# TARGET T0630 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 224 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.006 0.019 0.040 0.171 0.743 2 R 0.052 0.035 0.035 0.046 0.227 0.605 3 A 0.086 0.049 0.050 0.067 0.310 0.438 4 P 0.114 0.027 0.058 0.057 0.463 0.281 5 I 0.081 0.020 0.060 0.042 0.533 0.265 6 P 0.054 0.021 0.028 0.031 0.476 0.391 7 E 0.047 0.035 0.009 0.016 0.288 0.605 8 P 0.031 0.021 0.003 0.012 0.140 0.793 9 K 0.043 0.048 0.011 0.015 0.388 0.495 10 P 0.062 0.031 0.087 0.022 0.552 0.247 11 G 0.066 0.005 0.103 0.014 0.616 0.196 12 D 0.402 0.014 0.060 0.006 0.355 0.164 13 L 0.873 0.007 0.003 0.003 0.034 0.079 14 I 0.950 0.005 0.001 0.002 0.011 0.031 15 E 0.957 0.003 0.001 0.003 0.010 0.027 16 I 0.866 0.004 0.002 0.006 0.035 0.086 17 F 0.484 0.007 0.004 0.009 0.139 0.357 18 R 0.221 0.006 0.013 0.009 0.351 0.400 19 P 0.122 0.011 0.018 0.006 0.419 0.423 20 F 0.272 0.019 0.029 0.008 0.352 0.321 21 Y 0.608 0.018 0.028 0.007 0.177 0.163 22 R 0.813 0.007 0.012 0.003 0.081 0.084 23 H 0.854 0.003 0.009 0.004 0.068 0.062 24 W 0.889 0.002 0.004 0.003 0.047 0.055 25 A 0.941 0.002 0.002 0.002 0.023 0.031 26 I 0.975 0.002 0.001 0.001 0.010 0.012 27 Y 0.986 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 28 V 0.955 0.003 0.001 0.001 0.033 0.008 29 G 0.486 0.005 0.004 0.002 0.473 0.032 30 D 0.060 0.001 0.008 0.002 0.911 0.018 31 G 0.119 0.002 0.014 0.004 0.826 0.035 32 Y 0.848 0.004 0.002 0.002 0.095 0.048 33 V 0.980 0.002 0.001 0.001 0.005 0.013 34 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 35 H 0.977 0.003 0.001 0.001 0.006 0.014 36 L 0.894 0.005 0.001 0.001 0.026 0.073 37 A 0.575 0.009 0.003 0.002 0.151 0.261 38 P 0.186 0.008 0.011 0.004 0.408 0.383 39 P 0.060 0.011 0.055 0.010 0.619 0.245 40 S 0.070 0.013 0.109 0.018 0.588 0.202 41 E 0.168 0.020 0.112 0.032 0.423 0.245 42 V 0.298 0.026 0.052 0.032 0.291 0.300 43 A 0.358 0.020 0.036 0.047 0.240 0.299 44 G 0.407 0.022 0.019 0.044 0.204 0.305 45 A 0.453 0.022 0.013 0.047 0.170 0.295 46 G 0.364 0.011 0.011 0.074 0.172 0.367 47 A 0.346 0.008 0.040 0.239 0.160 0.206 48 A 0.403 0.015 0.042 0.253 0.132 0.155 49 S 0.399 0.014 0.047 0.275 0.120 0.144 50 V 0.347 0.010 0.043 0.292 0.135 0.173 51 M 0.320 0.014 0.039 0.306 0.133 0.188 52 S 0.310 0.011 0.052 0.319 0.158 0.150 53 A 0.285 0.008 0.060 0.325 0.190 0.132 54 L 0.268 0.008 0.065 0.322 0.227 0.110 55 T 0.177 0.007 0.064 0.324 0.297 0.130 56 D 0.145 0.007 0.031 0.212 0.348 0.257 57 K 0.196 0.009 0.034 0.178 0.318 0.265 58 A 0.276 0.012 0.030 0.236 0.229 0.217 59 I 0.376 0.014 0.032 0.252 0.154 0.173 60 V 0.449 0.013 0.031 0.234 0.122 0.151 61 K 0.461 0.010 0.027 0.253 0.101 0.149 62 K 0.353 0.007 0.034 0.330 0.114 0.162 63 E 0.269 0.009 0.024 0.336 0.137 0.225 64 L 0.208 0.012 0.022 0.370 0.118 0.269 65 L 0.144 0.010 0.024 0.604 0.089 0.128 66 Y 0.111 0.007 0.039 0.669 0.095 0.078 67 D 0.096 0.005 0.056 0.611 0.140 0.092 68 V 0.093 0.006 0.056 0.592 0.172 0.080 69 A 0.092 0.007 0.055 0.462 0.263 0.121 70 G 0.102 0.008 0.045 0.256 0.369 0.220 71 S 0.091 0.008 0.035 0.100 0.407 0.359 72 D 0.127 0.023 0.063 0.110 0.394 0.283 73 K 0.165 0.015 0.085 0.137 0.365 0.234 74 Y 0.218 0.015 0.090 0.142 0.296 0.240 75 Q 0.370 0.019 0.043 0.090 0.231 0.247 76 V 0.433 0.028 0.028 0.074 0.197 0.240 77 N 0.336 0.017 0.015 0.049 0.215 0.368 78 N 0.259 0.019 0.018 0.049 0.254 0.401 79 K 0.279 0.031 0.028 0.064 0.246 0.351 80 H 0.275 0.021 0.037 0.076 0.239 0.352 81 D 0.267 0.025 0.043 0.074 0.267 0.324 82 D 0.213 0.018 0.063 0.080 0.288 0.337 83 K 0.157 0.015 0.050 0.068 0.314 0.395 84 Y 0.089 0.018 0.059 0.048 0.324 0.462 85 S 0.035 0.015 0.023 0.034 0.288 0.605 86 P 0.017 0.009 0.015 0.029 0.230 0.700 87 L 0.013 0.009 0.010 0.070 0.216 0.684 88 P 0.009 0.008 0.011 0.102 0.197 0.674 89 C 0.007 0.006 0.016 0.426 0.157 0.388 90 S 0.006 0.003 0.013 0.703 0.074 0.201 91 K 0.006 0.002 0.010 0.911 0.030 0.042 92 I 0.005 0.001 0.008 0.962 0.011 0.012 93 I 0.007 0.001 0.007 0.968 0.007 0.010 94 Q 0.004 0.001 0.005 0.975 0.008 0.008 95 R 0.002 0.001 0.003 0.978 0.008 0.008 96 A 0.002 0.001 0.002 0.984 0.007 0.006 97 E 0.002 0.001 0.004 0.974 0.012 0.007 98 E 0.002 0.001 0.007 0.948 0.027 0.015 99 L 0.002 0.001 0.012 0.852 0.079 0.054 100 V 0.004 0.002 0.012 0.743 0.145 0.095 101 G 0.008 0.003 0.019 0.344 0.295 0.332 102 Q 0.016 0.003 0.011 0.071 0.320 0.579 103 E 0.116 0.018 0.022 0.047 0.327 0.471 104 V 0.172 0.021 0.016 0.027 0.246 0.518 105 L 0.194 0.011 0.047 0.028 0.250 0.470 106 Y 0.274 0.014 0.051 0.033 0.239 0.387 107 K 0.351 0.018 0.058 0.046 0.221 0.306 108 L 0.505 0.021 0.053 0.064 0.164 0.194 109 T 0.617 0.017 0.030 0.062 0.124 0.150 110 S 0.503 0.019 0.029 0.083 0.176 0.189 111 E 0.260 0.020 0.026 0.102 0.319 0.273 112 N 0.109 0.033 0.024 0.141 0.340 0.353 113 C 0.030 0.009 0.021 0.552 0.215 0.173 114 E 0.010 0.001 0.019 0.884 0.066 0.019 115 H 0.010 0.001 0.016 0.920 0.043 0.010 116 F 0.014 0.002 0.010 0.944 0.024 0.006 117 V 0.015 0.001 0.005 0.960 0.013 0.005 118 N 0.017 0.002 0.006 0.956 0.014 0.005 119 E 0.012 0.001 0.009 0.952 0.018 0.008 120 L 0.011 0.002 0.009 0.945 0.021 0.011 121 R 0.017 0.005 0.011 0.908 0.044 0.016 122 Y 0.010 0.002 0.010 0.749 0.125 0.104 123 G 0.020 0.004 0.004 0.097 0.285 0.589 124 V 0.094 0.023 0.005 0.038 0.226 0.614 125 A 0.153 0.042 0.011 0.048 0.195 0.552 126 R 0.126 0.043 0.069 0.106 0.251 0.405 127 S 0.067 0.021 0.172 0.123 0.331 0.286 128 D 0.118 0.016 0.218 0.131 0.310 0.208 129 Q 0.116 0.024 0.135 0.100 0.283 0.342 130 V 0.105 0.045 0.037 0.077 0.203 0.534 131 R 0.065 0.025 0.019 0.080 0.126 0.686 132 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.979