# TARGET T0630 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 302 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.627 0.176 0.128 0.049 0.016 0.003 0.001 2 R 0.743 0.180 0.057 0.016 0.003 0.001 0.001 3 A 0.598 0.223 0.116 0.046 0.014 0.003 0.001 4 P 0.570 0.239 0.130 0.042 0.015 0.003 0.001 5 I 0.389 0.271 0.164 0.133 0.037 0.006 0.001 6 P 0.667 0.226 0.072 0.028 0.006 0.001 0.001 7 E 0.443 0.258 0.177 0.077 0.035 0.009 0.001 8 P 0.133 0.131 0.189 0.257 0.212 0.073 0.006 9 K 0.253 0.346 0.206 0.130 0.046 0.016 0.003 10 P 0.161 0.226 0.204 0.198 0.134 0.063 0.013 11 G 0.080 0.144 0.167 0.239 0.214 0.131 0.024 12 D 0.047 0.079 0.126 0.196 0.252 0.215 0.086 13 L 0.038 0.044 0.067 0.108 0.175 0.328 0.241 14 I 0.023 0.032 0.041 0.081 0.157 0.358 0.308 15 E 0.051 0.091 0.116 0.190 0.192 0.191 0.169 16 I 0.036 0.039 0.048 0.090 0.169 0.297 0.321 17 F 0.048 0.069 0.080 0.139 0.191 0.271 0.201 18 R 0.084 0.112 0.132 0.180 0.182 0.195 0.115 19 P 0.098 0.126 0.137 0.170 0.182 0.179 0.107 20 F 0.078 0.102 0.112 0.150 0.175 0.222 0.162 21 Y 0.045 0.071 0.076 0.138 0.207 0.268 0.193 22 R 0.061 0.110 0.147 0.203 0.173 0.168 0.139 23 H 0.021 0.030 0.044 0.087 0.183 0.333 0.303 24 W 0.014 0.021 0.030 0.070 0.159 0.351 0.356 25 A 0.012 0.015 0.023 0.052 0.118 0.332 0.447 26 I 0.010 0.011 0.015 0.027 0.065 0.350 0.522 27 Y 0.017 0.033 0.059 0.149 0.219 0.319 0.204 28 V 0.018 0.030 0.058 0.124 0.269 0.328 0.172 29 G 0.031 0.114 0.149 0.235 0.202 0.182 0.087 30 D 0.108 0.209 0.267 0.167 0.108 0.096 0.045 31 G 0.027 0.133 0.173 0.271 0.227 0.137 0.032 32 Y 0.004 0.020 0.064 0.181 0.372 0.291 0.069 33 V 0.001 0.003 0.010 0.028 0.129 0.527 0.303 34 V 0.001 0.003 0.008 0.020 0.067 0.469 0.433 35 H 0.002 0.009 0.025 0.077 0.162 0.394 0.330 36 L 0.002 0.005 0.014 0.049 0.182 0.444 0.303 37 A 0.012 0.040 0.105 0.229 0.299 0.240 0.075 38 P 0.112 0.195 0.243 0.217 0.134 0.085 0.015 39 P 0.375 0.271 0.202 0.092 0.038 0.019 0.002 40 S 0.416 0.265 0.168 0.092 0.040 0.017 0.002 41 E 0.368 0.281 0.170 0.104 0.053 0.021 0.003 42 V 0.275 0.210 0.173 0.176 0.108 0.050 0.008 43 A 0.329 0.232 0.155 0.145 0.086 0.043 0.009 44 G 0.303 0.228 0.153 0.142 0.099 0.056 0.018 45 A 0.224 0.165 0.138 0.160 0.153 0.112 0.048 46 G 0.194 0.185 0.138 0.160 0.135 0.115 0.072 47 A 0.138 0.133 0.124 0.158 0.167 0.164 0.116 48 A 0.126 0.122 0.112 0.152 0.170 0.185 0.133 49 S 0.087 0.102 0.115 0.163 0.191 0.192 0.151 50 V 0.061 0.057 0.071 0.109 0.178 0.297 0.228 51 M 0.076 0.084 0.106 0.155 0.194 0.233 0.152 52 S 0.093 0.119 0.122 0.169 0.187 0.203 0.108 53 A 0.109 0.129 0.170 0.208 0.184 0.146 0.054 54 L 0.125 0.129 0.141 0.195 0.207 0.153 0.051 55 T 0.207 0.231 0.198 0.178 0.105 0.062 0.019 56 D 0.350 0.291 0.153 0.106 0.056 0.034 0.010 57 K 0.139 0.169 0.205 0.218 0.157 0.087 0.024 58 A 0.092 0.138 0.160 0.215 0.210 0.157 0.027 59 I 0.065 0.127 0.219 0.249 0.200 0.122 0.018 60 V 0.036 0.046 0.095 0.173 0.296 0.303 0.052 61 K 0.061 0.191 0.227 0.228 0.174 0.095 0.024 62 K 0.078 0.196 0.191 0.265 0.168 0.084 0.019 63 E 0.120 0.248 0.222 0.226 0.117 0.056 0.011 64 L 0.050 0.122 0.200 0.274 0.223 0.110 0.020 65 L 0.021 0.041 0.082 0.189 0.345 0.279 0.043 66 Y 0.060 0.189 0.261 0.260 0.149 0.072 0.009 67 D 0.098 0.247 0.275 0.211 0.113 0.051 0.006 68 V 0.035 0.060 0.095 0.218 0.313 0.252 0.027 69 A 0.093 0.193 0.243 0.253 0.147 0.064 0.006 70 G 0.201 0.284 0.225 0.170 0.090 0.027 0.003 71 S 0.293 0.342 0.200 0.116 0.034 0.013 0.002 72 D 0.260 0.309 0.201 0.125 0.072 0.030 0.004 73 K 0.081 0.238 0.285 0.253 0.104 0.033 0.005 74 Y 0.015 0.033 0.072 0.194 0.378 0.282 0.026 75 Q 0.030 0.130 0.275 0.309 0.184 0.065 0.008 76 V 0.015 0.029 0.056 0.144 0.363 0.350 0.043 77 N 0.041 0.127 0.218 0.285 0.230 0.090 0.009 78 N 0.161 0.328 0.228 0.176 0.071 0.032 0.003 79 K 0.233 0.268 0.233 0.159 0.080 0.025 0.002 80 H 0.233 0.234 0.207 0.204 0.091 0.029 0.003 81 D 0.483 0.277 0.140 0.072 0.022 0.006 0.001 82 D 0.626 0.215 0.102 0.041 0.013 0.003 0.001 83 K 0.524 0.282 0.127 0.047 0.014 0.004 0.001 84 Y 0.186 0.162 0.179 0.242 0.171 0.056 0.005 85 S 0.342 0.286 0.176 0.124 0.051 0.020 0.002 86 P 0.237 0.225 0.197 0.173 0.117 0.047 0.004 87 L 0.185 0.203 0.226 0.212 0.120 0.050 0.004 88 P 0.138 0.217 0.217 0.188 0.153 0.075 0.012 89 C 0.089 0.156 0.181 0.275 0.172 0.110 0.018 90 S 0.344 0.317 0.219 0.081 0.028 0.009 0.002 91 K 0.072 0.285 0.263 0.248 0.098 0.030 0.004 92 I 0.006 0.013 0.042 0.133 0.417 0.354 0.035 93 I 0.006 0.021 0.091 0.203 0.370 0.275 0.033 94 Q 0.069 0.340 0.339 0.167 0.061 0.021 0.003 95 R 0.018 0.110 0.259 0.344 0.209 0.055 0.006 96 A 0.010 0.016 0.032 0.112 0.352 0.436 0.043 97 E 0.062 0.196 0.315 0.276 0.116 0.033 0.002 98 E 0.302 0.446 0.175 0.056 0.015 0.004 0.001 99 L 0.100 0.175 0.259 0.269 0.152 0.043 0.002 100 V 0.094 0.128 0.173 0.308 0.217 0.074 0.004 101 G 0.508 0.278 0.157 0.045 0.010 0.002 0.001 102 Q 0.621 0.256 0.092 0.022 0.007 0.001 0.001 103 E 0.348 0.404 0.152 0.072 0.019 0.006 0.001 104 V 0.115 0.154 0.198 0.246 0.225 0.057 0.004 105 L 0.120 0.315 0.245 0.233 0.064 0.022 0.002 106 Y 0.024 0.062 0.116 0.270 0.382 0.138 0.007 107 K 0.077 0.229 0.291 0.254 0.108 0.036 0.004 108 L 0.013 0.025 0.056 0.137 0.317 0.376 0.076 109 T 0.034 0.104 0.151 0.235 0.234 0.192 0.050 110 S 0.092 0.224 0.218 0.255 0.127 0.066 0.018 111 E 0.099 0.242 0.265 0.196 0.118 0.060 0.020 112 N 0.008 0.025 0.056 0.122 0.260 0.381 0.147 113 C 0.006 0.019 0.045 0.117 0.250 0.375 0.188 114 E 0.014 0.056 0.105 0.189 0.264 0.267 0.105 115 H 0.013 0.046 0.094 0.177 0.255 0.243 0.173 116 F 0.002 0.003 0.005 0.013 0.059 0.389 0.530 117 V 0.008 0.019 0.037 0.104 0.214 0.314 0.305 118 N 0.033 0.105 0.117 0.202 0.203 0.203 0.136 119 E 0.042 0.097 0.156 0.224 0.214 0.173 0.095 120 L 0.022 0.026 0.036 0.088 0.198 0.407 0.224 121 R 0.082 0.152 0.181 0.212 0.195 0.135 0.044 122 Y 0.125 0.142 0.170 0.229 0.173 0.128 0.033 123 G 0.195 0.216 0.191 0.154 0.130 0.092 0.021 124 V 0.225 0.199 0.189 0.190 0.120 0.061 0.016 125 A 0.273 0.259 0.183 0.154 0.087 0.038 0.007 126 R 0.195 0.206 0.213 0.195 0.119 0.066 0.006 127 S 0.149 0.125 0.183 0.229 0.221 0.086 0.006 128 D 0.365 0.410 0.140 0.065 0.014 0.005 0.001 129 Q 0.193 0.206 0.258 0.202 0.116 0.025 0.001 130 V 0.168 0.152 0.233 0.292 0.127 0.026 0.001 131 R 0.713 0.205 0.064 0.016 0.002 0.001 0.001 132 D 0.857 0.118 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001