# TARGET T0627 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0627.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1077 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.015 0.098 0.047 0.083 0.089 0.010 0.595 2 I 0.046 0.021 0.127 0.065 0.109 0.101 0.008 0.522 3 D 0.035 0.019 0.081 0.055 0.089 0.101 0.008 0.612 4 T 0.029 0.013 0.031 0.021 0.038 0.073 0.005 0.792 5 F 0.087 0.027 0.063 0.032 0.068 0.160 0.010 0.552 6 E 0.092 0.047 0.049 0.040 0.050 0.220 0.016 0.487 7 R 0.101 0.058 0.046 0.025 0.045 0.123 0.019 0.583 8 T 0.124 0.081 0.061 0.028 0.051 0.100 0.025 0.531 9 G 0.100 0.036 0.048 0.032 0.040 0.105 0.017 0.622 10 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.987 11 L 0.060 0.027 0.050 0.034 0.102 0.142 0.010 0.575 12 M 0.251 0.060 0.065 0.039 0.060 0.103 0.014 0.409 13 E 0.122 0.082 0.048 0.037 0.069 0.109 0.013 0.520 14 A 0.135 0.053 0.037 0.016 0.037 0.059 0.009 0.654 15 S 0.135 0.055 0.029 0.016 0.023 0.132 0.019 0.591 16 S 0.200 0.034 0.022 0.008 0.012 0.187 0.030 0.508 17 Y 0.213 0.051 0.030 0.006 0.016 0.116 0.011 0.556 18 P 0.004 0.008 0.003 0.001 0.002 0.025 0.001 0.958 19 A 0.014 0.045 0.004 0.003 0.007 0.307 0.003 0.617 20 W 0.085 0.455 0.006 0.003 0.007 0.109 0.005 0.330 21 A 0.038 0.739 0.008 0.003 0.010 0.040 0.004 0.159 22 Q 0.019 0.831 0.004 0.002 0.004 0.023 0.003 0.113 23 Q 0.014 0.911 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.064 24 L 0.019 0.918 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.052 25 I 0.008 0.964 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 26 N 0.015 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.037 27 D 0.145 0.722 0.006 0.001 0.001 0.002 0.047 0.077 28 C 0.120 0.739 0.020 0.002 0.002 0.004 0.047 0.067 29 S 0.072 0.434 0.054 0.011 0.011 0.075 0.019 0.325 30 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 31 A 0.023 0.227 0.015 0.007 0.017 0.196 0.006 0.510 32 K 0.142 0.523 0.021 0.003 0.004 0.053 0.015 0.238 33 A 0.035 0.811 0.008 0.004 0.004 0.016 0.004 0.118 34 R 0.084 0.741 0.007 0.004 0.004 0.016 0.007 0.136 35 V 0.094 0.759 0.010 0.004 0.005 0.014 0.012 0.102 36 V 0.050 0.812 0.012 0.007 0.009 0.013 0.011 0.087 37 E 0.066 0.664 0.017 0.007 0.009 0.020 0.027 0.191 38 H 0.108 0.572 0.040 0.013 0.013 0.021 0.023 0.210 39 E 0.003 0.089 0.005 0.003 0.003 0.015 0.002 0.880 40 L 0.015 0.282 0.016 0.014 0.023 0.099 0.005 0.545 41 Y 0.060 0.604 0.020 0.013 0.027 0.066 0.007 0.203 42 Q 0.015 0.849 0.009 0.008 0.012 0.018 0.003 0.086 43 Q 0.007 0.946 0.003 0.003 0.004 0.003 0.001 0.031 44 M 0.028 0.917 0.005 0.004 0.009 0.003 0.008 0.027 45 R 0.065 0.860 0.005 0.004 0.006 0.006 0.021 0.034 46 D 0.148 0.696 0.021 0.006 0.006 0.005 0.046 0.072 47 A 0.699 0.112 0.009 0.004 0.002 0.004 0.119 0.051 48 K 0.629 0.027 0.065 0.006 0.004 0.029 0.080 0.160 49 L 0.095 0.029 0.348 0.016 0.021 0.110 0.018 0.363 50 S 0.022 0.017 0.030 0.014 0.024 0.380 0.003 0.511 51 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 52 Q 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.445 0.001 0.543 53 I 0.082 0.031 0.001 0.001 0.001 0.705 0.003 0.176 54 M 0.019 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 55 R 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 56 Q 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 57 Y 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 58 L 0.018 0.953 0.002 0.004 0.006 0.001 0.006 0.009 59 I 0.034 0.905 0.008 0.005 0.006 0.004 0.011 0.027 60 G 0.086 0.716 0.010 0.010 0.008 0.011 0.051 0.109 61 G 0.187 0.354 0.023 0.009 0.006 0.014 0.139 0.268 62 W 0.120 0.128 0.060 0.021 0.017 0.041 0.021 0.591 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 64 V 0.011 0.048 0.022 0.041 0.082 0.098 0.003 0.695 65 V 0.072 0.316 0.052 0.043 0.082 0.060 0.005 0.370 66 E 0.018 0.637 0.020 0.026 0.032 0.033 0.003 0.231 67 Q 0.034 0.735 0.009 0.012 0.014 0.030 0.005 0.161 68 F 0.049 0.825 0.006 0.005 0.007 0.012 0.006 0.089 69 A 0.017 0.884 0.005 0.004 0.006 0.010 0.005 0.069 70 V 0.007 0.922 0.003 0.002 0.003 0.007 0.003 0.054 71 Y 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.020 72 M 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 73 A 0.009 0.973 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 74 K 0.015 0.960 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 75 N 0.073 0.877 0.003 0.001 0.001 0.002 0.016 0.028 76 L 0.071 0.844 0.016 0.002 0.003 0.005 0.017 0.043 77 T 0.074 0.751 0.018 0.005 0.008 0.016 0.023 0.105 78 K 0.057 0.651 0.055 0.007 0.009 0.014 0.022 0.186 79 T 0.062 0.623 0.044 0.009 0.010 0.043 0.026 0.182 80 R 0.142 0.432 0.050 0.010 0.014 0.080 0.036 0.236 81 F 0.148 0.463 0.065 0.015 0.022 0.044 0.019 0.224 82 G 0.089 0.259 0.054 0.018 0.020 0.059 0.033 0.468 83 R 0.278 0.103 0.046 0.010 0.013 0.045 0.096 0.410 84 H 0.414 0.049 0.039 0.015 0.016 0.064 0.020 0.383 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 G 0.008 0.005 0.009 0.007 0.020 0.176 0.003 0.772 87 E 0.250 0.009 0.011 0.002 0.004 0.089 0.005 0.630 88 D 0.028 0.039 0.005 0.002 0.003 0.065 0.001 0.857 89 M 0.053 0.149 0.007 0.003 0.006 0.241 0.002 0.539 90 A 0.043 0.663 0.004 0.002 0.005 0.091 0.003 0.189 91 R 0.018 0.893 0.002 0.001 0.003 0.017 0.002 0.065 92 R 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 93 W 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 94 L 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 95 M 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 96 R 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 97 N 0.027 0.941 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.014 98 I 0.030 0.917 0.011 0.003 0.002 0.002 0.009 0.025 99 R 0.016 0.854 0.022 0.006 0.010 0.014 0.006 0.072 100 V 0.024 0.802 0.013 0.006 0.008 0.017 0.010 0.119 101 E 0.037 0.862 0.015 0.003 0.004 0.019 0.010 0.049 102 L 0.040 0.863 0.013 0.004 0.003 0.008 0.010 0.059 103 N 0.103 0.509 0.024 0.009 0.007 0.036 0.040 0.271 104 H 0.198 0.369 0.043 0.008 0.011 0.053 0.029 0.287 105 A 0.062 0.436 0.027 0.005 0.011 0.073 0.012 0.374 106 D 0.030 0.300 0.011 0.004 0.007 0.130 0.008 0.510 107 Y 0.046 0.617 0.007 0.004 0.004 0.087 0.005 0.230 108 W 0.028 0.817 0.006 0.002 0.005 0.034 0.005 0.104 109 V 0.004 0.954 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.030 110 N 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 111 W 0.011 0.964 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.017 112 C 0.005 0.983 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 113 A 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 114 A 0.058 0.913 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 115 H 0.440 0.385 0.014 0.003 0.001 0.002 0.128 0.027 116 D 0.649 0.044 0.045 0.005 0.002 0.005 0.123 0.127 117 V 0.044 0.016 0.808 0.007 0.006 0.023 0.007 0.088 118 T 0.014 0.013 0.041 0.008 0.020 0.542 0.004 0.358 119 L 0.014 0.015 0.038 0.003 0.017 0.018 0.001 0.895 120 E 0.005 0.011 0.014 0.001 0.004 0.507 0.001 0.456 121 D 0.026 0.009 0.001 0.001 0.001 0.874 0.003 0.085 122 L 0.112 0.794 0.002 0.001 0.003 0.006 0.002 0.080 123 H 0.016 0.805 0.005 0.004 0.010 0.024 0.005 0.132 124 D 0.175 0.495 0.009 0.006 0.007 0.020 0.035 0.253 125 Q 0.538 0.273 0.009 0.003 0.006 0.010 0.049 0.111 126 R 0.206 0.245 0.034 0.018 0.021 0.071 0.042 0.363 127 V 0.021 0.088 0.033 0.006 0.008 0.059 0.015 0.772 128 A 0.047 0.092 0.022 0.009 0.015 0.119 0.006 0.691 129 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 130 E 0.011 0.052 0.006 0.005 0.009 0.249 0.002 0.667 131 L 0.156 0.356 0.009 0.004 0.007 0.074 0.007 0.388 132 H 0.018 0.882 0.002 0.002 0.004 0.011 0.001 0.081 133 A 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 134 L 0.016 0.935 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.037 135 S 0.011 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 136 H 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 137 W 0.005 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 138 C 0.012 0.955 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.021 139 W 0.008 0.963 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.017 140 Q 0.010 0.954 0.003 0.003 0.002 0.003 0.005 0.021 141 T 0.026 0.915 0.009 0.003 0.004 0.003 0.010 0.029 142 S 0.040 0.882 0.009 0.008 0.010 0.004 0.011 0.036 143 S 0.110 0.614 0.031 0.013 0.018 0.035 0.038 0.141 144 S 0.299 0.309 0.029 0.010 0.011 0.032 0.056 0.254 145 D 0.143 0.176 0.037 0.005 0.005 0.058 0.035 0.541 146 S 0.077 0.068 0.016 0.004 0.004 0.224 0.021 0.586 147 L 0.047 0.129 0.036 0.006 0.010 0.155 0.008 0.609 148 A 0.017 0.164 0.013 0.005 0.012 0.376 0.004 0.409 149 V 0.026 0.403 0.009 0.004 0.009 0.301 0.003 0.244 150 A 0.005 0.965 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.019 151 M 0.002 0.982 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.009 152 A 0.003 0.987 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 153 A 0.010 0.979 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 154 T 0.045 0.913 0.003 0.004 0.003 0.001 0.019 0.012 155 N 0.117 0.705 0.033 0.011 0.010 0.006 0.054 0.065 156 Y 0.068 0.452 0.046 0.015 0.013 0.026 0.035 0.345 157 A 0.086 0.418 0.081 0.022 0.032 0.071 0.028 0.262 158 I 0.063 0.542 0.050 0.023 0.031 0.068 0.016 0.207 159 E 0.088 0.441 0.074 0.026 0.039 0.083 0.018 0.231 160 G 0.079 0.492 0.035 0.026 0.021 0.048 0.016 0.283 161 A 0.100 0.483 0.055 0.028 0.034 0.052 0.024 0.226 162 T 0.061 0.500 0.037 0.030 0.047 0.040 0.014 0.272 163 G 0.029 0.319 0.028 0.020 0.040 0.042 0.010 0.512 164 E 0.053 0.375 0.014 0.017 0.025 0.139 0.012 0.364 165 W 0.057 0.726 0.011 0.008 0.013 0.039 0.008 0.138 166 S 0.026 0.840 0.009 0.008 0.013 0.021 0.006 0.077 167 A 0.026 0.813 0.010 0.007 0.010 0.016 0.008 0.110 168 V 0.051 0.820 0.007 0.006 0.007 0.014 0.011 0.085 169 V 0.036 0.882 0.010 0.005 0.009 0.007 0.008 0.042 170 C 0.026 0.867 0.012 0.008 0.011 0.008 0.009 0.059 171 S 0.065 0.708 0.026 0.010 0.013 0.024 0.023 0.132 172 T 0.179 0.469 0.029 0.009 0.012 0.025 0.044 0.234 173 G 0.118 0.250 0.027 0.006 0.006 0.045 0.029 0.519 174 V 0.070 0.158 0.032 0.006 0.008 0.262 0.017 0.447 175 Y 0.105 0.321 0.022 0.008 0.020 0.177 0.011 0.337 176 A 0.033 0.468 0.014 0.005 0.015 0.055 0.004 0.406 177 E 0.030 0.524 0.009 0.004 0.008 0.121 0.008 0.295 178 A 0.056 0.841 0.005 0.003 0.003 0.020 0.009 0.064 179 F 0.081 0.847 0.006 0.004 0.005 0.005 0.011 0.041 180 A 0.120 0.498 0.030 0.013 0.019 0.034 0.030 0.257 181 E 0.119 0.363 0.042 0.012 0.024 0.044 0.020 0.376 182 E 0.082 0.271 0.011 0.006 0.012 0.078 0.019 0.522 183 T 0.148 0.308 0.020 0.007 0.009 0.119 0.023 0.366 184 R 0.107 0.397 0.025 0.007 0.008 0.119 0.020 0.317 185 K 0.113 0.287 0.020 0.008 0.011 0.086 0.018 0.458 186 K 0.065 0.251 0.015 0.008 0.009 0.127 0.014 0.511 187 S 0.123 0.351 0.014 0.009 0.017 0.164 0.015 0.307 188 M 0.064 0.618 0.023 0.018 0.025 0.058 0.009 0.185 189 K 0.032 0.675 0.021 0.036 0.034 0.054 0.009 0.139 190 W 0.041 0.516 0.028 0.024 0.041 0.042 0.008 0.300 191 L 0.022 0.776 0.023 0.051 0.067 0.014 0.005 0.041 192 K 0.015 0.781 0.028 0.051 0.055 0.011 0.007 0.050 193 M 0.033 0.681 0.044 0.056 0.074 0.014 0.019 0.079 194 H 0.162 0.445 0.045 0.074 0.094 0.025 0.031 0.123 195 A 0.131 0.275 0.087 0.085 0.098 0.046 0.035 0.244 196 Q 0.105 0.141 0.073 0.056 0.088 0.080 0.038 0.418 197 Y 0.178 0.062 0.051 0.023 0.040 0.067 0.024 0.555 198 D 0.055 0.054 0.018 0.015 0.022 0.097 0.012 0.728 199 D 0.067 0.020 0.013 0.005 0.010 0.056 0.014 0.815 200 A 0.123 0.027 0.015 0.006 0.008 0.458 0.023 0.339 201 H 0.212 0.032 0.012 0.006 0.008 0.281 0.009 0.439 202 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 203 W 0.006 0.048 0.007 0.006 0.027 0.095 0.001 0.812 204 E 0.030 0.166 0.004 0.004 0.008 0.191 0.004 0.592 205 A 0.039 0.783 0.001 0.002 0.006 0.039 0.002 0.128 206 L 0.016 0.940 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.036 207 E 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 208 I 0.012 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.024 209 I 0.014 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 210 C 0.006 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 211 T 0.012 0.956 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 212 L 0.057 0.879 0.008 0.002 0.002 0.003 0.016 0.034 213 V 0.070 0.813 0.019 0.003 0.005 0.007 0.020 0.063 214 G 0.122 0.596 0.039 0.005 0.006 0.024 0.029 0.179 215 N 0.328 0.251 0.034 0.003 0.004 0.027 0.104 0.250 216 K 0.557 0.071 0.030 0.004 0.002 0.019 0.059 0.258 217 P 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.975 218 S 0.008 0.004 0.011 0.002 0.006 0.743 0.002 0.224 219 L 0.055 0.022 0.010 0.001 0.005 0.056 0.002 0.848 220 Q 0.011 0.025 0.002 0.001 0.001 0.346 0.001 0.614 221 L 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.952 0.001 0.032 222 Q 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 223 A 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 224 E 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 225 L 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 226 R 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 227 Q 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 228 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 229 V 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 230 T 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 231 K 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 232 S 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 233 Y 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 234 D 0.004 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 235 Y 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 236 M 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 237 Y 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 238 L 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 239 F 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.016 240 L 0.009 0.968 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.016 241 E 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 242 R 0.021 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.028 243 C 0.027 0.935 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 0.023 244 I 0.020 0.918 0.008 0.003 0.004 0.005 0.007 0.035 245 Q 0.058 0.814 0.009 0.005 0.005 0.009 0.022 0.078 246 L 0.100 0.694 0.045 0.008 0.009 0.012 0.031 0.100 247 D 0.076 0.625 0.028 0.021 0.014 0.025 0.034 0.178 248 K 0.123 0.178 0.071 0.019 0.021 0.055 0.043 0.491 249 V 0.141 0.212 0.135 0.071 0.064 0.066 0.020 0.292 250 K 0.028 0.052 0.036 0.022 0.029 0.038 0.015 0.780 251 S 0.068 0.049 0.068 0.053 0.076 0.077 0.013 0.597 252 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 253 R 0.014 0.006 0.013 0.014 0.026 0.152 0.006 0.769 254 G 0.315 0.017 0.023 0.017 0.015 0.085 0.030 0.498 255 R 0.408 0.022 0.069 0.020 0.032 0.139 0.011 0.299 256 V 0.077 0.023 0.084 0.069 0.080 0.087 0.006 0.572 257 A 0.022 0.020 0.072 0.064 0.110 0.058 0.003 0.651 258 A 0.015 0.028 0.043 0.064 0.147 0.079 0.004 0.619 259 L 0.062 0.065 0.057 0.070 0.185 0.121 0.010 0.431 260 E 0.098 0.091 0.027 0.047 0.086 0.191 0.017 0.443 261 M 0.163 0.129 0.027 0.031 0.052 0.104 0.019 0.475