# TARGET T0628 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0628.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 43.6862 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.743 0.174 0.053 0.021 0.007 0.002 0.001 2 N 0.670 0.225 0.071 0.026 0.006 0.002 0.001 3 A 0.305 0.224 0.226 0.162 0.061 0.020 0.002 4 M 0.179 0.178 0.226 0.217 0.146 0.049 0.005 5 T 0.212 0.315 0.225 0.140 0.070 0.032 0.005 6 A 0.052 0.104 0.154 0.237 0.264 0.159 0.029 7 R 0.016 0.053 0.112 0.209 0.304 0.254 0.053 8 Y 0.003 0.007 0.018 0.047 0.163 0.468 0.293 9 I 0.001 0.001 0.003 0.011 0.042 0.266 0.676 10 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.022 0.153 0.817 11 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.126 0.857 12 D 0.001 0.003 0.005 0.013 0.041 0.198 0.739 13 W 0.002 0.005 0.009 0.024 0.076 0.301 0.582 14 G 0.006 0.016 0.023 0.059 0.148 0.384 0.365 15 S 0.011 0.025 0.039 0.080 0.181 0.351 0.312 16 T 0.012 0.027 0.044 0.080 0.156 0.341 0.341 17 N 0.025 0.055 0.102 0.143 0.187 0.231 0.258 18 L 0.010 0.013 0.021 0.045 0.139 0.336 0.436 19 R 0.009 0.019 0.031 0.068 0.158 0.355 0.361 20 A 0.008 0.011 0.017 0.045 0.106 0.386 0.428 21 W 0.008 0.028 0.060 0.115 0.239 0.401 0.150 22 L 0.010 0.051 0.132 0.199 0.288 0.270 0.050 23 Y 0.016 0.053 0.169 0.361 0.282 0.109 0.009 24 Q 0.309 0.386 0.173 0.085 0.039 0.008 0.001 25 G 0.560 0.305 0.078 0.040 0.014 0.003 0.001 26 E 0.625 0.316 0.045 0.011 0.003 0.001 0.001 27 E 0.303 0.486 0.147 0.057 0.007 0.001 0.001 28 C 0.024 0.089 0.253 0.348 0.249 0.035 0.001 29 L 0.043 0.099 0.247 0.344 0.227 0.039 0.001 30 E 0.311 0.467 0.162 0.043 0.015 0.001 0.001 31 S 0.211 0.395 0.254 0.116 0.022 0.002 0.001 32 R 0.079 0.143 0.332 0.325 0.111 0.010 0.001 33 Q 0.452 0.362 0.125 0.045 0.014 0.002 0.001 34 S 0.541 0.308 0.095 0.042 0.012 0.002 0.001 35 E 0.501 0.331 0.117 0.040 0.010 0.001 0.001 36 A 0.224 0.293 0.276 0.167 0.033 0.007 0.001 37 G 0.089 0.155 0.237 0.255 0.199 0.061 0.004 38 V 0.064 0.083 0.126 0.202 0.280 0.218 0.027 39 T 0.061 0.176 0.268 0.251 0.163 0.075 0.006 40 R 0.078 0.214 0.291 0.239 0.129 0.045 0.004 41 L 0.049 0.080 0.154 0.271 0.292 0.140 0.013 42 N 0.274 0.310 0.194 0.127 0.072 0.022 0.002 43 G 0.303 0.297 0.216 0.125 0.044 0.013 0.001 44 R 0.491 0.322 0.124 0.048 0.013 0.002 0.001 45 S 0.228 0.343 0.219 0.134 0.059 0.015 0.001 46 P 0.053 0.095 0.172 0.290 0.283 0.100 0.008 47 A 0.076 0.260 0.283 0.214 0.120 0.045 0.002 48 A 0.095 0.273 0.288 0.233 0.086 0.023 0.002 49 V 0.008 0.039 0.151 0.279 0.348 0.156 0.018 50 L 0.003 0.011 0.017 0.048 0.233 0.556 0.132 51 A 0.009 0.085 0.270 0.400 0.178 0.054 0.003 52 E 0.058 0.293 0.309 0.241 0.079 0.019 0.001 53 I 0.003 0.016 0.057 0.175 0.390 0.336 0.023 54 T 0.009 0.031 0.083 0.254 0.399 0.213 0.013 55 Q 0.154 0.455 0.267 0.091 0.026 0.006 0.001 56 H 0.127 0.345 0.296 0.181 0.043 0.007 0.001 57 W 0.034 0.054 0.120 0.259 0.374 0.153 0.007 58 R 0.086 0.172 0.285 0.284 0.138 0.034 0.002 59 D 0.436 0.373 0.130 0.043 0.014 0.003 0.001 60 G 0.269 0.319 0.208 0.142 0.049 0.011 0.001 61 A 0.101 0.206 0.202 0.208 0.197 0.076 0.010 62 T 0.011 0.040 0.099 0.215 0.354 0.242 0.038 63 P 0.005 0.018 0.054 0.113 0.293 0.391 0.126 64 V 0.001 0.001 0.003 0.007 0.042 0.344 0.602 65 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.128 0.852 66 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.069 0.925 67 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.078 0.916 68 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.114 0.870 69 M 0.001 0.001 0.002 0.008 0.031 0.211 0.746 70 V 0.002 0.005 0.008 0.026 0.102 0.367 0.490 71 G 0.006 0.016 0.023 0.056 0.145 0.336 0.419 72 S 0.008 0.019 0.025 0.051 0.122 0.340 0.435 73 N 0.035 0.075 0.117 0.159 0.184 0.215 0.215 74 V 0.054 0.077 0.093 0.130 0.175 0.245 0.225 75 G 0.045 0.065 0.070 0.114 0.163 0.270 0.273 76 W 0.032 0.033 0.049 0.096 0.161 0.321 0.309 77 K 0.064 0.107 0.132 0.179 0.184 0.208 0.125 78 I 0.075 0.120 0.134 0.159 0.191 0.204 0.117 79 A 0.035 0.046 0.066 0.132 0.198 0.316 0.208 80 P 0.070 0.114 0.132 0.177 0.225 0.201 0.081 81 Y 0.052 0.088 0.116 0.173 0.197 0.240 0.133 82 L 0.034 0.050 0.082 0.154 0.256 0.302 0.122 83 P 0.121 0.209 0.195 0.193 0.137 0.105 0.039 84 L 0.031 0.049 0.073 0.145 0.297 0.314 0.091 85 P 0.074 0.150 0.165 0.204 0.211 0.159 0.036 86 A 0.070 0.107 0.189 0.265 0.223 0.125 0.021 87 A 0.179 0.293 0.264 0.161 0.069 0.031 0.004 88 F 0.083 0.104 0.165 0.265 0.249 0.122 0.013 89 S 0.409 0.340 0.142 0.069 0.031 0.008 0.001 90 D 0.250 0.383 0.212 0.112 0.032 0.009 0.001 91 I 0.059 0.073 0.130 0.260 0.320 0.143 0.015 92 G 0.092 0.186 0.270 0.282 0.125 0.042 0.003 93 Q 0.341 0.350 0.185 0.086 0.028 0.010 0.001 94 Q 0.129 0.224 0.246 0.251 0.111 0.035 0.004 95 L 0.052 0.063 0.094 0.184 0.330 0.247 0.030 96 T 0.079 0.206 0.265 0.251 0.139 0.055 0.005 97 A 0.135 0.246 0.238 0.198 0.128 0.049 0.005 98 V 0.082 0.132 0.199 0.280 0.205 0.092 0.010 99 G 0.195 0.271 0.213 0.169 0.103 0.042 0.006 100 D 0.134 0.228 0.255 0.218 0.114 0.045 0.007 101 N 0.066 0.207 0.271 0.235 0.148 0.061 0.011 102 I 0.005 0.010 0.022 0.078 0.291 0.477 0.117 103 W 0.004 0.017 0.052 0.144 0.242 0.407 0.133 104 I 0.001 0.002 0.006 0.017 0.056 0.349 0.569 105 I 0.001 0.002 0.006 0.016 0.058 0.243 0.675 106 P 0.001 0.003 0.007 0.015 0.076 0.312 0.586 107 G 0.007 0.025 0.043 0.092 0.161 0.309 0.363 108 L 0.006 0.016 0.033 0.088 0.212 0.455 0.191 109 C 0.016 0.064 0.138 0.225 0.291 0.229 0.036 110 V 0.062 0.108 0.175 0.227 0.270 0.143 0.014 111 S 0.346 0.346 0.155 0.094 0.043 0.014 0.001 112 R 0.488 0.248 0.135 0.082 0.033 0.012 0.001 113 D 0.561 0.206 0.129 0.074 0.024 0.007 0.001 114 D 0.654 0.233 0.072 0.029 0.009 0.003 0.001 115 N 0.427 0.234 0.149 0.110 0.055 0.022 0.003 116 H 0.266 0.196 0.190 0.175 0.113 0.053 0.007 117 N 0.333 0.306 0.152 0.096 0.068 0.039 0.007 118 V 0.135 0.130 0.166 0.197 0.179 0.138 0.055 119 M 0.081 0.056 0.067 0.106 0.205 0.301 0.184 120 R 0.106 0.132 0.145 0.145 0.151 0.189 0.133 121 G 0.087 0.073 0.083 0.124 0.167 0.235 0.231 122 E 0.068 0.089 0.098 0.116 0.169 0.253 0.208 123 E 0.038 0.054 0.071 0.119 0.168 0.265 0.287 124 T 0.034 0.029 0.040 0.090 0.160 0.286 0.361 125 Q 0.047 0.072 0.102 0.162 0.189 0.235 0.192 126 L 0.030 0.036 0.051 0.108 0.182 0.301 0.292 127 L 0.045 0.052 0.068 0.129 0.173 0.287 0.247 128 G 0.050 0.077 0.101 0.163 0.176 0.236 0.196 129 A 0.050 0.045 0.052 0.116 0.173 0.300 0.264 130 R 0.077 0.108 0.133 0.199 0.219 0.190 0.073 131 A 0.127 0.193 0.207 0.206 0.143 0.099 0.025 132 L 0.103 0.126 0.161 0.234 0.209 0.138 0.030 133 A 0.175 0.163 0.168 0.202 0.166 0.102 0.024 134 P 0.284 0.240 0.199 0.147 0.078 0.042 0.011 135 S 0.309 0.278 0.184 0.125 0.061 0.033 0.010 136 S 0.078 0.095 0.112 0.194 0.247 0.209 0.065 137 V 0.033 0.049 0.066 0.128 0.233 0.350 0.140 138 Y 0.024 0.028 0.043 0.086 0.145 0.356 0.318 139 V 0.017 0.021 0.033 0.063 0.114 0.296 0.456 140 M 0.015 0.017 0.025 0.051 0.117 0.290 0.485 141 P 0.032 0.052 0.062 0.096 0.152 0.282 0.323 142 G 0.055 0.080 0.096 0.141 0.171 0.247 0.209 143 T 0.050 0.071 0.088 0.137 0.181 0.263 0.210 144 H 0.033 0.063 0.086 0.127 0.203 0.288 0.200 145 C 0.044 0.066 0.102 0.154 0.228 0.246 0.159 146 K 0.032 0.076 0.107 0.162 0.247 0.265 0.112 147 W 0.033 0.052 0.084 0.162 0.233 0.309 0.128 148 V 0.015 0.036 0.065 0.146 0.282 0.371 0.084 149 L 0.035 0.147 0.268 0.276 0.188 0.077 0.008 150 A 0.026 0.054 0.131 0.324 0.309 0.145 0.012 151 D 0.272 0.391 0.188 0.094 0.045 0.009 0.001 152 R 0.389 0.346 0.157 0.084 0.020 0.004 0.001 153 R 0.533 0.334 0.091 0.033 0.008 0.001 0.001 154 Q 0.159 0.352 0.278 0.168 0.034 0.008 0.001 155 I 0.062 0.061 0.137 0.270 0.338 0.123 0.009 156 H 0.208 0.334 0.241 0.148 0.055 0.013 0.001 157 D 0.260 0.345 0.218 0.118 0.043 0.014 0.002 158 F 0.038 0.050 0.091 0.203 0.285 0.263 0.070 159 R 0.070 0.136 0.185 0.235 0.209 0.131 0.034 160 T 0.078 0.118 0.141 0.176 0.197 0.198 0.092 161 V 0.067 0.094 0.124 0.186 0.221 0.199 0.108 162 L 0.035 0.034 0.047 0.094 0.171 0.344 0.275 163 T 0.043 0.059 0.068 0.102 0.173 0.290 0.264 164 G 0.086 0.087 0.099 0.145 0.183 0.230 0.170 165 E 0.057 0.079 0.102 0.148 0.176 0.229 0.209 166 L 0.017 0.023 0.031 0.052 0.120 0.336 0.421 167 H 0.038 0.061 0.101 0.173 0.255 0.239 0.134 168 H 0.105 0.226 0.221 0.194 0.140 0.088 0.027 169 L 0.028 0.048 0.092 0.225 0.282 0.251 0.074 170 L 0.031 0.036 0.053 0.128 0.244 0.365 0.143 171 L 0.069 0.150 0.246 0.257 0.165 0.090 0.024 172 Q 0.165 0.284 0.246 0.176 0.075 0.043 0.011 173 L 0.044 0.076 0.134 0.252 0.255 0.200 0.039 174 S 0.046 0.072 0.102 0.185 0.276 0.261 0.059 175 L 0.037 0.059 0.092 0.164 0.253 0.279 0.117 176 V 0.033 0.063 0.082 0.160 0.265 0.281 0.115 177 G 0.068 0.173 0.244 0.244 0.177 0.081 0.014 178 A 0.075 0.193 0.274 0.257 0.139 0.056 0.005 179 G 0.097 0.181 0.207 0.242 0.185 0.082 0.006 180 L 0.068 0.085 0.187 0.302 0.257 0.095 0.006 181 P 0.334 0.325 0.206 0.098 0.030 0.007 0.001 182 P 0.536 0.276 0.115 0.055 0.016 0.003 0.001 183 Q 0.616 0.275 0.072 0.027 0.009 0.001 0.001 184 E 0.475 0.320 0.133 0.055 0.014 0.003 0.001 185 T 0.133 0.191 0.274 0.240 0.137 0.024 0.001 186 S 0.207 0.316 0.242 0.161 0.059 0.014 0.001 187 A 0.116 0.265 0.297 0.202 0.089 0.029 0.001 188 A 0.110 0.265 0.283 0.248 0.076 0.017 0.001 189 A 0.009 0.044 0.146 0.252 0.372 0.160 0.017 190 F 0.004 0.013 0.018 0.061 0.219 0.503 0.181 191 A 0.005 0.050 0.204 0.397 0.230 0.107 0.008 192 A 0.018 0.119 0.300 0.377 0.127 0.053 0.007 193 G 0.004 0.016 0.056 0.142 0.321 0.394 0.068 194 L 0.005 0.012 0.025 0.100 0.302 0.435 0.121 195 Q 0.051 0.243 0.307 0.214 0.121 0.057 0.007 196 R 0.036 0.155 0.286 0.333 0.134 0.050 0.005 197 G 0.029 0.049 0.089 0.190 0.329 0.284 0.030 198 I 0.062 0.110 0.201 0.280 0.245 0.094 0.009 199 N 0.338 0.370 0.165 0.077 0.035 0.013 0.001 200 N 0.212 0.251 0.227 0.195 0.081 0.030 0.004 201 P 0.325 0.244 0.177 0.139 0.081 0.031 0.003 202 A 0.326 0.351 0.175 0.093 0.039 0.014 0.002 203 V 0.056 0.088 0.156 0.242 0.290 0.141 0.027 204 L 0.031 0.079 0.117 0.205 0.269 0.248 0.051 205 P 0.051 0.148 0.232 0.254 0.187 0.109 0.019 206 Q 0.035 0.115 0.208 0.273 0.216 0.124 0.030 207 L 0.005 0.014 0.034 0.092 0.217 0.426 0.211 208 F 0.002 0.006 0.013 0.044 0.147 0.454 0.334 209 E 0.012 0.057 0.146 0.260 0.212 0.200 0.114 210 V 0.003 0.007 0.014 0.042 0.164 0.446 0.323 211 R 0.005 0.018 0.039 0.086 0.171 0.369 0.312 212 A 0.006 0.016 0.027 0.063 0.173 0.394 0.321 213 S 0.032 0.111 0.213 0.250 0.203 0.142 0.049 214 H 0.039 0.110 0.186 0.244 0.216 0.169 0.036 215 V 0.023 0.041 0.073 0.178 0.333 0.295 0.057 216 L 0.063 0.101 0.149 0.248 0.267 0.154 0.017 217 G 0.200 0.331 0.241 0.142 0.067 0.018 0.001 218 A 0.291 0.398 0.204 0.081 0.021 0.005 0.001 219 L 0.112 0.126 0.231 0.331 0.166 0.033 0.001 220 P 0.474 0.285 0.146 0.065 0.024 0.005 0.001 221 R 0.489 0.279 0.148 0.066 0.015 0.003 0.001 222 E 0.687 0.253 0.044 0.012 0.003 0.001 0.001 223 Q 0.275 0.397 0.191 0.101 0.030 0.005 0.001 224 V 0.052 0.106 0.173 0.308 0.267 0.088 0.006 225 S 0.050 0.167 0.309 0.306 0.121 0.045 0.002 226 E 0.132 0.257 0.277 0.210 0.089 0.031 0.003 227 F 0.026 0.061 0.143 0.282 0.283 0.170 0.035 228 L 0.014 0.017 0.026 0.084 0.190 0.407 0.262 229 S 0.014 0.046 0.114 0.202 0.217 0.260 0.147 230 G 0.020 0.042 0.072 0.132 0.227 0.268 0.240 231 L 0.005 0.010 0.018 0.042 0.107 0.348 0.470 232 L 0.004 0.006 0.011 0.037 0.083 0.261 0.598 233 I 0.003 0.007 0.012 0.030 0.077 0.275 0.595 234 G 0.008 0.017 0.033 0.081 0.146 0.289 0.426 235 A 0.004 0.010 0.018 0.043 0.123 0.354 0.448 236 E 0.007 0.022 0.038 0.075 0.163 0.334 0.362 237 V 0.007 0.015 0.024 0.063 0.177 0.379 0.336 238 A 0.024 0.073 0.142 0.226 0.265 0.203 0.067 239 T 0.037 0.101 0.187 0.263 0.215 0.156 0.040 240 L 0.023 0.036 0.057 0.132 0.278 0.371 0.103 241 S 0.087 0.157 0.248 0.278 0.149 0.070 0.012 242 D 0.280 0.291 0.218 0.136 0.049 0.024 0.003 243 T 0.196 0.222 0.208 0.204 0.113 0.051 0.006 244 F 0.129 0.106 0.142 0.221 0.236 0.147 0.019 245 A 0.170 0.230 0.235 0.189 0.116 0.053 0.007 246 G 0.227 0.277 0.211 0.153 0.088 0.037 0.006 247 Q 0.128 0.212 0.199 0.197 0.171 0.077 0.016 248 Q 0.070 0.170 0.191 0.237 0.208 0.105 0.019 249 A 0.011 0.052 0.145 0.274 0.278 0.198 0.043 250 I 0.001 0.004 0.007 0.023 0.143 0.552 0.270 251 S 0.001 0.007 0.025 0.080 0.181 0.471 0.234 252 L 0.001 0.003 0.008 0.026 0.089 0.412 0.461 253 V 0.002 0.007 0.027 0.081 0.188 0.376 0.320 254 A 0.004 0.014 0.037 0.081 0.230 0.430 0.205 255 G 0.031 0.144 0.242 0.282 0.174 0.107 0.020 256 S 0.171 0.312 0.247 0.159 0.077 0.031 0.003 257 S 0.065 0.208 0.278 0.258 0.138 0.048 0.006 258 L 0.023 0.036 0.068 0.175 0.371 0.287 0.039 259 T 0.023 0.118 0.227 0.310 0.218 0.097 0.006 260 S 0.157 0.365 0.228 0.147 0.078 0.024 0.002 261 R 0.015 0.062 0.163 0.291 0.329 0.120 0.019 262 Y 0.004 0.017 0.025 0.071 0.264 0.490 0.130 263 Q 0.015 0.094 0.279 0.343 0.183 0.078 0.008 264 Q 0.025 0.116 0.327 0.372 0.114 0.041 0.005 265 A 0.006 0.017 0.049 0.135 0.310 0.425 0.058 266 F 0.016 0.024 0.053 0.173 0.322 0.336 0.075 267 A 0.093 0.350 0.293 0.170 0.070 0.022 0.002 268 A 0.090 0.217 0.223 0.243 0.168 0.055 0.005 269 I 0.048 0.102 0.175 0.295 0.239 0.130 0.011 270 G 0.188 0.302 0.239 0.163 0.081 0.026 0.002 271 R 0.141 0.188 0.268 0.247 0.118 0.035 0.004 272 E 0.176 0.319 0.245 0.163 0.073 0.022 0.002 273 V 0.059 0.070 0.113 0.247 0.296 0.192 0.022 274 S 0.103 0.278 0.253 0.201 0.121 0.040 0.002 275 A 0.059 0.155 0.229 0.274 0.199 0.078 0.006 276 V 0.054 0.100 0.190 0.285 0.271 0.092 0.008 277 A 0.194 0.314 0.229 0.155 0.082 0.024 0.002 278 G 0.195 0.241 0.234 0.200 0.089 0.035 0.005 279 D 0.218 0.278 0.267 0.166 0.053 0.017 0.002 280 T 0.133 0.258 0.283 0.225 0.072 0.026 0.003 281 A 0.028 0.040 0.083 0.186 0.375 0.241 0.047 282 F 0.017 0.048 0.065 0.152 0.250 0.356 0.113 283 Q 0.016 0.058 0.143 0.228 0.254 0.241 0.059 284 T 0.019 0.092 0.255 0.310 0.180 0.108 0.036 285 G 0.005 0.016 0.039 0.090 0.210 0.386 0.255 286 I 0.002 0.004 0.007 0.027 0.109 0.408 0.443 287 R 0.008 0.043 0.117 0.230 0.244 0.267 0.092 288 S 0.014 0.052 0.111 0.184 0.251 0.271 0.116 289 I 0.006 0.011 0.019 0.060 0.159 0.474 0.271 290 A 0.015 0.035 0.066 0.159 0.293 0.336 0.095 291 Y 0.081 0.198 0.254 0.231 0.143 0.080 0.013 292 A 0.189 0.275 0.208 0.173 0.105 0.046 0.005 293 V 0.138 0.128 0.168 0.249 0.192 0.111 0.013 294 A 0.424 0.225 0.165 0.107 0.055 0.021 0.002 295 N 0.729 0.197 0.048 0.018 0.006 0.002 0.001