# TARGET T0627 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0627.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1077 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.333 0.163 0.122 0.141 0.127 0.090 0.024 2 I 0.335 0.209 0.173 0.140 0.084 0.047 0.011 3 D 0.325 0.230 0.192 0.150 0.062 0.034 0.007 4 T 0.336 0.223 0.165 0.136 0.084 0.047 0.010 5 F 0.253 0.144 0.154 0.194 0.157 0.081 0.016 6 E 0.430 0.276 0.140 0.083 0.046 0.021 0.004 7 R 0.331 0.247 0.174 0.136 0.069 0.035 0.007 8 T 0.274 0.208 0.177 0.171 0.108 0.052 0.010 9 G 0.307 0.223 0.184 0.152 0.083 0.044 0.008 10 P 0.324 0.230 0.166 0.138 0.084 0.048 0.010 11 L 0.183 0.152 0.156 0.195 0.177 0.116 0.021 12 M 0.216 0.182 0.182 0.182 0.140 0.083 0.015 13 E 0.313 0.277 0.181 0.123 0.064 0.035 0.006 14 A 0.266 0.196 0.166 0.166 0.127 0.067 0.012 15 S 0.274 0.213 0.203 0.165 0.096 0.042 0.007 16 S 0.333 0.276 0.173 0.116 0.063 0.033 0.006 17 Y 0.147 0.168 0.201 0.215 0.163 0.092 0.014 18 P 0.209 0.255 0.227 0.171 0.101 0.034 0.003 19 A 0.184 0.378 0.238 0.130 0.056 0.013 0.001 20 W 0.021 0.042 0.079 0.189 0.359 0.276 0.035 21 A 0.016 0.080 0.178 0.347 0.257 0.118 0.005 22 Q 0.163 0.433 0.248 0.104 0.041 0.011 0.001 23 Q 0.025 0.133 0.345 0.384 0.099 0.014 0.001 24 L 0.004 0.012 0.027 0.077 0.436 0.420 0.024 25 I 0.008 0.071 0.241 0.480 0.167 0.032 0.001 26 N 0.369 0.507 0.093 0.022 0.007 0.001 0.001 27 D 0.065 0.214 0.339 0.317 0.056 0.008 0.001 28 C 0.030 0.046 0.114 0.223 0.436 0.147 0.005 29 S 0.205 0.368 0.283 0.114 0.026 0.004 0.001 30 P 0.407 0.406 0.136 0.040 0.009 0.002 0.001 31 A 0.081 0.145 0.197 0.302 0.217 0.055 0.003 32 K 0.065 0.153 0.266 0.299 0.165 0.051 0.002 33 A 0.232 0.346 0.233 0.127 0.047 0.013 0.001 34 R 0.069 0.218 0.293 0.254 0.128 0.035 0.003 35 V 0.030 0.055 0.096 0.219 0.339 0.231 0.029 36 V 0.021 0.090 0.216 0.308 0.242 0.112 0.011 37 E 0.083 0.267 0.279 0.209 0.102 0.052 0.009 38 H 0.008 0.027 0.081 0.214 0.350 0.285 0.035 39 E 0.036 0.189 0.277 0.281 0.163 0.049 0.005 40 L 0.003 0.015 0.038 0.112 0.264 0.465 0.102 41 Y 0.006 0.029 0.076 0.206 0.361 0.290 0.032 42 Q 0.048 0.227 0.294 0.242 0.137 0.049 0.002 43 Q 0.031 0.177 0.327 0.305 0.130 0.028 0.001 44 M 0.015 0.030 0.083 0.206 0.363 0.286 0.018 45 R 0.127 0.265 0.283 0.217 0.093 0.016 0.001 46 D 0.516 0.375 0.081 0.022 0.005 0.001 0.001 47 A 0.296 0.319 0.191 0.138 0.050 0.006 0.001 48 K 0.337 0.438 0.156 0.050 0.016 0.002 0.001 49 L 0.051 0.090 0.228 0.364 0.229 0.036 0.001 50 S 0.333 0.374 0.189 0.069 0.030 0.005 0.001 51 P 0.258 0.328 0.236 0.136 0.035 0.008 0.001 52 Q 0.464 0.358 0.113 0.045 0.016 0.003 0.001 53 I 0.045 0.167 0.292 0.322 0.135 0.036 0.004 54 M 0.019 0.033 0.062 0.151 0.345 0.315 0.074 55 R 0.017 0.097 0.266 0.389 0.160 0.066 0.005 56 Q 0.052 0.144 0.204 0.246 0.209 0.125 0.020 57 Y 0.014 0.032 0.076 0.189 0.233 0.345 0.113 58 L 0.014 0.016 0.029 0.100 0.186 0.382 0.272 59 I 0.035 0.092 0.174 0.253 0.206 0.155 0.085 60 G 0.038 0.088 0.131 0.200 0.259 0.198 0.085 61 G 0.030 0.088 0.113 0.191 0.216 0.249 0.113 62 W 0.020 0.049 0.099 0.192 0.280 0.275 0.085 63 P 0.041 0.096 0.155 0.224 0.243 0.178 0.064 64 V 0.019 0.032 0.058 0.133 0.208 0.323 0.227 65 V 0.012 0.019 0.031 0.096 0.176 0.374 0.291 66 E 0.033 0.102 0.207 0.271 0.205 0.139 0.042 67 Q 0.035 0.093 0.163 0.241 0.237 0.171 0.060 68 F 0.007 0.015 0.024 0.065 0.165 0.447 0.278 69 A 0.011 0.020 0.042 0.120 0.235 0.362 0.209 70 V 0.027 0.086 0.170 0.230 0.193 0.198 0.096 71 Y 0.020 0.034 0.059 0.114 0.246 0.330 0.196 72 M 0.011 0.015 0.018 0.044 0.113 0.389 0.409 73 A 0.043 0.072 0.105 0.156 0.194 0.243 0.187 74 K 0.053 0.093 0.136 0.188 0.171 0.207 0.152 75 N 0.039 0.048 0.052 0.088 0.176 0.336 0.261 76 L 0.037 0.043 0.058 0.105 0.175 0.309 0.273 77 T 0.071 0.102 0.101 0.141 0.188 0.236 0.160 78 K 0.055 0.073 0.083 0.124 0.211 0.271 0.183 79 T 0.045 0.056 0.060 0.106 0.183 0.317 0.233 80 R 0.057 0.104 0.138 0.181 0.227 0.208 0.085 81 F 0.089 0.122 0.133 0.187 0.218 0.194 0.058 82 G 0.186 0.228 0.196 0.170 0.135 0.074 0.012 83 R 0.158 0.241 0.247 0.199 0.100 0.049 0.006 84 H 0.128 0.122 0.208 0.261 0.207 0.069 0.005 85 P 0.492 0.317 0.116 0.051 0.020 0.005 0.001 86 G 0.543 0.271 0.107 0.053 0.019 0.006 0.001 87 E 0.417 0.276 0.163 0.097 0.036 0.010 0.001 88 D 0.363 0.331 0.183 0.090 0.025 0.007 0.001 89 M 0.088 0.211 0.298 0.248 0.118 0.033 0.004 90 A 0.025 0.053 0.080 0.175 0.332 0.292 0.044 91 R 0.014 0.070 0.159 0.314 0.264 0.166 0.013 92 R 0.042 0.147 0.224 0.273 0.189 0.111 0.014 93 W 0.012 0.035 0.095 0.206 0.317 0.266 0.069 94 L 0.006 0.013 0.021 0.059 0.184 0.464 0.252 95 M 0.021 0.075 0.183 0.276 0.235 0.162 0.049 96 R 0.073 0.207 0.247 0.228 0.138 0.086 0.020 97 N 0.026 0.053 0.092 0.186 0.298 0.271 0.074 98 I 0.024 0.039 0.063 0.140 0.311 0.331 0.092 99 R 0.097 0.213 0.243 0.208 0.145 0.078 0.016 100 V 0.125 0.186 0.188 0.212 0.183 0.090 0.015 101 E 0.094 0.152 0.148 0.200 0.228 0.155 0.023 102 L 0.148 0.171 0.247 0.224 0.146 0.057 0.007 103 N 0.208 0.274 0.266 0.172 0.052 0.024 0.004 104 H 0.146 0.122 0.173 0.208 0.202 0.125 0.025 105 A 0.166 0.203 0.220 0.199 0.131 0.071 0.011 106 D 0.219 0.351 0.223 0.132 0.052 0.021 0.003 107 Y 0.018 0.045 0.106 0.191 0.347 0.226 0.066 108 W 0.005 0.018 0.024 0.060 0.231 0.489 0.174 109 V 0.006 0.056 0.186 0.354 0.250 0.135 0.013 110 N 0.021 0.152 0.282 0.321 0.160 0.059 0.005 111 W 0.002 0.014 0.060 0.186 0.413 0.308 0.018 112 C 0.007 0.020 0.056 0.156 0.373 0.348 0.039 113 A 0.091 0.400 0.290 0.152 0.055 0.012 0.001 114 A 0.188 0.355 0.260 0.152 0.035 0.009 0.001 115 H 0.038 0.074 0.211 0.360 0.251 0.065 0.001 116 D 0.347 0.478 0.135 0.030 0.009 0.002 0.001 117 V 0.056 0.080 0.192 0.388 0.235 0.047 0.002 118 T 0.334 0.435 0.151 0.051 0.025 0.004 0.001 119 L 0.170 0.260 0.265 0.238 0.058 0.009 0.001 120 E 0.672 0.295 0.027 0.005 0.002 0.001 0.001 121 D 0.172 0.348 0.274 0.171 0.030 0.004 0.001 122 L 0.073 0.074 0.234 0.304 0.272 0.042 0.001 123 H 0.383 0.398 0.158 0.050 0.010 0.001 0.001 124 D 0.606 0.296 0.069 0.022 0.006 0.001 0.001 125 Q 0.324 0.239 0.194 0.175 0.058 0.011 0.001 126 R 0.433 0.314 0.156 0.067 0.024 0.005 0.001 127 V 0.256 0.292 0.219 0.146 0.064 0.020 0.002 128 A 0.139 0.160 0.214 0.237 0.174 0.068 0.007 129 P 0.170 0.230 0.242 0.192 0.112 0.049 0.006 130 E 0.111 0.197 0.244 0.216 0.133 0.076 0.023 131 L 0.026 0.035 0.059 0.128 0.284 0.345 0.123 132 H 0.039 0.120 0.184 0.248 0.216 0.157 0.036 133 A 0.018 0.048 0.098 0.171 0.274 0.268 0.123 134 L 0.004 0.009 0.017 0.047 0.116 0.391 0.416 135 S 0.003 0.011 0.031 0.075 0.202 0.404 0.275 136 H 0.011 0.057 0.151 0.239 0.220 0.202 0.118 137 W 0.003 0.011 0.031 0.085 0.224 0.388 0.257 138 C 0.001 0.002 0.004 0.019 0.078 0.391 0.505 139 W 0.003 0.016 0.051 0.133 0.264 0.370 0.164 140 Q 0.008 0.051 0.138 0.228 0.247 0.241 0.088 141 T 0.005 0.016 0.038 0.104 0.251 0.431 0.153 142 S 0.008 0.018 0.035 0.112 0.265 0.412 0.149 143 S 0.050 0.155 0.251 0.262 0.166 0.095 0.020 144 S 0.090 0.202 0.274 0.257 0.112 0.056 0.009 145 D 0.168 0.247 0.246 0.200 0.095 0.039 0.005 146 S 0.067 0.150 0.183 0.225 0.234 0.120 0.020 147 L 0.011 0.026 0.050 0.138 0.321 0.357 0.097 148 A 0.006 0.019 0.041 0.102 0.244 0.418 0.171 149 V 0.003 0.013 0.043 0.086 0.186 0.360 0.309 150 A 0.001 0.001 0.002 0.007 0.038 0.238 0.713 151 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.121 0.870 152 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.116 0.866 153 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.125 0.850 154 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.176 0.802 155 N 0.001 0.001 0.003 0.009 0.056 0.239 0.692 156 Y 0.001 0.005 0.008 0.018 0.065 0.246 0.657 157 A 0.002 0.003 0.006 0.026 0.045 0.228 0.690 158 I 0.002 0.003 0.005 0.021 0.051 0.220 0.697 159 E 0.003 0.007 0.013 0.030 0.105 0.329 0.513 160 G 0.008 0.023 0.036 0.076 0.160 0.260 0.436 161 A 0.008 0.014 0.020 0.056 0.094 0.305 0.504 162 T 0.009 0.024 0.038 0.087 0.152 0.324 0.366 163 G 0.014 0.030 0.063 0.135 0.232 0.303 0.224 164 E 0.021 0.091 0.184 0.240 0.214 0.167 0.084 165 W 0.007 0.016 0.027 0.075 0.192 0.416 0.266 166 S 0.012 0.034 0.061 0.158 0.264 0.339 0.132 167 A 0.034 0.124 0.233 0.282 0.186 0.118 0.025 168 V 0.016 0.070 0.164 0.262 0.286 0.173 0.028 169 V 0.011 0.029 0.044 0.114 0.300 0.421 0.081 170 C 0.023 0.063 0.147 0.282 0.293 0.170 0.023 171 S 0.102 0.228 0.312 0.234 0.081 0.038 0.004 172 T 0.174 0.200 0.219 0.231 0.131 0.043 0.003 173 G 0.376 0.296 0.152 0.101 0.057 0.017 0.001 174 V 0.262 0.331 0.197 0.133 0.055 0.020 0.002 175 Y 0.113 0.127 0.194 0.252 0.225 0.083 0.006 176 A 0.275 0.303 0.234 0.131 0.046 0.011 0.001 177 E 0.386 0.322 0.164 0.085 0.035 0.008 0.001 178 A 0.155 0.218 0.232 0.242 0.119 0.033 0.002 179 F 0.099 0.140 0.231 0.281 0.189 0.058 0.002 180 A 0.384 0.333 0.161 0.081 0.032 0.009 0.001 181 E 0.381 0.279 0.189 0.106 0.038 0.008 0.001 182 E 0.508 0.280 0.135 0.058 0.017 0.003 0.001 183 T 0.369 0.247 0.214 0.120 0.040 0.009 0.001 184 R 0.409 0.286 0.179 0.088 0.030 0.007 0.001 185 K 0.369 0.338 0.181 0.083 0.025 0.004 0.001 186 K 0.193 0.418 0.222 0.114 0.045 0.008 0.001 187 S 0.014 0.065 0.112 0.298 0.335 0.166 0.010 188 M 0.006 0.051 0.168 0.367 0.266 0.139 0.004 189 K 0.027 0.147 0.289 0.325 0.151 0.056 0.004 190 W 0.004 0.017 0.071 0.184 0.344 0.321 0.058 191 L 0.003 0.007 0.013 0.044 0.201 0.538 0.194 192 K 0.024 0.145 0.287 0.323 0.141 0.069 0.011 193 M 0.036 0.118 0.171 0.287 0.238 0.132 0.018 194 H 0.019 0.056 0.119 0.189 0.312 0.276 0.029 195 A 0.042 0.075 0.134 0.255 0.317 0.161 0.017 196 Q 0.273 0.396 0.199 0.081 0.038 0.013 0.001 197 Y 0.218 0.208 0.219 0.222 0.100 0.031 0.003 198 D 0.408 0.258 0.158 0.095 0.058 0.021 0.002 199 D 0.339 0.249 0.187 0.144 0.059 0.020 0.002 200 A 0.530 0.266 0.115 0.055 0.025 0.008 0.001 201 H 0.238 0.251 0.219 0.175 0.079 0.034 0.005 202 P 0.100 0.121 0.154 0.212 0.242 0.149 0.022 203 W 0.109 0.177 0.252 0.248 0.147 0.059 0.008 204 E 0.078 0.227 0.278 0.215 0.146 0.048 0.007 205 A 0.026 0.070 0.090 0.196 0.304 0.259 0.056 206 L 0.007 0.033 0.098 0.228 0.333 0.274 0.028 207 E 0.029 0.141 0.296 0.319 0.135 0.069 0.010 208 I 0.004 0.011 0.051 0.143 0.353 0.334 0.105 209 I 0.001 0.002 0.002 0.007 0.070 0.492 0.426 210 C 0.005 0.046 0.186 0.343 0.241 0.151 0.028 211 T 0.023 0.172 0.305 0.324 0.118 0.051 0.005 212 L 0.003 0.015 0.046 0.132 0.380 0.403 0.022 213 V 0.014 0.033 0.091 0.233 0.409 0.210 0.010 214 G 0.174 0.400 0.290 0.107 0.024 0.005 0.001 215 N 0.400 0.336 0.170 0.076 0.016 0.002 0.001 216 K 0.538 0.263 0.127 0.055 0.015 0.002 0.001 217 P 0.602 0.264 0.081 0.039 0.012 0.002 0.001 218 S 0.655 0.272 0.053 0.015 0.005 0.001 0.001 219 L 0.424 0.311 0.187 0.064 0.013 0.001 0.001 220 Q 0.513 0.372 0.088 0.021 0.006 0.001 0.001 221 L 0.159 0.230 0.286 0.225 0.087 0.013 0.001 222 Q 0.061 0.162 0.291 0.306 0.144 0.034 0.001 223 A 0.417 0.436 0.103 0.032 0.010 0.002 0.001 224 E 0.058 0.232 0.397 0.243 0.062 0.007 0.001 225 L 0.004 0.010 0.019 0.057 0.331 0.515 0.065 226 R 0.004 0.055 0.249 0.479 0.166 0.046 0.001 227 Q 0.090 0.352 0.287 0.194 0.058 0.018 0.001 228 A 0.003 0.015 0.077 0.223 0.390 0.271 0.022 229 V 0.004 0.011 0.021 0.071 0.286 0.496 0.110 230 T 0.034 0.196 0.371 0.268 0.095 0.033 0.005 231 K 0.062 0.230 0.299 0.274 0.099 0.033 0.004 232 S 0.034 0.090 0.149 0.248 0.273 0.185 0.020 233 Y 0.017 0.038 0.091 0.219 0.353 0.249 0.033 234 D 0.091 0.279 0.273 0.190 0.112 0.046 0.008 235 Y 0.018 0.040 0.078 0.162 0.333 0.281 0.088 236 M 0.011 0.040 0.059 0.122 0.248 0.374 0.146 237 Y 0.009 0.036 0.101 0.194 0.288 0.292 0.080 238 L 0.017 0.067 0.191 0.267 0.242 0.156 0.061 239 F 0.003 0.007 0.015 0.038 0.135 0.457 0.345 240 L 0.004 0.011 0.026 0.084 0.205 0.404 0.267 241 E 0.034 0.153 0.292 0.285 0.140 0.079 0.016 242 R 0.021 0.085 0.184 0.286 0.272 0.133 0.018 243 C 0.008 0.017 0.027 0.079 0.237 0.518 0.115 244 I 0.019 0.057 0.145 0.298 0.319 0.146 0.016 245 Q 0.158 0.390 0.252 0.132 0.048 0.019 0.002 246 L 0.080 0.132 0.219 0.301 0.202 0.062 0.004 247 D 0.269 0.267 0.194 0.156 0.088 0.025 0.001 248 K 0.348 0.333 0.180 0.094 0.034 0.010 0.001 249 V 0.191 0.153 0.227 0.239 0.150 0.038 0.002 250 K 0.414 0.336 0.155 0.067 0.022 0.006 0.001 251 S 0.304 0.222 0.190 0.164 0.087 0.030 0.002 252 P 0.409 0.257 0.161 0.109 0.047 0.016 0.001 253 R 0.457 0.246 0.160 0.090 0.034 0.012 0.001 254 G 0.526 0.260 0.120 0.062 0.023 0.008 0.001 255 R 0.263 0.242 0.184 0.170 0.098 0.039 0.004 256 V 0.161 0.156 0.170 0.216 0.184 0.102 0.011 257 A 0.204 0.222 0.208 0.182 0.115 0.063 0.006 258 A 0.307 0.235 0.186 0.139 0.086 0.041 0.005 259 L 0.315 0.192 0.183 0.169 0.093 0.042 0.006 260 E 0.591 0.216 0.098 0.055 0.026 0.011 0.002 261 M 0.632 0.186 0.090 0.055 0.023 0.011 0.003