This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA S A 2 2 NATAA S A 3 3 NATAA Y A 4 4 NATRO P A 5 5 NATAA I A 6 6 NATAA G A 7 7 NATAA A A 8 8 NATRO P A 9 9 NATAA I A 10 10 NATRO P A 11 11 NATAA W A 12 12 NATRO P A 13 13 NATAA S A 14 14 NATAA D A 15 15 NATAA S A 16 16 NATAA V A 17 17 NATRO P A 18 18 NATAA A A 19 19 NATAA G A 20 20 NATAA F A 21 21 NATAA A A 22 22 NATAA L A 23 23 NATAA M A 24 24 NATAA E A 25 25 NATAA G A 26 26 NATAA Q A 27 27 NATAA T A 28 28 NATAA F A 29 29 NATAA D A 30 30 NATAA K A 31 31 NATAA S A 32 32 NATAA A A 33 33 NATAA Y A 34 34 NATRO P A 35 35 NATAA K A 36 36 NATAA L A 37 37 NATAA A A 38 38 NATAA V A 39 39 NATAA A A 40 40 NATAA Y A 41 41 NATRO P A 42 42 NATAA S A 43 43 NATAA G A 44 44 NATAA V A 45 45 NATAA I A 46 46 NATRO P A 47 47 NATAA D A 48 48 NATAA M A 49 49 NATAA R A 50 50 NATAA G A 51 51 NATAA Q A 52 52 NATAA T A 53 53 NATAA I A 54 54 NATAA K A 55 55 NATAA G A 56 56 NATAA K A 57 57 NATRO P A 58 58 NATAA S A 59 59 NATAA G A 60 60 NATAA R A 61 61 NATAA A A 62 62 NATAA V A 63 63 NATAA L A 64 64 NATAA S A 65 65 NATAA A A 66 66 NATAA E A 67 67 NATAA A A 68 68 NATAA D A 69 69 NATAA G A 70 70 NATAA V A 71 71 NATAA K A 72 72 NATAA A A 73 73 NATAA H A 74 74 NATAA S A 75 75 NATAA H A 76 76 NATAA S A 77 77 NATAA A A 78 78 NATAA S A 79 79 NATAA A A 80 80 NATAA S A 81 81 NATAA S A 82 82 NATAA T A 83 83 NATAA D A 84 84 NATAA L A 85 85 NATAA G A 86 86 NATAA T A 87 87 NATAA K A 88 88 NATAA T A 89 89 NATAA T A 90 90 NATAA S A 91 91 NATAA S A 92 92 NATAA F A 93 93 NATAA D A 94 94 NATAA Y A 95 95 NATAA G A 96 96 NATAA T A 97 97 NATAA K A 98 98 NATAA G A 99 99 NATAA T A 100 100 NATAA N A 101 101 NATAA S A 102 102 NATAA T A 103 103 NATAA G A 104 104 NATAA G A 105 105 NATAA H A 106 106 NATAA T A 107 107 NATAA H A 108 108 NATAA S A 109 109 NATAA G A 110 110 NATAA S A 111 111 NATAA G A 112 112 NATAA S A 113 113 NATAA T A 114 114 NATAA S A 115 115 NATAA T A 116 116 NATAA N A 117 117 NATAA G A 118 118 NATAA E A 119 119 NATAA H A 120 120 NATAA S A 121 121 NATAA H A 122 122 NATAA Y A 123 123 NATAA I A 124 124 NATAA E A 125 125 NATAA A A 126 126 NATAA W A 127 127 NATAA N A 128 128 NATAA G A 129 129 NATAA T A 130 130 NATAA G A 131 131 NATAA V A 132 132 NATAA G A 133 133 NATAA G A 134 134 NATAA N A 135 135 NATAA K A 136 136 NATAA M A 137 137 NATAA S A 138 138 NATAA S A 139 139 NATAA Y A 140 140 NATAA A A 141 141 NATAA I A 142 142 NATAA S A 143 143 NATAA Y A 144 144 NATAA R A 145 145 NATAA A A 146 146 NATAA G A 147 147 NATAA G A 148 148 NATAA S A 149 149 NATAA N A 150 150 NATAA T A 151 151 NATAA N A 152 152 NATAA A A 153 153 NATAA A A 154 154 NATAA G A 155 155 NATAA N A 156 156 NATAA H A 157 157 NATAA S A 158 158 NATAA H A 159 159 NATAA T A 160 160 NATAA F A 161 161 NATAA S A 162 162 NATAA F A 163 163 NATAA G A 164 164 NATAA T A 165 165 NATAA S A 166 166 NATAA S A 167 167 NATAA A A 168 168 NATAA G A 169 169 NATAA D A 170 170 NATAA H A 171 171 NATAA S A 172 172 NATAA H A 173 173 NATAA S A 174 174 NATAA V A 175 175 NATAA G A 176 176 NATAA I A 177 177 NATAA G A 178 178 NATAA A A 179 179 NATAA H A 180 180 NATAA T A 181 181 NATAA H A 182 182 NATAA T A 183 183 NATAA V A 184 184 NATAA A A 185 185 NATAA I A 186 186 NATAA G A 187 187 NATAA S A 188 188 NATAA H A 189 189 NATAA G A 190 190 NATAA H A 191 191 NATAA T A 192 192 NATAA I A 193 193 NATAA T A 194 194 NATAA V A 195 195 NATAA N A 196 196 NATAA S A 197 197 NATAA T A 198 198 NATAA G A 199 199 NATAA N A 200 200 NATAA T A 201 201 NATAA E A 202 202 NATAA N A 203 203 NATAA T A 204 204 NATAA V A 205 205 NATAA K A 206 206 NATAA N A 207 207 NATAA I A 208 208 NATAA A A 209 209 NATAA F A 210 210 NATAA N A 211 211 NATAA Y A 212 212 NATAA I A 213 213 NATAA V A 214 214 NATAA R A 215 215 NATAA L A 216 216 NATAA A