# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 301 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.024 0.719 0.004 0.009 0.009 0.001 0.001 0.024 0.097 0.021 0.057 0.028 2 R 0.002 0.027 0.766 0.004 0.008 0.006 0.001 0.001 0.020 0.080 0.026 0.012 0.048 3 A 0.001 0.030 0.677 0.003 0.014 0.006 0.001 0.001 0.020 0.165 0.042 0.024 0.015 4 P 0.001 0.014 0.760 0.003 0.016 0.005 0.001 0.001 0.014 0.119 0.040 0.006 0.020 5 I 0.001 0.019 0.610 0.002 0.035 0.007 0.001 0.001 0.014 0.190 0.097 0.014 0.010 6 P 0.001 0.022 0.625 0.002 0.025 0.003 0.001 0.001 0.013 0.184 0.101 0.009 0.014 7 E 0.001 0.044 0.680 0.001 0.019 0.003 0.001 0.001 0.009 0.170 0.043 0.014 0.016 8 P 0.001 0.043 0.786 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.119 0.019 0.005 0.015 9 K 0.001 0.017 0.826 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.114 0.013 0.009 0.007 10 P 0.001 0.011 0.337 0.008 0.042 0.004 0.001 0.001 0.007 0.141 0.425 0.003 0.022 11 G 0.001 0.008 0.287 0.015 0.014 0.002 0.001 0.001 0.006 0.413 0.224 0.026 0.004 12 D 0.013 0.026 0.494 0.028 0.018 0.007 0.003 0.004 0.046 0.195 0.018 0.077 0.072 13 L 0.118 0.015 0.063 0.009 0.009 0.009 0.073 0.054 0.126 0.014 0.007 0.036 0.465 14 I 0.320 0.006 0.022 0.066 0.006 0.009 0.155 0.092 0.068 0.005 0.003 0.186 0.063 15 E 0.380 0.004 0.017 0.022 0.005 0.007 0.116 0.052 0.051 0.004 0.004 0.068 0.269 16 I 0.254 0.005 0.057 0.032 0.007 0.008 0.054 0.023 0.064 0.013 0.013 0.368 0.101 17 F 0.105 0.012 0.248 0.028 0.012 0.016 0.027 0.010 0.066 0.072 0.048 0.051 0.304 18 R 0.021 0.010 0.417 0.018 0.011 0.020 0.004 0.001 0.028 0.195 0.044 0.172 0.060 19 P 0.016 0.013 0.336 0.014 0.029 0.048 0.003 0.001 0.010 0.141 0.175 0.039 0.173 20 F 0.023 0.019 0.276 0.021 0.073 0.066 0.003 0.002 0.007 0.150 0.181 0.091 0.089 21 Y 0.042 0.014 0.200 0.035 0.079 0.058 0.005 0.002 0.012 0.139 0.149 0.071 0.195 22 R 0.108 0.010 0.160 0.075 0.053 0.013 0.005 0.002 0.009 0.099 0.112 0.148 0.206 23 H 0.314 0.004 0.088 0.124 0.017 0.005 0.015 0.003 0.016 0.053 0.037 0.074 0.249 24 W 0.515 0.001 0.022 0.057 0.002 0.002 0.030 0.006 0.015 0.029 0.008 0.216 0.098 25 A 0.700 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.046 0.008 0.008 0.001 0.001 0.044 0.183 26 I 0.825 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.058 0.010 0.004 0.001 0.001 0.078 0.021 27 Y 0.733 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.054 0.016 0.009 0.001 0.001 0.088 0.092 28 V 0.450 0.005 0.062 0.016 0.001 0.001 0.032 0.014 0.027 0.005 0.007 0.108 0.272 29 G 0.054 0.001 0.148 0.149 0.003 0.001 0.007 0.002 0.022 0.165 0.183 0.182 0.084 30 D 0.003 0.001 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.771 0.008 0.039 31 G 0.007 0.002 0.077 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.377 0.450 0.057 0.010 32 Y 0.181 0.032 0.203 0.020 0.004 0.001 0.020 0.008 0.023 0.098 0.015 0.238 0.159 33 V 0.278 0.015 0.034 0.005 0.001 0.001 0.095 0.050 0.051 0.007 0.003 0.050 0.410 34 V 0.506 0.003 0.009 0.070 0.001 0.001 0.164 0.035 0.019 0.002 0.001 0.133 0.057 35 H 0.415 0.003 0.010 0.011 0.001 0.001 0.118 0.023 0.045 0.002 0.001 0.210 0.161 36 L 0.283 0.020 0.073 0.012 0.002 0.001 0.066 0.015 0.040 0.014 0.007 0.094 0.373 37 A 0.025 0.020 0.488 0.010 0.002 0.001 0.009 0.005 0.073 0.102 0.018 0.168 0.079 38 P 0.002 0.011 0.523 0.004 0.009 0.005 0.001 0.001 0.011 0.232 0.126 0.008 0.067 39 P 0.001 0.006 0.131 0.005 0.077 0.019 0.001 0.001 0.001 0.136 0.616 0.005 0.003 40 S 0.001 0.008 0.146 0.004 0.170 0.030 0.001 0.001 0.001 0.189 0.441 0.004 0.005 41 E 0.006 0.038 0.292 0.003 0.224 0.090 0.001 0.001 0.004 0.160 0.144 0.018 0.018 42 V 0.015 0.080 0.250 0.004 0.153 0.179 0.004 0.002 0.010 0.085 0.124 0.010 0.083 43 A 0.010 0.058 0.251 0.018 0.099 0.169 0.003 0.002 0.010 0.101 0.198 0.054 0.028 44 G 0.007 0.035 0.254 0.011 0.065 0.113 0.002 0.001 0.009 0.152 0.238 0.030 0.084 45 A 0.005 0.021 0.280 0.014 0.064 0.125 0.002 0.001 0.005 0.177 0.246 0.023 0.039 46 G 0.003 0.014 0.261 0.011 0.033 0.107 0.001 0.001 0.007 0.236 0.275 0.029 0.021 47 A 0.006 0.018 0.341 0.006 0.040 0.154 0.002 0.002 0.010 0.165 0.194 0.013 0.050 48 A 0.010 0.018 0.267 0.019 0.058 0.222 0.002 0.003 0.013 0.154 0.165 0.040 0.029 49 S 0.025 0.021 0.234 0.018 0.055 0.258 0.005 0.004 0.021 0.136 0.092 0.053 0.078 50 V 0.047 0.019 0.189 0.016 0.062 0.321 0.009 0.005 0.024 0.063 0.065 0.040 0.140 51 M 0.060 0.015 0.168 0.034 0.071 0.328 0.011 0.004 0.018 0.059 0.061 0.095 0.077 52 S 0.044 0.013 0.168 0.017 0.096 0.311 0.006 0.003 0.012 0.061 0.070 0.070 0.128 53 A 0.034 0.015 0.130 0.013 0.095 0.360 0.004 0.002 0.008 0.063 0.131 0.057 0.088 54 L 0.021 0.014 0.215 0.013 0.067 0.217 0.003 0.001 0.007 0.085 0.228 0.044 0.085 55 T 0.008 0.007 0.205 0.025 0.067 0.180 0.001 0.001 0.003 0.140 0.302 0.026 0.035 56 D 0.006 0.006 0.162 0.022 0.034 0.137 0.001 0.001 0.003 0.241 0.330 0.035 0.023 57 K 0.022 0.010 0.306 0.018 0.037 0.146 0.003 0.001 0.008 0.130 0.158 0.028 0.133 58 A 0.057 0.015 0.250 0.021 0.019 0.151 0.011 0.004 0.033 0.073 0.049 0.221 0.096 59 I 0.100 0.017 0.152 0.017 0.012 0.132 0.026 0.010 0.071 0.028 0.026 0.099 0.308 60 V 0.140 0.014 0.138 0.085 0.018 0.117 0.025 0.011 0.064 0.020 0.014 0.169 0.185 61 K 0.112 0.009 0.131 0.059 0.021 0.166 0.022 0.006 0.066 0.036 0.033 0.152 0.189 62 K 0.068 0.008 0.120 0.022 0.041 0.239 0.009 0.003 0.031 0.039 0.051 0.052 0.318 63 E 0.064 0.007 0.148 0.034 0.030 0.193 0.005 0.003 0.029 0.053 0.034 0.276 0.125 64 L 0.048 0.009 0.195 0.018 0.034 0.313 0.004 0.002 0.022 0.054 0.039 0.058 0.203 65 L 0.020 0.005 0.077 0.012 0.042 0.717 0.002 0.001 0.010 0.023 0.026 0.026 0.039 66 Y 0.026 0.003 0.043 0.015 0.070 0.706 0.002 0.001 0.003 0.015 0.057 0.024 0.036 67 D 0.038 0.005 0.050 0.004 0.083 0.655 0.002 0.001 0.003 0.014 0.059 0.035 0.050 68 V 0.043 0.008 0.066 0.007 0.084 0.582 0.004 0.002 0.005 0.020 0.064 0.025 0.092 69 A 0.023 0.009 0.122 0.014 0.046 0.285 0.002 0.001 0.005 0.059 0.345 0.052 0.038 70 G 0.004 0.005 0.102 0.008 0.024 0.047 0.001 0.001 0.002 0.100 0.660 0.016 0.030 71 S 0.002 0.003 0.187 0.011 0.010 0.011 0.001 0.001 0.003 0.296 0.442 0.015 0.018 72 D 0.008 0.009 0.268 0.029 0.011 0.014 0.001 0.001 0.009 0.353 0.215 0.054 0.028 73 K 0.076 0.027 0.238 0.020 0.014 0.021 0.015 0.008 0.051 0.099 0.107 0.076 0.249 74 Y 0.212 0.015 0.108 0.030 0.007 0.016 0.052 0.042 0.086 0.020 0.009 0.182 0.222 75 Q 0.310 0.010 0.033 0.027 0.004 0.011 0.096 0.041 0.093 0.006 0.004 0.191 0.174 76 V 0.294 0.013 0.050 0.026 0.011 0.010 0.058 0.035 0.064 0.008 0.010 0.130 0.290 77 N 0.116 0.012 0.145 0.065 0.019 0.010 0.026 0.014 0.057 0.062 0.073 0.260 0.140 78 N 0.016 0.014 0.320 0.011 0.010 0.003 0.004 0.003 0.020 0.268 0.108 0.064 0.160 79 K 0.007 0.027 0.500 0.009 0.017 0.005 0.002 0.001 0.009 0.202 0.125 0.049 0.047 80 H 0.005 0.038 0.387 0.011 0.046 0.011 0.001 0.001 0.006 0.191 0.231 0.026 0.044 81 D 0.002 0.020 0.303 0.011 0.066 0.015 0.001 0.001 0.003 0.274 0.263 0.016 0.025 82 D 0.003 0.020 0.244 0.015 0.072 0.014 0.001 0.001 0.003 0.275 0.311 0.019 0.023 83 K 0.010 0.060 0.421 0.007 0.064 0.019 0.003 0.002 0.011 0.163 0.145 0.043 0.053 84 Y 0.008 0.048 0.476 0.007 0.040 0.014 0.004 0.003 0.014 0.191 0.080 0.032 0.084 85 S 0.003 0.026 0.548 0.004 0.012 0.008 0.002 0.001 0.013 0.212 0.059 0.089 0.023 86 P 0.002 0.071 0.478 0.004 0.017 0.021 0.001 0.001 0.007 0.196 0.118 0.013 0.071 87 L 0.001 0.039 0.637 0.003 0.006 0.025 0.001 0.001 0.005 0.213 0.029 0.034 0.009 88 P 0.001 0.014 0.681 0.002 0.012 0.120 0.001 0.001 0.003 0.094 0.034 0.004 0.035 89 C 0.001 0.003 0.033 0.001 0.023 0.896 0.001 0.001 0.001 0.013 0.029 0.001 0.002 90 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.015 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 91 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 92 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 100 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.629 0.001 0.001 0.001 0.011 0.345 0.001 0.001 101 G 0.001 0.001 0.036 0.001 0.009 0.101 0.001 0.001 0.001 0.052 0.799 0.001 0.001 102 Q 0.001 0.006 0.381 0.002 0.020 0.185 0.001 0.001 0.005 0.195 0.183 0.012 0.009 103 E 0.005 0.013 0.480 0.004 0.020 0.124 0.002 0.001 0.034 0.098 0.114 0.012 0.093 104 V 0.011 0.017 0.447 0.024 0.018 0.113 0.004 0.003 0.065 0.101 0.074 0.087 0.036 105 L 0.023 0.020 0.308 0.032 0.022 0.131 0.013 0.006 0.154 0.054 0.062 0.031 0.145 106 Y 0.049 0.016 0.221 0.047 0.036 0.203 0.014 0.011 0.123 0.053 0.022 0.111 0.094 107 K 0.040 0.008 0.134 0.040 0.027 0.301 0.011 0.014 0.104 0.060 0.031 0.106 0.121 108 L 0.057 0.008 0.066 0.011 0.050 0.324 0.026 0.031 0.076 0.027 0.047 0.039 0.239 109 T 0.051 0.010 0.078 0.033 0.120 0.394 0.019 0.024 0.043 0.034 0.078 0.064 0.053 110 S 0.019 0.011 0.092 0.009 0.142 0.429 0.004 0.004 0.018 0.075 0.122 0.026 0.049 111 E 0.004 0.009 0.092 0.004 0.061 0.403 0.001 0.001 0.006 0.102 0.287 0.012 0.018 112 N 0.002 0.015 0.162 0.003 0.039 0.364 0.001 0.001 0.002 0.186 0.199 0.008 0.018 113 C 0.001 0.004 0.140 0.001 0.037 0.726 0.001 0.001 0.001 0.052 0.031 0.002 0.005 114 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.054 0.903 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.001 0.001 115 H 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 0.930 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 116 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 117 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 118 N 0.002 0.001 0.003 0.001 0.011 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 119 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.002 120 L 0.002 0.001 0.012 0.001 0.012 0.939 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.001 0.002 121 R 0.004 0.001 0.023 0.003 0.032 0.810 0.001 0.001 0.001 0.015 0.095 0.007 0.007 122 Y 0.002 0.001 0.034 0.002 0.017 0.241 0.001 0.001 0.002 0.060 0.628 0.004 0.008 123 G 0.001 0.003 0.149 0.001 0.005 0.034 0.001 0.001 0.004 0.167 0.623 0.006 0.006 124 V 0.002 0.016 0.778 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 0.016 0.101 0.022 0.021 0.020 125 A 0.002 0.036 0.673 0.002 0.010 0.033 0.001 0.001 0.023 0.107 0.039 0.019 0.055 126 R 0.003 0.032 0.479 0.014 0.045 0.160 0.001 0.001 0.014 0.128 0.068 0.025 0.032 127 S 0.003 0.012 0.260 0.027 0.110 0.240 0.001 0.001 0.009 0.109 0.177 0.015 0.036 128 D 0.006 0.010 0.188 0.012 0.181 0.221 0.001 0.001 0.007 0.090 0.215 0.038 0.031 129 Q 0.013 0.022 0.231 0.006 0.156 0.284 0.002 0.001 0.014 0.052 0.103 0.034 0.082 130 V 0.022 0.046 0.322 0.005 0.086 0.166 0.003 0.001 0.015 0.071 0.090 0.067 0.107 131 R 0.011 0.042 0.448 0.009 0.043 0.095 0.002 0.001 0.011 0.117 0.099 0.049 0.075 132 D 0.003 0.015 0.581 0.006 0.020 0.042 0.001 0.001 0.005 0.171 0.093 0.021 0.041