# TARGET T0628 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0628.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 41.7256 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.731 0.157 0.074 0.028 0.007 0.002 0.001 2 N 0.720 0.171 0.079 0.021 0.007 0.002 0.001 3 A 0.362 0.239 0.191 0.120 0.062 0.024 0.002 4 M 0.198 0.217 0.205 0.194 0.125 0.053 0.008 5 T 0.191 0.284 0.226 0.170 0.079 0.039 0.011 6 A 0.048 0.105 0.153 0.225 0.251 0.174 0.045 7 R 0.013 0.039 0.085 0.199 0.324 0.267 0.072 8 Y 0.006 0.011 0.026 0.068 0.198 0.387 0.303 9 I 0.001 0.002 0.003 0.006 0.025 0.267 0.695 10 A 0.001 0.002 0.003 0.009 0.027 0.191 0.766 11 I 0.002 0.003 0.005 0.017 0.053 0.212 0.707 12 D 0.008 0.019 0.033 0.082 0.139 0.248 0.472 13 W 0.008 0.015 0.027 0.057 0.127 0.357 0.409 14 G 0.010 0.025 0.038 0.084 0.170 0.358 0.314 15 S 0.023 0.051 0.069 0.121 0.173 0.287 0.276 16 T 0.021 0.041 0.053 0.100 0.176 0.297 0.312 17 N 0.029 0.064 0.123 0.168 0.176 0.199 0.241 18 L 0.010 0.018 0.031 0.065 0.164 0.358 0.354 19 R 0.008 0.017 0.042 0.102 0.228 0.382 0.222 20 A 0.005 0.009 0.021 0.043 0.153 0.485 0.283 21 W 0.009 0.035 0.077 0.134 0.208 0.422 0.115 22 L 0.014 0.053 0.133 0.234 0.313 0.225 0.028 23 Y 0.022 0.041 0.140 0.377 0.288 0.122 0.009 24 Q 0.390 0.274 0.239 0.071 0.021 0.005 0.001 25 G 0.708 0.217 0.060 0.012 0.002 0.001 0.001 26 E 0.794 0.133 0.065 0.007 0.001 0.001 0.001 27 E 0.476 0.406 0.092 0.021 0.003 0.001 0.001 28 C 0.055 0.128 0.253 0.347 0.191 0.026 0.001 29 L 0.079 0.116 0.205 0.301 0.240 0.057 0.001 30 E 0.405 0.390 0.149 0.044 0.010 0.001 0.001 31 S 0.258 0.421 0.176 0.101 0.038 0.006 0.001 32 R 0.083 0.128 0.209 0.329 0.200 0.050 0.001 33 Q 0.226 0.289 0.256 0.164 0.051 0.013 0.001 34 S 0.270 0.283 0.230 0.142 0.060 0.014 0.001 35 E 0.364 0.321 0.201 0.082 0.023 0.007 0.001 36 A 0.130 0.226 0.287 0.193 0.115 0.045 0.004 37 G 0.041 0.095 0.154 0.237 0.274 0.176 0.022 38 V 0.018 0.028 0.063 0.136 0.284 0.382 0.087 39 T 0.063 0.161 0.208 0.231 0.190 0.125 0.022 40 R 0.069 0.191 0.258 0.265 0.150 0.058 0.009 41 L 0.036 0.046 0.093 0.232 0.357 0.212 0.025 42 N 0.180 0.340 0.251 0.140 0.061 0.024 0.003 43 G 0.229 0.293 0.213 0.174 0.072 0.016 0.001 44 R 0.465 0.320 0.127 0.066 0.019 0.004 0.001 45 S 0.266 0.351 0.205 0.115 0.047 0.015 0.001 46 P 0.094 0.162 0.187 0.237 0.219 0.094 0.007 47 A 0.128 0.314 0.268 0.220 0.054 0.014 0.002 48 A 0.062 0.246 0.292 0.235 0.128 0.034 0.003 49 V 0.006 0.029 0.147 0.322 0.339 0.147 0.010 50 L 0.002 0.004 0.011 0.044 0.250 0.573 0.117 51 A 0.012 0.116 0.324 0.300 0.183 0.056 0.009 52 E 0.030 0.257 0.330 0.250 0.092 0.034 0.007 53 I 0.004 0.018 0.070 0.213 0.399 0.271 0.025 54 T 0.008 0.023 0.061 0.184 0.385 0.299 0.040 55 Q 0.150 0.395 0.301 0.111 0.034 0.009 0.001 56 H 0.135 0.414 0.255 0.141 0.044 0.009 0.001 57 W 0.036 0.070 0.140 0.294 0.303 0.150 0.007 58 R 0.126 0.252 0.258 0.224 0.108 0.028 0.003 59 D 0.393 0.389 0.129 0.065 0.019 0.005 0.001 60 G 0.221 0.323 0.220 0.140 0.073 0.019 0.003 61 A 0.049 0.167 0.228 0.262 0.179 0.098 0.016 62 T 0.007 0.030 0.079 0.211 0.377 0.253 0.043 63 P 0.003 0.014 0.041 0.114 0.271 0.391 0.165 64 V 0.001 0.001 0.003 0.007 0.037 0.333 0.619 65 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.175 0.809 66 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.104 0.882 67 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.106 0.882 68 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.181 0.792 69 M 0.001 0.001 0.005 0.018 0.064 0.246 0.665 70 V 0.001 0.002 0.005 0.015 0.057 0.311 0.609 71 G 0.006 0.015 0.026 0.074 0.156 0.296 0.427 72 S 0.005 0.009 0.013 0.035 0.109 0.341 0.488 73 N 0.029 0.074 0.136 0.212 0.193 0.184 0.172 74 V 0.027 0.061 0.085 0.156 0.210 0.282 0.179 75 G 0.030 0.062 0.103 0.165 0.232 0.261 0.147 76 W 0.022 0.021 0.037 0.069 0.160 0.382 0.310 77 K 0.052 0.090 0.128 0.187 0.215 0.202 0.127 78 I 0.058 0.095 0.132 0.172 0.187 0.220 0.136 79 A 0.036 0.042 0.072 0.122 0.211 0.329 0.189 80 P 0.056 0.115 0.156 0.194 0.188 0.185 0.106 81 Y 0.039 0.065 0.088 0.144 0.216 0.289 0.158 82 L 0.034 0.057 0.084 0.160 0.235 0.288 0.141 83 P 0.072 0.151 0.226 0.207 0.151 0.131 0.062 84 L 0.031 0.058 0.092 0.184 0.264 0.288 0.084 85 P 0.044 0.074 0.118 0.165 0.250 0.269 0.080 86 A 0.053 0.101 0.151 0.216 0.225 0.203 0.051 87 A 0.066 0.172 0.249 0.255 0.164 0.076 0.017 88 F 0.034 0.056 0.105 0.235 0.295 0.245 0.030 89 S 0.212 0.309 0.268 0.139 0.049 0.019 0.003 90 D 0.215 0.367 0.247 0.111 0.042 0.016 0.002 91 I 0.029 0.046 0.086 0.229 0.383 0.207 0.020 92 G 0.055 0.138 0.240 0.312 0.171 0.074 0.009 93 Q 0.328 0.357 0.207 0.075 0.024 0.007 0.001 94 Q 0.106 0.272 0.271 0.226 0.098 0.024 0.003 95 L 0.022 0.028 0.061 0.160 0.386 0.312 0.031 96 T 0.075 0.231 0.247 0.248 0.136 0.056 0.005 97 A 0.134 0.272 0.239 0.197 0.111 0.043 0.005 98 V 0.044 0.104 0.179 0.302 0.260 0.097 0.013 99 G 0.172 0.324 0.227 0.161 0.062 0.043 0.012 100 D 0.065 0.157 0.189 0.241 0.235 0.098 0.016 101 N 0.040 0.129 0.221 0.283 0.184 0.112 0.032 102 I 0.002 0.006 0.016 0.044 0.173 0.535 0.224 103 W 0.004 0.013 0.030 0.077 0.152 0.364 0.361 104 I 0.001 0.001 0.003 0.009 0.031 0.262 0.693 105 I 0.001 0.003 0.009 0.025 0.072 0.238 0.652 106 P 0.002 0.005 0.009 0.029 0.082 0.293 0.580 107 G 0.004 0.011 0.034 0.077 0.178 0.335 0.361 108 L 0.005 0.012 0.025 0.067 0.184 0.448 0.260 109 C 0.022 0.077 0.156 0.214 0.264 0.218 0.049 110 V 0.037 0.063 0.102 0.223 0.303 0.226 0.046 111 S 0.174 0.254 0.259 0.175 0.087 0.043 0.008 112 R 0.248 0.238 0.189 0.175 0.097 0.045 0.007 113 D 0.376 0.239 0.183 0.123 0.057 0.019 0.003 114 D 0.569 0.272 0.094 0.044 0.013 0.006 0.001 115 N 0.190 0.173 0.184 0.182 0.171 0.084 0.016 116 H 0.102 0.124 0.157 0.235 0.194 0.156 0.033 117 N 0.118 0.160 0.177 0.196 0.179 0.135 0.036 118 V 0.072 0.083 0.126 0.173 0.206 0.233 0.107 119 M 0.024 0.025 0.029 0.051 0.120 0.362 0.388 120 R 0.037 0.061 0.085 0.148 0.176 0.244 0.248 121 G 0.036 0.061 0.084 0.137 0.183 0.237 0.262 122 E 0.019 0.041 0.069 0.123 0.186 0.283 0.278 123 E 0.011 0.018 0.034 0.074 0.165 0.318 0.380 124 T 0.011 0.021 0.033 0.063 0.152 0.361 0.360 125 Q 0.012 0.029 0.046 0.100 0.159 0.282 0.371 126 L 0.008 0.012 0.018 0.039 0.105 0.339 0.479 127 L 0.020 0.040 0.055 0.111 0.183 0.292 0.299 128 G 0.023 0.053 0.085 0.171 0.225 0.253 0.190 129 A 0.020 0.023 0.035 0.072 0.186 0.448 0.216 130 R 0.045 0.090 0.136 0.244 0.236 0.195 0.053 131 A 0.125 0.247 0.244 0.180 0.110 0.077 0.017 132 L 0.056 0.087 0.183 0.303 0.219 0.136 0.016 133 A 0.111 0.213 0.208 0.230 0.149 0.072 0.017 134 P 0.278 0.317 0.207 0.126 0.050 0.019 0.005 135 S 0.264 0.298 0.211 0.139 0.058 0.026 0.005 136 S 0.018 0.052 0.119 0.228 0.337 0.214 0.031 137 V 0.008 0.016 0.038 0.095 0.225 0.428 0.191 138 Y 0.004 0.006 0.011 0.023 0.058 0.363 0.535 139 V 0.006 0.007 0.011 0.026 0.057 0.270 0.623 140 M 0.007 0.009 0.012 0.037 0.090 0.230 0.615 141 P 0.011 0.016 0.022 0.047 0.105 0.272 0.527 142 G 0.017 0.034 0.057 0.099 0.153 0.304 0.336 143 T 0.016 0.041 0.060 0.111 0.178 0.307 0.287 144 H 0.021 0.043 0.074 0.125 0.195 0.286 0.256 145 C 0.030 0.050 0.083 0.139 0.234 0.277 0.187 146 K 0.027 0.059 0.111 0.191 0.241 0.271 0.100 147 W 0.019 0.024 0.053 0.090 0.239 0.415 0.159 148 V 0.019 0.042 0.076 0.131 0.202 0.440 0.090 149 L 0.036 0.132 0.263 0.275 0.204 0.082 0.008 150 A 0.027 0.052 0.138 0.386 0.267 0.121 0.008 151 D 0.443 0.313 0.185 0.042 0.014 0.003 0.001 152 R 0.596 0.295 0.078 0.027 0.004 0.001 0.001 153 R 0.712 0.192 0.078 0.014 0.003 0.001 0.001 154 Q 0.234 0.411 0.237 0.092 0.022 0.004 0.001 155 I 0.029 0.055 0.133 0.299 0.367 0.113 0.004 156 H 0.141 0.303 0.249 0.212 0.076 0.017 0.001 157 D 0.226 0.322 0.235 0.138 0.060 0.017 0.002 158 F 0.036 0.055 0.097 0.173 0.290 0.289 0.060 159 R 0.044 0.100 0.151 0.265 0.208 0.173 0.059 160 T 0.066 0.131 0.150 0.194 0.214 0.172 0.072 161 V 0.049 0.085 0.110 0.155 0.196 0.253 0.153 162 L 0.017 0.029 0.034 0.067 0.130 0.343 0.379 163 T 0.021 0.035 0.047 0.100 0.167 0.308 0.321 164 G 0.042 0.071 0.095 0.151 0.199 0.248 0.193 165 E 0.022 0.054 0.106 0.189 0.235 0.225 0.168 166 L 0.006 0.008 0.012 0.029 0.100 0.401 0.444 167 H 0.010 0.031 0.062 0.160 0.266 0.323 0.148 168 H 0.036 0.146 0.236 0.244 0.158 0.127 0.053 169 L 0.014 0.042 0.110 0.251 0.289 0.231 0.064 170 L 0.012 0.021 0.031 0.076 0.214 0.423 0.224 171 L 0.026 0.112 0.174 0.287 0.228 0.133 0.040 172 Q 0.078 0.200 0.280 0.215 0.114 0.077 0.035 173 L 0.013 0.044 0.094 0.201 0.275 0.296 0.076 174 S 0.021 0.059 0.090 0.154 0.252 0.296 0.128 175 L 0.015 0.032 0.054 0.108 0.200 0.384 0.207 176 V 0.016 0.024 0.036 0.085 0.191 0.410 0.239 177 G 0.030 0.099 0.172 0.270 0.232 0.148 0.048 178 A 0.071 0.175 0.211 0.230 0.165 0.119 0.029 179 G 0.066 0.118 0.198 0.239 0.223 0.140 0.015 180 L 0.061 0.087 0.152 0.285 0.283 0.122 0.010 181 P 0.285 0.371 0.204 0.099 0.032 0.008 0.001 182 P 0.483 0.286 0.154 0.057 0.018 0.003 0.001 183 Q 0.573 0.301 0.082 0.035 0.007 0.001 0.001 184 E 0.371 0.347 0.164 0.083 0.030 0.006 0.001 185 T 0.086 0.156 0.247 0.287 0.182 0.040 0.001 186 S 0.173 0.365 0.229 0.165 0.051 0.016 0.002 187 A 0.133 0.320 0.237 0.206 0.086 0.017 0.001 188 A 0.050 0.190 0.289 0.270 0.155 0.042 0.003 189 A 0.003 0.013 0.058 0.170 0.381 0.330 0.044 190 F 0.002 0.008 0.021 0.054 0.180 0.534 0.201 191 A 0.008 0.067 0.192 0.301 0.265 0.131 0.036 192 A 0.015 0.133 0.239 0.295 0.196 0.091 0.031 193 G 0.003 0.011 0.034 0.092 0.260 0.451 0.148 194 L 0.002 0.007 0.025 0.084 0.286 0.459 0.136 195 Q 0.025 0.202 0.317 0.271 0.129 0.047 0.008 196 R 0.026 0.144 0.244 0.317 0.194 0.066 0.009 197 G 0.016 0.031 0.058 0.132 0.337 0.384 0.042 198 I 0.049 0.126 0.204 0.319 0.219 0.074 0.008 199 N 0.294 0.391 0.186 0.090 0.030 0.008 0.001 200 N 0.258 0.319 0.209 0.135 0.057 0.021 0.002 201 P 0.168 0.206 0.219 0.241 0.121 0.040 0.004 202 A 0.346 0.383 0.165 0.073 0.025 0.009 0.001 203 V 0.052 0.098 0.171 0.272 0.276 0.120 0.011 204 L 0.038 0.107 0.175 0.261 0.228 0.165 0.026 205 P 0.088 0.244 0.242 0.236 0.129 0.053 0.008 206 Q 0.040 0.136 0.215 0.297 0.219 0.077 0.016 207 L 0.007 0.014 0.037 0.078 0.211 0.462 0.191 208 F 0.004 0.015 0.032 0.085 0.193 0.458 0.212 209 E 0.017 0.090 0.215 0.339 0.193 0.095 0.051 210 V 0.006 0.017 0.028 0.062 0.193 0.422 0.272 211 R 0.007 0.028 0.061 0.137 0.213 0.333 0.222 212 A 0.006 0.014 0.026 0.076 0.206 0.446 0.227 213 S 0.026 0.107 0.196 0.258 0.224 0.141 0.049 214 H 0.049 0.146 0.211 0.224 0.184 0.143 0.042 215 V 0.021 0.039 0.082 0.175 0.315 0.312 0.057 216 L 0.039 0.065 0.125 0.242 0.309 0.198 0.022 217 G 0.241 0.318 0.261 0.121 0.044 0.014 0.001 218 A 0.281 0.406 0.199 0.080 0.026 0.007 0.001 219 L 0.076 0.094 0.178 0.361 0.221 0.068 0.002 220 P 0.401 0.332 0.179 0.065 0.019 0.004 0.001 221 R 0.475 0.305 0.133 0.070 0.015 0.002 0.001 222 E 0.741 0.190 0.054 0.013 0.003 0.001 0.001 223 Q 0.338 0.371 0.189 0.074 0.022 0.005 0.001 224 V 0.086 0.137 0.211 0.278 0.226 0.058 0.003 225 S 0.138 0.278 0.232 0.248 0.080 0.023 0.002 226 E 0.225 0.294 0.227 0.144 0.082 0.025 0.003 227 F 0.030 0.073 0.157 0.259 0.284 0.164 0.033 228 L 0.009 0.018 0.031 0.066 0.157 0.431 0.288 229 S 0.019 0.055 0.087 0.182 0.212 0.245 0.202 230 G 0.013 0.027 0.039 0.082 0.162 0.310 0.368 231 L 0.005 0.011 0.017 0.045 0.119 0.319 0.485 232 L 0.002 0.004 0.007 0.016 0.047 0.240 0.685 233 I 0.001 0.002 0.004 0.011 0.037 0.233 0.711 234 G 0.003 0.008 0.017 0.050 0.108 0.225 0.589 235 A 0.004 0.009 0.017 0.037 0.098 0.294 0.541 236 E 0.004 0.012 0.030 0.079 0.179 0.325 0.371 237 V 0.003 0.004 0.010 0.028 0.122 0.431 0.402 238 A 0.016 0.058 0.110 0.181 0.236 0.263 0.137 239 T 0.032 0.101 0.175 0.242 0.217 0.167 0.065 240 L 0.027 0.037 0.062 0.148 0.282 0.337 0.107 241 S 0.096 0.160 0.203 0.235 0.173 0.103 0.029 242 D 0.285 0.309 0.195 0.121 0.056 0.028 0.006 243 T 0.181 0.185 0.203 0.208 0.140 0.072 0.010 244 F 0.137 0.154 0.176 0.202 0.181 0.130 0.019 245 A 0.151 0.213 0.221 0.197 0.142 0.067 0.009 246 G 0.196 0.302 0.204 0.168 0.087 0.037 0.009 247 Q 0.083 0.201 0.232 0.226 0.153 0.084 0.021 248 Q 0.037 0.132 0.201 0.270 0.216 0.118 0.025 249 A 0.004 0.023 0.083 0.228 0.362 0.242 0.058 250 I 0.001 0.002 0.006 0.021 0.132 0.601 0.238 251 S 0.001 0.003 0.010 0.029 0.084 0.429 0.444 252 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.020 0.280 0.691 253 V 0.001 0.003 0.009 0.039 0.113 0.352 0.483 254 A 0.003 0.010 0.025 0.080 0.222 0.362 0.298 255 G 0.026 0.096 0.188 0.262 0.201 0.172 0.055 256 S 0.216 0.311 0.223 0.129 0.070 0.044 0.008 257 S 0.053 0.203 0.226 0.250 0.183 0.077 0.008 258 L 0.013 0.024 0.056 0.156 0.366 0.344 0.040 259 T 0.039 0.136 0.260 0.302 0.182 0.070 0.010 260 S 0.114 0.329 0.275 0.167 0.077 0.033 0.006 261 R 0.013 0.057 0.156 0.271 0.313 0.160 0.030 262 Y 0.004 0.009 0.027 0.085 0.263 0.472 0.140 263 Q 0.016 0.102 0.245 0.286 0.226 0.106 0.019 264 Q 0.025 0.136 0.229 0.301 0.207 0.083 0.019 265 A 0.011 0.023 0.043 0.098 0.244 0.450 0.131 266 F 0.013 0.026 0.054 0.161 0.301 0.353 0.091 267 A 0.087 0.277 0.291 0.226 0.081 0.032 0.005 268 A 0.079 0.164 0.214 0.228 0.191 0.109 0.015 269 I 0.050 0.116 0.165 0.262 0.223 0.161 0.023 270 G 0.165 0.275 0.210 0.186 0.107 0.049 0.007 271 R 0.207 0.251 0.192 0.209 0.105 0.032 0.004 272 E 0.253 0.296 0.261 0.122 0.044 0.020 0.003 273 V 0.053 0.067 0.124 0.257 0.305 0.176 0.019 274 S 0.132 0.256 0.261 0.205 0.099 0.043 0.004 275 A 0.107 0.192 0.215 0.223 0.171 0.085 0.007 276 V 0.087 0.120 0.191 0.299 0.208 0.087 0.007 277 A 0.209 0.288 0.250 0.150 0.071 0.028 0.004 278 G 0.231 0.264 0.198 0.186 0.083 0.034 0.005 279 D 0.380 0.279 0.197 0.091 0.036 0.015 0.002 280 T 0.177 0.302 0.224 0.175 0.083 0.034 0.006 281 A 0.023 0.043 0.086 0.174 0.307 0.311 0.056 282 F 0.017 0.047 0.086 0.170 0.242 0.323 0.116 283 Q 0.023 0.067 0.127 0.201 0.239 0.238 0.104 284 T 0.023 0.088 0.147 0.226 0.246 0.181 0.089 285 G 0.004 0.014 0.031 0.069 0.163 0.368 0.350 286 I 0.002 0.004 0.010 0.026 0.099 0.400 0.458 287 R 0.009 0.043 0.089 0.186 0.249 0.258 0.165 288 S 0.013 0.046 0.103 0.193 0.250 0.235 0.161 289 I 0.005 0.007 0.015 0.037 0.142 0.495 0.298 290 A 0.015 0.033 0.072 0.163 0.310 0.324 0.082 291 Y 0.072 0.208 0.226 0.247 0.153 0.078 0.015 292 A 0.151 0.248 0.262 0.192 0.095 0.046 0.006 293 V 0.138 0.140 0.191 0.254 0.195 0.076 0.008 294 A 0.408 0.317 0.141 0.096 0.029 0.008 0.001 295 N 0.791 0.153 0.041 0.010 0.003 0.001 0.001