# TARGET T0628 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0628.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 206 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.013 0.010 0.041 0.012 0.173 0.085 0.667 2 N 0.020 0.022 0.177 0.058 0.100 0.238 0.384 3 A 0.024 0.024 0.088 0.065 0.235 0.203 0.361 4 M 0.042 0.045 0.067 0.084 0.175 0.175 0.411 5 T 0.116 0.034 0.028 0.054 0.231 0.081 0.456 6 A 0.299 0.015 0.013 0.030 0.099 0.025 0.518 7 R 0.604 0.006 0.008 0.019 0.155 0.009 0.200 8 Y 0.955 0.002 0.001 0.008 0.005 0.001 0.028 9 I 0.984 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.003 10 A 0.991 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 11 I 0.973 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.015 12 D 0.691 0.004 0.001 0.011 0.045 0.009 0.239 13 W 0.116 0.002 0.007 0.009 0.173 0.099 0.594 14 G 0.046 0.011 0.021 0.017 0.425 0.172 0.309 15 S 0.047 0.013 0.039 0.052 0.391 0.151 0.306 16 T 0.065 0.019 0.062 0.119 0.362 0.083 0.290 17 N 0.275 0.033 0.055 0.184 0.128 0.073 0.252 18 L 0.467 0.012 0.047 0.223 0.058 0.051 0.142 19 R 0.622 0.005 0.051 0.194 0.038 0.019 0.071 20 A 0.804 0.003 0.030 0.090 0.011 0.010 0.050 21 W 0.840 0.003 0.018 0.087 0.009 0.012 0.029 22 L 0.875 0.008 0.008 0.053 0.011 0.010 0.035 23 Y 0.737 0.019 0.006 0.055 0.031 0.029 0.123 24 Q 0.332 0.006 0.010 0.024 0.091 0.083 0.454 25 G 0.058 0.003 0.017 0.017 0.171 0.642 0.092 26 E 0.021 0.001 0.013 0.007 0.158 0.747 0.052 27 E 0.227 0.008 0.010 0.019 0.333 0.076 0.327 28 C 0.580 0.037 0.005 0.022 0.047 0.011 0.299 29 L 0.807 0.025 0.007 0.034 0.017 0.009 0.101 30 E 0.763 0.009 0.017 0.062 0.017 0.016 0.116 31 S 0.740 0.008 0.027 0.065 0.035 0.024 0.100 32 R 0.685 0.008 0.022 0.075 0.052 0.030 0.128 33 Q 0.551 0.019 0.028 0.106 0.065 0.039 0.194 34 S 0.360 0.015 0.026 0.098 0.127 0.046 0.327 35 E 0.236 0.015 0.046 0.111 0.140 0.134 0.318 36 A 0.124 0.012 0.068 0.146 0.169 0.323 0.158 37 G 0.133 0.013 0.059 0.117 0.147 0.351 0.180 38 V 0.262 0.016 0.061 0.134 0.108 0.100 0.320 39 T 0.451 0.020 0.066 0.124 0.080 0.057 0.203 40 R 0.442 0.043 0.066 0.114 0.083 0.061 0.191 41 L 0.275 0.070 0.039 0.092 0.147 0.063 0.314 42 N 0.063 0.013 0.023 0.039 0.170 0.079 0.613 43 G 0.010 0.004 0.058 0.088 0.224 0.413 0.203 44 R 0.003 0.004 0.056 0.104 0.213 0.498 0.122 45 S 0.009 0.010 0.046 0.194 0.264 0.195 0.282 46 P 0.006 0.010 0.049 0.549 0.078 0.088 0.220 47 A 0.003 0.002 0.020 0.899 0.027 0.020 0.029 48 A 0.003 0.001 0.011 0.954 0.007 0.011 0.013 49 V 0.002 0.001 0.008 0.967 0.005 0.010 0.008 50 L 0.001 0.001 0.006 0.973 0.003 0.012 0.005 51 A 0.001 0.001 0.006 0.975 0.003 0.013 0.003 52 E 0.001 0.001 0.007 0.951 0.003 0.034 0.003 53 I 0.001 0.001 0.010 0.914 0.007 0.057 0.011 54 T 0.002 0.006 0.021 0.845 0.019 0.078 0.030 55 Q 0.003 0.001 0.074 0.696 0.029 0.165 0.031 56 H 0.004 0.002 0.110 0.606 0.032 0.195 0.051 57 W 0.006 0.009 0.164 0.405 0.082 0.195 0.139 58 R 0.014 0.024 0.138 0.246 0.148 0.271 0.158 59 D 0.011 0.008 0.111 0.067 0.187 0.261 0.356 60 G 0.008 0.013 0.045 0.036 0.331 0.281 0.287 61 A 0.018 0.011 0.013 0.015 0.245 0.220 0.478 62 T 0.061 0.003 0.001 0.007 0.449 0.009 0.470 63 P 0.388 0.010 0.002 0.007 0.215 0.006 0.373 64 V 0.914 0.022 0.001 0.003 0.003 0.001 0.056 65 V 0.976 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.014 66 M 0.959 0.003 0.001 0.004 0.003 0.002 0.028 67 A 0.800 0.004 0.003 0.007 0.023 0.009 0.155 68 G 0.487 0.007 0.008 0.010 0.163 0.041 0.284 69 M 0.361 0.011 0.023 0.019 0.184 0.075 0.326 70 V 0.189 0.057 0.047 0.029 0.180 0.136 0.363 71 G 0.174 0.033 0.058 0.052 0.251 0.149 0.282 72 S 0.081 0.023 0.094 0.064 0.205 0.162 0.371 73 N 0.049 0.020 0.136 0.137 0.217 0.311 0.131 74 V 0.061 0.010 0.127 0.160 0.112 0.319 0.210 75 G 0.087 0.014 0.097 0.176 0.128 0.306 0.192 76 W 0.236 0.025 0.069 0.155 0.105 0.173 0.235 77 K 0.363 0.042 0.060 0.134 0.102 0.085 0.214 78 I 0.325 0.054 0.050 0.169 0.083 0.087 0.233 79 A 0.201 0.012 0.021 0.040 0.157 0.044 0.525 80 P 0.175 0.011 0.029 0.018 0.213 0.141 0.413 81 Y 0.345 0.042 0.038 0.021 0.137 0.138 0.279 82 L 0.389 0.032 0.028 0.027 0.125 0.047 0.351 83 P 0.328 0.015 0.022 0.022 0.160 0.050 0.403 84 L 0.249 0.015 0.009 0.011 0.226 0.025 0.465 85 P 0.160 0.025 0.004 0.004 0.073 0.021 0.713 86 A 0.060 0.044 0.003 0.004 0.097 0.015 0.776 87 A 0.033 0.022 0.002 0.006 0.075 0.009 0.853 88 F 0.002 0.001 0.132 0.715 0.041 0.058 0.051 89 S 0.001 0.001 0.129 0.784 0.028 0.038 0.018 90 D 0.002 0.001 0.184 0.739 0.015 0.039 0.019 91 I 0.004 0.001 0.108 0.791 0.018 0.047 0.030 92 G 0.008 0.005 0.147 0.621 0.019 0.159 0.040 93 Q 0.018 0.002 0.135 0.439 0.035 0.334 0.036 94 Q 0.020 0.003 0.157 0.365 0.046 0.326 0.083 95 L 0.090 0.045 0.080 0.167 0.153 0.132 0.334 96 T 0.259 0.030 0.036 0.089 0.137 0.051 0.398 97 A 0.295 0.044 0.030 0.061 0.104 0.081 0.385 98 V 0.152 0.024 0.018 0.031 0.111 0.069 0.595 99 G 0.099 0.011 0.017 0.009 0.220 0.107 0.537 100 D 0.057 0.005 0.042 0.014 0.435 0.278 0.169 101 N 0.212 0.009 0.035 0.008 0.210 0.155 0.371 102 I 0.708 0.013 0.009 0.004 0.051 0.014 0.200 103 W 0.902 0.013 0.003 0.002 0.009 0.005 0.066 104 I 0.903 0.008 0.002 0.002 0.009 0.004 0.071 105 I 0.862 0.008 0.002 0.002 0.019 0.005 0.104 106 P 0.633 0.012 0.003 0.003 0.042 0.010 0.297 107 G 0.381 0.016 0.016 0.010 0.095 0.044 0.438 108 L 0.315 0.020 0.043 0.022 0.135 0.116 0.349 109 C 0.289 0.041 0.063 0.025 0.140 0.112 0.331 110 V 0.233 0.057 0.066 0.033 0.182 0.080 0.348 111 S 0.154 0.029 0.048 0.032 0.197 0.102 0.439 112 R 0.074 0.019 0.060 0.022 0.251 0.252 0.323 113 D 0.039 0.010 0.024 0.012 0.392 0.178 0.346 114 D 0.035 0.021 0.014 0.012 0.425 0.079 0.414 115 N 0.053 0.034 0.025 0.040 0.239 0.055 0.553 116 H 0.070 0.015 0.035 0.046 0.172 0.071 0.591 117 N 0.154 0.033 0.072 0.061 0.196 0.120 0.364 118 V 0.210 0.081 0.086 0.091 0.119 0.170 0.242 119 M 0.099 0.033 0.042 0.167 0.130 0.199 0.330 120 R 0.043 0.008 0.010 0.185 0.246 0.197 0.311 121 G 0.018 0.005 0.006 0.472 0.186 0.120 0.192 122 E 0.011 0.003 0.005 0.823 0.056 0.034 0.068 123 E 0.010 0.002 0.005 0.925 0.016 0.011 0.031 124 T 0.007 0.001 0.005 0.956 0.009 0.005 0.017 125 Q 0.003 0.001 0.003 0.977 0.004 0.005 0.007 126 L 0.004 0.001 0.002 0.977 0.002 0.009 0.005 127 L 0.004 0.001 0.002 0.970 0.003 0.015 0.005 128 G 0.004 0.001 0.004 0.959 0.005 0.021 0.007 129 A 0.003 0.001 0.009 0.957 0.006 0.012 0.013 130 R 0.002 0.001 0.022 0.940 0.005 0.024 0.006 131 A 0.003 0.001 0.033 0.748 0.014 0.190 0.011 132 L 0.006 0.005 0.040 0.452 0.064 0.380 0.053 133 A 0.012 0.008 0.019 0.053 0.266 0.090 0.552 134 P 0.020 0.004 0.050 0.031 0.215 0.329 0.350 135 S 0.051 0.004 0.058 0.018 0.251 0.430 0.187 136 S 0.367 0.012 0.028 0.012 0.140 0.051 0.390 137 V 0.855 0.007 0.004 0.004 0.030 0.006 0.095 138 Y 0.947 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.037 139 V 0.911 0.006 0.001 0.001 0.006 0.002 0.073 140 M 0.783 0.008 0.001 0.001 0.034 0.005 0.169 141 P 0.284 0.011 0.005 0.003 0.217 0.060 0.421 142 G 0.069 0.007 0.022 0.006 0.479 0.121 0.296 143 T 0.056 0.012 0.093 0.026 0.464 0.136 0.213 144 H 0.140 0.039 0.125 0.045 0.285 0.115 0.251 145 C 0.261 0.023 0.105 0.050 0.144 0.077 0.342 146 K 0.369 0.012 0.102 0.049 0.176 0.117 0.176 147 W 0.724 0.013 0.036 0.032 0.032 0.059 0.104 148 V 0.792 0.004 0.015 0.019 0.041 0.048 0.081 149 L 0.900 0.022 0.004 0.008 0.016 0.017 0.035 150 A 0.729 0.022 0.003 0.004 0.018 0.014 0.210 151 D 0.507 0.011 0.008 0.005 0.096 0.082 0.290 152 R 0.055 0.002 0.012 0.005 0.151 0.748 0.027 153 R 0.079 0.002 0.009 0.002 0.258 0.562 0.088 154 Q 0.783 0.008 0.001 0.002 0.045 0.006 0.155 155 I 0.942 0.017 0.001 0.002 0.003 0.002 0.033 156 H 0.897 0.005 0.001 0.013 0.011 0.005 0.069 157 D 0.819 0.003 0.003 0.031 0.029 0.009 0.106 158 F 0.668 0.004 0.004 0.099 0.056 0.024 0.145 159 R 0.306 0.006 0.011 0.273 0.118 0.030 0.256 160 T 0.134 0.009 0.010 0.553 0.099 0.025 0.170 161 V 0.043 0.005 0.010 0.671 0.058 0.075 0.139 162 L 0.010 0.003 0.006 0.849 0.017 0.080 0.036 163 T 0.003 0.001 0.002 0.922 0.014 0.043 0.017 164 G 0.003 0.001 0.001 0.924 0.025 0.023 0.024 165 E 0.003 0.001 0.001 0.961 0.008 0.004 0.021 166 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.004 0.004 167 H 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.001 168 H 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.006 0.002 169 L 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.016 0.001 170 L 0.001 0.001 0.004 0.951 0.004 0.036 0.005 171 L 0.001 0.001 0.009 0.856 0.008 0.118 0.007 172 Q 0.002 0.001 0.012 0.666 0.026 0.271 0.022 173 L 0.006 0.004 0.034 0.602 0.086 0.159 0.109 174 S 0.024 0.015 0.058 0.548 0.087 0.117 0.152 175 L 0.045 0.014 0.093 0.519 0.075 0.121 0.132 176 V 0.069 0.011 0.138 0.466 0.054 0.115 0.149 177 G 0.038 0.010 0.231 0.419 0.051 0.150 0.100 178 A 0.046 0.006 0.198 0.358 0.110 0.152 0.130 179 G 0.030 0.011 0.204 0.311 0.122 0.150 0.170 180 L 0.027 0.026 0.085 0.208 0.221 0.137 0.295 181 P 0.014 0.012 0.077 0.130 0.161 0.196 0.409 182 P 0.007 0.007 0.147 0.135 0.180 0.241 0.284 183 Q 0.006 0.004 0.186 0.144 0.158 0.291 0.211 184 E 0.007 0.009 0.174 0.121 0.164 0.211 0.313 185 T 0.007 0.015 0.073 0.123 0.243 0.116 0.423 186 S 0.005 0.009 0.021 0.159 0.124 0.054 0.628 187 A 0.001 0.001 0.019 0.886 0.027 0.025 0.041 188 A 0.001 0.001 0.007 0.959 0.008 0.013 0.013 189 A 0.001 0.001 0.004 0.974 0.004 0.008 0.009 190 F 0.001 0.001 0.001 0.984 0.003 0.006 0.005 191 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.003 0.010 0.004 192 A 0.001 0.001 0.001 0.969 0.003 0.020 0.005 193 G 0.001 0.001 0.002 0.949 0.006 0.028 0.013 194 L 0.002 0.002 0.005 0.930 0.012 0.029 0.020 195 Q 0.002 0.001 0.014 0.889 0.017 0.058 0.019 196 R 0.002 0.001 0.022 0.769 0.020 0.165 0.021 197 G 0.003 0.002 0.031 0.607 0.060 0.210 0.086 198 I 0.005 0.006 0.046 0.471 0.130 0.211 0.131 199 N 0.006 0.007 0.039 0.201 0.267 0.123 0.357 200 N 0.003 0.006 0.089 0.269 0.130 0.207 0.296 201 P 0.002 0.002 0.098 0.477 0.093 0.244 0.084 202 A 0.003 0.004 0.095 0.546 0.062 0.192 0.098 203 V 0.003 0.005 0.047 0.733 0.049 0.042 0.120 204 L 0.003 0.002 0.028 0.888 0.012 0.019 0.048 205 P 0.001 0.001 0.013 0.936 0.015 0.022 0.013 206 Q 0.001 0.001 0.006 0.970 0.004 0.015 0.005 207 L 0.001 0.001 0.003 0.976 0.002 0.014 0.004 208 F 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.020 0.002 209 E 0.001 0.001 0.001 0.977 0.002 0.016 0.003 210 V 0.001 0.001 0.001 0.977 0.005 0.010 0.006 211 R 0.001 0.001 0.002 0.977 0.002 0.013 0.005 212 A 0.001 0.001 0.004 0.973 0.003 0.015 0.004 213 S 0.001 0.001 0.007 0.964 0.006 0.018 0.004 214 H 0.001 0.001 0.011 0.947 0.006 0.031 0.005 215 V 0.001 0.002 0.020 0.920 0.006 0.043 0.009 216 L 0.001 0.003 0.042 0.705 0.023 0.206 0.021 217 G 0.001 0.001 0.040 0.322 0.039 0.569 0.027 218 A 0.002 0.003 0.040 0.173 0.204 0.413 0.165 219 L 0.005 0.031 0.016 0.037 0.415 0.050 0.446 220 P 0.003 0.007 0.009 0.023 0.106 0.023 0.830 221 R 0.001 0.001 0.132 0.708 0.039 0.076 0.043 222 E 0.001 0.001 0.096 0.806 0.021 0.055 0.022 223 Q 0.001 0.001 0.054 0.873 0.012 0.037 0.023 224 V 0.001 0.001 0.014 0.935 0.007 0.023 0.018 225 S 0.001 0.001 0.013 0.929 0.013 0.034 0.011 226 E 0.001 0.001 0.008 0.941 0.009 0.030 0.011 227 F 0.001 0.002 0.007 0.944 0.007 0.028 0.012 228 L 0.003 0.003 0.003 0.918 0.009 0.044 0.021 229 S 0.002 0.001 0.003 0.853 0.010 0.123 0.008 230 G 0.003 0.001 0.002 0.928 0.010 0.046 0.011 231 L 0.002 0.001 0.002 0.966 0.005 0.009 0.015 232 L 0.002 0.001 0.001 0.983 0.003 0.006 0.005 233 I 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.009 0.005 234 G 0.001 0.001 0.002 0.986 0.003 0.005 0.003 235 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.004 0.001 236 E 0.001 0.001 0.003 0.986 0.002 0.008 0.002 237 V 0.001 0.001 0.004 0.980 0.002 0.011 0.002 238 A 0.004 0.001 0.009 0.936 0.007 0.039 0.006 239 T 0.004 0.001 0.019 0.835 0.007 0.121 0.012 240 L 0.007 0.004 0.039 0.758 0.036 0.092 0.063 241 S 0.010 0.003 0.129 0.673 0.036 0.075 0.075 242 D 0.014 0.001 0.169 0.563 0.040 0.137 0.077 243 T 0.011 0.005 0.210 0.491 0.036 0.188 0.059 244 F 0.023 0.027 0.110 0.349 0.150 0.188 0.153 245 A 0.020 0.010 0.086 0.120 0.137 0.276 0.353 246 G 0.006 0.006 0.040 0.033 0.151 0.680 0.084 247 Q 0.009 0.002 0.016 0.005 0.193 0.624 0.151 248 Q 0.074 0.003 0.001 0.002 0.368 0.010 0.543 249 A 0.401 0.010 0.001 0.001 0.127 0.007 0.454 250 I 0.921 0.010 0.001 0.001 0.004 0.002 0.062 251 S 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 252 L 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 253 V 0.917 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.067 254 A 0.444 0.010 0.001 0.001 0.093 0.007 0.445 255 G 0.058 0.005 0.067 0.031 0.337 0.099 0.402 256 S 0.002 0.002 0.489 0.227 0.133 0.120 0.027 257 S 0.001 0.002 0.385 0.442 0.050 0.092 0.029 258 L 0.001 0.001 0.132 0.800 0.012 0.036 0.020 259 T 0.001 0.001 0.009 0.957 0.009 0.014 0.010 260 S 0.001 0.001 0.002 0.975 0.005 0.011 0.007 261 R 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.005 0.005 262 Y 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.002 263 Q 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 264 Q 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 265 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 266 F 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.006 0.003 267 A 0.001 0.001 0.005 0.974 0.002 0.017 0.002 268 A 0.001 0.001 0.008 0.913 0.004 0.071 0.004 269 I 0.001 0.001 0.010 0.410 0.015 0.558 0.005 270 G 0.001 0.001 0.006 0.034 0.026 0.901 0.032 271 R 0.028 0.009 0.004 0.015 0.143 0.024 0.777 272 E 0.219 0.021 0.012 0.013 0.144 0.028 0.564 273 V 0.596 0.023 0.036 0.022 0.045 0.031 0.246 274 S 0.737 0.005 0.030 0.018 0.045 0.022 0.142 275 A 0.643 0.018 0.028 0.018 0.065 0.023 0.205 276 V 0.260 0.021 0.004 0.015 0.207 0.013 0.480 277 A 0.025 0.005 0.002 0.021 0.126 0.016 0.804 278 G 0.001 0.001 0.027 0.865 0.029 0.043 0.035 279 D 0.001 0.001 0.012 0.939 0.018 0.021 0.009 280 T 0.001 0.001 0.006 0.968 0.015 0.006 0.005 281 A 0.001 0.001 0.003 0.979 0.005 0.004 0.009 282 F 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.010 0.004 283 Q 0.001 0.001 0.001 0.961 0.002 0.033 0.003 284 T 0.001 0.001 0.001 0.920 0.004 0.070 0.005 285 G 0.001 0.001 0.001 0.915 0.008 0.058 0.017 286 I 0.001 0.001 0.001 0.944 0.018 0.008 0.028 287 R 0.001 0.001 0.001 0.980 0.007 0.005 0.007 288 S 0.001 0.001 0.002 0.975 0.004 0.013 0.006 289 I 0.001 0.001 0.002 0.972 0.004 0.015 0.007 290 A 0.001 0.001 0.004 0.944 0.005 0.039 0.008 291 Y 0.001 0.001 0.008 0.849 0.010 0.124 0.008 292 A 0.001 0.001 0.019 0.770 0.026 0.131 0.053 293 V 0.003 0.006 0.036 0.554 0.111 0.153 0.136 294 A 0.007 0.010 0.054 0.291 0.008 0.343 0.287 295 N 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.003 0.986