# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 301 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.182 0.068 0.036 0.069 0.075 0.072 0.128 0.111 0.111 0.084 0.066 2 R 0.263 0.256 0.078 0.176 0.095 0.049 0.039 0.020 0.012 0.007 0.004 3 A 0.137 0.081 0.040 0.096 0.106 0.101 0.127 0.105 0.093 0.067 0.049 4 P 0.375 0.259 0.045 0.120 0.073 0.040 0.037 0.024 0.014 0.008 0.005 5 I 0.098 0.101 0.037 0.138 0.128 0.124 0.132 0.089 0.071 0.053 0.029 6 P 0.444 0.185 0.056 0.112 0.066 0.044 0.039 0.024 0.015 0.009 0.004 7 E 0.273 0.275 0.049 0.199 0.090 0.047 0.034 0.016 0.010 0.004 0.003 8 P 0.047 0.025 0.013 0.024 0.033 0.036 0.076 0.107 0.165 0.187 0.287 9 K 0.180 0.263 0.069 0.211 0.139 0.061 0.038 0.019 0.011 0.006 0.003 10 P 0.120 0.103 0.058 0.176 0.142 0.116 0.115 0.074 0.049 0.029 0.017 11 G 0.094 0.049 0.029 0.079 0.084 0.102 0.155 0.120 0.124 0.097 0.065 12 D 0.012 0.030 0.023 0.094 0.093 0.126 0.199 0.141 0.145 0.093 0.045 13 L 0.002 0.005 0.011 0.021 0.030 0.053 0.094 0.121 0.223 0.228 0.211 14 I 0.003 0.005 0.010 0.017 0.028 0.039 0.092 0.138 0.218 0.225 0.225 15 E 0.007 0.012 0.023 0.062 0.085 0.095 0.172 0.173 0.162 0.130 0.079 16 I 0.003 0.004 0.009 0.017 0.027 0.035 0.085 0.154 0.219 0.239 0.208 17 F 0.014 0.023 0.032 0.076 0.082 0.104 0.166 0.147 0.155 0.126 0.074 18 R 0.024 0.034 0.045 0.094 0.101 0.120 0.182 0.137 0.123 0.087 0.054 19 P 0.103 0.086 0.073 0.134 0.114 0.120 0.144 0.085 0.070 0.044 0.028 20 F 0.062 0.068 0.058 0.114 0.104 0.100 0.166 0.109 0.101 0.072 0.048 21 Y 0.017 0.022 0.027 0.055 0.065 0.089 0.157 0.134 0.164 0.145 0.125 22 R 0.038 0.077 0.084 0.153 0.150 0.129 0.151 0.080 0.066 0.042 0.029 23 H 0.006 0.010 0.023 0.037 0.055 0.081 0.164 0.157 0.187 0.168 0.112 24 W 0.003 0.007 0.013 0.028 0.038 0.052 0.133 0.171 0.220 0.209 0.128 25 A 0.002 0.006 0.009 0.021 0.026 0.037 0.083 0.114 0.222 0.255 0.224 26 I 0.002 0.002 0.005 0.008 0.015 0.020 0.053 0.118 0.201 0.261 0.314 27 Y 0.004 0.006 0.015 0.034 0.054 0.070 0.138 0.186 0.188 0.189 0.115 28 V 0.002 0.004 0.011 0.018 0.026 0.036 0.091 0.154 0.217 0.227 0.214 29 G 0.016 0.025 0.028 0.064 0.083 0.106 0.184 0.134 0.156 0.116 0.087 30 D 0.030 0.053 0.049 0.145 0.152 0.127 0.177 0.103 0.082 0.049 0.032 31 G 0.056 0.053 0.046 0.109 0.115 0.137 0.173 0.107 0.094 0.071 0.039 32 Y 0.018 0.041 0.029 0.099 0.106 0.128 0.211 0.134 0.113 0.079 0.043 33 V 0.002 0.004 0.006 0.012 0.017 0.030 0.064 0.088 0.202 0.263 0.312 34 V 0.001 0.002 0.004 0.008 0.014 0.028 0.057 0.088 0.197 0.285 0.316 35 H 0.004 0.007 0.015 0.036 0.054 0.094 0.150 0.145 0.197 0.194 0.104 36 L 0.002 0.003 0.006 0.013 0.021 0.045 0.102 0.136 0.235 0.239 0.197 37 A 0.014 0.026 0.024 0.072 0.081 0.105 0.165 0.142 0.160 0.120 0.090 38 P 0.105 0.117 0.052 0.135 0.117 0.112 0.144 0.084 0.067 0.040 0.027 39 P 0.345 0.195 0.049 0.142 0.092 0.058 0.050 0.030 0.019 0.011 0.009 40 S 0.410 0.156 0.035 0.102 0.075 0.055 0.059 0.043 0.028 0.021 0.015 41 E 0.246 0.148 0.039 0.133 0.106 0.085 0.087 0.062 0.043 0.030 0.022 42 V 0.073 0.089 0.036 0.090 0.094 0.112 0.130 0.108 0.106 0.086 0.076 43 A 0.110 0.086 0.048 0.120 0.121 0.100 0.120 0.104 0.085 0.057 0.050 44 G 0.284 0.145 0.059 0.143 0.101 0.069 0.075 0.049 0.036 0.023 0.016 45 A 0.084 0.054 0.029 0.094 0.098 0.088 0.124 0.123 0.122 0.095 0.088 46 G 0.229 0.152 0.044 0.137 0.113 0.075 0.084 0.065 0.048 0.032 0.021 47 A 0.080 0.059 0.033 0.107 0.112 0.099 0.132 0.122 0.111 0.078 0.067 48 A 0.119 0.075 0.049 0.114 0.116 0.096 0.127 0.109 0.088 0.060 0.047 49 S 0.061 0.063 0.040 0.128 0.131 0.112 0.146 0.111 0.097 0.063 0.047 50 V 0.023 0.019 0.020 0.044 0.058 0.058 0.113 0.150 0.187 0.162 0.165 51 M 0.048 0.042 0.036 0.104 0.121 0.105 0.161 0.127 0.115 0.086 0.055 52 S 0.060 0.057 0.071 0.137 0.131 0.112 0.137 0.099 0.092 0.062 0.040 53 A 0.075 0.050 0.052 0.119 0.131 0.114 0.156 0.112 0.090 0.058 0.042 54 L 0.024 0.031 0.030 0.060 0.069 0.079 0.162 0.145 0.160 0.137 0.101 55 T 0.058 0.074 0.067 0.146 0.156 0.119 0.137 0.088 0.072 0.051 0.032 56 D 0.200 0.206 0.125 0.174 0.103 0.065 0.059 0.030 0.020 0.012 0.006 57 K 0.096 0.068 0.057 0.150 0.157 0.138 0.146 0.080 0.056 0.033 0.019 58 A 0.176 0.080 0.068 0.097 0.088 0.091 0.147 0.101 0.074 0.049 0.027 59 I 0.037 0.072 0.091 0.197 0.163 0.148 0.140 0.062 0.048 0.025 0.016 60 V 0.010 0.008 0.020 0.016 0.026 0.034 0.088 0.117 0.198 0.225 0.258 61 K 0.032 0.117 0.143 0.258 0.194 0.100 0.074 0.038 0.024 0.014 0.006 62 K 0.042 0.053 0.117 0.158 0.148 0.154 0.150 0.079 0.052 0.033 0.014 63 E 0.138 0.092 0.130 0.195 0.138 0.112 0.093 0.051 0.026 0.016 0.008 64 L 0.025 0.045 0.046 0.103 0.105 0.150 0.215 0.132 0.093 0.060 0.025 65 L 0.006 0.008 0.017 0.023 0.033 0.054 0.114 0.138 0.212 0.234 0.163 66 Y 0.030 0.041 0.093 0.144 0.150 0.165 0.185 0.086 0.058 0.036 0.013 67 D 0.052 0.089 0.231 0.233 0.142 0.098 0.079 0.036 0.022 0.013 0.006 68 V 0.010 0.009 0.013 0.020 0.032 0.074 0.149 0.145 0.199 0.192 0.157 69 A 0.041 0.050 0.030 0.078 0.091 0.103 0.167 0.141 0.131 0.104 0.067 70 G 0.138 0.142 0.106 0.170 0.131 0.098 0.102 0.052 0.032 0.019 0.010 71 S 0.220 0.127 0.070 0.153 0.123 0.091 0.088 0.052 0.035 0.024 0.017 72 D 0.150 0.135 0.041 0.118 0.107 0.104 0.134 0.091 0.060 0.039 0.020 73 K 0.098 0.104 0.048 0.192 0.172 0.126 0.110 0.069 0.041 0.025 0.014 74 Y 0.012 0.008 0.014 0.021 0.030 0.076 0.144 0.141 0.208 0.211 0.135 75 Q 0.024 0.071 0.074 0.228 0.193 0.160 0.130 0.055 0.037 0.019 0.010 76 V 0.004 0.004 0.010 0.010 0.016 0.026 0.069 0.106 0.215 0.255 0.286 77 N 0.018 0.031 0.041 0.121 0.152 0.157 0.186 0.114 0.088 0.061 0.033 78 N 0.098 0.116 0.124 0.185 0.125 0.104 0.110 0.058 0.043 0.027 0.012 79 K 0.163 0.118 0.079 0.176 0.143 0.105 0.091 0.057 0.032 0.021 0.015 80 H 0.159 0.122 0.039 0.094 0.081 0.092 0.144 0.101 0.079 0.058 0.030 81 D 0.167 0.180 0.057 0.154 0.115 0.089 0.089 0.059 0.042 0.030 0.017 82 D 0.273 0.185 0.084 0.140 0.103 0.076 0.062 0.034 0.022 0.013 0.008 83 K 0.389 0.169 0.065 0.160 0.084 0.044 0.039 0.025 0.013 0.008 0.004 84 Y 0.022 0.025 0.012 0.031 0.037 0.105 0.163 0.131 0.194 0.186 0.095 85 S 0.119 0.218 0.063 0.231 0.161 0.080 0.058 0.035 0.019 0.010 0.006 86 P 0.221 0.080 0.057 0.087 0.080 0.088 0.118 0.095 0.074 0.062 0.038 87 L 0.089 0.062 0.033 0.110 0.117 0.139 0.169 0.108 0.084 0.056 0.034 88 P 0.150 0.344 0.043 0.140 0.091 0.063 0.068 0.045 0.029 0.019 0.009 89 C 0.051 0.042 0.019 0.077 0.111 0.123 0.178 0.141 0.119 0.078 0.060 90 S 0.698 0.092 0.051 0.074 0.035 0.018 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 91 K 0.050 0.086 0.065 0.270 0.214 0.132 0.106 0.044 0.019 0.009 0.005 92 I 0.001 0.004 0.005 0.007 0.014 0.022 0.061 0.106 0.235 0.278 0.267 93 I 0.001 0.002 0.007 0.027 0.082 0.183 0.334 0.159 0.111 0.066 0.027 94 Q 0.015 0.029 0.770 0.134 0.034 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 95 R 0.002 0.004 0.024 0.045 0.079 0.254 0.365 0.120 0.064 0.033 0.011 96 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.026 0.071 0.243 0.327 0.322 97 E 0.006 0.014 0.137 0.140 0.205 0.184 0.194 0.069 0.029 0.017 0.005 98 E 0.003 0.020 0.791 0.121 0.043 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 99 L 0.010 0.012 0.033 0.034 0.065 0.159 0.320 0.194 0.088 0.056 0.029 100 V 0.019 0.022 0.019 0.024 0.030 0.043 0.121 0.160 0.217 0.193 0.152 101 G 0.168 0.145 0.232 0.175 0.118 0.061 0.053 0.023 0.013 0.007 0.004 102 Q 0.189 0.144 0.288 0.189 0.093 0.045 0.032 0.011 0.006 0.003 0.002 103 E 0.241 0.137 0.074 0.123 0.102 0.101 0.113 0.056 0.028 0.016 0.008 104 V 0.052 0.067 0.042 0.090 0.097 0.141 0.180 0.134 0.100 0.066 0.031 105 L 0.063 0.102 0.119 0.202 0.159 0.113 0.104 0.064 0.038 0.024 0.012 106 Y 0.011 0.009 0.025 0.031 0.040 0.090 0.182 0.162 0.189 0.170 0.091 107 K 0.071 0.143 0.144 0.253 0.151 0.099 0.071 0.031 0.020 0.010 0.006 108 L 0.009 0.006 0.013 0.017 0.030 0.034 0.089 0.156 0.193 0.180 0.272 109 T 0.023 0.035 0.038 0.079 0.106 0.088 0.138 0.143 0.133 0.111 0.105 110 S 0.075 0.065 0.079 0.135 0.128 0.127 0.171 0.084 0.072 0.040 0.023 111 E 0.203 0.113 0.122 0.198 0.122 0.086 0.079 0.035 0.023 0.011 0.008 112 N 0.040 0.052 0.049 0.087 0.085 0.087 0.178 0.130 0.140 0.091 0.061 113 C 0.013 0.022 0.023 0.046 0.057 0.067 0.129 0.136 0.198 0.169 0.140 114 E 0.019 0.033 0.055 0.096 0.106 0.126 0.165 0.131 0.119 0.090 0.061 115 H 0.015 0.024 0.051 0.081 0.104 0.108 0.179 0.176 0.119 0.092 0.051 116 F 0.003 0.005 0.012 0.020 0.032 0.033 0.102 0.202 0.204 0.217 0.171 117 V 0.002 0.003 0.009 0.019 0.031 0.047 0.107 0.163 0.226 0.233 0.158 118 N 0.016 0.024 0.077 0.098 0.100 0.103 0.177 0.127 0.142 0.092 0.045 119 E 0.007 0.014 0.042 0.082 0.108 0.111 0.207 0.162 0.131 0.084 0.053 120 L 0.003 0.003 0.010 0.009 0.012 0.022 0.059 0.085 0.218 0.276 0.304 121 R 0.025 0.043 0.067 0.114 0.140 0.133 0.186 0.107 0.088 0.058 0.041 122 Y 0.033 0.044 0.074 0.101 0.119 0.111 0.161 0.137 0.102 0.070 0.047 123 G 0.149 0.114 0.068 0.116 0.094 0.086 0.131 0.081 0.073 0.052 0.035 124 V 0.170 0.109 0.057 0.139 0.113 0.103 0.131 0.070 0.054 0.034 0.021 125 A 0.264 0.194 0.100 0.150 0.098 0.069 0.053 0.031 0.022 0.013 0.007 126 R 0.083 0.206 0.073 0.151 0.118 0.107 0.122 0.063 0.039 0.024 0.013 127 S 0.122 0.081 0.048 0.101 0.110 0.104 0.146 0.107 0.085 0.054 0.042 128 D 0.596 0.153 0.081 0.092 0.040 0.017 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 129 Q 0.059 0.050 0.070 0.152 0.154 0.116 0.163 0.111 0.067 0.035 0.023 130 V 0.024 0.029 0.039 0.055 0.072 0.074 0.162 0.172 0.152 0.131 0.092 131 R 0.061 0.148 0.242 0.236 0.143 0.078 0.051 0.021 0.012 0.006 0.003 132 D 0.177 0.168 0.273 0.191 0.096 0.043 0.028 0.014 0.006 0.003 0.002