# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 301 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.101 0.103 0.269 0.273 0.008 0.047 0.015 0.027 0.020 0.006 0.020 0.021 0.041 0.003 0.023 0.024 2 R 0.051 0.125 0.223 0.456 0.006 0.036 0.004 0.007 0.024 0.005 0.009 0.008 0.015 0.001 0.004 0.028 3 A 0.075 0.046 0.162 0.596 0.007 0.068 0.003 0.004 0.005 0.002 0.012 0.005 0.008 0.001 0.001 0.006 4 P 0.013 0.085 0.135 0.648 0.009 0.081 0.001 0.005 0.004 0.001 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 0.003 5 I 0.007 0.068 0.029 0.779 0.011 0.078 0.003 0.005 0.004 0.001 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 6 P 0.004 0.093 0.065 0.814 0.001 0.004 0.001 0.006 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.010 0.006 0.054 0.870 0.009 0.040 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 8 P 0.006 0.026 0.272 0.677 0.005 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.001 0.001 0.002 0.074 0.864 0.047 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 10 P 0.001 0.019 0.004 0.101 0.009 0.055 0.001 0.755 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 11 G 0.001 0.095 0.003 0.101 0.002 0.022 0.001 0.009 0.419 0.252 0.020 0.070 0.001 0.001 0.001 0.005 12 D 0.602 0.079 0.037 0.135 0.001 0.058 0.001 0.003 0.008 0.003 0.026 0.030 0.011 0.001 0.002 0.004 13 L 0.014 0.058 0.665 0.202 0.001 0.021 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.014 0.007 0.001 0.001 0.008 14 I 0.011 0.031 0.260 0.680 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.005 0.127 0.833 0.008 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 16 I 0.001 0.010 0.019 0.793 0.026 0.120 0.003 0.007 0.001 0.001 0.005 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 17 F 0.001 0.095 0.012 0.744 0.012 0.077 0.002 0.024 0.005 0.002 0.010 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 18 R 0.012 0.085 0.016 0.455 0.041 0.229 0.008 0.016 0.017 0.021 0.048 0.022 0.022 0.002 0.002 0.003 19 P 0.029 0.102 0.091 0.237 0.054 0.120 0.012 0.042 0.007 0.006 0.195 0.038 0.050 0.006 0.008 0.005 20 F 0.018 0.200 0.092 0.401 0.007 0.024 0.007 0.020 0.027 0.004 0.047 0.073 0.027 0.003 0.015 0.035 21 Y 0.043 0.055 0.205 0.248 0.008 0.136 0.039 0.013 0.018 0.010 0.018 0.058 0.097 0.005 0.016 0.031 22 R 0.025 0.352 0.150 0.345 0.002 0.028 0.004 0.014 0.007 0.002 0.012 0.006 0.027 0.001 0.005 0.020 23 H 0.036 0.075 0.100 0.660 0.001 0.092 0.002 0.001 0.011 0.001 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.007 24 W 0.011 0.033 0.551 0.400 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.002 0.003 0.047 0.938 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 I 0.001 0.007 0.049 0.938 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.001 0.003 0.004 0.749 0.176 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 V 0.002 0.024 0.003 0.161 0.131 0.571 0.001 0.076 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.001 0.051 0.001 0.046 0.590 0.030 0.014 0.040 0.022 0.028 0.156 0.015 0.001 0.004 0.001 0.001 30 D 0.014 0.092 0.006 0.027 0.002 0.013 0.001 0.608 0.014 0.006 0.010 0.032 0.002 0.001 0.173 0.001 31 G 0.005 0.119 0.083 0.052 0.001 0.006 0.002 0.004 0.498 0.042 0.012 0.009 0.004 0.001 0.002 0.162 32 Y 0.795 0.022 0.105 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 33 V 0.010 0.001 0.875 0.031 0.001 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 V 0.001 0.187 0.082 0.726 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 H 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 L 0.001 0.011 0.092 0.843 0.007 0.041 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.001 0.018 0.005 0.928 0.010 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 P 0.003 0.054 0.006 0.210 0.151 0.543 0.001 0.008 0.001 0.002 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 39 P 0.002 0.060 0.006 0.137 0.019 0.243 0.001 0.134 0.004 0.003 0.361 0.025 0.003 0.001 0.003 0.001 40 S 0.006 0.202 0.011 0.101 0.005 0.045 0.002 0.020 0.060 0.015 0.159 0.348 0.012 0.001 0.006 0.007 41 E 0.075 0.075 0.148 0.099 0.016 0.037 0.017 0.006 0.023 0.005 0.077 0.180 0.157 0.005 0.014 0.066 42 V 0.022 0.020 0.215 0.035 0.120 0.065 0.183 0.008 0.003 0.004 0.028 0.041 0.108 0.121 0.008 0.020 43 A 0.008 0.070 0.111 0.082 0.003 0.052 0.012 0.235 0.004 0.002 0.036 0.035 0.114 0.003 0.216 0.016 44 G 0.008 0.020 0.023 0.067 0.065 0.031 0.133 0.004 0.184 0.079 0.045 0.025 0.067 0.115 0.003 0.131 45 A 0.401 0.034 0.118 0.087 0.002 0.014 0.003 0.113 0.002 0.001 0.019 0.021 0.051 0.001 0.126 0.006 46 G 0.010 0.024 0.127 0.062 0.006 0.225 0.011 0.003 0.071 0.219 0.034 0.043 0.087 0.004 0.002 0.072 47 A 0.183 0.074 0.033 0.099 0.011 0.124 0.007 0.013 0.002 0.001 0.261 0.050 0.125 0.005 0.008 0.005 48 A 0.006 0.225 0.096 0.181 0.002 0.050 0.005 0.013 0.010 0.004 0.043 0.271 0.070 0.002 0.008 0.015 49 S 0.030 0.032 0.142 0.168 0.006 0.128 0.023 0.003 0.011 0.004 0.051 0.079 0.278 0.004 0.006 0.034 50 V 0.018 0.042 0.145 0.155 0.009 0.061 0.014 0.008 0.002 0.001 0.143 0.051 0.324 0.008 0.005 0.014 51 M 0.009 0.116 0.086 0.211 0.003 0.057 0.013 0.009 0.006 0.003 0.028 0.150 0.270 0.007 0.016 0.017 52 S 0.010 0.023 0.058 0.110 0.004 0.143 0.014 0.004 0.005 0.002 0.043 0.042 0.506 0.003 0.010 0.023 53 A 0.016 0.029 0.045 0.087 0.009 0.065 0.012 0.006 0.003 0.001 0.207 0.058 0.426 0.009 0.006 0.021 54 L 0.011 0.082 0.053 0.065 0.036 0.047 0.077 0.009 0.006 0.002 0.047 0.169 0.250 0.106 0.014 0.028 55 T 0.009 0.037 0.094 0.064 0.004 0.048 0.027 0.055 0.004 0.002 0.032 0.036 0.377 0.013 0.168 0.030 56 D 0.016 0.071 0.078 0.055 0.002 0.042 0.017 0.008 0.056 0.018 0.075 0.033 0.300 0.014 0.017 0.197 57 K 0.253 0.075 0.158 0.194 0.001 0.019 0.005 0.004 0.010 0.001 0.040 0.054 0.123 0.004 0.015 0.044 58 A 0.031 0.020 0.587 0.189 0.001 0.035 0.004 0.001 0.002 0.001 0.006 0.024 0.071 0.001 0.003 0.023 59 I 0.010 0.038 0.271 0.528 0.005 0.040 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.072 0.001 0.001 0.015 60 V 0.003 0.024 0.052 0.751 0.023 0.067 0.008 0.004 0.001 0.001 0.007 0.006 0.046 0.003 0.001 0.002 61 K 0.003 0.060 0.062 0.488 0.010 0.225 0.006 0.024 0.002 0.002 0.028 0.017 0.065 0.002 0.004 0.005 62 K 0.007 0.031 0.026 0.448 0.006 0.151 0.003 0.010 0.013 0.004 0.164 0.040 0.085 0.001 0.003 0.008 63 E 0.026 0.108 0.101 0.367 0.006 0.060 0.003 0.006 0.004 0.002 0.060 0.156 0.086 0.001 0.003 0.010 64 L 0.011 0.021 0.032 0.101 0.006 0.359 0.006 0.004 0.002 0.002 0.078 0.081 0.283 0.003 0.003 0.008 65 L 0.004 0.036 0.032 0.054 0.008 0.086 0.010 0.005 0.002 0.001 0.260 0.069 0.407 0.015 0.004 0.007 66 Y 0.003 0.100 0.019 0.060 0.001 0.011 0.005 0.007 0.003 0.001 0.030 0.207 0.499 0.004 0.037 0.013 67 D 0.003 0.007 0.053 0.041 0.002 0.030 0.014 0.001 0.006 0.001 0.009 0.026 0.706 0.004 0.009 0.089 68 V 0.023 0.009 0.065 0.020 0.039 0.016 0.213 0.003 0.002 0.001 0.040 0.013 0.345 0.178 0.007 0.027 69 A 0.006 0.061 0.072 0.038 0.014 0.022 0.049 0.145 0.002 0.001 0.013 0.030 0.165 0.048 0.318 0.016 70 G 0.009 0.037 0.039 0.075 0.005 0.021 0.025 0.018 0.097 0.048 0.019 0.009 0.130 0.022 0.055 0.391 71 S 0.410 0.041 0.080 0.052 0.002 0.086 0.010 0.011 0.032 0.010 0.037 0.027 0.116 0.007 0.020 0.060 72 D 0.116 0.181 0.211 0.124 0.002 0.078 0.006 0.008 0.012 0.007 0.089 0.048 0.083 0.005 0.007 0.022 73 K 0.050 0.140 0.225 0.470 0.001 0.019 0.003 0.002 0.006 0.001 0.015 0.032 0.017 0.001 0.003 0.016 74 Y 0.009 0.012 0.487 0.457 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.001 0.001 0.005 75 Q 0.002 0.007 0.180 0.636 0.090 0.053 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.002 0.001 0.004 76 V 0.002 0.018 0.015 0.507 0.193 0.166 0.010 0.038 0.001 0.001 0.024 0.005 0.012 0.007 0.001 0.001 77 N 0.002 0.122 0.012 0.275 0.019 0.192 0.003 0.210 0.022 0.013 0.050 0.043 0.017 0.001 0.017 0.003 78 N 0.032 0.071 0.024 0.198 0.023 0.139 0.007 0.017 0.134 0.046 0.179 0.065 0.033 0.002 0.003 0.027 79 K 0.186 0.074 0.107 0.057 0.053 0.079 0.024 0.016 0.011 0.004 0.151 0.145 0.062 0.010 0.008 0.012 80 H 0.019 0.107 0.189 0.096 0.035 0.096 0.042 0.046 0.008 0.007 0.087 0.115 0.074 0.025 0.037 0.018 81 D 0.028 0.127 0.087 0.064 0.006 0.150 0.020 0.045 0.030 0.014 0.075 0.091 0.137 0.005 0.076 0.046 82 D 0.073 0.073 0.061 0.093 0.006 0.047 0.013 0.010 0.045 0.008 0.255 0.067 0.150 0.009 0.011 0.078 83 K 0.138 0.121 0.244 0.129 0.007 0.050 0.018 0.008 0.015 0.002 0.024 0.126 0.057 0.014 0.018 0.027 84 Y 0.021 0.084 0.539 0.215 0.002 0.013 0.011 0.005 0.006 0.001 0.006 0.011 0.033 0.002 0.015 0.038 85 S 0.041 0.028 0.239 0.453 0.008 0.127 0.010 0.005 0.006 0.004 0.007 0.007 0.031 0.002 0.003 0.029 86 P 0.051 0.075 0.159 0.541 0.007 0.088 0.002 0.008 0.004 0.001 0.031 0.005 0.016 0.001 0.002 0.011 87 L 0.013 0.123 0.086 0.522 0.014 0.148 0.003 0.006 0.005 0.004 0.023 0.040 0.008 0.001 0.001 0.004 88 P 0.006 0.013 0.014 0.038 0.012 0.798 0.002 0.008 0.001 0.001 0.056 0.026 0.023 0.001 0.001 0.001 89 C 0.001 0.010 0.002 0.010 0.001 0.046 0.001 0.005 0.001 0.001 0.839 0.059 0.024 0.001 0.001 0.001 90 S 0.001 0.025 0.002 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.831 0.073 0.001 0.003 0.001 91 K 0.001 0.001 0.019 0.008 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.078 0.853 0.001 0.001 0.009 92 I 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.032 0.943 0.001 0.001 0.001 93 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 95 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 97 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.005 0.003 0.008 99 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.785 0.002 0.014 100 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.008 0.873 0.005 101 G 0.002 0.004 0.010 0.002 0.001 0.005 0.018 0.001 0.027 0.022 0.009 0.001 0.117 0.028 0.011 0.743 102 Q 0.764 0.026 0.008 0.008 0.001 0.005 0.005 0.004 0.003 0.001 0.013 0.016 0.091 0.004 0.034 0.018 103 E 0.023 0.054 0.604 0.035 0.002 0.052 0.013 0.002 0.008 0.003 0.012 0.027 0.073 0.005 0.004 0.082 104 V 0.066 0.054 0.337 0.188 0.008 0.118 0.023 0.008 0.002 0.002 0.023 0.031 0.114 0.005 0.008 0.011 105 L 0.011 0.179 0.143 0.426 0.011 0.039 0.027 0.007 0.008 0.002 0.034 0.025 0.064 0.006 0.004 0.015 106 Y 0.016 0.024 0.092 0.750 0.002 0.016 0.003 0.008 0.004 0.001 0.015 0.016 0.042 0.001 0.005 0.006 107 K 0.010 0.009 0.177 0.455 0.019 0.174 0.004 0.003 0.005 0.010 0.015 0.023 0.086 0.001 0.001 0.007 108 L 0.015 0.040 0.017 0.404 0.020 0.115 0.004 0.013 0.002 0.001 0.163 0.037 0.160 0.003 0.002 0.004 109 T 0.003 0.092 0.016 0.165 0.069 0.146 0.031 0.025 0.007 0.006 0.041 0.225 0.144 0.020 0.006 0.004 110 S 0.007 0.039 0.033 0.050 0.023 0.083 0.048 0.079 0.006 0.004 0.139 0.040 0.358 0.020 0.053 0.018 111 E 0.013 0.035 0.048 0.039 0.009 0.050 0.038 0.032 0.029 0.021 0.116 0.139 0.324 0.024 0.032 0.050 112 N 0.060 0.019 0.035 0.012 0.001 0.039 0.016 0.007 0.008 0.007 0.084 0.132 0.519 0.005 0.031 0.024 113 C 0.014 0.009 0.016 0.007 0.001 0.045 0.009 0.002 0.003 0.003 0.104 0.099 0.668 0.004 0.005 0.011 114 E 0.008 0.017 0.011 0.012 0.001 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.101 0.132 0.674 0.005 0.009 0.004 115 H 0.001 0.012 0.009 0.013 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 0.136 0.780 0.003 0.005 0.009 116 F 0.003 0.002 0.017 0.021 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.912 0.002 0.004 0.009 117 V 0.001 0.003 0.014 0.013 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.914 0.009 0.001 0.005 118 N 0.001 0.004 0.005 0.033 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.934 0.003 0.004 0.003 119 E 0.001 0.009 0.028 0.117 0.001 0.010 0.007 0.001 0.003 0.001 0.006 0.012 0.734 0.012 0.004 0.056 120 L 0.010 0.006 0.057 0.052 0.006 0.024 0.028 0.002 0.001 0.001 0.009 0.010 0.750 0.014 0.010 0.019 121 R 0.001 0.009 0.013 0.014 0.166 0.009 0.158 0.003 0.001 0.001 0.009 0.003 0.076 0.527 0.003 0.008 122 Y 0.005 0.019 0.011 0.044 0.002 0.016 0.006 0.249 0.002 0.001 0.014 0.010 0.083 0.005 0.521 0.012 123 G 0.006 0.020 0.060 0.030 0.003 0.009 0.010 0.002 0.202 0.091 0.013 0.011 0.058 0.005 0.003 0.476 124 V 0.791 0.017 0.026 0.036 0.004 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.017 0.021 0.044 0.003 0.005 0.007 125 A 0.012 0.054 0.376 0.057 0.014 0.206 0.022 0.013 0.005 0.003 0.054 0.051 0.096 0.008 0.008 0.020 126 R 0.024 0.220 0.062 0.229 0.023 0.051 0.035 0.021 0.012 0.004 0.138 0.067 0.059 0.020 0.011 0.024 127 S 0.024 0.031 0.043 0.055 0.006 0.342 0.022 0.024 0.012 0.010 0.054 0.155 0.174 0.007 0.033 0.008 128 D 0.012 0.037 0.050 0.046 0.001 0.014 0.003 0.006 0.010 0.003 0.516 0.046 0.206 0.003 0.007 0.039 129 Q 0.052 0.118 0.067 0.135 0.004 0.017 0.006 0.002 0.015 0.001 0.012 0.427 0.076 0.006 0.006 0.055 130 V 0.016 0.009 0.449 0.039 0.019 0.041 0.114 0.002 0.001 0.001 0.010 0.011 0.219 0.024 0.014 0.030 131 R 0.006 0.121 0.152 0.083 0.052 0.103 0.085 0.066 0.003 0.003 0.036 0.018 0.164 0.043 0.026 0.036 132 D 0.021 0.065 0.031 0.193 0.014 0.103 0.023 0.096 0.050 0.014 0.110 0.039 0.129 0.015 0.057 0.040