# TARGET T0627 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0627.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1052 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.031 0.036 0.056 0.078 0.132 0.058 0.589 2 I 0.055 0.058 0.026 0.039 0.055 0.106 0.039 0.621 3 D 0.119 0.088 0.026 0.036 0.046 0.099 0.082 0.504 4 T 0.080 0.059 0.054 0.030 0.047 0.113 0.219 0.398 5 F 0.119 0.054 0.051 0.029 0.041 0.101 0.144 0.462 6 E 0.108 0.025 0.042 0.021 0.034 0.100 0.122 0.548 7 R 0.017 0.028 0.032 0.023 0.032 0.121 0.036 0.710 8 T 0.060 0.056 0.023 0.018 0.029 0.126 0.054 0.633 9 G 0.119 0.090 0.022 0.036 0.033 0.106 0.073 0.522 10 P 0.177 0.115 0.024 0.019 0.041 0.076 0.056 0.493 11 L 0.130 0.047 0.036 0.019 0.035 0.118 0.105 0.510 12 M 0.060 0.025 0.059 0.030 0.040 0.156 0.139 0.491 13 E 0.151 0.068 0.025 0.015 0.026 0.098 0.063 0.554 14 A 0.123 0.021 0.010 0.006 0.006 0.113 0.049 0.671 15 S 0.022 0.043 0.020 0.008 0.010 0.164 0.057 0.676 16 S 0.032 0.156 0.017 0.002 0.005 0.107 0.074 0.605 17 Y 0.059 0.736 0.002 0.001 0.001 0.021 0.073 0.107 18 P 0.026 0.799 0.002 0.002 0.001 0.015 0.074 0.082 19 A 0.008 0.869 0.003 0.001 0.001 0.008 0.045 0.064 20 W 0.006 0.936 0.002 0.001 0.001 0.003 0.040 0.012 21 A 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 22 Q 0.012 0.573 0.003 0.002 0.001 0.008 0.366 0.035 23 Q 0.009 0.708 0.010 0.003 0.002 0.019 0.162 0.087 24 L 0.087 0.608 0.052 0.002 0.001 0.020 0.179 0.050 25 I 0.517 0.119 0.010 0.001 0.001 0.031 0.122 0.199 26 N 0.064 0.026 0.005 0.001 0.001 0.084 0.038 0.781 27 D 0.005 0.074 0.023 0.001 0.002 0.128 0.020 0.748 28 C 0.025 0.484 0.010 0.001 0.001 0.072 0.032 0.376 29 S 0.056 0.801 0.002 0.001 0.001 0.017 0.044 0.079 30 P 0.066 0.659 0.007 0.001 0.001 0.025 0.077 0.164 31 A 0.093 0.625 0.024 0.001 0.003 0.020 0.097 0.137 32 K 0.124 0.531 0.029 0.004 0.004 0.034 0.086 0.188 33 A 0.123 0.443 0.019 0.007 0.008 0.047 0.056 0.297 34 R 0.151 0.320 0.017 0.008 0.016 0.049 0.058 0.381 35 V 0.309 0.090 0.020 0.010 0.011 0.077 0.066 0.417 36 V 0.072 0.183 0.014 0.008 0.012 0.089 0.036 0.586 37 E 0.032 0.324 0.006 0.002 0.005 0.058 0.021 0.552 38 H 0.043 0.774 0.002 0.003 0.002 0.019 0.051 0.105 39 E 0.019 0.775 0.006 0.005 0.004 0.021 0.057 0.112 40 L 0.048 0.822 0.009 0.002 0.006 0.009 0.034 0.070 41 Y 0.062 0.649 0.023 0.015 0.011 0.019 0.129 0.093 42 Q 0.096 0.328 0.071 0.029 0.035 0.045 0.170 0.226 43 Q 0.179 0.109 0.038 0.023 0.042 0.050 0.110 0.448 44 M 0.404 0.028 0.050 0.024 0.021 0.056 0.068 0.349 45 R 0.366 0.012 0.040 0.008 0.010 0.069 0.018 0.477 46 D 0.038 0.005 0.032 0.002 0.006 0.075 0.030 0.812 47 A 0.010 0.005 0.065 0.015 0.014 0.122 0.030 0.738 48 K 0.002 0.005 0.044 0.012 0.019 0.154 0.014 0.751 49 L 0.003 0.036 0.144 0.006 0.008 0.083 0.013 0.706 50 S 0.061 0.881 0.001 0.001 0.001 0.003 0.043 0.010 51 P 0.024 0.930 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.008 52 Q 0.005 0.897 0.004 0.001 0.001 0.002 0.072 0.019 53 I 0.009 0.931 0.004 0.001 0.001 0.003 0.035 0.015 54 M 0.006 0.969 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.005 55 R 0.010 0.863 0.003 0.004 0.004 0.006 0.088 0.022 56 Q 0.018 0.789 0.007 0.011 0.010 0.011 0.103 0.050 57 Y 0.073 0.643 0.040 0.019 0.022 0.017 0.122 0.064 58 L 0.369 0.229 0.025 0.014 0.011 0.039 0.095 0.219 59 I 0.221 0.111 0.016 0.008 0.009 0.085 0.104 0.447 60 G 0.013 0.138 0.018 0.005 0.009 0.105 0.023 0.689 61 G 0.033 0.592 0.006 0.003 0.006 0.045 0.026 0.287 62 W 0.024 0.831 0.003 0.008 0.004 0.018 0.043 0.068 63 P 0.022 0.767 0.014 0.006 0.007 0.014 0.097 0.073 64 V 0.033 0.772 0.016 0.003 0.005 0.008 0.116 0.046 65 V 0.072 0.710 0.012 0.004 0.003 0.008 0.157 0.035 66 E 0.020 0.844 0.003 0.003 0.003 0.008 0.044 0.075 67 Q 0.011 0.896 0.003 0.001 0.002 0.005 0.034 0.049 68 F 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.007 69 A 0.007 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.007 70 V 0.011 0.921 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.014 71 Y 0.020 0.292 0.019 0.003 0.003 0.024 0.587 0.053 72 M 0.025 0.646 0.038 0.003 0.003 0.030 0.207 0.048 73 A 0.041 0.075 0.051 0.003 0.003 0.090 0.578 0.159 74 K 0.023 0.253 0.054 0.009 0.006 0.137 0.194 0.324 75 N 0.036 0.127 0.078 0.004 0.007 0.168 0.142 0.437 76 L 0.047 0.136 0.100 0.013 0.009 0.145 0.151 0.400 77 T 0.042 0.122 0.043 0.008 0.012 0.118 0.060 0.594 78 K 0.036 0.036 0.070 0.016 0.019 0.132 0.048 0.643 79 T 0.060 0.036 0.061 0.018 0.030 0.122 0.055 0.617 80 R 0.159 0.028 0.044 0.011 0.020 0.089 0.050 0.598 81 F 0.141 0.008 0.025 0.005 0.010 0.111 0.042 0.657 82 G 0.008 0.005 0.022 0.005 0.008 0.144 0.025 0.783 83 R 0.024 0.025 0.006 0.002 0.003 0.088 0.011 0.842 84 H 0.476 0.143 0.002 0.002 0.001 0.042 0.063 0.271 85 P 0.034 0.229 0.004 0.002 0.001 0.068 0.034 0.629 86 G 0.035 0.740 0.005 0.001 0.002 0.021 0.047 0.150 87 E 0.015 0.868 0.002 0.002 0.001 0.008 0.072 0.032 88 D 0.011 0.821 0.004 0.004 0.004 0.008 0.115 0.034 89 M 0.006 0.929 0.002 0.001 0.002 0.003 0.035 0.020 90 A 0.004 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 91 R 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.007 92 R 0.014 0.898 0.002 0.001 0.001 0.004 0.062 0.018 93 W 0.023 0.525 0.016 0.004 0.004 0.017 0.363 0.048 94 L 0.044 0.635 0.023 0.004 0.004 0.027 0.184 0.079 95 M 0.066 0.483 0.021 0.004 0.005 0.051 0.165 0.205 96 R 0.015 0.415 0.027 0.009 0.008 0.082 0.060 0.384 97 N 0.030 0.532 0.042 0.011 0.021 0.060 0.080 0.225 98 I 0.041 0.502 0.078 0.024 0.030 0.049 0.081 0.195 99 R 0.065 0.206 0.123 0.034 0.036 0.061 0.256 0.219 100 V 0.054 0.116 0.131 0.050 0.036 0.080 0.232 0.301 101 E 0.196 0.209 0.027 0.010 0.019 0.053 0.041 0.444 102 L 0.154 0.159 0.014 0.006 0.008 0.072 0.042 0.545 103 N 0.022 0.372 0.007 0.004 0.005 0.062 0.035 0.493 104 H 0.037 0.821 0.003 0.001 0.002 0.017 0.042 0.077 105 A 0.021 0.915 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 0.031 106 D 0.010 0.430 0.008 0.003 0.004 0.014 0.485 0.045 107 Y 0.002 0.848 0.004 0.002 0.003 0.007 0.105 0.029 108 W 0.005 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 109 V 0.002 0.960 0.001 0.002 0.001 0.002 0.023 0.009 110 N 0.012 0.916 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.034 111 W 0.045 0.661 0.024 0.002 0.003 0.014 0.198 0.053 112 C 0.088 0.055 0.102 0.012 0.003 0.040 0.594 0.105 113 A 0.677 0.019 0.006 0.001 0.001 0.020 0.029 0.247 114 A 0.029 0.005 0.055 0.001 0.001 0.091 0.057 0.763 115 H 0.007 0.007 0.145 0.003 0.003 0.120 0.018 0.698 116 D 0.007 0.007 0.021 0.001 0.003 0.117 0.008 0.836 117 V 0.002 0.007 0.136 0.004 0.003 0.092 0.010 0.745 118 T 0.142 0.712 0.009 0.002 0.002 0.014 0.069 0.050 119 L 0.233 0.641 0.011 0.001 0.001 0.011 0.054 0.050 120 E 0.036 0.589 0.029 0.002 0.002 0.023 0.094 0.225 121 D 0.101 0.320 0.057 0.005 0.013 0.043 0.228 0.232 122 L 0.310 0.120 0.072 0.021 0.011 0.084 0.126 0.257 123 H 0.372 0.041 0.014 0.005 0.008 0.064 0.046 0.451 124 D 0.088 0.037 0.007 0.003 0.004 0.067 0.018 0.777 125 Q 0.098 0.024 0.014 0.005 0.007 0.115 0.062 0.676 126 R 0.011 0.042 0.026 0.007 0.007 0.146 0.053 0.709 127 V 0.027 0.176 0.009 0.002 0.004 0.075 0.030 0.677 128 A 0.074 0.727 0.003 0.004 0.001 0.024 0.078 0.089 129 P 0.018 0.850 0.006 0.001 0.001 0.014 0.023 0.085 130 E 0.020 0.918 0.004 0.001 0.001 0.003 0.036 0.019 131 L 0.008 0.294 0.009 0.001 0.001 0.004 0.672 0.011 132 H 0.003 0.582 0.007 0.005 0.002 0.006 0.375 0.020 133 A 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 134 L 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 135 S 0.003 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.006 136 H 0.011 0.879 0.003 0.001 0.001 0.003 0.099 0.005 137 W 0.012 0.034 0.015 0.002 0.003 0.016 0.890 0.029 138 C 0.010 0.187 0.058 0.017 0.010 0.093 0.494 0.132 139 W 0.018 0.107 0.165 0.010 0.010 0.180 0.222 0.288 140 Q 0.061 0.075 0.170 0.015 0.008 0.163 0.198 0.310 141 T 0.085 0.053 0.031 0.004 0.004 0.167 0.057 0.599 142 S 0.067 0.025 0.054 0.003 0.005 0.170 0.090 0.587 143 S 0.061 0.056 0.007 0.002 0.002 0.124 0.038 0.711 144 S 0.053 0.145 0.005 0.001 0.002 0.117 0.056 0.622 145 D 0.011 0.372 0.003 0.002 0.002 0.079 0.048 0.482 146 S 0.016 0.861 0.001 0.001 0.002 0.011 0.052 0.056 147 L 0.007 0.936 0.002 0.002 0.002 0.006 0.022 0.024 148 A 0.007 0.935 0.004 0.003 0.006 0.004 0.024 0.016 149 V 0.013 0.882 0.007 0.004 0.018 0.006 0.052 0.018 150 A 0.009 0.183 0.035 0.016 0.032 0.016 0.687 0.022 151 M 0.005 0.316 0.046 0.064 0.044 0.020 0.473 0.031 152 A 0.028 0.536 0.084 0.037 0.042 0.028 0.170 0.076 153 A 0.017 0.546 0.068 0.064 0.033 0.048 0.073 0.150 154 T 0.032 0.444 0.039 0.026 0.044 0.071 0.082 0.261 155 N 0.052 0.479 0.053 0.034 0.047 0.057 0.106 0.173 156 Y 0.076 0.244 0.060 0.039 0.048 0.065 0.197 0.270 157 A 0.088 0.209 0.053 0.046 0.053 0.077 0.124 0.350 158 I 0.146 0.091 0.066 0.027 0.054 0.085 0.151 0.380 159 E 0.054 0.038 0.059 0.032 0.046 0.122 0.079 0.569 160 G 0.033 0.049 0.032 0.015 0.039 0.126 0.028 0.677 161 A 0.068 0.141 0.029 0.021 0.029 0.106 0.049 0.558 162 T 0.132 0.192 0.016 0.011 0.014 0.071 0.256 0.309 163 G 0.046 0.282 0.015 0.012 0.013 0.071 0.213 0.346 164 E 0.076 0.533 0.014 0.010 0.015 0.039 0.088 0.225 165 W 0.059 0.604 0.011 0.011 0.020 0.038 0.037 0.220 166 S 0.025 0.771 0.011 0.009 0.027 0.026 0.043 0.090 167 A 0.039 0.404 0.026 0.018 0.044 0.047 0.311 0.111 168 V 0.012 0.095 0.041 0.055 0.035 0.043 0.644 0.074 169 V 0.037 0.387 0.046 0.056 0.038 0.073 0.148 0.215 170 C 0.140 0.505 0.021 0.011 0.011 0.046 0.059 0.206 171 S 0.048 0.552 0.012 0.008 0.007 0.058 0.091 0.224 172 T 0.021 0.662 0.007 0.006 0.006 0.044 0.033 0.222 173 G 0.053 0.658 0.013 0.009 0.012 0.026 0.084 0.144 174 V 0.065 0.633 0.020 0.019 0.015 0.027 0.077 0.144 175 Y 0.164 0.548 0.018 0.009 0.019 0.027 0.087 0.127 176 A 0.177 0.246 0.024 0.015 0.024 0.065 0.095 0.355 177 E 0.173 0.264 0.013 0.010 0.026 0.054 0.048 0.411 178 A 0.066 0.240 0.021 0.009 0.019 0.089 0.068 0.487 179 F 0.108 0.111 0.023 0.011 0.014 0.100 0.256 0.378 180 A 0.128 0.262 0.010 0.009 0.007 0.077 0.164 0.344 181 E 0.137 0.148 0.010 0.003 0.004 0.077 0.053 0.567 182 E 0.150 0.248 0.005 0.003 0.003 0.059 0.055 0.476 183 T 0.058 0.181 0.009 0.002 0.003 0.096 0.106 0.545 184 R 0.054 0.492 0.008 0.004 0.003 0.060 0.077 0.302 185 K 0.185 0.561 0.003 0.002 0.003 0.022 0.087 0.138 186 K 0.032 0.606 0.006 0.006 0.005 0.039 0.046 0.259 187 S 0.035 0.790 0.009 0.004 0.011 0.020 0.045 0.085 188 M 0.051 0.620 0.022 0.025 0.020 0.028 0.120 0.113 189 K 0.062 0.597 0.032 0.027 0.046 0.024 0.090 0.123 190 W 0.083 0.367 0.068 0.051 0.092 0.042 0.135 0.161 191 L 0.086 0.219 0.104 0.108 0.125 0.059 0.105 0.194 192 K 0.091 0.109 0.077 0.051 0.147 0.078 0.079 0.367 193 M 0.040 0.067 0.069 0.090 0.129 0.094 0.057 0.455 194 H 0.065 0.072 0.060 0.079 0.124 0.111 0.086 0.403 195 A 0.074 0.044 0.046 0.041 0.057 0.108 0.039 0.591 196 Q 0.184 0.104 0.029 0.023 0.033 0.098 0.080 0.449 197 Y 0.190 0.063 0.026 0.012 0.014 0.101 0.097 0.497 198 D 0.204 0.070 0.010 0.006 0.009 0.077 0.076 0.548 199 D 0.038 0.077 0.009 0.005 0.008 0.113 0.046 0.704 200 A 0.021 0.207 0.009 0.006 0.009 0.098 0.036 0.616 201 H 0.041 0.718 0.004 0.003 0.003 0.019 0.118 0.092 202 P 0.020 0.856 0.001 0.001 0.001 0.009 0.052 0.059 203 W 0.018 0.903 0.002 0.002 0.001 0.005 0.048 0.022 204 E 0.007 0.942 0.002 0.001 0.001 0.004 0.016 0.028 205 A 0.010 0.912 0.003 0.001 0.001 0.005 0.055 0.014 206 L 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.006 207 E 0.004 0.106 0.013 0.002 0.002 0.011 0.839 0.022 208 I 0.004 0.793 0.009 0.007 0.003 0.019 0.094 0.071 209 I 0.035 0.755 0.037 0.003 0.003 0.017 0.102 0.048 210 C 0.070 0.412 0.049 0.015 0.004 0.062 0.096 0.292 211 T 0.097 0.179 0.023 0.004 0.007 0.072 0.086 0.532 212 L 0.162 0.044 0.119 0.007 0.007 0.084 0.098 0.480 213 V 0.365 0.011 0.025 0.002 0.004 0.069 0.075 0.448 214 G 0.008 0.007 0.026 0.001 0.003 0.115 0.025 0.815 215 N 0.008 0.006 0.018 0.001 0.002 0.115 0.010 0.840 216 K 0.030 0.059 0.014 0.005 0.004 0.145 0.081 0.663 217 P 0.010 0.265 0.031 0.001 0.002 0.081 0.036 0.574 218 S 0.020 0.909 0.001 0.001 0.001 0.002 0.056 0.012 219 L 0.005 0.949 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.011 220 Q 0.002 0.922 0.003 0.001 0.001 0.001 0.063 0.008 221 L 0.001 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.004 222 Q 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 223 A 0.001 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 224 E 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 225 L 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 226 R 0.017 0.281 0.008 0.001 0.001 0.011 0.658 0.024 227 Q 0.009 0.813 0.003 0.001 0.001 0.012 0.111 0.052 228 A 0.028 0.475 0.037 0.001 0.001 0.036 0.304 0.118 229 V 0.017 0.771 0.015 0.002 0.001 0.021 0.111 0.063 230 T 0.046 0.700 0.006 0.001 0.001 0.028 0.070 0.149 231 K 0.015 0.803 0.009 0.001 0.001 0.018 0.039 0.114 232 S 0.012 0.939 0.002 0.001 0.001 0.004 0.022 0.022 233 Y 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.011 234 D 0.005 0.929 0.002 0.001 0.001 0.003 0.049 0.010 235 Y 0.005 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 0.008 236 M 0.009 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 0.006 237 Y 0.012 0.886 0.004 0.002 0.001 0.004 0.079 0.012 238 L 0.009 0.871 0.004 0.001 0.002 0.006 0.076 0.033 239 F 0.007 0.962 0.002 0.001 0.001 0.002 0.019 0.007 240 L 0.016 0.910 0.002 0.001 0.001 0.004 0.052 0.014 241 E 0.017 0.866 0.003 0.001 0.001 0.008 0.063 0.041 242 R 0.031 0.764 0.010 0.002 0.003 0.019 0.081 0.090 243 C 0.103 0.481 0.034 0.008 0.007 0.036 0.221 0.110 244 I 0.114 0.235 0.039 0.011 0.013 0.077 0.148 0.362 245 Q 0.118 0.101 0.029 0.012 0.017 0.089 0.055 0.579 246 L 0.151 0.050 0.053 0.016 0.023 0.103 0.067 0.538 247 D 0.121 0.025 0.037 0.014 0.022 0.093 0.042 0.645 248 K 0.054 0.008 0.023 0.009 0.019 0.102 0.025 0.759 249 V 0.013 0.005 0.048 0.023 0.043 0.159 0.025 0.684 250 K 0.013 0.004 0.029 0.017 0.025 0.135 0.022 0.756 251 S 0.200 0.019 0.018 0.017 0.016 0.106 0.048 0.577 252 P 0.384 0.039 0.015 0.007 0.010 0.070 0.064 0.411 253 R 0.034 0.032 0.023 0.010 0.017 0.113 0.029 0.742 254 G 0.043 0.058 0.029 0.029 0.072 0.115 0.059 0.595 255 R 0.024 0.052 0.036 0.166 0.180 0.087 0.045 0.410 256 V 0.072 0.048 0.056 0.117 0.247 0.064 0.059 0.338 257 A 0.062 0.032 0.046 0.147 0.225 0.067 0.072 0.350 258 A 0.122 0.021 0.041 0.088 0.174 0.073 0.055 0.427 259 L 0.137 0.020 0.030 0.079 0.139 0.076 0.052 0.468 260 E 0.068 0.018 0.022 0.048 0.084 0.096 0.040 0.623 261 M 0.056 0.015 0.018 0.043 0.073 0.112 0.039 0.644