# TARGET T0628 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0628.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 40.5975 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.784 0.165 0.034 0.012 0.004 0.001 0.001 2 N 0.661 0.238 0.069 0.026 0.005 0.001 0.001 3 A 0.282 0.237 0.260 0.157 0.049 0.014 0.001 4 M 0.155 0.161 0.238 0.248 0.153 0.041 0.003 5 T 0.242 0.346 0.211 0.117 0.060 0.022 0.002 6 A 0.050 0.116 0.164 0.267 0.252 0.133 0.019 7 R 0.012 0.046 0.100 0.206 0.325 0.267 0.044 8 Y 0.003 0.007 0.016 0.044 0.159 0.481 0.291 9 I 0.001 0.001 0.004 0.012 0.043 0.262 0.678 10 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.020 0.148 0.823 11 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.131 0.852 12 D 0.001 0.002 0.005 0.013 0.041 0.202 0.736 13 W 0.002 0.005 0.009 0.025 0.075 0.292 0.591 14 G 0.006 0.014 0.021 0.056 0.141 0.369 0.392 15 S 0.011 0.023 0.036 0.078 0.169 0.345 0.338 16 T 0.012 0.028 0.047 0.085 0.163 0.333 0.332 17 N 0.029 0.065 0.111 0.158 0.191 0.220 0.226 18 L 0.011 0.014 0.021 0.048 0.150 0.353 0.402 19 R 0.009 0.022 0.035 0.078 0.172 0.358 0.326 20 A 0.008 0.012 0.019 0.054 0.115 0.385 0.406 21 W 0.008 0.027 0.062 0.125 0.258 0.369 0.151 22 L 0.010 0.039 0.092 0.159 0.276 0.345 0.079 23 Y 0.019 0.050 0.148 0.314 0.298 0.155 0.017 24 Q 0.245 0.374 0.194 0.121 0.052 0.013 0.001 25 G 0.391 0.303 0.158 0.098 0.040 0.010 0.001 26 E 0.495 0.327 0.115 0.048 0.012 0.002 0.001 27 E 0.455 0.403 0.097 0.036 0.008 0.001 0.001 28 C 0.050 0.140 0.261 0.337 0.178 0.033 0.001 29 L 0.066 0.111 0.188 0.267 0.278 0.089 0.002 30 E 0.111 0.276 0.307 0.216 0.076 0.014 0.001 31 S 0.258 0.383 0.216 0.100 0.036 0.006 0.001 32 R 0.107 0.188 0.288 0.290 0.110 0.016 0.001 33 Q 0.298 0.309 0.204 0.123 0.056 0.010 0.001 34 S 0.366 0.303 0.181 0.105 0.037 0.007 0.001 35 E 0.543 0.312 0.098 0.035 0.010 0.002 0.001 36 A 0.322 0.297 0.213 0.131 0.030 0.007 0.001 37 G 0.175 0.262 0.247 0.190 0.097 0.027 0.002 38 V 0.090 0.096 0.137 0.226 0.276 0.160 0.014 39 T 0.108 0.233 0.263 0.219 0.128 0.047 0.003 40 R 0.120 0.242 0.281 0.212 0.104 0.038 0.003 41 L 0.077 0.099 0.173 0.274 0.250 0.116 0.010 42 N 0.243 0.270 0.210 0.155 0.093 0.028 0.002 43 G 0.366 0.301 0.180 0.099 0.040 0.012 0.001 44 R 0.541 0.306 0.099 0.040 0.012 0.002 0.001 45 S 0.266 0.318 0.206 0.134 0.059 0.016 0.001 46 P 0.092 0.138 0.221 0.271 0.204 0.069 0.005 47 A 0.126 0.294 0.275 0.180 0.093 0.031 0.001 48 A 0.136 0.298 0.267 0.202 0.077 0.019 0.001 49 V 0.012 0.053 0.167 0.295 0.327 0.133 0.013 50 L 0.006 0.018 0.027 0.068 0.265 0.528 0.088 51 A 0.011 0.096 0.286 0.391 0.165 0.048 0.002 52 E 0.061 0.281 0.313 0.250 0.077 0.017 0.001 53 I 0.004 0.016 0.056 0.168 0.385 0.349 0.022 54 T 0.010 0.032 0.079 0.245 0.405 0.217 0.012 55 Q 0.162 0.469 0.258 0.082 0.024 0.005 0.001 56 H 0.141 0.368 0.281 0.170 0.035 0.006 0.001 57 W 0.037 0.059 0.147 0.278 0.356 0.120 0.004 58 R 0.113 0.204 0.295 0.261 0.105 0.021 0.001 59 D 0.529 0.334 0.097 0.029 0.009 0.002 0.001 60 G 0.342 0.343 0.183 0.101 0.026 0.005 0.001 61 A 0.159 0.275 0.193 0.177 0.146 0.046 0.004 62 T 0.013 0.052 0.123 0.262 0.344 0.188 0.019 63 P 0.008 0.030 0.085 0.163 0.332 0.318 0.064 64 V 0.001 0.002 0.005 0.014 0.070 0.411 0.498 65 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.142 0.835 66 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.074 0.920 67 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.071 0.924 68 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.092 0.898 69 M 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.175 0.797 70 V 0.001 0.003 0.005 0.019 0.074 0.330 0.568 71 G 0.004 0.011 0.019 0.050 0.126 0.319 0.471 72 S 0.006 0.013 0.019 0.045 0.108 0.347 0.463 73 N 0.028 0.063 0.103 0.148 0.207 0.239 0.213 74 V 0.042 0.069 0.092 0.131 0.191 0.259 0.216 75 G 0.045 0.072 0.080 0.129 0.172 0.262 0.241 76 W 0.026 0.030 0.047 0.095 0.168 0.341 0.293 77 K 0.057 0.101 0.132 0.181 0.196 0.217 0.115 78 I 0.058 0.098 0.122 0.156 0.205 0.238 0.124 79 A 0.032 0.039 0.058 0.117 0.189 0.351 0.214 80 P 0.090 0.141 0.150 0.190 0.210 0.163 0.056 81 Y 0.056 0.092 0.124 0.181 0.201 0.236 0.110 82 L 0.041 0.057 0.094 0.171 0.267 0.280 0.089 83 P 0.189 0.284 0.202 0.158 0.092 0.058 0.017 84 L 0.042 0.062 0.089 0.171 0.295 0.274 0.066 85 P 0.098 0.170 0.187 0.205 0.192 0.125 0.022 86 A 0.087 0.119 0.186 0.263 0.209 0.118 0.019 87 A 0.186 0.296 0.246 0.154 0.079 0.035 0.005 88 F 0.077 0.100 0.163 0.266 0.248 0.131 0.015 89 S 0.376 0.341 0.153 0.079 0.038 0.010 0.001 90 D 0.205 0.353 0.235 0.143 0.048 0.015 0.002 91 I 0.051 0.063 0.107 0.227 0.336 0.192 0.025 92 G 0.072 0.169 0.257 0.289 0.152 0.058 0.004 93 Q 0.205 0.307 0.258 0.152 0.055 0.021 0.002 94 Q 0.096 0.169 0.228 0.281 0.161 0.059 0.006 95 L 0.045 0.057 0.083 0.164 0.327 0.289 0.035 96 T 0.084 0.221 0.277 0.226 0.135 0.052 0.005 97 A 0.121 0.236 0.232 0.227 0.132 0.048 0.004 98 V 0.088 0.131 0.195 0.260 0.222 0.097 0.008 99 G 0.247 0.263 0.230 0.166 0.069 0.023 0.003 100 D 0.344 0.342 0.183 0.088 0.031 0.010 0.001 101 N 0.094 0.198 0.234 0.275 0.138 0.053 0.007 102 I 0.020 0.049 0.082 0.187 0.327 0.298 0.038 103 W 0.018 0.038 0.064 0.138 0.212 0.391 0.140 104 I 0.012 0.018 0.034 0.075 0.141 0.353 0.366 105 I 0.009 0.014 0.027 0.060 0.127 0.297 0.466 106 P 0.009 0.018 0.028 0.050 0.129 0.329 0.438 107 G 0.023 0.050 0.073 0.123 0.183 0.287 0.261 108 L 0.023 0.050 0.076 0.140 0.232 0.328 0.151 109 C 0.032 0.078 0.122 0.189 0.271 0.247 0.060 110 V 0.063 0.096 0.150 0.230 0.261 0.175 0.026 111 S 0.290 0.306 0.188 0.121 0.066 0.026 0.002 112 R 0.424 0.247 0.157 0.108 0.045 0.017 0.002 113 D 0.575 0.208 0.112 0.069 0.026 0.009 0.001 114 D 0.611 0.241 0.085 0.043 0.015 0.005 0.001 115 N 0.433 0.240 0.143 0.102 0.055 0.023 0.004 116 H 0.274 0.193 0.175 0.168 0.121 0.061 0.009 117 N 0.257 0.263 0.172 0.124 0.105 0.065 0.013 118 V 0.107 0.093 0.127 0.175 0.205 0.196 0.097 119 M 0.057 0.043 0.050 0.082 0.182 0.329 0.258 120 R 0.069 0.089 0.108 0.121 0.152 0.238 0.224 121 G 0.043 0.038 0.048 0.086 0.140 0.265 0.380 122 E 0.028 0.036 0.042 0.058 0.133 0.309 0.394 123 E 0.016 0.022 0.030 0.063 0.114 0.273 0.483 124 T 0.018 0.016 0.022 0.058 0.105 0.260 0.521 125 Q 0.028 0.042 0.065 0.126 0.174 0.279 0.286 126 L 0.021 0.026 0.039 0.088 0.175 0.303 0.348 127 L 0.030 0.034 0.046 0.101 0.152 0.311 0.325 128 G 0.042 0.067 0.086 0.163 0.176 0.248 0.219 129 A 0.050 0.047 0.057 0.131 0.190 0.298 0.226 130 R 0.067 0.114 0.148 0.216 0.221 0.177 0.058 131 A 0.104 0.173 0.204 0.224 0.165 0.108 0.022 132 L 0.097 0.130 0.171 0.250 0.211 0.120 0.020 133 A 0.205 0.187 0.174 0.193 0.150 0.079 0.013 134 P 0.300 0.260 0.209 0.136 0.061 0.028 0.005 135 S 0.261 0.285 0.223 0.148 0.054 0.024 0.006 136 S 0.065 0.087 0.106 0.204 0.276 0.214 0.048 137 V 0.025 0.043 0.059 0.130 0.249 0.379 0.116 138 Y 0.017 0.022 0.037 0.078 0.141 0.390 0.315 139 V 0.011 0.014 0.027 0.057 0.105 0.287 0.498 140 M 0.007 0.009 0.014 0.030 0.086 0.273 0.580 141 P 0.015 0.025 0.034 0.056 0.115 0.286 0.469 142 G 0.026 0.041 0.054 0.094 0.144 0.285 0.356 143 T 0.025 0.039 0.052 0.096 0.161 0.306 0.320 144 H 0.016 0.029 0.041 0.075 0.171 0.351 0.317 145 C 0.025 0.041 0.069 0.114 0.212 0.289 0.251 146 K 0.019 0.045 0.062 0.101 0.211 0.346 0.215 147 W 0.030 0.044 0.071 0.127 0.217 0.327 0.183 148 V 0.016 0.038 0.065 0.124 0.243 0.399 0.115 149 L 0.036 0.133 0.260 0.286 0.188 0.085 0.011 150 A 0.025 0.046 0.113 0.315 0.325 0.163 0.012 151 D 0.326 0.406 0.155 0.069 0.037 0.007 0.001 152 R 0.464 0.358 0.112 0.052 0.012 0.002 0.001 153 R 0.532 0.340 0.089 0.032 0.006 0.001 0.001 154 Q 0.119 0.309 0.311 0.212 0.041 0.009 0.001 155 I 0.062 0.060 0.135 0.254 0.349 0.133 0.008 156 H 0.197 0.325 0.244 0.163 0.058 0.014 0.001 157 D 0.260 0.347 0.214 0.120 0.043 0.014 0.002 158 F 0.034 0.042 0.078 0.183 0.287 0.298 0.078 159 R 0.062 0.130 0.178 0.240 0.219 0.138 0.034 160 T 0.059 0.090 0.116 0.161 0.207 0.245 0.122 161 V 0.056 0.082 0.110 0.172 0.225 0.218 0.137 162 L 0.023 0.023 0.030 0.063 0.145 0.354 0.362 163 T 0.027 0.037 0.042 0.068 0.135 0.304 0.387 164 G 0.065 0.062 0.071 0.115 0.161 0.257 0.269 165 E 0.039 0.049 0.068 0.112 0.156 0.262 0.314 166 L 0.012 0.015 0.020 0.034 0.090 0.309 0.519 167 H 0.028 0.039 0.062 0.119 0.217 0.293 0.242 168 H 0.093 0.204 0.198 0.188 0.161 0.113 0.044 169 L 0.027 0.045 0.087 0.217 0.279 0.258 0.086 170 L 0.031 0.039 0.056 0.133 0.244 0.362 0.135 171 L 0.066 0.149 0.242 0.261 0.173 0.090 0.020 172 Q 0.172 0.297 0.246 0.171 0.068 0.038 0.008 173 L 0.047 0.079 0.139 0.258 0.259 0.188 0.030 174 S 0.055 0.088 0.118 0.207 0.272 0.221 0.040 175 L 0.040 0.057 0.095 0.174 0.255 0.281 0.099 176 V 0.037 0.065 0.086 0.168 0.272 0.281 0.091 177 G 0.080 0.182 0.253 0.240 0.165 0.070 0.009 178 A 0.096 0.221 0.275 0.240 0.121 0.043 0.003 179 G 0.142 0.246 0.235 0.211 0.122 0.043 0.002 180 L 0.070 0.082 0.176 0.312 0.269 0.086 0.004 181 P 0.365 0.340 0.177 0.082 0.029 0.006 0.001 182 P 0.543 0.290 0.105 0.047 0.013 0.002 0.001 183 Q 0.594 0.283 0.081 0.032 0.010 0.001 0.001 184 E 0.438 0.305 0.152 0.079 0.022 0.004 0.001 185 T 0.218 0.201 0.264 0.201 0.096 0.019 0.001 186 S 0.339 0.314 0.204 0.104 0.031 0.007 0.001 187 A 0.277 0.298 0.230 0.131 0.049 0.014 0.001 188 A 0.170 0.254 0.250 0.218 0.082 0.025 0.002 189 A 0.051 0.127 0.211 0.280 0.219 0.103 0.010 190 F 0.038 0.054 0.070 0.155 0.276 0.326 0.080 191 A 0.030 0.093 0.165 0.281 0.238 0.168 0.025 192 A 0.055 0.133 0.198 0.248 0.211 0.132 0.022 193 G 0.045 0.122 0.208 0.260 0.212 0.127 0.026 194 L 0.031 0.051 0.076 0.167 0.306 0.301 0.069 195 Q 0.084 0.170 0.223 0.233 0.182 0.094 0.014 196 R 0.160 0.271 0.259 0.182 0.082 0.041 0.005 197 G 0.113 0.144 0.192 0.248 0.196 0.097 0.010 198 I 0.130 0.141 0.196 0.231 0.202 0.091 0.009 199 N 0.282 0.292 0.199 0.131 0.068 0.026 0.003 200 N 0.342 0.290 0.171 0.116 0.056 0.023 0.003 201 P 0.261 0.263 0.206 0.160 0.078 0.030 0.003 202 A 0.204 0.297 0.226 0.159 0.081 0.029 0.004 203 V 0.036 0.064 0.125 0.229 0.300 0.201 0.043 204 L 0.023 0.060 0.099 0.190 0.277 0.290 0.061 205 P 0.045 0.138 0.223 0.268 0.195 0.115 0.017 206 Q 0.034 0.115 0.199 0.270 0.222 0.130 0.031 207 L 0.005 0.013 0.030 0.087 0.205 0.438 0.221 208 F 0.003 0.008 0.017 0.053 0.170 0.451 0.299 209 E 0.015 0.070 0.163 0.272 0.206 0.183 0.090 210 V 0.005 0.010 0.020 0.058 0.197 0.442 0.268 211 R 0.008 0.021 0.044 0.095 0.177 0.370 0.285 212 A 0.009 0.021 0.036 0.082 0.195 0.385 0.271 213 S 0.045 0.140 0.248 0.260 0.175 0.105 0.028 214 H 0.059 0.145 0.207 0.239 0.195 0.132 0.023 215 V 0.025 0.045 0.081 0.200 0.336 0.271 0.043 216 L 0.064 0.102 0.158 0.256 0.267 0.142 0.011 217 G 0.241 0.364 0.220 0.115 0.048 0.011 0.001 218 A 0.339 0.399 0.179 0.065 0.015 0.003 0.001 219 L 0.128 0.132 0.235 0.337 0.142 0.025 0.001 220 P 0.519 0.291 0.120 0.048 0.018 0.003 0.001 221 R 0.519 0.290 0.125 0.052 0.011 0.002 0.001 222 E 0.708 0.247 0.034 0.009 0.002 0.001 0.001 223 Q 0.275 0.406 0.190 0.098 0.027 0.004 0.001 224 V 0.054 0.105 0.196 0.319 0.250 0.073 0.004 225 S 0.071 0.208 0.328 0.273 0.092 0.027 0.001 226 E 0.145 0.285 0.284 0.195 0.069 0.020 0.002 227 F 0.022 0.048 0.120 0.275 0.314 0.189 0.032 228 L 0.014 0.020 0.030 0.094 0.212 0.418 0.212 229 S 0.013 0.042 0.109 0.201 0.225 0.272 0.138 230 G 0.018 0.036 0.066 0.131 0.222 0.274 0.253 231 L 0.003 0.006 0.010 0.024 0.081 0.337 0.539 232 L 0.003 0.004 0.008 0.030 0.068 0.236 0.650 233 I 0.002 0.005 0.008 0.022 0.057 0.245 0.661 234 G 0.006 0.013 0.025 0.067 0.125 0.290 0.474 235 A 0.004 0.009 0.017 0.041 0.126 0.358 0.445 236 E 0.007 0.020 0.035 0.073 0.158 0.334 0.373 237 V 0.007 0.014 0.022 0.061 0.171 0.380 0.345 238 A 0.021 0.061 0.120 0.210 0.283 0.227 0.078 239 T 0.032 0.088 0.173 0.253 0.234 0.172 0.047 240 L 0.020 0.034 0.051 0.116 0.273 0.398 0.109 241 S 0.069 0.145 0.248 0.289 0.165 0.074 0.010 242 D 0.184 0.267 0.270 0.182 0.066 0.029 0.002 243 T 0.180 0.226 0.224 0.205 0.117 0.046 0.003 244 F 0.119 0.115 0.180 0.266 0.221 0.092 0.007 245 A 0.233 0.284 0.245 0.147 0.070 0.021 0.001 246 G 0.402 0.326 0.160 0.077 0.028 0.007 0.001 247 Q 0.284 0.357 0.179 0.100 0.060 0.017 0.002 248 Q 0.058 0.163 0.179 0.273 0.229 0.088 0.009 249 A 0.005 0.041 0.134 0.305 0.303 0.192 0.019 250 I 0.001 0.002 0.005 0.015 0.116 0.600 0.261 251 S 0.001 0.005 0.023 0.074 0.190 0.476 0.231 252 L 0.001 0.002 0.005 0.015 0.073 0.410 0.496 253 V 0.001 0.004 0.022 0.065 0.178 0.372 0.357 254 A 0.002 0.008 0.022 0.052 0.188 0.484 0.244 255 G 0.025 0.134 0.265 0.289 0.171 0.101 0.016 256 S 0.156 0.320 0.265 0.167 0.065 0.025 0.002 257 S 0.044 0.193 0.294 0.274 0.150 0.042 0.003 258 L 0.016 0.027 0.050 0.144 0.379 0.343 0.041 259 T 0.011 0.085 0.202 0.338 0.251 0.108 0.005 260 S 0.138 0.387 0.231 0.148 0.073 0.022 0.001 261 R 0.009 0.047 0.165 0.310 0.342 0.111 0.015 262 Y 0.002 0.009 0.013 0.038 0.205 0.566 0.167 263 Q 0.009 0.073 0.269 0.370 0.191 0.081 0.007 264 Q 0.019 0.111 0.340 0.391 0.100 0.036 0.004 265 A 0.005 0.014 0.047 0.137 0.343 0.412 0.042 266 F 0.015 0.022 0.044 0.153 0.335 0.362 0.068 267 A 0.082 0.340 0.296 0.178 0.078 0.024 0.002 268 A 0.103 0.235 0.241 0.238 0.136 0.044 0.003 269 I 0.068 0.130 0.220 0.301 0.189 0.086 0.006 270 G 0.245 0.289 0.207 0.150 0.081 0.025 0.002 271 R 0.182 0.206 0.256 0.217 0.107 0.030 0.003 272 E 0.221 0.339 0.223 0.136 0.062 0.019 0.002 273 V 0.077 0.095 0.146 0.260 0.266 0.142 0.014 274 S 0.113 0.279 0.254 0.195 0.119 0.039 0.002 275 A 0.064 0.164 0.239 0.273 0.186 0.069 0.005 276 V 0.055 0.092 0.178 0.287 0.285 0.095 0.008 277 A 0.160 0.308 0.237 0.168 0.096 0.028 0.002 278 G 0.133 0.210 0.241 0.239 0.121 0.050 0.007 279 D 0.138 0.253 0.291 0.208 0.079 0.029 0.002 280 T 0.072 0.183 0.294 0.300 0.108 0.039 0.003 281 A 0.022 0.033 0.080 0.175 0.352 0.269 0.070 282 F 0.010 0.025 0.031 0.081 0.205 0.439 0.208 283 Q 0.012 0.056 0.158 0.292 0.253 0.194 0.035 284 T 0.014 0.085 0.244 0.302 0.193 0.128 0.035 285 G 0.004 0.012 0.036 0.101 0.199 0.410 0.237 286 I 0.002 0.003 0.005 0.022 0.113 0.448 0.407 287 R 0.009 0.060 0.168 0.273 0.229 0.207 0.054 288 S 0.018 0.058 0.126 0.208 0.268 0.236 0.087 289 I 0.005 0.010 0.016 0.046 0.136 0.503 0.284 290 A 0.017 0.045 0.090 0.203 0.328 0.263 0.054 291 Y 0.091 0.221 0.257 0.213 0.134 0.073 0.011 292 A 0.149 0.244 0.231 0.207 0.117 0.048 0.005 293 V 0.089 0.082 0.128 0.249 0.250 0.180 0.022 294 A 0.279 0.215 0.212 0.164 0.094 0.033 0.003 295 N 0.717 0.213 0.047 0.016 0.005 0.002 0.001