# TARGET T0627 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0627.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.3949 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.020 0.020 0.016 0.023 0.049 0.005 0.827 2 I 0.050 0.031 0.052 0.051 0.142 0.080 0.007 0.586 3 D 0.048 0.041 0.032 0.047 0.066 0.111 0.007 0.647 4 T 0.053 0.062 0.020 0.026 0.048 0.083 0.009 0.699 5 F 0.129 0.117 0.051 0.051 0.092 0.127 0.012 0.422 6 E 0.107 0.150 0.040 0.078 0.070 0.166 0.016 0.372 7 R 0.144 0.156 0.032 0.056 0.075 0.068 0.028 0.441 8 T 0.143 0.157 0.065 0.034 0.098 0.046 0.029 0.429 9 G 0.089 0.040 0.079 0.058 0.058 0.042 0.013 0.621 10 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 11 L 0.029 0.005 0.075 0.043 0.129 0.079 0.006 0.635 12 M 0.199 0.028 0.192 0.077 0.086 0.095 0.013 0.311 13 E 0.140 0.031 0.106 0.035 0.047 0.099 0.014 0.528 14 A 0.154 0.051 0.183 0.039 0.081 0.066 0.009 0.417 15 S 0.086 0.040 0.116 0.038 0.067 0.177 0.011 0.466 16 S 0.115 0.018 0.041 0.010 0.026 0.111 0.021 0.658 17 Y 0.110 0.035 0.056 0.012 0.028 0.168 0.007 0.584 18 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.996 19 A 0.007 0.023 0.004 0.001 0.004 0.194 0.001 0.766 20 W 0.123 0.207 0.007 0.001 0.003 0.185 0.004 0.469 21 A 0.066 0.740 0.003 0.001 0.003 0.045 0.002 0.139 22 Q 0.027 0.902 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.053 23 Q 0.028 0.926 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.039 24 L 0.014 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 25 I 0.012 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 26 N 0.015 0.950 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.022 27 D 0.063 0.862 0.008 0.001 0.001 0.004 0.016 0.044 28 C 0.141 0.721 0.032 0.002 0.003 0.009 0.035 0.058 29 S 0.048 0.528 0.141 0.009 0.009 0.043 0.010 0.212 30 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 31 A 0.020 0.154 0.012 0.004 0.012 0.308 0.006 0.485 32 K 0.242 0.490 0.020 0.004 0.006 0.072 0.008 0.158 33 A 0.076 0.786 0.007 0.003 0.005 0.015 0.005 0.103 34 R 0.253 0.562 0.006 0.004 0.008 0.020 0.027 0.120 35 V 0.224 0.578 0.009 0.008 0.009 0.015 0.029 0.128 36 V 0.095 0.558 0.042 0.029 0.028 0.030 0.023 0.195 37 E 0.066 0.308 0.056 0.015 0.021 0.051 0.018 0.466 38 H 0.094 0.228 0.087 0.025 0.049 0.060 0.018 0.440 39 E 0.028 0.114 0.020 0.009 0.016 0.049 0.006 0.757 40 L 0.029 0.267 0.037 0.015 0.028 0.117 0.007 0.501 41 Y 0.044 0.539 0.043 0.022 0.049 0.085 0.005 0.214 42 Q 0.023 0.741 0.010 0.014 0.021 0.041 0.004 0.146 43 Q 0.029 0.812 0.007 0.009 0.019 0.011 0.006 0.106 44 M 0.045 0.884 0.006 0.008 0.014 0.004 0.006 0.034 45 R 0.038 0.754 0.016 0.016 0.014 0.015 0.019 0.129 46 D 0.081 0.549 0.035 0.014 0.025 0.025 0.067 0.203 47 A 0.537 0.147 0.035 0.007 0.008 0.043 0.101 0.122 48 K 0.380 0.057 0.079 0.018 0.015 0.055 0.092 0.304 49 L 0.089 0.036 0.346 0.018 0.022 0.154 0.017 0.316 50 S 0.029 0.018 0.034 0.009 0.018 0.362 0.003 0.527 51 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 52 Q 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.513 0.001 0.478 53 I 0.107 0.016 0.002 0.001 0.001 0.793 0.005 0.076 54 M 0.047 0.885 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.054 55 R 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 56 Q 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.018 57 Y 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 58 L 0.017 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 59 I 0.025 0.920 0.023 0.003 0.002 0.003 0.011 0.014 60 G 0.061 0.810 0.016 0.003 0.003 0.005 0.038 0.064 61 G 0.299 0.366 0.041 0.005 0.008 0.015 0.123 0.143 62 W 0.123 0.176 0.208 0.019 0.010 0.089 0.019 0.355 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.993 64 V 0.024 0.106 0.032 0.020 0.058 0.124 0.004 0.631 65 V 0.088 0.656 0.023 0.006 0.022 0.019 0.002 0.184 66 E 0.030 0.740 0.020 0.010 0.016 0.034 0.003 0.147 67 Q 0.054 0.712 0.011 0.003 0.009 0.026 0.011 0.173 68 F 0.123 0.758 0.008 0.002 0.009 0.009 0.010 0.081 69 A 0.017 0.479 0.009 0.001 0.004 0.018 0.009 0.462 70 V 0.012 0.592 0.012 0.001 0.003 0.053 0.005 0.321 71 Y 0.046 0.811 0.004 0.001 0.002 0.032 0.004 0.101 72 M 0.023 0.930 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.034 73 A 0.037 0.908 0.005 0.001 0.001 0.008 0.005 0.035 74 K 0.065 0.860 0.002 0.001 0.001 0.006 0.016 0.049 75 N 0.082 0.833 0.003 0.001 0.001 0.007 0.020 0.053 76 L 0.090 0.812 0.009 0.002 0.001 0.011 0.018 0.057 77 T 0.081 0.749 0.025 0.004 0.003 0.029 0.018 0.091 78 K 0.184 0.516 0.031 0.008 0.007 0.032 0.042 0.178 79 T 0.160 0.551 0.042 0.011 0.013 0.024 0.030 0.169 80 R 0.076 0.388 0.057 0.014 0.014 0.030 0.023 0.398 81 F 0.069 0.263 0.066 0.017 0.017 0.125 0.025 0.418 82 G 0.230 0.141 0.066 0.021 0.021 0.113 0.048 0.360 83 R 0.266 0.125 0.069 0.022 0.024 0.095 0.040 0.359 84 H 0.130 0.086 0.052 0.022 0.022 0.142 0.013 0.533 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 86 G 0.033 0.018 0.021 0.007 0.029 0.120 0.010 0.763 87 E 0.233 0.024 0.024 0.007 0.010 0.104 0.010 0.588 88 D 0.017 0.055 0.008 0.003 0.006 0.107 0.002 0.800 89 M 0.040 0.231 0.013 0.007 0.016 0.205 0.003 0.485 90 A 0.062 0.545 0.008 0.004 0.011 0.189 0.005 0.174 91 R 0.050 0.789 0.011 0.005 0.011 0.035 0.006 0.093 92 R 0.012 0.938 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.039 93 W 0.021 0.930 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.035 94 L 0.022 0.920 0.005 0.003 0.004 0.008 0.007 0.032 95 M 0.029 0.883 0.019 0.008 0.008 0.012 0.007 0.034 96 R 0.051 0.800 0.012 0.009 0.011 0.012 0.018 0.087 97 N 0.116 0.630 0.034 0.008 0.015 0.013 0.043 0.142 98 I 0.202 0.415 0.074 0.023 0.022 0.033 0.045 0.186 99 R 0.073 0.164 0.142 0.045 0.035 0.112 0.023 0.406 100 V 0.051 0.117 0.138 0.095 0.085 0.097 0.014 0.404 101 E 0.055 0.126 0.141 0.083 0.138 0.080 0.009 0.367 102 L 0.041 0.199 0.078 0.051 0.075 0.055 0.008 0.494 103 N 0.040 0.178 0.084 0.037 0.084 0.091 0.011 0.475 104 H 0.111 0.134 0.051 0.024 0.048 0.077 0.025 0.530 105 A 0.068 0.165 0.039 0.018 0.030 0.186 0.012 0.482 106 D 0.025 0.162 0.018 0.010 0.017 0.227 0.006 0.534 107 Y 0.054 0.497 0.016 0.004 0.012 0.076 0.005 0.335 108 W 0.048 0.726 0.015 0.004 0.011 0.064 0.005 0.126 109 V 0.014 0.859 0.025 0.004 0.016 0.015 0.002 0.065 110 N 0.003 0.951 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.037 111 W 0.014 0.933 0.002 0.001 0.003 0.010 0.003 0.033 112 C 0.013 0.953 0.005 0.002 0.002 0.007 0.003 0.014 113 A 0.037 0.884 0.018 0.005 0.004 0.010 0.011 0.030 114 A 0.087 0.809 0.012 0.003 0.005 0.004 0.035 0.046 115 H 0.293 0.414 0.036 0.004 0.005 0.013 0.135 0.099 116 D 0.357 0.060 0.080 0.013 0.009 0.017 0.135 0.328 117 V 0.073 0.024 0.552 0.035 0.017 0.098 0.010 0.190 118 T 0.010 0.016 0.042 0.015 0.021 0.526 0.003 0.367 119 L 0.017 0.033 0.049 0.007 0.083 0.064 0.002 0.744 120 E 0.002 0.015 0.004 0.001 0.003 0.397 0.001 0.578 121 D 0.099 0.017 0.002 0.002 0.002 0.741 0.017 0.119 122 L 0.067 0.893 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.030 123 H 0.014 0.957 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.020 124 D 0.086 0.779 0.004 0.002 0.006 0.010 0.040 0.074 125 Q 0.394 0.432 0.008 0.004 0.005 0.008 0.095 0.054 126 R 0.393 0.255 0.025 0.015 0.009 0.032 0.053 0.219 127 V 0.056 0.110 0.145 0.005 0.006 0.096 0.022 0.560 128 A 0.047 0.055 0.066 0.004 0.013 0.060 0.005 0.749 129 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 130 E 0.010 0.054 0.005 0.001 0.003 0.372 0.002 0.553 131 L 0.191 0.373 0.006 0.001 0.003 0.242 0.005 0.179 132 H 0.027 0.897 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.062 133 A 0.037 0.913 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.039 134 L 0.039 0.927 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.023 135 S 0.015 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 136 H 0.015 0.930 0.008 0.002 0.003 0.004 0.007 0.031 137 W 0.045 0.800 0.051 0.006 0.005 0.018 0.019 0.055 138 C 0.044 0.813 0.063 0.010 0.009 0.010 0.010 0.042 139 W 0.032 0.632 0.181 0.035 0.027 0.012 0.010 0.071 140 Q 0.051 0.402 0.209 0.035 0.051 0.022 0.023 0.206 141 T 0.134 0.224 0.125 0.045 0.065 0.032 0.046 0.330 142 S 0.094 0.098 0.103 0.047 0.049 0.135 0.038 0.437 143 S 0.070 0.033 0.064 0.018 0.020 0.269 0.023 0.503 144 S 0.090 0.031 0.037 0.009 0.026 0.188 0.014 0.606 145 D 0.017 0.014 0.006 0.003 0.005 0.257 0.005 0.693 146 S 0.052 0.040 0.007 0.003 0.005 0.536 0.007 0.349 147 L 0.060 0.437 0.010 0.007 0.013 0.197 0.004 0.272 148 A 0.015 0.750 0.008 0.010 0.025 0.095 0.002 0.097 149 V 0.010 0.902 0.004 0.004 0.011 0.023 0.002 0.044 150 A 0.007 0.969 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.013 151 M 0.004 0.981 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 152 A 0.010 0.934 0.014 0.007 0.008 0.003 0.006 0.018 153 A 0.026 0.868 0.033 0.013 0.015 0.006 0.011 0.029 154 T 0.050 0.794 0.035 0.018 0.024 0.010 0.018 0.051 155 N 0.045 0.623 0.098 0.029 0.057 0.014 0.017 0.117 156 Y 0.036 0.431 0.117 0.025 0.047 0.030 0.014 0.301 157 A 0.058 0.336 0.087 0.041 0.064 0.144 0.018 0.253 158 I 0.074 0.525 0.055 0.040 0.053 0.074 0.011 0.168 159 E 0.064 0.635 0.057 0.031 0.050 0.016 0.008 0.138 160 G 0.110 0.440 0.056 0.023 0.045 0.025 0.033 0.268 161 A 0.371 0.193 0.057 0.039 0.042 0.034 0.073 0.192 162 T 0.083 0.140 0.042 0.040 0.041 0.053 0.032 0.569 163 G 0.050 0.041 0.078 0.041 0.070 0.073 0.015 0.632 164 E 0.078 0.032 0.060 0.047 0.056 0.267 0.010 0.450 165 W 0.046 0.067 0.045 0.057 0.110 0.111 0.007 0.557 166 S 0.033 0.181 0.046 0.120 0.304 0.049 0.004 0.263 167 A 0.042 0.257 0.038 0.093 0.170 0.066 0.007 0.325 168 V 0.064 0.388 0.028 0.118 0.145 0.030 0.010 0.217 169 V 0.079 0.396 0.029 0.109 0.180 0.018 0.012 0.178 170 C 0.051 0.386 0.035 0.132 0.177 0.021 0.014 0.183 171 S 0.045 0.263 0.042 0.079 0.144 0.059 0.020 0.349 172 T 0.068 0.145 0.024 0.026 0.070 0.078 0.030 0.558 173 G 0.180 0.121 0.039 0.026 0.058 0.132 0.042 0.403 174 V 0.087 0.116 0.064 0.041 0.044 0.329 0.014 0.305 175 Y 0.034 0.165 0.030 0.035 0.045 0.216 0.008 0.467 176 A 0.054 0.425 0.025 0.030 0.105 0.053 0.005 0.301 177 E 0.054 0.565 0.017 0.028 0.059 0.040 0.008 0.228 178 A 0.091 0.487 0.019 0.030 0.048 0.042 0.021 0.261 179 F 0.122 0.432 0.019 0.029 0.042 0.070 0.024 0.262 180 A 0.061 0.346 0.014 0.018 0.032 0.064 0.014 0.451 181 E 0.028 0.212 0.014 0.007 0.014 0.053 0.010 0.661 182 E 0.144 0.270 0.022 0.010 0.016 0.189 0.028 0.320 183 T 0.284 0.319 0.022 0.007 0.011 0.073 0.028 0.254 184 R 0.088 0.416 0.022 0.009 0.016 0.062 0.012 0.376 185 K 0.022 0.126 0.010 0.003 0.006 0.041 0.007 0.786 186 K 0.042 0.157 0.016 0.005 0.008 0.193 0.014 0.566 187 S 0.145 0.357 0.017 0.006 0.011 0.186 0.017 0.260 188 M 0.037 0.768 0.013 0.004 0.008 0.039 0.003 0.128 189 K 0.014 0.822 0.007 0.003 0.006 0.037 0.002 0.108 190 W 0.017 0.862 0.005 0.002 0.004 0.025 0.005 0.081 191 L 0.010 0.953 0.004 0.002 0.005 0.004 0.002 0.020 192 K 0.004 0.967 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.017 193 M 0.007 0.966 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.016 194 H 0.016 0.962 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 195 A 0.023 0.919 0.008 0.003 0.003 0.005 0.006 0.032 196 Q 0.041 0.816 0.023 0.006 0.009 0.013 0.018 0.074 197 Y 0.206 0.602 0.038 0.008 0.014 0.017 0.031 0.084 198 D 0.065 0.638 0.029 0.011 0.010 0.045 0.015 0.188 199 D 0.042 0.260 0.051 0.005 0.009 0.030 0.013 0.590 200 A 0.107 0.124 0.030 0.003 0.004 0.440 0.062 0.229 201 H 0.507 0.053 0.025 0.002 0.003 0.201 0.045 0.163 202 P 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 203 W 0.004 0.093 0.004 0.001 0.003 0.234 0.001 0.660 204 E 0.098 0.235 0.006 0.001 0.002 0.405 0.004 0.249 205 A 0.030 0.891 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.066 206 L 0.014 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 207 E 0.009 0.959 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.024 208 I 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 209 I 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 210 C 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 211 T 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 212 L 0.031 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 213 V 0.039 0.928 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 214 G 0.144 0.611 0.047 0.007 0.004 0.011 0.077 0.099 215 N 0.246 0.237 0.087 0.008 0.007 0.040 0.123 0.252 216 K 0.194 0.111 0.066 0.010 0.009 0.050 0.025 0.535 217 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 218 S 0.016 0.012 0.015 0.003 0.007 0.267 0.003 0.676 219 L 0.231 0.053 0.012 0.003 0.008 0.051 0.006 0.636 220 Q 0.041 0.154 0.009 0.003 0.006 0.234 0.003 0.551 221 L 0.054 0.213 0.009 0.002 0.003 0.406 0.005 0.308 222 Q 0.022 0.852 0.002 0.001 0.003 0.027 0.001 0.093 223 A 0.004 0.933 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.056 224 E 0.003 0.943 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.043 225 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 226 R 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 227 Q 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 228 A 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 229 V 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 230 T 0.008 0.977 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 231 K 0.012 0.953 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.023 232 S 0.030 0.937 0.004 0.001 0.001 0.002 0.007 0.019 233 Y 0.015 0.922 0.016 0.001 0.001 0.007 0.005 0.035 234 D 0.012 0.831 0.012 0.001 0.001 0.033 0.006 0.105 235 Y 0.019 0.872 0.006 0.001 0.001 0.019 0.005 0.077 236 M 0.009 0.955 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.025 237 Y 0.009 0.952 0.003 0.001 0.001 0.011 0.002 0.021 238 L 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 239 F 0.018 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 240 L 0.020 0.956 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 241 E 0.022 0.929 0.010 0.001 0.001 0.004 0.009 0.024 242 R 0.039 0.874 0.005 0.001 0.001 0.006 0.014 0.060 243 C 0.081 0.815 0.017 0.002 0.003 0.011 0.018 0.054 244 I 0.076 0.682 0.090 0.008 0.005 0.029 0.012 0.098 245 Q 0.059 0.531 0.048 0.016 0.014 0.060 0.023 0.250 246 L 0.130 0.441 0.035 0.011 0.025 0.026 0.023 0.309 247 D 0.064 0.277 0.026 0.014 0.015 0.085 0.029 0.489 248 K 0.244 0.105 0.052 0.019 0.014 0.101 0.049 0.416 249 V 0.310 0.195 0.038 0.031 0.032 0.058 0.026 0.310 250 K 0.124 0.087 0.048 0.050 0.061 0.087 0.025 0.517 251 S 0.085 0.049 0.044 0.062 0.073 0.139 0.013 0.535 252 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 253 R 0.013 0.008 0.014 0.018 0.035 0.316 0.005 0.592 254 G 0.362 0.016 0.052 0.022 0.034 0.093 0.031 0.391 255 R 0.172 0.077 0.078 0.089 0.096 0.143 0.011 0.333 256 V 0.026 0.063 0.085 0.084 0.143 0.080 0.004 0.516 257 A 0.018 0.073 0.088 0.213 0.368 0.038 0.004 0.197 258 A 0.034 0.124 0.078 0.132 0.293 0.063 0.009 0.268 259 L 0.045 0.146 0.100 0.212 0.286 0.032 0.010 0.169 260 E 0.056 0.161 0.073 0.133 0.209 0.050 0.016 0.301 261 M 0.089 0.115 0.053 0.081 0.160 0.057 0.023 0.422