# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 302 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.032 0.005 0.001 0.021 0.029 0.043 0.093 0.002 0.001 0.028 0.745 2 R 0.032 0.003 0.001 0.019 0.026 0.036 0.117 0.002 0.001 0.036 0.729 3 A 0.023 0.002 0.001 0.019 0.039 0.050 0.104 0.001 0.001 0.029 0.731 4 P 0.032 0.003 0.001 0.014 0.019 0.025 0.106 0.001 0.001 0.030 0.770 5 I 0.117 0.004 0.001 0.021 0.023 0.039 0.065 0.002 0.001 0.043 0.686 6 P 0.025 0.001 0.001 0.016 0.010 0.013 0.082 0.001 0.001 0.025 0.826 7 E 0.010 0.002 0.001 0.016 0.008 0.016 0.195 0.001 0.001 0.030 0.720 8 P 0.021 0.005 0.001 0.007 0.008 0.009 0.127 0.001 0.001 0.029 0.792 9 K 0.423 0.032 0.001 0.014 0.013 0.016 0.106 0.004 0.001 0.075 0.316 10 P 0.045 0.030 0.001 0.017 0.014 0.025 0.110 0.001 0.001 0.031 0.726 11 G 0.016 0.027 0.001 0.051 0.053 0.103 0.146 0.001 0.001 0.067 0.536 12 D 0.020 0.013 0.001 0.080 0.107 0.454 0.055 0.002 0.001 0.057 0.210 13 L 0.006 0.006 0.001 0.058 0.322 0.278 0.055 0.001 0.001 0.031 0.242 14 I 0.005 0.002 0.001 0.065 0.331 0.455 0.024 0.001 0.001 0.020 0.096 15 E 0.006 0.002 0.001 0.081 0.291 0.341 0.034 0.001 0.001 0.032 0.214 16 I 0.006 0.005 0.001 0.077 0.203 0.196 0.080 0.001 0.001 0.025 0.406 17 F 0.026 0.018 0.002 0.035 0.103 0.159 0.112 0.003 0.001 0.034 0.507 18 R 0.111 0.028 0.002 0.035 0.073 0.101 0.116 0.005 0.001 0.111 0.417 19 P 0.057 0.042 0.004 0.045 0.065 0.075 0.122 0.003 0.001 0.088 0.497 20 F 0.045 0.047 0.006 0.063 0.047 0.088 0.119 0.004 0.001 0.081 0.500 21 Y 0.041 0.037 0.006 0.069 0.060 0.120 0.143 0.006 0.001 0.073 0.443 22 R 0.021 0.048 0.003 0.093 0.137 0.206 0.102 0.004 0.001 0.059 0.328 23 H 0.010 0.017 0.001 0.104 0.214 0.303 0.059 0.002 0.001 0.104 0.186 24 W 0.003 0.005 0.001 0.174 0.266 0.360 0.037 0.001 0.001 0.064 0.089 25 A 0.002 0.001 0.001 0.224 0.206 0.392 0.033 0.001 0.001 0.044 0.096 26 I 0.002 0.001 0.001 0.193 0.344 0.317 0.022 0.001 0.001 0.029 0.091 27 Y 0.012 0.002 0.002 0.144 0.273 0.305 0.080 0.001 0.001 0.054 0.125 28 V 0.091 0.003 0.005 0.091 0.129 0.159 0.074 0.003 0.001 0.062 0.381 29 G 0.239 0.002 0.001 0.043 0.024 0.033 0.135 0.003 0.001 0.037 0.484 30 D 0.009 0.002 0.001 0.026 0.019 0.041 0.128 0.001 0.001 0.027 0.749 31 G 0.001 0.001 0.001 0.052 0.057 0.092 0.195 0.001 0.001 0.045 0.557 32 Y 0.002 0.001 0.001 0.151 0.134 0.547 0.033 0.001 0.001 0.056 0.077 33 V 0.002 0.001 0.001 0.105 0.259 0.277 0.044 0.001 0.001 0.094 0.219 34 V 0.002 0.001 0.001 0.331 0.298 0.187 0.020 0.001 0.001 0.067 0.095 35 H 0.003 0.001 0.001 0.336 0.158 0.257 0.026 0.001 0.001 0.062 0.156 36 L 0.005 0.001 0.001 0.185 0.143 0.193 0.077 0.001 0.001 0.083 0.311 37 A 0.016 0.003 0.001 0.078 0.079 0.120 0.166 0.001 0.001 0.067 0.469 38 P 0.143 0.030 0.001 0.027 0.023 0.031 0.172 0.003 0.001 0.057 0.513 39 P 0.241 0.048 0.001 0.021 0.011 0.015 0.111 0.005 0.001 0.051 0.496 40 S 0.082 0.051 0.001 0.026 0.014 0.020 0.138 0.002 0.001 0.068 0.597 41 E 0.107 0.033 0.002 0.022 0.011 0.028 0.106 0.007 0.001 0.109 0.574 42 V 0.151 0.016 0.004 0.021 0.024 0.021 0.120 0.009 0.001 0.115 0.516 43 A 0.087 0.016 0.002 0.022 0.027 0.024 0.126 0.004 0.001 0.052 0.641 44 G 0.058 0.018 0.001 0.019 0.023 0.034 0.106 0.004 0.001 0.048 0.689 45 A 0.035 0.026 0.002 0.022 0.038 0.032 0.146 0.004 0.001 0.065 0.629 46 G 0.084 0.078 0.003 0.035 0.042 0.065 0.117 0.009 0.001 0.125 0.440 47 A 0.069 0.180 0.002 0.031 0.028 0.029 0.136 0.006 0.001 0.060 0.460 48 A 0.037 0.144 0.002 0.060 0.047 0.054 0.093 0.006 0.001 0.179 0.378 49 S 0.039 0.188 0.005 0.048 0.046 0.065 0.074 0.008 0.002 0.220 0.305 50 V 0.062 0.354 0.007 0.049 0.052 0.050 0.048 0.009 0.002 0.084 0.283 51 M 0.107 0.047 0.004 0.041 0.039 0.051 0.065 0.012 0.002 0.387 0.245 52 S 0.052 0.100 0.019 0.037 0.047 0.040 0.099 0.007 0.007 0.175 0.417 53 A 0.150 0.093 0.010 0.022 0.025 0.026 0.101 0.009 0.006 0.073 0.485 54 L 0.184 0.075 0.013 0.016 0.019 0.027 0.083 0.014 0.005 0.056 0.507 55 T 0.073 0.056 0.004 0.009 0.016 0.020 0.109 0.006 0.002 0.031 0.676 56 D 0.088 0.137 0.003 0.016 0.027 0.063 0.110 0.008 0.001 0.050 0.497 57 K 0.033 0.145 0.003 0.032 0.062 0.058 0.109 0.005 0.001 0.052 0.502 58 A 0.016 0.103 0.004 0.069 0.110 0.159 0.086 0.005 0.001 0.068 0.379 59 I 0.024 0.096 0.007 0.063 0.096 0.142 0.098 0.004 0.002 0.085 0.384 60 V 0.042 0.101 0.012 0.064 0.110 0.099 0.077 0.009 0.004 0.074 0.408 61 K 0.146 0.244 0.008 0.039 0.047 0.056 0.053 0.016 0.005 0.041 0.345 62 K 0.160 0.235 0.003 0.023 0.024 0.030 0.046 0.011 0.002 0.041 0.423 63 E 0.043 0.215 0.007 0.025 0.023 0.027 0.093 0.009 0.003 0.066 0.489 64 L 0.057 0.496 0.008 0.019 0.015 0.036 0.060 0.015 0.003 0.037 0.254 65 L 0.126 0.496 0.006 0.014 0.022 0.027 0.035 0.017 0.002 0.033 0.221 66 Y 0.074 0.270 0.013 0.038 0.072 0.069 0.048 0.013 0.004 0.074 0.326 67 D 0.076 0.080 0.014 0.031 0.046 0.096 0.105 0.012 0.007 0.147 0.387 68 V 0.168 0.038 0.020 0.032 0.058 0.061 0.080 0.012 0.008 0.110 0.413 69 A 0.103 0.009 0.007 0.026 0.035 0.034 0.118 0.005 0.003 0.056 0.605 70 G 0.043 0.010 0.002 0.017 0.020 0.039 0.095 0.003 0.001 0.025 0.747 71 S 0.029 0.009 0.001 0.016 0.028 0.038 0.104 0.003 0.001 0.028 0.745 72 D 0.027 0.021 0.001 0.061 0.081 0.136 0.145 0.002 0.001 0.048 0.478 73 K 0.006 0.009 0.001 0.083 0.080 0.165 0.123 0.001 0.001 0.069 0.463 74 Y 0.004 0.006 0.001 0.168 0.226 0.248 0.069 0.001 0.001 0.078 0.200 75 Q 0.025 0.010 0.001 0.175 0.166 0.277 0.056 0.002 0.001 0.058 0.229 76 V 0.047 0.011 0.001 0.169 0.160 0.174 0.046 0.003 0.001 0.047 0.341 77 N 0.031 0.009 0.001 0.111 0.087 0.129 0.115 0.002 0.001 0.039 0.477 78 N 0.066 0.025 0.002 0.058 0.044 0.088 0.110 0.004 0.001 0.059 0.542 79 K 0.123 0.013 0.002 0.026 0.032 0.035 0.124 0.006 0.001 0.053 0.584 80 H 0.129 0.031 0.002 0.014 0.018 0.024 0.126 0.006 0.001 0.031 0.618 81 D 0.200 0.014 0.001 0.017 0.026 0.047 0.072 0.005 0.001 0.040 0.578 82 D 0.049 0.005 0.001 0.023 0.047 0.085 0.114 0.002 0.001 0.046 0.628 83 K 0.021 0.006 0.001 0.025 0.051 0.112 0.098 0.002 0.001 0.024 0.660 84 Y 0.032 0.004 0.001 0.014 0.067 0.055 0.075 0.002 0.001 0.028 0.722 85 S 0.067 0.008 0.001 0.026 0.073 0.077 0.100 0.002 0.001 0.038 0.610 86 P 0.006 0.008 0.001 0.010 0.017 0.020 0.179 0.001 0.001 0.026 0.734 87 L 0.034 0.109 0.002 0.017 0.029 0.034 0.163 0.003 0.001 0.062 0.548 88 P 0.123 0.702 0.001 0.003 0.003 0.004 0.014 0.005 0.001 0.012 0.134 89 C 0.018 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.032 90 S 0.002 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.012 0.027 91 K 0.002 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.007 92 I 0.002 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 93 I 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 94 Q 0.005 0.961 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.010 95 R 0.004 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.009 96 A 0.045 0.851 0.021 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.033 0.024 97 E 0.126 0.429 0.086 0.002 0.003 0.004 0.029 0.018 0.053 0.081 0.170 98 E 0.229 0.203 0.030 0.004 0.003 0.007 0.047 0.016 0.028 0.064 0.370 99 L 0.197 0.065 0.012 0.005 0.004 0.004 0.077 0.011 0.009 0.072 0.544 100 V 0.084 0.036 0.008 0.012 0.006 0.010 0.118 0.006 0.005 0.053 0.661 101 G 0.046 0.018 0.002 0.010 0.005 0.013 0.112 0.003 0.001 0.037 0.754 102 Q 0.030 0.024 0.002 0.019 0.019 0.026 0.130 0.003 0.001 0.050 0.696 103 E 0.019 0.017 0.001 0.035 0.026 0.037 0.132 0.002 0.001 0.073 0.657 104 V 0.035 0.031 0.002 0.119 0.059 0.099 0.103 0.003 0.001 0.074 0.475 105 L 0.009 0.009 0.001 0.102 0.060 0.108 0.088 0.002 0.001 0.093 0.530 106 Y 0.010 0.018 0.001 0.206 0.119 0.150 0.078 0.002 0.001 0.079 0.336 107 K 0.020 0.033 0.002 0.235 0.086 0.144 0.072 0.002 0.001 0.076 0.330 108 L 0.020 0.043 0.007 0.101 0.080 0.071 0.114 0.004 0.001 0.088 0.471 109 T 0.145 0.124 0.005 0.065 0.042 0.075 0.105 0.015 0.002 0.077 0.344 110 S 0.275 0.238 0.002 0.035 0.018 0.026 0.075 0.008 0.001 0.051 0.271 111 E 0.028 0.239 0.003 0.036 0.024 0.028 0.089 0.004 0.001 0.053 0.495 112 N 0.020 0.535 0.005 0.015 0.012 0.025 0.035 0.010 0.002 0.061 0.279 113 C 0.037 0.785 0.003 0.006 0.014 0.010 0.013 0.008 0.001 0.038 0.085 114 E 0.031 0.163 0.002 0.010 0.023 0.020 0.029 0.007 0.001 0.578 0.135 115 H 0.008 0.712 0.011 0.011 0.015 0.010 0.022 0.002 0.003 0.122 0.082 116 F 0.018 0.854 0.007 0.008 0.012 0.017 0.009 0.005 0.003 0.028 0.040 117 V 0.030 0.767 0.008 0.009 0.021 0.031 0.011 0.006 0.002 0.046 0.070 118 N 0.024 0.372 0.018 0.029 0.057 0.086 0.040 0.006 0.006 0.194 0.168 119 E 0.041 0.093 0.092 0.040 0.081 0.100 0.092 0.012 0.022 0.237 0.190 120 L 0.319 0.062 0.027 0.028 0.032 0.051 0.086 0.019 0.016 0.070 0.290 121 R 0.145 0.013 0.003 0.024 0.022 0.023 0.069 0.008 0.002 0.032 0.659 122 Y 0.015 0.013 0.002 0.024 0.022 0.029 0.098 0.002 0.001 0.018 0.777 123 G 0.048 0.020 0.002 0.022 0.023 0.056 0.118 0.006 0.001 0.060 0.645 124 V 0.052 0.024 0.004 0.041 0.042 0.035 0.137 0.004 0.001 0.071 0.591 125 A 0.038 0.042 0.002 0.041 0.032 0.043 0.135 0.004 0.001 0.048 0.615 126 R 0.085 0.112 0.002 0.032 0.035 0.052 0.072 0.008 0.001 0.033 0.569 127 S 0.116 0.135 0.001 0.040 0.047 0.075 0.078 0.006 0.001 0.068 0.434 128 D 0.033 0.073 0.004 0.060 0.083 0.148 0.067 0.003 0.001 0.075 0.453 129 Q 0.054 0.034 0.004 0.028 0.068 0.125 0.092 0.006 0.001 0.084 0.505 130 V 0.155 0.022 0.004 0.022 0.062 0.071 0.073 0.006 0.002 0.063 0.520 131 R 0.055 0.008 0.001 0.017 0.035 0.038 0.105 0.002 0.001 0.034 0.705 132 D 0.029 0.013 0.001 0.013 0.027 0.055 0.087 0.002 0.001 0.025 0.747