# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 302 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.071 0.030 0.006 0.024 0.028 0.049 0.097 0.002 0.001 0.004 0.690 2 R 0.064 0.025 0.007 0.027 0.024 0.067 0.067 0.003 0.001 0.003 0.713 3 A 0.095 0.012 0.008 0.021 0.034 0.036 0.062 0.001 0.001 0.002 0.728 4 P 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.983 5 I 0.057 0.002 0.008 0.027 0.073 0.066 0.052 0.001 0.001 0.001 0.712 6 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 7 E 0.030 0.001 0.002 0.017 0.062 0.055 0.137 0.001 0.001 0.001 0.694 8 P 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 9 K 0.012 0.001 0.001 0.027 0.113 0.116 0.267 0.001 0.001 0.001 0.464 10 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 11 G 0.015 0.001 0.001 0.044 0.103 0.534 0.048 0.001 0.001 0.002 0.253 12 D 0.424 0.001 0.002 0.058 0.115 0.110 0.107 0.001 0.001 0.022 0.159 13 L 0.043 0.006 0.001 0.144 0.109 0.206 0.045 0.001 0.001 0.001 0.447 14 I 0.009 0.002 0.001 0.239 0.309 0.384 0.014 0.001 0.001 0.001 0.042 15 E 0.004 0.003 0.001 0.326 0.177 0.187 0.029 0.001 0.001 0.001 0.273 16 I 0.003 0.003 0.001 0.146 0.352 0.355 0.014 0.001 0.001 0.001 0.125 17 F 0.004 0.002 0.003 0.101 0.150 0.425 0.039 0.001 0.001 0.002 0.272 18 R 0.008 0.001 0.001 0.037 0.183 0.323 0.064 0.001 0.001 0.002 0.381 19 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.981 20 F 0.039 0.003 0.001 0.021 0.057 0.178 0.076 0.001 0.001 0.003 0.620 21 Y 0.244 0.015 0.003 0.021 0.041 0.066 0.108 0.001 0.001 0.016 0.486 22 R 0.082 0.023 0.002 0.035 0.094 0.144 0.073 0.001 0.001 0.005 0.542 23 H 0.088 0.020 0.005 0.042 0.168 0.224 0.055 0.001 0.001 0.005 0.391 24 W 0.050 0.028 0.003 0.078 0.292 0.320 0.036 0.001 0.001 0.002 0.190 25 A 0.009 0.014 0.002 0.069 0.278 0.522 0.012 0.001 0.001 0.001 0.092 26 I 0.003 0.005 0.001 0.110 0.378 0.443 0.007 0.001 0.001 0.001 0.050 27 Y 0.002 0.002 0.001 0.037 0.358 0.480 0.010 0.001 0.001 0.001 0.108 28 V 0.001 0.001 0.002 0.033 0.316 0.579 0.010 0.001 0.001 0.001 0.057 29 G 0.002 0.001 0.001 0.041 0.146 0.438 0.057 0.001 0.001 0.001 0.315 30 D 0.003 0.001 0.001 0.041 0.007 0.013 0.099 0.001 0.001 0.001 0.835 31 G 0.179 0.001 0.001 0.026 0.010 0.015 0.185 0.001 0.001 0.028 0.556 32 Y 0.459 0.001 0.001 0.034 0.015 0.008 0.247 0.001 0.001 0.005 0.231 33 V 0.007 0.001 0.001 0.079 0.105 0.187 0.080 0.001 0.001 0.001 0.540 34 V 0.001 0.001 0.001 0.082 0.311 0.526 0.014 0.001 0.001 0.001 0.065 35 H 0.001 0.001 0.001 0.189 0.237 0.384 0.021 0.001 0.001 0.001 0.168 36 L 0.001 0.001 0.001 0.144 0.211 0.415 0.021 0.001 0.001 0.001 0.206 37 A 0.003 0.001 0.001 0.154 0.179 0.322 0.102 0.001 0.001 0.003 0.235 38 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.015 0.015 0.001 0.001 0.001 0.954 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.987 40 S 0.023 0.001 0.001 0.015 0.008 0.027 0.188 0.001 0.001 0.007 0.731 41 E 0.550 0.004 0.001 0.006 0.003 0.004 0.072 0.001 0.001 0.022 0.338 42 V 0.340 0.042 0.003 0.015 0.014 0.020 0.107 0.001 0.001 0.007 0.449 43 A 0.100 0.043 0.006 0.033 0.056 0.084 0.122 0.002 0.001 0.006 0.547 44 G 0.130 0.058 0.004 0.039 0.040 0.062 0.077 0.005 0.001 0.008 0.577 45 A 0.208 0.086 0.016 0.060 0.047 0.068 0.070 0.007 0.001 0.011 0.428 46 G 0.082 0.033 0.008 0.048 0.040 0.049 0.169 0.004 0.001 0.007 0.561 47 A 0.080 0.029 0.024 0.056 0.037 0.055 0.134 0.002 0.001 0.008 0.575 48 A 0.033 0.035 0.005 0.078 0.066 0.113 0.170 0.001 0.001 0.007 0.493 49 S 0.077 0.036 0.005 0.040 0.055 0.081 0.202 0.001 0.001 0.009 0.494 50 V 0.123 0.122 0.008 0.076 0.052 0.095 0.093 0.002 0.001 0.007 0.422 51 M 0.067 0.163 0.007 0.087 0.077 0.179 0.117 0.003 0.001 0.006 0.295 52 S 0.099 0.184 0.005 0.068 0.070 0.121 0.100 0.006 0.001 0.007 0.339 53 A 0.105 0.181 0.009 0.037 0.051 0.083 0.084 0.007 0.001 0.005 0.438 54 L 0.125 0.279 0.018 0.031 0.056 0.116 0.099 0.011 0.001 0.006 0.259 55 T 0.166 0.200 0.019 0.025 0.057 0.089 0.098 0.013 0.001 0.009 0.324 56 D 0.150 0.146 0.015 0.021 0.036 0.040 0.089 0.009 0.001 0.006 0.488 57 K 0.128 0.132 0.030 0.021 0.029 0.045 0.107 0.005 0.001 0.007 0.496 58 A 0.095 0.105 0.021 0.046 0.095 0.096 0.275 0.004 0.001 0.007 0.256 59 I 0.038 0.088 0.011 0.042 0.118 0.127 0.142 0.003 0.001 0.004 0.427 60 V 0.024 0.114 0.016 0.068 0.203 0.273 0.046 0.003 0.001 0.002 0.251 61 K 0.014 0.125 0.006 0.063 0.162 0.217 0.071 0.002 0.001 0.002 0.338 62 K 0.031 0.079 0.003 0.032 0.099 0.244 0.033 0.002 0.001 0.003 0.474 63 E 0.097 0.105 0.005 0.050 0.106 0.201 0.090 0.003 0.001 0.005 0.337 64 L 0.090 0.125 0.006 0.022 0.042 0.065 0.138 0.004 0.001 0.003 0.504 65 L 0.082 0.278 0.019 0.030 0.059 0.121 0.088 0.005 0.001 0.005 0.312 66 Y 0.060 0.199 0.010 0.027 0.074 0.154 0.103 0.005 0.001 0.007 0.363 67 D 0.131 0.176 0.006 0.019 0.046 0.070 0.071 0.007 0.001 0.004 0.469 68 V 0.217 0.314 0.015 0.022 0.059 0.124 0.027 0.012 0.001 0.003 0.207 69 A 0.095 0.324 0.017 0.035 0.067 0.123 0.069 0.022 0.001 0.004 0.244 70 G 0.183 0.220 0.033 0.029 0.056 0.102 0.061 0.026 0.001 0.010 0.279 71 S 0.273 0.051 0.035 0.035 0.047 0.068 0.057 0.010 0.001 0.011 0.413 72 D 0.098 0.011 0.012 0.030 0.031 0.023 0.114 0.002 0.001 0.004 0.676 73 K 0.039 0.006 0.011 0.062 0.040 0.060 0.222 0.001 0.001 0.007 0.552 74 Y 0.090 0.012 0.013 0.167 0.171 0.206 0.130 0.001 0.001 0.007 0.203 75 Q 0.009 0.009 0.002 0.165 0.202 0.231 0.090 0.001 0.001 0.001 0.291 76 V 0.005 0.005 0.001 0.128 0.195 0.391 0.021 0.001 0.001 0.001 0.252 77 N 0.008 0.009 0.001 0.179 0.202 0.431 0.034 0.001 0.001 0.002 0.133 78 N 0.024 0.006 0.001 0.090 0.114 0.239 0.078 0.001 0.001 0.006 0.441 79 K 0.059 0.008 0.005 0.086 0.069 0.171 0.105 0.001 0.001 0.006 0.492 80 H 0.028 0.005 0.002 0.044 0.019 0.045 0.309 0.001 0.001 0.006 0.542 81 D 0.126 0.007 0.006 0.019 0.025 0.023 0.179 0.001 0.001 0.021 0.593 82 D 0.103 0.013 0.004 0.015 0.011 0.015 0.096 0.001 0.001 0.010 0.733 83 K 0.054 0.012 0.012 0.036 0.027 0.038 0.355 0.001 0.001 0.022 0.442 84 Y 0.285 0.017 0.021 0.037 0.027 0.043 0.166 0.004 0.001 0.019 0.380 85 S 0.047 0.037 0.010 0.053 0.134 0.042 0.209 0.003 0.001 0.007 0.458 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 87 L 0.005 0.003 0.001 0.040 0.071 0.236 0.275 0.001 0.001 0.002 0.366 88 P 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.978 89 C 0.021 0.010 0.001 0.009 0.009 0.027 0.054 0.001 0.001 0.001 0.868 90 S 0.042 0.019 0.001 0.005 0.006 0.014 0.194 0.001 0.001 0.005 0.714 91 K 0.123 0.070 0.001 0.004 0.002 0.004 0.176 0.001 0.001 0.002 0.617 92 I 0.077 0.560 0.002 0.004 0.003 0.004 0.083 0.001 0.001 0.001 0.264 93 I 0.007 0.872 0.001 0.003 0.003 0.005 0.023 0.001 0.001 0.001 0.085 94 Q 0.003 0.936 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.047 95 R 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.018 96 A 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 97 E 0.003 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 98 E 0.017 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.015 99 L 0.091 0.855 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.019 100 V 0.093 0.815 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 0.034 101 G 0.178 0.436 0.053 0.003 0.002 0.004 0.016 0.096 0.001 0.001 0.212 102 Q 0.254 0.317 0.152 0.005 0.003 0.004 0.018 0.045 0.001 0.002 0.200 103 E 0.066 0.191 0.032 0.012 0.007 0.007 0.069 0.013 0.001 0.002 0.601 104 V 0.071 0.105 0.042 0.028 0.037 0.034 0.159 0.007 0.001 0.005 0.512 105 L 0.061 0.116 0.013 0.047 0.043 0.069 0.087 0.004 0.001 0.006 0.555 106 Y 0.066 0.134 0.017 0.107 0.097 0.133 0.101 0.003 0.001 0.006 0.336 107 K 0.050 0.070 0.004 0.092 0.083 0.110 0.075 0.003 0.001 0.003 0.511 108 L 0.068 0.104 0.009 0.098 0.124 0.201 0.052 0.004 0.001 0.004 0.336 109 T 0.041 0.097 0.005 0.167 0.118 0.179 0.127 0.005 0.001 0.003 0.258 110 S 0.061 0.114 0.010 0.062 0.104 0.157 0.086 0.007 0.001 0.007 0.392 111 E 0.052 0.181 0.018 0.050 0.069 0.111 0.162 0.007 0.001 0.017 0.333 112 N 0.153 0.062 0.012 0.012 0.024 0.041 0.318 0.005 0.001 0.024 0.349 113 C 0.104 0.108 0.033 0.014 0.009 0.015 0.216 0.002 0.001 0.010 0.489 114 E 0.017 0.126 0.005 0.010 0.018 0.040 0.346 0.001 0.001 0.004 0.435 115 H 0.040 0.132 0.003 0.009 0.012 0.017 0.290 0.001 0.001 0.003 0.493 116 F 0.044 0.747 0.004 0.006 0.013 0.017 0.032 0.003 0.001 0.001 0.132 117 V 0.008 0.903 0.004 0.005 0.010 0.014 0.010 0.002 0.001 0.001 0.044 118 N 0.013 0.814 0.002 0.010 0.030 0.043 0.011 0.007 0.001 0.001 0.070 119 E 0.037 0.775 0.005 0.006 0.029 0.037 0.013 0.016 0.001 0.001 0.082 120 L 0.052 0.703 0.021 0.012 0.049 0.069 0.009 0.021 0.001 0.001 0.063 121 R 0.031 0.571 0.030 0.019 0.063 0.076 0.021 0.026 0.001 0.001 0.162 122 Y 0.095 0.377 0.036 0.037 0.075 0.098 0.027 0.031 0.001 0.005 0.219 123 G 0.175 0.097 0.032 0.050 0.083 0.106 0.050 0.031 0.001 0.013 0.360 124 V 0.184 0.051 0.130 0.026 0.051 0.064 0.095 0.009 0.001 0.008 0.380 125 A 0.011 0.011 0.006 0.047 0.045 0.064 0.134 0.001 0.001 0.002 0.680 126 R 0.021 0.009 0.004 0.020 0.053 0.087 0.083 0.001 0.001 0.004 0.717 127 S 0.112 0.042 0.009 0.066 0.071 0.127 0.091 0.002 0.001 0.017 0.464 128 D 0.044 0.016 0.003 0.025 0.024 0.037 0.118 0.001 0.001 0.008 0.726 129 Q 0.122 0.027 0.005 0.030 0.049 0.066 0.304 0.001 0.001 0.012 0.384 130 V 0.150 0.044 0.005 0.034 0.063 0.123 0.086 0.002 0.001 0.008 0.486 131 R 0.054 0.113 0.007 0.035 0.120 0.226 0.111 0.004 0.001 0.004 0.326 132 D 0.069 0.035 0.003 0.020 0.034 0.062 0.046 0.003 0.001 0.003 0.725