# TARGET T0629 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0629.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 284.848 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.024 0.002 0.015 0.011 0.024 0.158 0.022 0.745 2 S 0.005 0.001 0.024 0.009 0.030 0.130 0.035 0.766 3 Y 0.023 0.002 0.123 0.051 0.068 0.205 0.085 0.444 4 P 0.074 0.003 0.133 0.049 0.054 0.102 0.153 0.432 5 I 0.025 0.002 0.120 0.043 0.067 0.109 0.056 0.579 6 G 0.022 0.001 0.148 0.027 0.067 0.105 0.042 0.588 7 A 0.019 0.002 0.124 0.091 0.129 0.140 0.049 0.446 8 P 0.013 0.002 0.064 0.022 0.034 0.124 0.025 0.716 9 I 0.025 0.004 0.087 0.067 0.068 0.180 0.057 0.512 10 P 0.033 0.004 0.025 0.011 0.015 0.124 0.037 0.751 11 W 0.370 0.019 0.028 0.016 0.015 0.097 0.165 0.290 12 P 0.258 0.027 0.011 0.007 0.010 0.108 0.041 0.539 13 S 0.097 0.013 0.010 0.007 0.014 0.088 0.053 0.718 14 D 0.037 0.022 0.024 0.018 0.036 0.178 0.049 0.637 15 S 0.021 0.016 0.028 0.019 0.040 0.181 0.047 0.648 16 V 0.170 0.034 0.030 0.024 0.021 0.141 0.037 0.543 17 P 0.358 0.094 0.013 0.011 0.020 0.077 0.076 0.352 18 A 0.056 0.069 0.020 0.011 0.030 0.112 0.029 0.672 19 G 0.037 0.064 0.086 0.075 0.194 0.085 0.064 0.395 20 F 0.052 0.038 0.059 0.145 0.142 0.097 0.082 0.385 21 A 0.010 0.011 0.204 0.158 0.189 0.078 0.064 0.285 22 L 0.080 0.009 0.063 0.040 0.078 0.087 0.033 0.611 23 M 0.546 0.008 0.028 0.037 0.021 0.045 0.113 0.202 24 E 0.037 0.011 0.017 0.014 0.039 0.119 0.012 0.751 25 G 0.013 0.006 0.028 0.014 0.091 0.066 0.023 0.759 26 Q 0.027 0.029 0.058 0.190 0.111 0.130 0.044 0.410 27 T 0.016 0.020 0.073 0.073 0.073 0.095 0.069 0.581 28 F 0.057 0.034 0.062 0.053 0.035 0.074 0.120 0.566 29 D 0.464 0.124 0.014 0.008 0.009 0.026 0.237 0.119 30 K 0.160 0.087 0.010 0.003 0.004 0.055 0.248 0.432 31 S 0.014 0.207 0.012 0.008 0.012 0.083 0.077 0.588 32 A 0.018 0.503 0.005 0.003 0.004 0.054 0.042 0.370 33 Y 0.041 0.876 0.004 0.002 0.002 0.014 0.031 0.031 34 P 0.073 0.829 0.008 0.002 0.003 0.011 0.039 0.036 35 K 0.118 0.547 0.033 0.004 0.007 0.030 0.150 0.112 36 L 0.155 0.328 0.081 0.007 0.013 0.057 0.212 0.146 37 A 0.236 0.097 0.058 0.010 0.014 0.076 0.099 0.410 38 V 0.020 0.024 0.098 0.013 0.021 0.119 0.084 0.620 39 A 0.008 0.007 0.127 0.009 0.021 0.144 0.101 0.582 40 Y 0.382 0.008 0.075 0.028 0.027 0.119 0.080 0.281 41 P 0.233 0.004 0.020 0.010 0.017 0.089 0.033 0.594 42 S 0.011 0.002 0.018 0.005 0.019 0.120 0.014 0.813 43 G 0.005 0.001 0.077 0.031 0.072 0.156 0.032 0.626 44 V 0.022 0.004 0.049 0.060 0.036 0.099 0.030 0.700 45 I 0.151 0.014 0.084 0.050 0.030 0.104 0.069 0.498 46 P 0.028 0.009 0.062 0.026 0.038 0.111 0.047 0.679 47 D 0.138 0.012 0.046 0.014 0.033 0.093 0.067 0.597 48 M 0.180 0.019 0.053 0.038 0.030 0.110 0.133 0.437 49 R 0.035 0.020 0.049 0.034 0.086 0.130 0.037 0.610 50 G 0.033 0.013 0.050 0.031 0.133 0.081 0.053 0.606 51 Q 0.010 0.005 0.084 0.246 0.253 0.087 0.047 0.268 52 T 0.037 0.004 0.074 0.119 0.193 0.084 0.039 0.449 53 I 0.051 0.003 0.042 0.177 0.148 0.085 0.041 0.453 54 K 0.009 0.002 0.057 0.078 0.149 0.120 0.035 0.550 55 G 0.019 0.003 0.032 0.042 0.092 0.110 0.058 0.644 56 K 0.194 0.006 0.030 0.072 0.054 0.113 0.054 0.477 57 P 0.210 0.010 0.017 0.020 0.026 0.088 0.045 0.584 58 S 0.057 0.010 0.018 0.013 0.043 0.128 0.022 0.708 59 G 0.033 0.009 0.029 0.021 0.075 0.115 0.031 0.687 60 R 0.016 0.010 0.050 0.125 0.153 0.119 0.065 0.462 61 A 0.011 0.020 0.069 0.109 0.189 0.100 0.060 0.444 62 V 0.017 0.050 0.083 0.157 0.222 0.080 0.040 0.352 63 L 0.029 0.110 0.131 0.129 0.176 0.058 0.062 0.306 64 S 0.046 0.199 0.124 0.120 0.149 0.043 0.157 0.163 65 A 0.037 0.116 0.152 0.127 0.122 0.056 0.169 0.223 66 E 0.309 0.238 0.042 0.043 0.050 0.046 0.095 0.177 67 A 0.298 0.109 0.019 0.018 0.024 0.063 0.072 0.396 68 D 0.017 0.049 0.021 0.020 0.038 0.099 0.036 0.720 69 G 0.038 0.047 0.019 0.015 0.031 0.092 0.087 0.671 70 V 0.212 0.047 0.033 0.049 0.027 0.110 0.181 0.342 71 K 0.102 0.036 0.026 0.020 0.033 0.109 0.094 0.580 72 A 0.037 0.017 0.028 0.010 0.024 0.111 0.059 0.715 73 H 0.043 0.028 0.079 0.031 0.055 0.152 0.086 0.527 74 S 0.036 0.026 0.080 0.032 0.054 0.118 0.086 0.568 75 H 0.041 0.036 0.129 0.056 0.095 0.127 0.081 0.436 76 S 0.035 0.024 0.133 0.054 0.103 0.119 0.116 0.414 77 A 0.026 0.012 0.112 0.081 0.110 0.122 0.141 0.397 78 S 0.034 0.013 0.097 0.064 0.105 0.117 0.202 0.368 79 A 0.033 0.014 0.064 0.060 0.088 0.146 0.105 0.488 80 S 0.066 0.017 0.058 0.040 0.073 0.150 0.066 0.531 81 S 0.083 0.019 0.032 0.030 0.051 0.138 0.074 0.573 82 T 0.068 0.013 0.028 0.019 0.034 0.152 0.065 0.621 83 D 0.129 0.022 0.029 0.024 0.041 0.156 0.105 0.493 84 L 0.039 0.010 0.023 0.018 0.032 0.157 0.064 0.658 85 G 0.032 0.011 0.036 0.027 0.057 0.136 0.136 0.565 86 T 0.047 0.021 0.035 0.039 0.066 0.153 0.114 0.526 87 K 0.039 0.015 0.051 0.055 0.087 0.148 0.087 0.518 88 T 0.042 0.027 0.049 0.042 0.079 0.127 0.095 0.538 89 T 0.061 0.037 0.058 0.048 0.079 0.152 0.069 0.496 90 S 0.076 0.041 0.057 0.045 0.079 0.146 0.075 0.480 91 S 0.070 0.059 0.043 0.037 0.069 0.125 0.100 0.497 92 F 0.067 0.030 0.049 0.037 0.059 0.152 0.124 0.482 93 D 0.059 0.035 0.052 0.051 0.083 0.128 0.206 0.385 94 Y 0.048 0.023 0.054 0.038 0.079 0.139 0.075 0.543 95 G 0.069 0.012 0.055 0.057 0.129 0.139 0.121 0.418 96 T 0.026 0.008 0.043 0.061 0.121 0.124 0.119 0.497 97 K 0.028 0.006 0.057 0.068 0.145 0.157 0.067 0.472 98 G 0.023 0.004 0.049 0.074 0.128 0.141 0.098 0.484 99 T 0.020 0.005 0.053 0.069 0.095 0.158 0.070 0.531 100 N 0.071 0.007 0.054 0.037 0.069 0.159 0.058 0.545 101 S 0.111 0.009 0.029 0.031 0.039 0.142 0.062 0.577 102 T 0.062 0.010 0.031 0.019 0.035 0.139 0.067 0.638 103 G 0.056 0.011 0.033 0.024 0.063 0.171 0.076 0.566 104 G 0.039 0.008 0.043 0.058 0.096 0.147 0.085 0.525 105 H 0.024 0.007 0.065 0.080 0.132 0.130 0.075 0.487 106 T 0.023 0.005 0.077 0.077 0.149 0.127 0.084 0.458 107 H 0.030 0.005 0.095 0.087 0.132 0.139 0.067 0.445 108 S 0.051 0.006 0.070 0.051 0.091 0.138 0.082 0.511 109 G 0.043 0.007 0.047 0.047 0.086 0.154 0.123 0.492 110 S 0.034 0.009 0.054 0.039 0.087 0.168 0.095 0.515 111 G 0.039 0.008 0.053 0.055 0.092 0.155 0.109 0.489 112 S 0.031 0.010 0.063 0.059 0.092 0.145 0.135 0.466 113 T 0.044 0.014 0.051 0.043 0.079 0.164 0.070 0.536 114 S 0.126 0.017 0.038 0.032 0.052 0.164 0.053 0.518 115 T 0.102 0.023 0.023 0.022 0.036 0.139 0.061 0.595 116 N 0.053 0.027 0.027 0.017 0.043 0.161 0.060 0.612 117 G 0.055 0.035 0.034 0.035 0.069 0.157 0.098 0.516 118 E 0.065 0.049 0.035 0.058 0.072 0.136 0.074 0.511 119 H 0.074 0.062 0.037 0.050 0.091 0.118 0.068 0.500 120 S 0.047 0.062 0.044 0.064 0.131 0.116 0.070 0.467 121 H 0.038 0.056 0.066 0.083 0.154 0.116 0.063 0.424 122 Y 0.060 0.048 0.056 0.089 0.138 0.113 0.090 0.406 123 I 0.040 0.033 0.061 0.092 0.131 0.114 0.157 0.372 124 E 0.067 0.023 0.041 0.055 0.098 0.129 0.111 0.475 125 A 0.104 0.013 0.036 0.055 0.078 0.144 0.125 0.446 126 W 0.020 0.007 0.034 0.037 0.074 0.166 0.056 0.607 127 N 0.047 0.008 0.033 0.027 0.067 0.170 0.046 0.604 128 G 0.040 0.008 0.043 0.056 0.074 0.184 0.072 0.523 129 T 0.032 0.009 0.048 0.027 0.053 0.154 0.048 0.629 130 G 0.143 0.015 0.055 0.047 0.072 0.132 0.121 0.415 131 V 0.095 0.012 0.036 0.035 0.045 0.144 0.060 0.573 132 G 0.084 0.011 0.028 0.027 0.052 0.120 0.053 0.625 133 G 0.031 0.009 0.017 0.027 0.056 0.132 0.044 0.685 134 N 0.020 0.010 0.027 0.031 0.049 0.147 0.057 0.659 135 K 0.068 0.041 0.033 0.049 0.054 0.160 0.074 0.522 136 M 0.095 0.081 0.025 0.023 0.037 0.116 0.056 0.568 137 S 0.070 0.110 0.036 0.030 0.063 0.130 0.105 0.457 138 S 0.024 0.090 0.067 0.046 0.127 0.080 0.264 0.302 139 Y 0.021 0.110 0.107 0.112 0.209 0.078 0.145 0.217 140 A 0.021 0.087 0.187 0.128 0.211 0.070 0.066 0.230 141 I 0.027 0.089 0.197 0.156 0.211 0.063 0.061 0.196 142 S 0.045 0.109 0.170 0.067 0.125 0.086 0.137 0.262 143 Y 0.054 0.063 0.179 0.076 0.090 0.113 0.120 0.304 144 R 0.126 0.035 0.101 0.044 0.060 0.134 0.137 0.364 145 A 0.099 0.019 0.084 0.021 0.032 0.136 0.204 0.406 146 G 0.052 0.020 0.055 0.018 0.039 0.165 0.109 0.543 147 G 0.041 0.020 0.034 0.016 0.035 0.126 0.109 0.620 148 S 0.044 0.036 0.048 0.025 0.039 0.176 0.073 0.558 149 N 0.084 0.052 0.066 0.034 0.059 0.159 0.104 0.441 150 T 0.059 0.028 0.052 0.022 0.036 0.149 0.084 0.571 151 N 0.118 0.027 0.069 0.030 0.039 0.155 0.114 0.449 152 A 0.171 0.023 0.024 0.014 0.019 0.141 0.086 0.521 153 A 0.096 0.017 0.021 0.012 0.020 0.126 0.062 0.646 154 G 0.041 0.012 0.019 0.010 0.027 0.139 0.050 0.701 155 N 0.043 0.017 0.026 0.020 0.034 0.149 0.095 0.617 156 H 0.075 0.057 0.034 0.033 0.052 0.136 0.076 0.537 157 S 0.038 0.063 0.043 0.027 0.055 0.124 0.071 0.580 158 H 0.022 0.081 0.114 0.075 0.137 0.120 0.089 0.363 159 T 0.030 0.104 0.133 0.065 0.140 0.094 0.130 0.305 160 F 0.031 0.060 0.113 0.101 0.121 0.086 0.274 0.215 161 S 0.018 0.052 0.132 0.067 0.131 0.062 0.386 0.152 162 F 0.026 0.063 0.116 0.090 0.154 0.083 0.249 0.218 163 G 0.050 0.081 0.149 0.090 0.156 0.088 0.172 0.216 164 T 0.067 0.070 0.087 0.071 0.125 0.106 0.131 0.345 165 S 0.110 0.061 0.050 0.030 0.050 0.140 0.073 0.486 166 S 0.081 0.059 0.027 0.019 0.029 0.156 0.092 0.536 167 A 0.051 0.046 0.027 0.010 0.017 0.176 0.081 0.592 168 G 0.092 0.060 0.035 0.014 0.028 0.151 0.219 0.401 169 D 0.082 0.047 0.035 0.020 0.026 0.134 0.175 0.480 170 H 0.068 0.068 0.048 0.025 0.050 0.124 0.178 0.439 171 S 0.025 0.030 0.064 0.027 0.071 0.133 0.096 0.554 172 H 0.062 0.029 0.138 0.079 0.146 0.142 0.090 0.313 173 S 0.027 0.017 0.117 0.053 0.104 0.113 0.118 0.450 174 V 0.029 0.016 0.202 0.079 0.121 0.148 0.051 0.354 175 G 0.071 0.019 0.118 0.046 0.097 0.127 0.117 0.406 176 I 0.040 0.012 0.074 0.042 0.047 0.130 0.119 0.536 177 G 0.051 0.020 0.079 0.032 0.078 0.142 0.154 0.444 178 A 0.045 0.013 0.051 0.024 0.045 0.147 0.150 0.524 179 H 0.033 0.025 0.128 0.062 0.092 0.133 0.124 0.403 180 T 0.015 0.020 0.081 0.031 0.084 0.118 0.070 0.581 181 H 0.022 0.023 0.182 0.109 0.196 0.109 0.093 0.265 182 T 0.024 0.022 0.214 0.098 0.171 0.080 0.129 0.263 183 V 0.021 0.011 0.221 0.175 0.168 0.078 0.086 0.240 184 A 0.015 0.008 0.210 0.114 0.199 0.070 0.156 0.229 185 I 0.040 0.009 0.145 0.094 0.130 0.103 0.124 0.355 186 G 0.146 0.008 0.090 0.049 0.089 0.127 0.083 0.409 187 S 0.068 0.005 0.032 0.017 0.034 0.119 0.077 0.648 188 H 0.025 0.008 0.059 0.021 0.062 0.197 0.064 0.565 189 G 0.009 0.005 0.071 0.035 0.116 0.174 0.092 0.498 190 H 0.006 0.007 0.164 0.142 0.238 0.089 0.118 0.235 191 T 0.004 0.006 0.301 0.136 0.229 0.045 0.100 0.180 192 I 0.006 0.004 0.326 0.224 0.215 0.035 0.073 0.118 193 T 0.006 0.003 0.422 0.145 0.184 0.025 0.138 0.076 194 V 0.024 0.008 0.237 0.130 0.193 0.077 0.110 0.221 195 N 0.107 0.011 0.116 0.061 0.097 0.135 0.078 0.395 196 S 0.051 0.009 0.034 0.026 0.041 0.155 0.064 0.619 197 T 0.026 0.017 0.038 0.018 0.048 0.158 0.062 0.633 198 G 0.063 0.017 0.034 0.027 0.056 0.150 0.091 0.563 199 N 0.127 0.024 0.031 0.048 0.054 0.115 0.218 0.384 200 T 0.067 0.040 0.021 0.039 0.052 0.104 0.104 0.572 201 E 0.027 0.023 0.026 0.025 0.074 0.129 0.042 0.653 202 N 0.018 0.020 0.042 0.068 0.099 0.097 0.106 0.549 203 T 0.078 0.156 0.041 0.069 0.084 0.098 0.116 0.358 204 V 0.065 0.237 0.036 0.039 0.051 0.083 0.089 0.402 205 K 0.036 0.478 0.017 0.032 0.048 0.049 0.058 0.281 206 N 0.018 0.584 0.016 0.014 0.031 0.032 0.176 0.129 207 I 0.006 0.604 0.021 0.041 0.056 0.031 0.177 0.063 208 A 0.007 0.660 0.022 0.037 0.073 0.016 0.151 0.035 209 F 0.005 0.686 0.015 0.041 0.063 0.013 0.142 0.036 210 N 0.005 0.543 0.038 0.058 0.127 0.014 0.180 0.034 211 Y 0.007 0.468 0.075 0.139 0.156 0.014 0.107 0.033 212 I 0.021 0.404 0.108 0.098 0.175 0.025 0.102 0.067 213 V 0.052 0.124 0.196 0.206 0.153 0.030 0.139 0.102 214 R 0.062 0.094 0.080 0.140 0.160 0.079 0.125 0.260 215 L 0.053 0.045 0.050 0.041 0.076 0.096 0.102 0.538 216 A 0.048 0.035 0.033 0.074 0.085 0.130 0.083 0.512