# TARGET T0627 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0627.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.3949 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.506 0.238 0.112 0.082 0.046 0.014 0.001 2 I 0.461 0.244 0.172 0.088 0.028 0.006 0.001 3 D 0.552 0.268 0.120 0.050 0.009 0.002 0.001 4 T 0.453 0.290 0.160 0.071 0.020 0.005 0.001 5 F 0.161 0.106 0.193 0.291 0.206 0.042 0.001 6 E 0.613 0.317 0.051 0.013 0.005 0.001 0.001 7 R 0.390 0.339 0.158 0.084 0.024 0.005 0.001 8 T 0.334 0.278 0.190 0.131 0.055 0.012 0.001 9 G 0.281 0.260 0.245 0.157 0.047 0.010 0.001 10 P 0.404 0.333 0.157 0.075 0.024 0.006 0.001 11 L 0.070 0.134 0.214 0.294 0.194 0.088 0.008 12 M 0.067 0.070 0.103 0.194 0.294 0.236 0.037 13 E 0.116 0.236 0.248 0.214 0.107 0.066 0.013 14 A 0.050 0.057 0.073 0.130 0.250 0.330 0.110 15 S 0.125 0.186 0.213 0.205 0.148 0.097 0.026 16 S 0.125 0.177 0.164 0.198 0.174 0.122 0.039 17 Y 0.055 0.074 0.109 0.160 0.231 0.261 0.111 18 P 0.109 0.151 0.173 0.210 0.199 0.129 0.029 19 A 0.236 0.325 0.214 0.125 0.065 0.029 0.007 20 W 0.043 0.074 0.130 0.221 0.253 0.212 0.067 21 A 0.024 0.041 0.063 0.126 0.279 0.379 0.087 22 Q 0.055 0.173 0.277 0.258 0.162 0.068 0.006 23 Q 0.094 0.268 0.300 0.226 0.088 0.021 0.002 24 L 0.009 0.020 0.042 0.115 0.319 0.445 0.050 25 I 0.019 0.071 0.183 0.365 0.270 0.088 0.003 26 N 0.331 0.475 0.138 0.040 0.013 0.003 0.001 27 D 0.111 0.265 0.316 0.251 0.049 0.008 0.001 28 C 0.036 0.043 0.116 0.239 0.410 0.151 0.004 29 S 0.278 0.370 0.220 0.099 0.029 0.003 0.001 30 P 0.612 0.330 0.045 0.011 0.003 0.001 0.001 31 A 0.292 0.285 0.207 0.163 0.046 0.008 0.001 32 K 0.247 0.264 0.259 0.160 0.059 0.011 0.001 33 A 0.382 0.338 0.179 0.078 0.020 0.004 0.001 34 R 0.103 0.241 0.277 0.227 0.122 0.029 0.001 35 V 0.059 0.094 0.156 0.265 0.270 0.145 0.012 36 V 0.046 0.115 0.227 0.301 0.216 0.088 0.007 37 E 0.193 0.347 0.233 0.135 0.062 0.027 0.004 38 H 0.030 0.053 0.129 0.268 0.304 0.194 0.023 39 E 0.123 0.307 0.245 0.181 0.106 0.035 0.004 40 L 0.018 0.049 0.099 0.215 0.310 0.271 0.039 41 Y 0.031 0.072 0.135 0.246 0.322 0.179 0.015 42 Q 0.193 0.354 0.243 0.131 0.062 0.016 0.001 43 Q 0.137 0.319 0.303 0.177 0.052 0.011 0.001 44 M 0.070 0.077 0.184 0.312 0.260 0.093 0.004 45 R 0.377 0.328 0.172 0.088 0.030 0.005 0.001 46 D 0.648 0.284 0.052 0.013 0.003 0.001 0.001 47 A 0.390 0.293 0.165 0.110 0.038 0.004 0.001 48 K 0.414 0.449 0.103 0.026 0.007 0.001 0.001 49 L 0.049 0.091 0.219 0.370 0.235 0.036 0.001 50 S 0.220 0.335 0.247 0.129 0.058 0.010 0.001 51 P 0.223 0.337 0.257 0.136 0.038 0.009 0.001 52 Q 0.345 0.366 0.174 0.085 0.025 0.004 0.001 53 I 0.027 0.104 0.241 0.336 0.224 0.062 0.006 54 M 0.010 0.023 0.034 0.087 0.278 0.436 0.132 55 R 0.008 0.068 0.244 0.422 0.183 0.070 0.004 56 Q 0.032 0.139 0.241 0.294 0.190 0.095 0.010 57 Y 0.008 0.024 0.081 0.204 0.317 0.312 0.055 58 L 0.011 0.015 0.023 0.099 0.201 0.435 0.215 59 I 0.030 0.100 0.257 0.305 0.186 0.099 0.023 60 G 0.069 0.195 0.287 0.268 0.114 0.057 0.011 61 G 0.066 0.131 0.134 0.203 0.227 0.195 0.043 62 W 0.021 0.047 0.091 0.207 0.321 0.265 0.049 63 P 0.047 0.123 0.181 0.213 0.234 0.163 0.039 64 V 0.026 0.046 0.085 0.160 0.218 0.288 0.178 65 V 0.014 0.022 0.036 0.096 0.194 0.382 0.256 66 E 0.037 0.100 0.167 0.230 0.233 0.180 0.052 67 Q 0.037 0.085 0.135 0.219 0.249 0.195 0.080 68 F 0.008 0.017 0.026 0.064 0.168 0.437 0.280 69 A 0.018 0.041 0.078 0.161 0.260 0.299 0.142 70 V 0.040 0.110 0.192 0.252 0.180 0.161 0.067 71 Y 0.025 0.035 0.064 0.124 0.267 0.332 0.152 72 M 0.013 0.015 0.019 0.049 0.111 0.379 0.414 73 A 0.030 0.046 0.079 0.142 0.199 0.268 0.236 74 K 0.045 0.101 0.178 0.223 0.171 0.174 0.109 75 N 0.024 0.044 0.062 0.105 0.221 0.329 0.214 76 L 0.012 0.016 0.023 0.063 0.147 0.387 0.351 77 T 0.022 0.043 0.067 0.129 0.230 0.320 0.190 78 K 0.021 0.046 0.068 0.122 0.209 0.316 0.217 79 T 0.025 0.036 0.049 0.092 0.197 0.372 0.228 80 R 0.067 0.143 0.223 0.257 0.169 0.109 0.032 81 F 0.096 0.133 0.172 0.221 0.200 0.146 0.033 82 G 0.134 0.111 0.127 0.189 0.240 0.172 0.027 83 R 0.310 0.341 0.173 0.099 0.050 0.024 0.002 84 H 0.210 0.211 0.218 0.201 0.111 0.046 0.004 85 P 0.372 0.241 0.185 0.127 0.056 0.017 0.001 86 G 0.582 0.230 0.105 0.054 0.021 0.007 0.001 87 E 0.585 0.231 0.100 0.054 0.023 0.007 0.001 88 D 0.473 0.303 0.129 0.063 0.024 0.008 0.001 89 M 0.177 0.239 0.244 0.198 0.098 0.038 0.005 90 A 0.081 0.141 0.187 0.239 0.219 0.117 0.016 91 R 0.040 0.105 0.166 0.262 0.253 0.159 0.015 92 R 0.063 0.161 0.214 0.248 0.196 0.109 0.010 93 W 0.029 0.072 0.136 0.216 0.274 0.235 0.037 94 L 0.026 0.048 0.090 0.188 0.292 0.294 0.063 95 M 0.041 0.078 0.170 0.290 0.244 0.152 0.024 96 R 0.261 0.343 0.190 0.116 0.065 0.023 0.002 97 N 0.276 0.324 0.194 0.131 0.053 0.020 0.002 98 I 0.133 0.155 0.187 0.236 0.211 0.072 0.006 99 R 0.234 0.364 0.220 0.117 0.048 0.016 0.001 100 V 0.091 0.093 0.152 0.252 0.271 0.126 0.016 101 E 0.153 0.281 0.233 0.167 0.112 0.049 0.005 102 L 0.123 0.190 0.253 0.245 0.132 0.051 0.006 103 N 0.118 0.242 0.257 0.208 0.127 0.041 0.005 104 H 0.032 0.084 0.129 0.214 0.252 0.238 0.050 105 A 0.010 0.019 0.046 0.113 0.288 0.412 0.112 106 D 0.045 0.180 0.289 0.289 0.128 0.059 0.010 107 Y 0.005 0.017 0.049 0.108 0.314 0.351 0.155 108 W 0.001 0.004 0.006 0.015 0.090 0.474 0.410 109 V 0.004 0.027 0.107 0.273 0.286 0.248 0.056 110 N 0.011 0.082 0.232 0.310 0.192 0.140 0.033 111 W 0.004 0.009 0.028 0.103 0.297 0.463 0.095 112 C 0.007 0.012 0.025 0.074 0.213 0.476 0.193 113 A 0.037 0.156 0.282 0.291 0.142 0.079 0.013 114 A 0.131 0.240 0.262 0.212 0.100 0.048 0.007 115 H 0.050 0.082 0.139 0.246 0.269 0.196 0.018 116 D 0.286 0.402 0.176 0.075 0.046 0.014 0.001 117 V 0.053 0.076 0.148 0.337 0.264 0.109 0.013 118 T 0.160 0.345 0.233 0.134 0.099 0.027 0.001 119 L 0.080 0.170 0.241 0.319 0.145 0.043 0.002 120 E 0.479 0.396 0.083 0.027 0.013 0.002 0.001 121 D 0.110 0.299 0.275 0.237 0.066 0.014 0.001 122 L 0.052 0.061 0.192 0.286 0.325 0.081 0.003 123 H 0.282 0.385 0.215 0.095 0.020 0.003 0.001 124 D 0.521 0.340 0.097 0.031 0.009 0.002 0.001 125 Q 0.236 0.205 0.230 0.238 0.079 0.012 0.001 126 R 0.548 0.340 0.079 0.024 0.007 0.001 0.001 127 V 0.247 0.295 0.235 0.160 0.051 0.011 0.001 128 A 0.201 0.190 0.228 0.220 0.130 0.030 0.001 129 P 0.412 0.315 0.170 0.075 0.022 0.005 0.001 130 E 0.294 0.328 0.224 0.110 0.034 0.009 0.001 131 L 0.062 0.066 0.108 0.208 0.321 0.205 0.030 132 H 0.082 0.181 0.224 0.255 0.167 0.082 0.010 133 A 0.095 0.177 0.209 0.198 0.187 0.112 0.023 134 L 0.026 0.054 0.093 0.175 0.239 0.284 0.130 135 S 0.015 0.033 0.061 0.115 0.255 0.367 0.154 136 H 0.024 0.086 0.187 0.269 0.211 0.159 0.062 137 W 0.011 0.022 0.049 0.102 0.247 0.363 0.206 138 C 0.005 0.007 0.010 0.034 0.098 0.382 0.463 139 W 0.008 0.019 0.038 0.094 0.185 0.370 0.288 140 Q 0.015 0.061 0.150 0.248 0.221 0.206 0.100 141 T 0.018 0.039 0.066 0.135 0.269 0.352 0.120 142 S 0.020 0.038 0.064 0.155 0.298 0.321 0.104 143 S 0.057 0.144 0.187 0.226 0.194 0.148 0.044 144 S 0.072 0.162 0.275 0.265 0.132 0.078 0.016 145 D 0.149 0.248 0.282 0.216 0.070 0.030 0.005 146 S 0.049 0.088 0.147 0.218 0.283 0.176 0.039 147 L 0.019 0.019 0.025 0.078 0.202 0.418 0.239 148 A 0.010 0.029 0.051 0.127 0.210 0.387 0.186 149 V 0.013 0.046 0.133 0.232 0.198 0.213 0.165 150 A 0.001 0.002 0.005 0.011 0.061 0.337 0.584 151 M 0.001 0.001 0.002 0.007 0.036 0.246 0.707 152 A 0.002 0.004 0.008 0.026 0.063 0.231 0.665 153 A 0.001 0.003 0.008 0.026 0.058 0.237 0.667 154 T 0.001 0.002 0.007 0.022 0.089 0.287 0.591 155 N 0.001 0.005 0.013 0.025 0.120 0.347 0.489 156 Y 0.003 0.011 0.018 0.037 0.117 0.308 0.505 157 A 0.004 0.004 0.008 0.039 0.051 0.235 0.659 158 I 0.002 0.002 0.004 0.013 0.042 0.261 0.677 159 E 0.005 0.011 0.024 0.062 0.147 0.325 0.426 160 G 0.017 0.048 0.076 0.145 0.196 0.274 0.242 161 A 0.016 0.035 0.063 0.125 0.200 0.349 0.213 162 T 0.026 0.051 0.072 0.137 0.198 0.295 0.221 163 G 0.019 0.034 0.068 0.125 0.233 0.333 0.189 164 E 0.040 0.127 0.226 0.251 0.163 0.134 0.059 165 W 0.013 0.022 0.042 0.083 0.203 0.372 0.265 166 S 0.009 0.017 0.023 0.063 0.171 0.439 0.277 167 A 0.025 0.098 0.190 0.281 0.224 0.150 0.033 168 V 0.020 0.076 0.134 0.210 0.268 0.241 0.051 169 V 0.010 0.046 0.101 0.205 0.334 0.268 0.035 170 C 0.016 0.041 0.092 0.238 0.339 0.246 0.028 171 S 0.143 0.295 0.281 0.180 0.075 0.023 0.002 172 T 0.275 0.304 0.205 0.140 0.055 0.020 0.002 173 G 0.128 0.142 0.186 0.251 0.211 0.077 0.006 174 V 0.228 0.294 0.231 0.150 0.071 0.024 0.002 175 Y 0.177 0.228 0.232 0.205 0.110 0.044 0.004 176 A 0.182 0.172 0.187 0.207 0.176 0.071 0.006 177 E 0.261 0.255 0.212 0.159 0.084 0.028 0.002 178 A 0.332 0.300 0.185 0.111 0.053 0.018 0.001 179 F 0.190 0.183 0.206 0.227 0.143 0.048 0.003 180 A 0.366 0.264 0.168 0.117 0.062 0.021 0.001 181 E 0.526 0.277 0.122 0.052 0.018 0.005 0.001 182 E 0.469 0.282 0.149 0.073 0.021 0.005 0.001 183 T 0.236 0.195 0.213 0.193 0.121 0.039 0.003 184 R 0.193 0.247 0.240 0.179 0.099 0.039 0.003 185 K 0.318 0.331 0.183 0.106 0.048 0.014 0.001 186 K 0.098 0.229 0.276 0.228 0.129 0.036 0.004 187 S 0.014 0.046 0.067 0.141 0.300 0.372 0.060 188 M 0.009 0.046 0.154 0.325 0.272 0.178 0.015 189 K 0.033 0.159 0.277 0.302 0.152 0.069 0.008 190 W 0.006 0.019 0.063 0.165 0.324 0.352 0.072 191 L 0.004 0.008 0.013 0.045 0.196 0.547 0.188 192 K 0.024 0.139 0.285 0.311 0.151 0.078 0.013 193 M 0.023 0.063 0.113 0.226 0.293 0.230 0.052 194 H 0.014 0.034 0.060 0.108 0.267 0.428 0.089 195 A 0.047 0.097 0.171 0.266 0.275 0.126 0.017 196 Q 0.196 0.375 0.248 0.116 0.045 0.018 0.002 197 Y 0.112 0.114 0.172 0.271 0.221 0.100 0.010 198 D 0.289 0.205 0.191 0.158 0.102 0.048 0.005 199 D 0.442 0.267 0.156 0.091 0.031 0.012 0.001 200 A 0.606 0.252 0.079 0.039 0.018 0.006 0.001 201 H 0.285 0.238 0.174 0.157 0.094 0.045 0.007 202 P 0.146 0.144 0.162 0.185 0.207 0.134 0.022 203 W 0.162 0.200 0.242 0.206 0.128 0.053 0.008 204 E 0.160 0.222 0.210 0.183 0.149 0.064 0.012 205 A 0.061 0.112 0.156 0.206 0.234 0.190 0.041 206 L 0.040 0.104 0.191 0.287 0.237 0.126 0.015 207 E 0.166 0.310 0.202 0.159 0.114 0.044 0.005 208 I 0.016 0.047 0.117 0.251 0.320 0.213 0.037 209 I 0.013 0.024 0.039 0.092 0.280 0.455 0.097 210 C 0.034 0.159 0.326 0.310 0.130 0.038 0.003 211 T 0.070 0.236 0.311 0.259 0.099 0.024 0.001 212 L 0.017 0.048 0.111 0.230 0.371 0.215 0.008 213 V 0.042 0.089 0.187 0.318 0.283 0.079 0.003 214 G 0.296 0.375 0.224 0.081 0.020 0.004 0.001 215 N 0.359 0.295 0.201 0.115 0.026 0.004 0.001 216 K 0.546 0.247 0.126 0.059 0.018 0.003 0.001 217 P 0.603 0.256 0.084 0.042 0.013 0.002 0.001 218 S 0.633 0.273 0.065 0.021 0.007 0.001 0.001 219 L 0.269 0.245 0.278 0.160 0.042 0.006 0.001 220 Q 0.468 0.378 0.112 0.032 0.009 0.001 0.001 221 L 0.113 0.183 0.269 0.272 0.133 0.028 0.001 222 Q 0.087 0.193 0.242 0.262 0.161 0.054 0.002 223 A 0.271 0.386 0.195 0.102 0.036 0.009 0.001 224 E 0.068 0.251 0.367 0.231 0.071 0.012 0.001 225 L 0.004 0.012 0.020 0.061 0.302 0.516 0.085 226 R 0.002 0.031 0.132 0.410 0.285 0.135 0.005 227 Q 0.035 0.193 0.256 0.283 0.154 0.074 0.005 228 A 0.003 0.012 0.059 0.171 0.375 0.328 0.052 229 V 0.002 0.007 0.013 0.041 0.184 0.543 0.210 230 T 0.031 0.153 0.338 0.280 0.135 0.054 0.010 231 K 0.034 0.158 0.334 0.333 0.095 0.039 0.007 232 S 0.013 0.021 0.041 0.110 0.280 0.448 0.086 233 Y 0.022 0.043 0.091 0.224 0.326 0.247 0.046 234 D 0.124 0.301 0.253 0.166 0.096 0.050 0.010 235 Y 0.028 0.057 0.101 0.192 0.293 0.242 0.087 236 M 0.017 0.036 0.049 0.102 0.218 0.391 0.188 237 Y 0.026 0.081 0.171 0.232 0.255 0.190 0.046 238 L 0.032 0.085 0.178 0.259 0.230 0.160 0.055 239 F 0.014 0.021 0.045 0.106 0.215 0.388 0.209 240 L 0.012 0.024 0.039 0.111 0.231 0.396 0.187 241 E 0.089 0.235 0.283 0.212 0.121 0.053 0.007 242 R 0.056 0.181 0.248 0.291 0.155 0.063 0.005 243 C 0.024 0.051 0.104 0.199 0.295 0.297 0.030 244 I 0.033 0.058 0.142 0.311 0.321 0.126 0.009 245 Q 0.290 0.441 0.181 0.061 0.022 0.006 0.001 246 L 0.185 0.203 0.217 0.263 0.108 0.024 0.001 247 D 0.597 0.291 0.069 0.028 0.013 0.002 0.001 248 K 0.466 0.330 0.128 0.059 0.013 0.003 0.001 249 V 0.266 0.178 0.227 0.192 0.113 0.022 0.001 250 K 0.334 0.322 0.200 0.103 0.032 0.009 0.001 251 S 0.278 0.190 0.187 0.176 0.115 0.048 0.005 252 P 0.331 0.237 0.181 0.142 0.076 0.029 0.003 253 R 0.343 0.261 0.188 0.122 0.058 0.025 0.004 254 G 0.309 0.232 0.179 0.147 0.087 0.038 0.008 255 R 0.217 0.211 0.186 0.184 0.127 0.066 0.011 256 V 0.173 0.168 0.169 0.188 0.158 0.121 0.024 257 A 0.156 0.133 0.155 0.213 0.180 0.134 0.029 258 A 0.208 0.165 0.169 0.187 0.148 0.102 0.020 259 L 0.285 0.191 0.185 0.173 0.107 0.051 0.008 260 E 0.595 0.251 0.087 0.042 0.017 0.008 0.001 261 M 0.528 0.201 0.111 0.090 0.044 0.022 0.004