# TARGET T0630 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0630.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 224 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 R 0.015 0.033 0.021 0.090 0.003 0.039 0.799 3 A 0.018 0.007 0.057 0.088 0.270 0.209 0.350 4 P 0.021 0.008 0.111 0.071 0.137 0.287 0.365 5 I 0.033 0.017 0.130 0.030 0.130 0.125 0.535 6 P 0.061 0.010 0.084 0.021 0.222 0.146 0.456 7 E 0.108 0.039 0.036 0.008 0.233 0.082 0.494 8 P 0.037 0.054 0.004 0.003 0.087 0.010 0.805 9 K 0.019 0.029 0.004 0.001 0.044 0.016 0.886 10 P 0.007 0.007 0.029 0.003 0.203 0.696 0.056 11 G 0.010 0.003 0.040 0.002 0.107 0.796 0.042 12 D 0.153 0.015 0.020 0.002 0.050 0.033 0.725 13 L 0.856 0.016 0.002 0.001 0.021 0.008 0.096 14 I 0.964 0.009 0.001 0.001 0.004 0.002 0.020 15 E 0.970 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 16 I 0.908 0.006 0.001 0.001 0.007 0.002 0.075 17 F 0.674 0.014 0.004 0.001 0.060 0.023 0.224 18 R 0.237 0.011 0.023 0.007 0.291 0.127 0.305 19 P 0.138 0.013 0.040 0.005 0.299 0.186 0.320 20 F 0.184 0.011 0.060 0.009 0.233 0.286 0.218 21 Y 0.365 0.044 0.025 0.004 0.185 0.050 0.326 22 R 0.488 0.009 0.012 0.002 0.175 0.034 0.280 23 H 0.861 0.008 0.003 0.001 0.021 0.011 0.095 24 W 0.929 0.001 0.002 0.001 0.012 0.003 0.052 25 A 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 26 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 27 Y 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 28 V 0.830 0.004 0.001 0.002 0.017 0.012 0.135 29 G 0.460 0.010 0.006 0.001 0.173 0.106 0.243 30 D 0.031 0.001 0.013 0.001 0.211 0.704 0.039 31 G 0.075 0.002 0.017 0.001 0.302 0.546 0.057 32 Y 0.707 0.016 0.008 0.001 0.042 0.022 0.205 33 V 0.938 0.009 0.001 0.001 0.004 0.004 0.044 34 V 0.961 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.026 35 H 0.930 0.004 0.001 0.001 0.008 0.003 0.052 36 L 0.812 0.008 0.002 0.002 0.031 0.009 0.135 37 A 0.611 0.017 0.003 0.003 0.085 0.015 0.267 38 P 0.230 0.010 0.022 0.016 0.221 0.111 0.390 39 P 0.082 0.010 0.072 0.036 0.242 0.335 0.223 40 S 0.094 0.014 0.136 0.069 0.234 0.257 0.197 41 E 0.139 0.018 0.109 0.100 0.223 0.131 0.280 42 V 0.258 0.028 0.069 0.111 0.123 0.095 0.316 43 A 0.358 0.027 0.044 0.112 0.103 0.093 0.263 44 G 0.388 0.019 0.033 0.106 0.106 0.106 0.242 45 A 0.419 0.022 0.023 0.106 0.106 0.068 0.254 46 G 0.425 0.017 0.021 0.100 0.096 0.054 0.286 47 A 0.412 0.011 0.038 0.185 0.076 0.071 0.206 48 A 0.459 0.013 0.037 0.212 0.067 0.065 0.147 49 S 0.480 0.015 0.037 0.227 0.060 0.051 0.130 50 V 0.481 0.020 0.034 0.235 0.052 0.049 0.129 51 M 0.414 0.017 0.038 0.246 0.062 0.057 0.166 52 S 0.313 0.012 0.067 0.265 0.084 0.074 0.185 53 A 0.209 0.011 0.078 0.393 0.090 0.094 0.125 54 L 0.182 0.011 0.076 0.366 0.079 0.128 0.157 55 T 0.111 0.008 0.068 0.362 0.092 0.201 0.159 56 D 0.071 0.007 0.049 0.299 0.124 0.296 0.154 57 K 0.101 0.008 0.058 0.275 0.168 0.141 0.249 58 A 0.205 0.014 0.045 0.270 0.099 0.091 0.276 59 I 0.424 0.012 0.032 0.213 0.063 0.074 0.184 60 V 0.580 0.014 0.025 0.161 0.045 0.030 0.145 61 K 0.629 0.014 0.022 0.133 0.040 0.027 0.135 62 K 0.542 0.011 0.045 0.160 0.056 0.044 0.143 63 E 0.395 0.006 0.060 0.178 0.083 0.067 0.211 64 L 0.414 0.013 0.055 0.135 0.097 0.093 0.193 65 L 0.507 0.009 0.031 0.093 0.084 0.058 0.217 66 Y 0.566 0.022 0.022 0.085 0.081 0.027 0.197 67 D 0.477 0.019 0.026 0.110 0.066 0.032 0.269 68 V 0.373 0.019 0.040 0.139 0.077 0.147 0.206 69 A 0.274 0.019 0.039 0.115 0.125 0.209 0.220 70 G 0.102 0.007 0.037 0.055 0.206 0.444 0.149 71 S 0.063 0.008 0.041 0.036 0.237 0.400 0.214 72 D 0.203 0.030 0.054 0.044 0.171 0.143 0.355 73 K 0.355 0.021 0.048 0.041 0.111 0.144 0.281 74 Y 0.515 0.026 0.049 0.039 0.108 0.086 0.177 75 Q 0.562 0.034 0.036 0.046 0.076 0.057 0.190 76 V 0.530 0.029 0.028 0.046 0.077 0.088 0.202 77 N 0.369 0.015 0.027 0.040 0.141 0.129 0.279 78 N 0.268 0.018 0.038 0.041 0.181 0.117 0.337 79 K 0.296 0.024 0.054 0.062 0.150 0.127 0.287 80 H 0.323 0.033 0.063 0.065 0.138 0.109 0.268 81 D 0.233 0.032 0.068 0.061 0.135 0.090 0.381 82 D 0.193 0.024 0.076 0.078 0.160 0.138 0.330 83 K 0.142 0.021 0.075 0.075 0.188 0.143 0.355 84 Y 0.098 0.032 0.051 0.051 0.242 0.095 0.431 85 S 0.060 0.022 0.026 0.031 0.218 0.058 0.584 86 P 0.030 0.020 0.019 0.034 0.177 0.066 0.654 87 L 0.010 0.016 0.014 0.052 0.177 0.050 0.680 88 P 0.003 0.007 0.008 0.087 0.102 0.031 0.762 89 C 0.001 0.002 0.021 0.616 0.054 0.097 0.209 90 S 0.001 0.001 0.012 0.847 0.026 0.066 0.048 91 K 0.001 0.001 0.006 0.930 0.017 0.018 0.027 92 I 0.001 0.001 0.002 0.968 0.007 0.007 0.015 93 I 0.001 0.001 0.001 0.981 0.004 0.005 0.008 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.004 0.004 95 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.003 0.003 96 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.003 97 E 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 0.013 0.004 98 E 0.001 0.001 0.001 0.942 0.006 0.042 0.008 99 L 0.001 0.001 0.004 0.865 0.011 0.103 0.016 100 V 0.001 0.003 0.011 0.653 0.033 0.240 0.059 101 G 0.002 0.002 0.015 0.292 0.076 0.522 0.091 102 Q 0.011 0.003 0.019 0.135 0.230 0.344 0.258 103 E 0.029 0.016 0.013 0.078 0.201 0.061 0.602 104 V 0.110 0.027 0.012 0.133 0.138 0.035 0.546 105 L 0.164 0.022 0.016 0.168 0.109 0.056 0.465 106 Y 0.195 0.013 0.030 0.375 0.090 0.053 0.245 107 K 0.191 0.010 0.026 0.528 0.053 0.035 0.158 108 L 0.143 0.010 0.036 0.650 0.038 0.046 0.077 109 T 0.107 0.009 0.028 0.732 0.020 0.055 0.049 110 S 0.035 0.003 0.016 0.804 0.041 0.053 0.048 111 E 0.012 0.003 0.019 0.820 0.034 0.083 0.029 112 N 0.009 0.003 0.019 0.774 0.049 0.082 0.063 113 C 0.002 0.002 0.026 0.896 0.010 0.045 0.020 114 E 0.001 0.001 0.023 0.927 0.008 0.036 0.005 115 H 0.001 0.001 0.016 0.913 0.006 0.059 0.005 116 F 0.001 0.001 0.005 0.972 0.003 0.016 0.003 117 V 0.001 0.001 0.004 0.983 0.003 0.005 0.005 118 N 0.001 0.001 0.004 0.985 0.003 0.005 0.003 119 E 0.002 0.001 0.009 0.978 0.001 0.010 0.001 120 L 0.002 0.002 0.009 0.965 0.002 0.018 0.003 121 R 0.003 0.001 0.006 0.928 0.005 0.053 0.005 122 Y 0.004 0.001 0.007 0.614 0.033 0.320 0.022 123 G 0.008 0.004 0.007 0.143 0.142 0.532 0.164 124 V 0.025 0.018 0.013 0.064 0.226 0.063 0.591 125 A 0.072 0.038 0.059 0.087 0.140 0.075 0.528 126 R 0.060 0.011 0.198 0.120 0.112 0.106 0.393 127 S 0.054 0.022 0.184 0.099 0.100 0.067 0.474 128 D 0.076 0.006 0.192 0.159 0.136 0.229 0.202 129 Q 0.099 0.017 0.124 0.125 0.171 0.176 0.289 130 V 0.063 0.063 0.039 0.091 0.219 0.059 0.467 131 R 0.039 0.022 0.012 0.045 0.024 0.073 0.785 132 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.995