# TARGET T0627 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0627.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.3949 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.067 0.032 0.041 0.086 0.123 0.067 0.550 2 I 0.083 0.140 0.031 0.053 0.053 0.094 0.060 0.485 3 D 0.097 0.129 0.036 0.058 0.083 0.091 0.077 0.429 4 T 0.160 0.041 0.039 0.027 0.053 0.083 0.157 0.440 5 F 0.218 0.010 0.049 0.029 0.042 0.094 0.115 0.443 6 E 0.063 0.004 0.022 0.029 0.035 0.135 0.027 0.684 7 R 0.007 0.003 0.012 0.008 0.018 0.106 0.011 0.836 8 T 0.076 0.037 0.016 0.013 0.021 0.126 0.076 0.635 9 G 0.106 0.048 0.021 0.030 0.034 0.128 0.073 0.560 10 P 0.052 0.080 0.033 0.056 0.067 0.100 0.052 0.560 11 L 0.064 0.034 0.102 0.032 0.081 0.103 0.128 0.455 12 M 0.060 0.023 0.139 0.070 0.087 0.104 0.137 0.379 13 E 0.064 0.028 0.121 0.070 0.151 0.080 0.065 0.421 14 A 0.112 0.017 0.061 0.021 0.023 0.092 0.052 0.622 15 S 0.021 0.032 0.069 0.028 0.043 0.170 0.057 0.580 16 S 0.007 0.225 0.013 0.006 0.011 0.109 0.036 0.595 17 Y 0.013 0.915 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.038 18 P 0.015 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.011 19 A 0.017 0.824 0.002 0.001 0.001 0.007 0.127 0.021 20 W 0.010 0.892 0.002 0.001 0.001 0.003 0.080 0.012 21 A 0.026 0.886 0.003 0.001 0.001 0.003 0.071 0.010 22 Q 0.033 0.428 0.012 0.001 0.001 0.014 0.453 0.058 23 Q 0.039 0.531 0.035 0.002 0.002 0.035 0.207 0.147 24 L 0.201 0.238 0.108 0.004 0.004 0.030 0.313 0.103 25 I 0.362 0.038 0.034 0.002 0.002 0.072 0.189 0.302 26 N 0.024 0.014 0.004 0.001 0.001 0.097 0.024 0.837 27 D 0.008 0.137 0.009 0.001 0.002 0.107 0.019 0.717 28 C 0.025 0.536 0.011 0.002 0.002 0.080 0.028 0.316 29 S 0.065 0.837 0.002 0.001 0.001 0.011 0.023 0.061 30 P 0.056 0.816 0.004 0.001 0.002 0.016 0.025 0.080 31 A 0.085 0.676 0.023 0.002 0.003 0.025 0.115 0.072 32 K 0.067 0.718 0.010 0.002 0.004 0.023 0.081 0.096 33 A 0.038 0.605 0.016 0.004 0.008 0.036 0.058 0.236 34 R 0.059 0.509 0.051 0.015 0.022 0.042 0.062 0.240 35 V 0.128 0.327 0.040 0.014 0.017 0.061 0.086 0.327 36 V 0.039 0.479 0.024 0.011 0.015 0.060 0.047 0.326 37 E 0.009 0.745 0.004 0.001 0.003 0.021 0.013 0.204 38 H 0.031 0.818 0.005 0.003 0.003 0.013 0.065 0.062 39 E 0.019 0.804 0.009 0.005 0.006 0.018 0.084 0.055 40 L 0.023 0.877 0.007 0.003 0.006 0.009 0.027 0.048 41 Y 0.047 0.790 0.019 0.004 0.007 0.012 0.064 0.058 42 Q 0.084 0.413 0.065 0.022 0.030 0.050 0.130 0.206 43 Q 0.123 0.066 0.090 0.024 0.039 0.067 0.136 0.454 44 M 0.483 0.026 0.035 0.017 0.013 0.053 0.085 0.289 45 R 0.145 0.011 0.008 0.006 0.011 0.101 0.025 0.692 46 D 0.024 0.003 0.002 0.001 0.003 0.072 0.009 0.886 47 A 0.041 0.003 0.020 0.012 0.014 0.115 0.019 0.776 48 K 0.006 0.006 0.020 0.029 0.035 0.168 0.035 0.700 49 L 0.003 0.042 0.008 0.004 0.006 0.095 0.026 0.816 50 S 0.040 0.925 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.006 51 P 0.007 0.944 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.007 52 Q 0.003 0.885 0.001 0.001 0.001 0.004 0.090 0.016 53 I 0.006 0.892 0.003 0.001 0.001 0.002 0.089 0.007 54 M 0.007 0.958 0.003 0.001 0.001 0.002 0.022 0.007 55 R 0.012 0.922 0.002 0.002 0.003 0.003 0.029 0.027 56 Q 0.025 0.315 0.059 0.005 0.005 0.022 0.480 0.088 57 Y 0.049 0.049 0.234 0.023 0.012 0.043 0.529 0.061 58 L 0.513 0.014 0.043 0.006 0.007 0.051 0.088 0.277 59 I 0.224 0.006 0.008 0.003 0.003 0.068 0.017 0.673 60 G 0.003 0.004 0.003 0.001 0.003 0.120 0.005 0.861 61 G 0.028 0.057 0.012 0.008 0.021 0.138 0.042 0.695 62 W 0.046 0.149 0.019 0.075 0.082 0.103 0.093 0.433 63 P 0.038 0.260 0.064 0.043 0.064 0.050 0.144 0.337 64 V 0.052 0.350 0.055 0.035 0.062 0.041 0.157 0.247 65 V 0.161 0.286 0.067 0.020 0.025 0.037 0.166 0.238 66 E 0.029 0.218 0.048 0.030 0.056 0.065 0.123 0.431 67 Q 0.005 0.679 0.006 0.005 0.009 0.024 0.014 0.258 68 F 0.011 0.870 0.004 0.002 0.003 0.008 0.047 0.055 69 A 0.007 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.018 70 V 0.025 0.890 0.002 0.001 0.001 0.005 0.049 0.027 71 Y 0.012 0.417 0.020 0.001 0.001 0.008 0.515 0.026 72 M 0.052 0.766 0.009 0.001 0.002 0.014 0.117 0.039 73 A 0.030 0.066 0.030 0.001 0.001 0.009 0.826 0.036 74 K 0.082 0.313 0.032 0.004 0.006 0.089 0.238 0.236 75 N 0.080 0.156 0.047 0.009 0.011 0.079 0.329 0.288 76 L 0.055 0.153 0.088 0.009 0.010 0.135 0.148 0.403 77 T 0.095 0.227 0.022 0.011 0.017 0.109 0.047 0.472 78 K 0.077 0.120 0.039 0.008 0.014 0.074 0.059 0.610 79 T 0.236 0.083 0.035 0.010 0.014 0.128 0.103 0.392 80 R 0.233 0.052 0.021 0.008 0.014 0.088 0.064 0.521 81 F 0.092 0.019 0.023 0.006 0.009 0.112 0.041 0.698 82 G 0.031 0.011 0.045 0.014 0.027 0.180 0.038 0.654 83 R 0.033 0.013 0.027 0.006 0.012 0.104 0.017 0.788 84 H 0.277 0.097 0.018 0.011 0.010 0.100 0.095 0.390 85 P 0.030 0.190 0.011 0.003 0.006 0.129 0.024 0.607 86 G 0.067 0.719 0.004 0.002 0.003 0.031 0.035 0.139 87 E 0.054 0.803 0.005 0.002 0.003 0.022 0.045 0.065 88 D 0.036 0.817 0.005 0.003 0.004 0.019 0.046 0.069 89 M 0.036 0.818 0.006 0.003 0.006 0.016 0.058 0.056 90 A 0.026 0.868 0.008 0.002 0.004 0.013 0.034 0.046 91 R 0.015 0.931 0.002 0.002 0.003 0.005 0.012 0.030 92 R 0.026 0.844 0.007 0.003 0.005 0.011 0.042 0.063 93 W 0.047 0.367 0.069 0.011 0.010 0.035 0.377 0.083 94 L 0.172 0.349 0.046 0.011 0.015 0.048 0.171 0.188 95 M 0.117 0.298 0.021 0.007 0.011 0.055 0.065 0.426 96 R 0.026 0.181 0.019 0.006 0.012 0.101 0.045 0.611 97 N 0.048 0.307 0.020 0.009 0.018 0.076 0.087 0.435 98 I 0.046 0.414 0.025 0.035 0.038 0.069 0.065 0.309 99 R 0.044 0.123 0.083 0.021 0.041 0.070 0.220 0.398 100 V 0.055 0.125 0.089 0.035 0.045 0.076 0.178 0.397 101 E 0.146 0.174 0.086 0.030 0.046 0.074 0.075 0.369 102 L 0.081 0.122 0.046 0.022 0.027 0.093 0.062 0.545 103 N 0.032 0.219 0.038 0.016 0.039 0.091 0.095 0.469 104 H 0.027 0.462 0.018 0.014 0.026 0.059 0.086 0.309 105 A 0.024 0.666 0.020 0.017 0.021 0.035 0.074 0.144 106 D 0.029 0.432 0.030 0.021 0.028 0.029 0.294 0.135 107 Y 0.010 0.676 0.029 0.017 0.031 0.020 0.127 0.092 108 W 0.007 0.914 0.007 0.007 0.012 0.006 0.012 0.034 109 V 0.026 0.824 0.019 0.013 0.015 0.010 0.040 0.053 110 N 0.018 0.880 0.008 0.006 0.011 0.008 0.033 0.037 111 W 0.077 0.439 0.066 0.023 0.034 0.038 0.185 0.139 112 C 0.116 0.041 0.227 0.022 0.022 0.049 0.349 0.174 113 A 0.598 0.016 0.018 0.014 0.014 0.051 0.037 0.253 114 A 0.067 0.003 0.005 0.002 0.008 0.055 0.020 0.842 115 H 0.006 0.002 0.005 0.004 0.003 0.168 0.006 0.806 116 D 0.009 0.010 0.017 0.017 0.051 0.153 0.020 0.724 117 V 0.003 0.012 0.008 0.029 0.014 0.128 0.017 0.789 118 T 0.204 0.653 0.005 0.002 0.003 0.018 0.065 0.050 119 L 0.136 0.767 0.003 0.001 0.001 0.011 0.044 0.037 120 E 0.052 0.590 0.034 0.004 0.006 0.047 0.062 0.204 121 D 0.184 0.365 0.038 0.006 0.013 0.046 0.117 0.231 122 L 0.479 0.105 0.048 0.007 0.007 0.037 0.146 0.172 123 H 0.263 0.030 0.009 0.009 0.011 0.086 0.032 0.561 124 D 0.037 0.008 0.003 0.001 0.002 0.061 0.008 0.881 125 Q 0.037 0.011 0.008 0.003 0.003 0.133 0.025 0.781 126 R 0.005 0.022 0.008 0.007 0.009 0.172 0.040 0.736 127 V 0.010 0.260 0.004 0.001 0.003 0.058 0.013 0.651 128 A 0.199 0.737 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.022 129 P 0.029 0.905 0.002 0.001 0.001 0.008 0.024 0.032 130 E 0.017 0.874 0.003 0.001 0.001 0.012 0.041 0.052 131 L 0.034 0.358 0.017 0.001 0.001 0.010 0.554 0.025 132 H 0.071 0.419 0.021 0.005 0.006 0.036 0.355 0.087 133 A 0.050 0.494 0.022 0.008 0.010 0.044 0.103 0.270 134 L 0.031 0.638 0.038 0.006 0.009 0.036 0.066 0.175 135 S 0.054 0.577 0.026 0.009 0.016 0.060 0.087 0.171 136 H 0.058 0.346 0.035 0.010 0.020 0.068 0.143 0.318 137 W 0.044 0.124 0.112 0.026 0.036 0.059 0.405 0.194 138 C 0.066 0.091 0.138 0.025 0.046 0.086 0.306 0.241 139 W 0.106 0.040 0.136 0.037 0.046 0.096 0.241 0.297 140 Q 0.058 0.020 0.099 0.028 0.046 0.110 0.137 0.503 141 T 0.071 0.012 0.076 0.020 0.031 0.176 0.076 0.537 142 S 0.038 0.014 0.070 0.021 0.027 0.199 0.056 0.576 143 S 0.088 0.145 0.015 0.004 0.007 0.115 0.084 0.541 144 S 0.077 0.568 0.004 0.002 0.002 0.058 0.042 0.247 145 D 0.021 0.752 0.004 0.002 0.003 0.029 0.073 0.117 146 S 0.009 0.920 0.001 0.001 0.002 0.009 0.029 0.028 147 L 0.011 0.930 0.002 0.002 0.003 0.006 0.027 0.019 148 A 0.008 0.920 0.003 0.001 0.002 0.003 0.049 0.013 149 V 0.013 0.856 0.003 0.002 0.003 0.004 0.099 0.021 150 A 0.010 0.189 0.025 0.002 0.002 0.006 0.752 0.014 151 M 0.046 0.378 0.042 0.007 0.006 0.021 0.461 0.039 152 A 0.048 0.628 0.026 0.007 0.009 0.028 0.101 0.153 153 A 0.016 0.583 0.035 0.006 0.010 0.054 0.053 0.241 154 T 0.011 0.786 0.010 0.004 0.008 0.026 0.021 0.134 155 N 0.041 0.786 0.008 0.003 0.006 0.021 0.047 0.089 156 Y 0.040 0.286 0.058 0.010 0.014 0.046 0.413 0.133 157 A 0.071 0.426 0.034 0.010 0.024 0.051 0.132 0.252 158 I 0.137 0.137 0.121 0.015 0.022 0.058 0.279 0.231 159 E 0.046 0.057 0.106 0.018 0.026 0.112 0.177 0.459 160 G 0.037 0.119 0.054 0.036 0.059 0.114 0.037 0.544 161 A 0.035 0.287 0.048 0.030 0.034 0.098 0.057 0.410 162 T 0.062 0.298 0.025 0.019 0.029 0.076 0.224 0.267 163 G 0.039 0.450 0.019 0.021 0.041 0.064 0.120 0.246 164 E 0.034 0.503 0.032 0.046 0.065 0.056 0.090 0.174 165 W 0.029 0.405 0.042 0.045 0.109 0.045 0.110 0.216 166 S 0.028 0.496 0.016 0.056 0.163 0.025 0.051 0.166 167 A 0.030 0.131 0.057 0.115 0.227 0.042 0.197 0.201 168 V 0.019 0.038 0.070 0.181 0.125 0.048 0.345 0.173 169 V 0.036 0.049 0.092 0.153 0.188 0.070 0.119 0.294 170 C 0.153 0.104 0.039 0.072 0.065 0.070 0.082 0.415 171 S 0.073 0.131 0.019 0.034 0.067 0.082 0.061 0.533 172 T 0.042 0.260 0.015 0.025 0.049 0.075 0.057 0.477 173 G 0.065 0.328 0.034 0.054 0.081 0.067 0.102 0.271 174 V 0.071 0.252 0.065 0.067 0.072 0.060 0.126 0.288 175 Y 0.189 0.115 0.050 0.059 0.113 0.059 0.087 0.328 176 A 0.259 0.036 0.027 0.036 0.059 0.061 0.094 0.429 177 E 0.031 0.020 0.014 0.034 0.045 0.118 0.028 0.710 178 A 0.006 0.026 0.007 0.013 0.025 0.099 0.018 0.807 179 F 0.046 0.078 0.017 0.018 0.021 0.105 0.121 0.593 180 A 0.378 0.229 0.005 0.005 0.004 0.034 0.171 0.175 181 E 0.193 0.208 0.009 0.006 0.007 0.059 0.054 0.464 182 E 0.059 0.188 0.016 0.005 0.010 0.079 0.048 0.596 183 T 0.054 0.179 0.017 0.006 0.010 0.103 0.131 0.499 184 R 0.049 0.543 0.012 0.007 0.008 0.045 0.091 0.245 185 K 0.069 0.679 0.004 0.006 0.007 0.031 0.039 0.165 186 K 0.017 0.823 0.007 0.004 0.005 0.019 0.029 0.094 187 S 0.008 0.920 0.002 0.002 0.006 0.007 0.014 0.041 188 M 0.013 0.881 0.006 0.004 0.007 0.009 0.036 0.043 189 K 0.012 0.877 0.008 0.010 0.016 0.009 0.033 0.035 190 W 0.014 0.788 0.020 0.012 0.024 0.012 0.059 0.072 191 L 0.025 0.773 0.025 0.019 0.032 0.013 0.046 0.066 192 K 0.049 0.502 0.050 0.044 0.055 0.029 0.115 0.155 193 M 0.073 0.317 0.050 0.038 0.073 0.052 0.118 0.278 194 H 0.127 0.112 0.069 0.053 0.072 0.076 0.191 0.300 195 A 0.063 0.093 0.069 0.050 0.068 0.102 0.081 0.475 196 Q 0.053 0.074 0.041 0.030 0.049 0.100 0.068 0.586 197 Y 0.063 0.029 0.036 0.014 0.023 0.111 0.061 0.663 198 D 0.509 0.052 0.011 0.007 0.008 0.052 0.096 0.264 199 D 0.048 0.025 0.012 0.008 0.014 0.105 0.039 0.748 200 A 0.005 0.040 0.007 0.003 0.005 0.122 0.015 0.803 201 H 0.029 0.662 0.005 0.003 0.004 0.033 0.091 0.173 202 P 0.014 0.882 0.001 0.001 0.001 0.005 0.063 0.034 203 W 0.008 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.016 204 E 0.004 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.009 205 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 206 L 0.002 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.003 207 E 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.971 0.001 208 I 0.006 0.873 0.005 0.001 0.001 0.003 0.105 0.007 209 I 0.012 0.920 0.014 0.001 0.001 0.002 0.035 0.014 210 C 0.037 0.452 0.099 0.005 0.005 0.025 0.276 0.101 211 T 0.255 0.094 0.047 0.007 0.009 0.081 0.210 0.298 212 L 0.266 0.028 0.058 0.008 0.008 0.063 0.219 0.349 213 V 0.048 0.004 0.007 0.002 0.002 0.181 0.014 0.742 214 G 0.005 0.003 0.003 0.001 0.002 0.076 0.007 0.902 215 N 0.031 0.021 0.010 0.003 0.005 0.101 0.024 0.805 216 K 0.365 0.140 0.004 0.003 0.002 0.072 0.108 0.307 217 P 0.040 0.299 0.005 0.002 0.003 0.069 0.034 0.549 218 S 0.022 0.855 0.002 0.001 0.001 0.013 0.018 0.088 219 L 0.018 0.919 0.002 0.001 0.001 0.007 0.017 0.035 220 Q 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.017 221 L 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 222 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 223 A 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 224 E 0.002 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.007 225 L 0.004 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.004 226 R 0.006 0.134 0.007 0.001 0.001 0.002 0.846 0.005 227 Q 0.014 0.659 0.004 0.001 0.001 0.012 0.263 0.047 228 A 0.011 0.399 0.028 0.001 0.001 0.008 0.516 0.037 229 V 0.031 0.669 0.033 0.001 0.001 0.018 0.201 0.046 230 T 0.038 0.663 0.006 0.001 0.002 0.033 0.057 0.201 231 K 0.003 0.912 0.003 0.001 0.001 0.007 0.006 0.068 232 S 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 233 Y 0.011 0.933 0.003 0.001 0.001 0.004 0.029 0.019 234 D 0.011 0.899 0.004 0.001 0.001 0.004 0.059 0.021 235 Y 0.006 0.942 0.004 0.001 0.001 0.003 0.027 0.016 236 M 0.011 0.941 0.007 0.001 0.001 0.003 0.019 0.017 237 Y 0.025 0.867 0.008 0.002 0.002 0.009 0.043 0.045 238 L 0.029 0.770 0.016 0.004 0.005 0.019 0.063 0.095 239 F 0.034 0.725 0.029 0.005 0.006 0.022 0.102 0.078 240 L 0.117 0.619 0.016 0.004 0.006 0.032 0.077 0.130 241 E 0.104 0.364 0.018 0.006 0.009 0.058 0.119 0.323 242 R 0.066 0.405 0.024 0.010 0.016 0.073 0.069 0.338 243 C 0.078 0.196 0.054 0.017 0.029 0.099 0.129 0.399 244 I 0.088 0.076 0.055 0.019 0.026 0.119 0.076 0.541 245 Q 0.244 0.074 0.022 0.016 0.024 0.061 0.062 0.496 246 L 0.178 0.031 0.013 0.007 0.012 0.091 0.050 0.619 247 D 0.082 0.014 0.020 0.014 0.024 0.140 0.050 0.656 248 K 0.033 0.009 0.017 0.015 0.035 0.091 0.048 0.752 249 V 0.030 0.009 0.024 0.033 0.034 0.146 0.046 0.678 250 K 0.015 0.012 0.039 0.037 0.055 0.104 0.031 0.707 251 S 0.250 0.083 0.012 0.016 0.020 0.074 0.135 0.410 252 P 0.107 0.119 0.024 0.023 0.031 0.113 0.062 0.520 253 R 0.033 0.114 0.025 0.036 0.077 0.089 0.057 0.569 254 G 0.036 0.186 0.038 0.060 0.130 0.088 0.072 0.390 255 R 0.029 0.152 0.051 0.148 0.247 0.058 0.074 0.241 256 V 0.042 0.095 0.051 0.155 0.185 0.055 0.109 0.308 257 A 0.043 0.041 0.075 0.202 0.332 0.043 0.067 0.197 258 A 0.066 0.018 0.052 0.109 0.182 0.066 0.076 0.432 259 L 0.065 0.007 0.047 0.170 0.192 0.086 0.035 0.398 260 E 0.022 0.003 0.037 0.050 0.112 0.097 0.043 0.636 261 M 0.037 0.004 0.028 0.037 0.048 0.134 0.058 0.652