 0.046 0.107 0.171 0.175 0.143 0.127 0.080 0.046 0.020 0.010 0.005 0.002 69 A 0.036 0.045 0.065 0.144 0.161 0.177 0.169 0.090 0.064 0.029 0.012 0.006 0.003 0.001 70 G 0.230 0.172 0.148 0.148 0.112 0.080 0.050 0.025 0.017 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 71 S 0.230 0.181 0.195 0.126 0.114 0.067 0.042 0.017 0.014 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 72 D 0.177 0.124 0.131 0.146 0.157 0.109 0.063 0.036 0.025 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 73 K 0.094 0.098 0.120 0.151 0.192 0.120 0.088 0.056 0.040 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 74 Y 0.055 0.024 0.032 0.065 0.095 0.138 0.134 0.146 0.108 0.107 0.052 0.025 0.013 0.004 75 Q 0.069 0.075 0.095 0.149 0.155 0.111 0.107 0.096 0.061 0.035 0.024 0.014 0.005 0.003 76 V 0.031 0.017 0.025 0.047 0.069 0.115 0.118 0.156 0.133 0.142 0.077 0.045 0.018 0.005 77 N 0.078 0.078 0.094 0.137 0.161 0.131 0.100 0.086 0.066 0.035 0.018 0.011 0.004 0.002 78 N 0.190 0.115 0.113 0.147 0.130 0.094 0.071 0.050 0.037 0.028 0.017 0.006 0.002 0.001 79 K 0.218 0.158 0.161 0.149 0.127 0.074 0.049 0.025 0.023 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 80 H 0.254 0.136 0.152 0.134 0.112 0.091 0.054 0.032 0.018 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 81 D 0.418 0.189 0.152 0.096 0.074 0.033 0.017 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 82 D 0.471 0.165 0.109 0.095 0.073 0.040 0.020 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 83 K 0.358 0.204 0.126 0.114 0.095 0.043 0.026 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 84 Y 0.171 0.093 0.104 0.133 0.134 0.134 0.092 0.073 0.030 0.021 0.011 0.003 0.002 0.001 85 S 0.270 0.159 0.137 0.134 0.118 0.081 0.047 0.024 0.015 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 86 P 0.110 0.062 0.082 0.120 0.152 0.152 0.119 0.077 0.057 0.038 0.018 0.008 0.003 0.001 87 L 0.176 0.137 0.117 0.155 0.136 0.105 0.071 0.050 0.026 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 88 P 0.166 0.143 0.149 0.146 0.118 0.114 0.070 0.041 0.028 0.012 0.009 0.004 0.001 0.001 89 C 0.054 0.046 0.070 0.119 0.180 0.199 0.140 0.081 0.065 0.029 0.012 0.004 0.001 0.001 90 S 0.260 0.234 0.181 0.134 0.092 0.048 0.026 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 91 K 0.228 0.269 0.196 0.139 0.080 0.046 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 I 0.012 0.014 0.027 0.070 0.133 0.206 0.226 0.189 0.095 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 93 I 0.006 0.019 0.057 0.128 0.201 0.218 0.192 0.105 0.045 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.506 0.327 0.118 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 R 0.032 0.098 0.186 0.246 0.221 0.102 0.071 0.038 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.002 0.003 0.009 0.038 0.097 0.211 0.317 0.199 0.102 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 97 E 0.063 0.157 0.208 0.310 0.172 0.054 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 E 0.768 0.183 0.041 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.031 0.053 0.101 0.227 0.330 0.153 0.060 0.032 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 100 V 0.021 0.027 0.069 0.149 0.220 0.198 0.200 0.080 0.027 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 101 G 0.545 0.227 0.121 0.055 0.030 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 Q 0.512 0.202 0.125 0.092 0.037 0.018 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 E 0.275 0.199 0.145 0.139 0.128 0.057 0.025 0.013 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 104 V 0.111 0.106 0.121 0.143 0.155 0.143 0.090 0.088 0.023 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 105 L 0.194 0.134 0.114 0.136 0.159 0.111 0.068 0.034 0.024 0.011 0.008 0.004 0.001 0.001 106 Y 0.060 0.038 0.063 0.113 0.137 0.150 0.127 0.090 0.083 0.066 0.039 0.019 0.010 0.004 107 K 0.104 0.065 0.091 0.114 0.156 0.118 0.107 0.091 0.072 0.038 0.019 0.016 0.006 0.004 108 L 0.044 0.016 0.019 0.033 0.056 0.094 0.081 0.136 0.129 0.142 0.113 0.072 0.053 0.012 109 T 0.064 0.043 0.049 0.120 0.139 0.140 0.131 0.065 0.074 0.061 0.049 0.042 0.015 0.009 110 S 0.122 0.081 0.097 0.132 0.118 0.116 0.114 0.059 0.064 0.038 0.037 0.014 0.004 0.003 111 E 0.096 0.082 0.097 0.112 0.136 0.135 0.114 0.093 0.066 0.030 0.024 0.008 0.004 0.002 112 N 0.069 0.081 0.082 0.120 0.139 0.151 0.115 0.110 0.063 0.035 0.022 0.007 0.004 0.002 113 C 0.047 0.049 0.066 0.107 0.163 0.145 0.128 0.106 0.094 0.058 0.020 0.011 0.003 0.002 114 E 0.093 0.080 0.102 0.121 0.134 0.125 0.115 0.087 0.066 0.039 0.023 0.010 0.004 0.002 115 H 0.100 0.085 0.103 0.109 0.126 0.119 0.103 0.094 0.070 0.039 0.031 0.012 0.007 0.004 116 F 0.034 0.024 0.040 0.070 0.103 0.133 0.159 0.157 0.102 0.077 0.050 0.030 0.014 0.009 117 V 0.033 0.023 0.032 0.054 0.093 0.112 0.146 0.156 0.138 0.096 0.051 0.041 0.019 0.006 118 N 0.085 0.062 0.061 0.105 0.101 0.114 0.118 0.119 0.085 0.062 0.046 0.023 0.013 0.005 119 E 0.062 0.063 0.081 0.123 0.147 0.136 0.144 0.083 0.070 0.041 0.027 0.015 0.005 0.004 120 L 0.029 0.021 0.038 0.066 0.109 0.164 0.156 0.146 0.111 0.086 0.045 0.017 0.009 0.003 121 R 0.119 0.109 0.141 0.166 0.174 0.108 0.074 0.045 0.034 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 122 Y 0.105 0.067 0.079 0.137 0.145 0.148 0.105 0.086 0.055 0.045 0.016 0.007 0.003 0.001 123 G 0.151 0.118 0.103 0.147 0.172 0.126 0.074 0.045 0.040 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 124 V 0.193 0.141 0.139 0.193 0.144 0.075 0.049 0.029 0.018 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 125 A 0.491 0.192 0.140 0.070 0.044 0.029 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 126 R 0.207 0.111 0.143 0.146 0.161 0.106 0.054 0.031 0.023 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 127 S 0.190 0.119 0.118 0.169 0.161 0.098 0.064 0.040 0.022 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 128 D 0.540 0.224 0.100 0.064 0.036 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 Q 0.240 0.148 0.153 0.148 0.123 0.078 0.055 0.031 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 130 V 0.076 0.044 0.072 0.114 0.176 0.193 0.150 0.095 0.044 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 131 R 0.284 0.174 0.175 0.139 0.105 0.059 0.033 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 132 D 0.512 0.159 0.119 0.079 0.061 0.032 0.018 0.008 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001