# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 302 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.020 0.039 0.051 0.069 0.045 0.008 0.715 2 R 0.049 0.013 0.030 0.036 0.060 0.102 0.008 0.703 3 A 0.089 0.010 0.046 0.058 0.072 0.070 0.007 0.649 4 P 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.989 5 I 0.030 0.002 0.024 0.024 0.039 0.071 0.002 0.808 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 7 E 0.060 0.001 0.018 0.018 0.045 0.083 0.003 0.773 8 P 0.009 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.985 9 K 0.060 0.002 0.042 0.039 0.081 0.116 0.002 0.657 10 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 11 G 0.107 0.007 0.080 0.087 0.193 0.115 0.012 0.399 12 D 0.345 0.005 0.058 0.120 0.077 0.115 0.007 0.274 13 L 0.039 0.014 0.112 0.137 0.178 0.054 0.005 0.461 14 I 0.010 0.007 0.067 0.415 0.438 0.022 0.001 0.040 15 E 0.011 0.014 0.121 0.332 0.383 0.028 0.002 0.108 16 I 0.014 0.014 0.132 0.220 0.372 0.018 0.003 0.228 17 F 0.011 0.014 0.109 0.165 0.424 0.030 0.003 0.244 18 R 0.020 0.010 0.093 0.154 0.285 0.080 0.004 0.353 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.990 20 F 0.040 0.005 0.038 0.031 0.094 0.115 0.006 0.670 21 Y 0.213 0.016 0.076 0.062 0.089 0.075 0.007 0.463 22 R 0.081 0.038 0.075 0.070 0.120 0.089 0.009 0.518 23 H 0.126 0.044 0.129 0.089 0.130 0.090 0.014 0.378 24 W 0.117 0.045 0.184 0.130 0.192 0.082 0.020 0.229 25 A 0.033 0.031 0.277 0.220 0.228 0.040 0.008 0.164 26 I 0.019 0.018 0.321 0.235 0.237 0.031 0.004 0.134 27 Y 0.012 0.008 0.168 0.273 0.321 0.026 0.002 0.189 28 V 0.007 0.005 0.150 0.197 0.322 0.037 0.002 0.281 29 G 0.010 0.004 0.090 0.197 0.258 0.104 0.004 0.334 30 D 0.014 0.002 0.046 0.041 0.062 0.101 0.005 0.728 31 G 0.075 0.002 0.049 0.030 0.049 0.271 0.036 0.488 32 Y 0.456 0.002 0.073 0.049 0.048 0.209 0.035 0.128 33 V 0.019 0.002 0.265 0.131 0.134 0.068 0.003 0.377 34 V 0.003 0.001 0.218 0.316 0.330 0.030 0.001 0.103 35 H 0.003 0.001 0.284 0.182 0.268 0.020 0.001 0.243 36 L 0.002 0.001 0.227 0.168 0.366 0.026 0.001 0.209 37 A 0.005 0.001 0.256 0.124 0.242 0.118 0.001 0.254 38 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.995 40 S 0.060 0.001 0.008 0.009 0.026 0.126 0.003 0.769 41 E 0.507 0.003 0.008 0.008 0.015 0.064 0.009 0.386 42 V 0.260 0.021 0.020 0.021 0.038 0.106 0.007 0.527 43 A 0.091 0.069 0.050 0.046 0.083 0.147 0.009 0.505 44 G 0.138 0.079 0.044 0.024 0.055 0.091 0.018 0.552 45 A 0.196 0.096 0.072 0.029 0.044 0.085 0.023 0.457 46 G 0.073 0.072 0.075 0.032 0.043 0.104 0.020 0.582 47 A 0.080 0.051 0.070 0.031 0.050 0.119 0.013 0.586 48 A 0.061 0.075 0.081 0.038 0.055 0.144 0.010 0.536 49 S 0.075 0.077 0.064 0.047 0.071 0.165 0.011 0.489 50 V 0.115 0.149 0.098 0.038 0.063 0.133 0.012 0.393 51 M 0.054 0.239 0.077 0.070 0.108 0.136 0.010 0.306 52 S 0.061 0.212 0.045 0.073 0.105 0.128 0.011 0.366 53 A 0.099 0.320 0.053 0.037 0.067 0.073 0.020 0.331 54 L 0.124 0.349 0.048 0.053 0.096 0.069 0.026 0.235 55 T 0.082 0.342 0.029 0.049 0.057 0.134 0.024 0.283 56 D 0.087 0.238 0.030 0.032 0.051 0.075 0.045 0.443 57 K 0.260 0.123 0.051 0.029 0.040 0.075 0.062 0.360 58 A 0.109 0.118 0.113 0.139 0.080 0.129 0.019 0.292 59 I 0.042 0.073 0.067 0.127 0.155 0.069 0.009 0.458 60 V 0.036 0.088 0.116 0.225 0.267 0.042 0.004 0.222 61 K 0.016 0.077 0.100 0.167 0.298 0.038 0.003 0.300 62 K 0.023 0.065 0.042 0.077 0.175 0.035 0.005 0.579 63 E 0.055 0.096 0.061 0.101 0.183 0.100 0.011 0.394 64 L 0.075 0.080 0.033 0.041 0.080 0.097 0.014 0.579 65 L 0.044 0.136 0.064 0.131 0.256 0.059 0.011 0.300 66 Y 0.049 0.115 0.067 0.114 0.163 0.115 0.007 0.370 67 D 0.048 0.136 0.038 0.089 0.110 0.065 0.009 0.505 68 V 0.071 0.330 0.051 0.097 0.191 0.029 0.012 0.219 69 A 0.055 0.404 0.024 0.092 0.146 0.090 0.014 0.176 70 G 0.178 0.249 0.022 0.058 0.115 0.038 0.057 0.283 71 S 0.295 0.104 0.043 0.046 0.063 0.039 0.105 0.305 72 D 0.113 0.021 0.058 0.092 0.063 0.065 0.031 0.558 73 K 0.045 0.011 0.072 0.083 0.132 0.135 0.016 0.506 74 Y 0.032 0.005 0.070 0.355 0.338 0.044 0.003 0.152 75 Q 0.013 0.006 0.080 0.353 0.329 0.061 0.001 0.157 76 V 0.006 0.004 0.048 0.283 0.397 0.014 0.001 0.248 77 N 0.003 0.005 0.053 0.272 0.573 0.030 0.001 0.063 78 N 0.011 0.006 0.018 0.252 0.359 0.046 0.003 0.305 79 K 0.029 0.011 0.027 0.164 0.317 0.113 0.010 0.328 80 H 0.053 0.011 0.015 0.041 0.074 0.339 0.015 0.451 81 D 0.107 0.020 0.017 0.072 0.078 0.185 0.045 0.476 82 D 0.105 0.013 0.016 0.016 0.021 0.098 0.023 0.708 83 K 0.095 0.008 0.021 0.043 0.040 0.482 0.016 0.295 84 Y 0.169 0.018 0.053 0.070 0.122 0.091 0.018 0.459 85 S 0.054 0.011 0.077 0.145 0.154 0.162 0.004 0.392 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 87 L 0.028 0.003 0.044 0.085 0.221 0.331 0.002 0.286 88 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 89 C 0.019 0.007 0.011 0.016 0.069 0.066 0.002 0.810 90 S 0.111 0.019 0.010 0.012 0.020 0.118 0.004 0.705 91 K 0.161 0.064 0.006 0.008 0.012 0.141 0.005 0.602 92 I 0.069 0.453 0.017 0.010 0.022 0.097 0.003 0.329 93 I 0.011 0.780 0.011 0.010 0.025 0.028 0.001 0.133 94 Q 0.010 0.865 0.005 0.004 0.010 0.027 0.001 0.078 95 R 0.007 0.944 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.039 96 A 0.002 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 97 E 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 98 E 0.010 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 99 L 0.030 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.010 100 V 0.036 0.908 0.007 0.001 0.001 0.002 0.022 0.022 101 G 0.079 0.638 0.056 0.008 0.007 0.011 0.053 0.149 102 Q 0.206 0.374 0.077 0.032 0.017 0.029 0.044 0.220 103 E 0.094 0.151 0.060 0.018 0.015 0.039 0.026 0.597 104 V 0.097 0.141 0.105 0.084 0.068 0.048 0.016 0.440 105 L 0.044 0.108 0.188 0.056 0.086 0.079 0.009 0.430 106 Y 0.056 0.074 0.137 0.169 0.207 0.039 0.006 0.310 107 K 0.041 0.083 0.226 0.108 0.166 0.070 0.006 0.299 108 L 0.036 0.061 0.188 0.092 0.111 0.063 0.004 0.445 109 T 0.019 0.129 0.217 0.115 0.253 0.090 0.006 0.172 110 S 0.068 0.168 0.135 0.060 0.120 0.129 0.012 0.307 111 E 0.095 0.227 0.085 0.031 0.055 0.132 0.024 0.353 112 N 0.135 0.142 0.038 0.008 0.017 0.140 0.033 0.487 113 C 0.105 0.229 0.053 0.014 0.027 0.117 0.020 0.436 114 E 0.035 0.208 0.023 0.018 0.026 0.204 0.010 0.477 115 H 0.043 0.324 0.022 0.015 0.022 0.148 0.006 0.420 116 F 0.035 0.790 0.024 0.005 0.010 0.020 0.005 0.112 117 V 0.010 0.922 0.012 0.004 0.009 0.006 0.002 0.036 118 N 0.018 0.868 0.009 0.012 0.019 0.011 0.004 0.058 119 E 0.041 0.881 0.009 0.006 0.011 0.004 0.010 0.038 120 L 0.051 0.850 0.021 0.011 0.016 0.004 0.017 0.029 121 R 0.027 0.788 0.026 0.022 0.016 0.022 0.015 0.083 122 Y 0.048 0.581 0.087 0.034 0.049 0.018 0.041 0.141 123 G 0.325 0.154 0.080 0.028 0.048 0.031 0.092 0.243 124 V 0.120 0.079 0.166 0.115 0.052 0.077 0.014 0.377 125 A 0.007 0.013 0.025 0.020 0.037 0.022 0.003 0.874 126 R 0.079 0.040 0.051 0.064 0.141 0.128 0.011 0.485 127 S 0.113 0.054 0.044 0.054 0.081 0.156 0.012 0.486 128 D 0.031 0.018 0.012 0.018 0.028 0.034 0.005 0.854 129 Q 0.060 0.040 0.022 0.035 0.049 0.413 0.009 0.373 130 V 0.147 0.126 0.028 0.088 0.130 0.121 0.010 0.350 131 R 0.053 0.298 0.046 0.085 0.178 0.072 0.009 0.259 132 D 0.069 0.158 0.028 0.039 0.071 0.050 0.015 0.571