This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA R A 3 3 NATAA A A 4 4 NATRO P A 5 5 NATAA I A 6 6 NATRO P A 7 7 NATAA E A 8 8 NATRO P A 9 9 NATAA K A 10 10 NATRO P A 11 11 NATAA G A 12 12 NATAA D A 13 13 NATAA L A 14 14 NATAA I A 15 15 NATAA E A 16 16 NATAA I A 17 17 NATAA F A 18 18 NATAA R A 19 19 NATRO P A 20 20 NATAA F A 21 21 NATAA Y A 22 22 NATAA R A 23 23 NATAA H A 24 24 NATAA W A 25 25 NATAA A A 26 26 NATAA I A 27 27 NATAA Y A 28 28 NATAA V A 29 29 NATAA G A 30 30 NATAA D A 31 31 NATAA G A 32 32 NATAA Y A 33 33 NATAA V A 34 34 NATAA V A 35 35 NATAA H A 36 36 NATAA L A 37 37 NATAA A A 38 38 NATRO P A 39 39 NATRO P A 40 40 NATAA S A 41 41 NATAA E A 42 42 NATAA V A 43 43 NATAA A A 44 44 NATAA G A 45 45 NATAA A A 46 46 NATAA G A 47 47 NATAA A A 48 48 NATAA A A 49 49 NATAA S A 50 50 NATAA V A 51 51 NATAA M A 52 52 NATAA S A 53 53 NATAA A A 54 54 NATAA L A 55 55 NATAA T A 56 56 NATAA D A 57 57 NATAA K A 58 58 NATAA A A 59 59 NATAA I A 60 60 NATAA V A 61 61 NATAA K A 62 62 NATAA K A 63 63 NATAA E A 64 64 NATAA L A 65 65 NATAA L A 66 66 NATAA Y A 67 67 NATAA D A 68 68 NATAA V A 69 69 NATAA A A 70 70 NATAA G A 71 71 NATAA S A 72 72 NATAA D A 73 73 NATAA K A 74 74 NATAA Y A 75 75 NATAA Q A 76 76 NATAA V A 77 77 NATAA N A 78 78 NATAA N A 79 79 NATAA K A 80 80 NATAA H A 81 81 NATAA D A 82 82 NATAA D A 83 83 NATAA K A 84 84 NATAA Y A 85 85 NATAA S A 86 86 NATRO P A 87 87 NATAA L A 88 88 NATRO P A 89 89 NATRO C A 90 90 NATAA S A 91 91 NATAA K A 92 92 NATAA I A 93 93 NATAA I A 94 94 NATAA Q A 95 95 NATAA R A 96 96 NATAA A A 97 97 NATAA E A 98 98 NATAA E A 99 99 NATAA L A 100 100 NATAA V A 101 101 NATAA G A 102 102 NATAA Q A 103 103 NATAA E A 104 104 NATAA V A 105 105 NATAA L A 106 106 NATAA Y A 107 107 NATAA K A 108 108 NATAA L A 109 109 NATAA T A 110 110 NATAA S A 111 111 NATAA E A 112 112 NATAA N A 113 113 NATRO C A 114 114 NATAA E A 115 115 NATAA H A 116 116 NATAA F A 117 117 NATAA V A 118 118 NATAA N A 119 119 NATAA E A 120 120 NATAA L A 121 121 NATAA R A 122 122 NATAA Y A 123 123 NATAA G A 124 124 NATAA V A 125 125 NATAA A A 126 126 NATAA R A 127 127 NATAA S A 128 128 NATAA D A 129 129 NATAA Q A 130 130 NATAA V A 131 131 NATAA R A 132 132 NATAA D