# TARGET T0627 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0627.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1052 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.064 0.037 0.094 0.051 0.094 0.063 0.009 0.590 2 I 0.057 0.043 0.100 0.062 0.104 0.145 0.008 0.482 3 D 0.042 0.036 0.063 0.057 0.081 0.115 0.005 0.601 4 T 0.039 0.038 0.051 0.018 0.045 0.090 0.006 0.713 5 F 0.084 0.083 0.067 0.034 0.060 0.162 0.011 0.498 6 E 0.122 0.103 0.040 0.029 0.040 0.183 0.018 0.465 7 R 0.208 0.147 0.042 0.021 0.034 0.111 0.024 0.413 8 T 0.198 0.152 0.063 0.018 0.043 0.055 0.040 0.431 9 G 0.164 0.071 0.061 0.029 0.038 0.097 0.024 0.515 10 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.992 11 L 0.046 0.019 0.037 0.025 0.054 0.095 0.006 0.719 12 M 0.170 0.041 0.058 0.025 0.034 0.084 0.007 0.581 13 E 0.151 0.073 0.035 0.018 0.032 0.116 0.010 0.565 14 A 0.221 0.075 0.034 0.009 0.017 0.057 0.014 0.574 15 S 0.185 0.078 0.030 0.009 0.015 0.110 0.023 0.552 16 S 0.229 0.052 0.017 0.004 0.008 0.123 0.028 0.540 17 Y 0.197 0.066 0.036 0.004 0.008 0.156 0.020 0.512 18 P 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.976 19 A 0.015 0.023 0.005 0.001 0.002 0.153 0.002 0.799 20 W 0.122 0.190 0.019 0.001 0.003 0.175 0.004 0.487 21 A 0.058 0.590 0.008 0.001 0.002 0.071 0.003 0.267 22 Q 0.032 0.815 0.004 0.001 0.001 0.025 0.002 0.121 23 Q 0.019 0.877 0.002 0.001 0.001 0.016 0.002 0.084 24 L 0.013 0.969 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 25 I 0.016 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 26 N 0.039 0.940 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 27 D 0.227 0.681 0.001 0.001 0.001 0.002 0.065 0.023 28 C 0.374 0.463 0.008 0.001 0.001 0.004 0.088 0.063 29 S 0.092 0.329 0.037 0.003 0.001 0.156 0.044 0.337 30 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 31 A 0.036 0.113 0.031 0.002 0.002 0.216 0.005 0.594 32 K 0.119 0.381 0.022 0.003 0.002 0.096 0.004 0.374 33 A 0.028 0.769 0.013 0.001 0.002 0.020 0.002 0.165 34 R 0.045 0.887 0.014 0.001 0.001 0.006 0.003 0.043 35 V 0.091 0.843 0.010 0.001 0.001 0.002 0.007 0.044 36 V 0.049 0.890 0.012 0.002 0.004 0.006 0.008 0.030 37 E 0.188 0.609 0.007 0.002 0.004 0.019 0.060 0.110 38 H 0.327 0.400 0.015 0.004 0.005 0.019 0.057 0.173 39 E 0.012 0.071 0.006 0.001 0.001 0.076 0.007 0.826 40 L 0.023 0.110 0.016 0.005 0.005 0.305 0.009 0.527 41 Y 0.118 0.461 0.054 0.012 0.015 0.062 0.007 0.270 42 Q 0.020 0.836 0.027 0.020 0.012 0.019 0.002 0.064 43 Q 0.028 0.833 0.008 0.004 0.009 0.008 0.005 0.106 44 M 0.054 0.901 0.008 0.003 0.007 0.002 0.007 0.020 45 R 0.037 0.842 0.008 0.010 0.015 0.009 0.019 0.059 46 D 0.106 0.484 0.019 0.013 0.012 0.022 0.092 0.252 47 A 0.422 0.141 0.045 0.009 0.007 0.025 0.160 0.190 48 K 0.493 0.033 0.037 0.014 0.007 0.093 0.051 0.272 49 L 0.059 0.046 0.145 0.043 0.046 0.089 0.008 0.564 50 S 0.021 0.014 0.018 0.012 0.018 0.410 0.002 0.506 51 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 52 Q 0.004 0.021 0.005 0.001 0.004 0.478 0.001 0.487 53 I 0.032 0.029 0.001 0.001 0.001 0.838 0.001 0.100 54 M 0.026 0.906 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.054 55 R 0.011 0.966 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 56 Q 0.005 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 57 Y 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 58 L 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 59 I 0.018 0.952 0.009 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 60 G 0.061 0.834 0.012 0.004 0.002 0.003 0.047 0.038 61 G 0.235 0.432 0.016 0.003 0.003 0.018 0.120 0.172 62 W 0.161 0.244 0.114 0.012 0.010 0.033 0.033 0.393 63 P 0.005 0.027 0.034 0.007 0.007 0.037 0.002 0.881 64 V 0.034 0.115 0.032 0.021 0.028 0.151 0.003 0.616 65 V 0.062 0.682 0.044 0.010 0.028 0.031 0.002 0.141 66 E 0.042 0.735 0.017 0.005 0.011 0.030 0.003 0.157 67 Q 0.047 0.748 0.006 0.002 0.004 0.032 0.006 0.155 68 F 0.055 0.827 0.004 0.001 0.002 0.016 0.008 0.087 69 A 0.012 0.823 0.004 0.001 0.001 0.030 0.004 0.125 70 V 0.010 0.795 0.006 0.001 0.001 0.029 0.003 0.155 71 Y 0.007 0.951 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.030 72 M 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 73 A 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 74 K 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 75 N 0.015 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 76 L 0.024 0.951 0.006 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 77 T 0.025 0.904 0.018 0.002 0.002 0.007 0.018 0.024 78 K 0.132 0.663 0.031 0.006 0.005 0.008 0.061 0.095 79 T 0.223 0.442 0.112 0.010 0.009 0.015 0.049 0.140 80 R 0.093 0.273 0.089 0.035 0.020 0.094 0.040 0.355 81 F 0.129 0.164 0.095 0.033 0.036 0.077 0.033 0.433 82 G 0.081 0.038 0.043 0.011 0.013 0.059 0.016 0.739 83 R 0.112 0.034 0.042 0.016 0.021 0.141 0.020 0.614 84 H 0.132 0.021 0.030 0.008 0.012 0.131 0.013 0.652 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 86 G 0.028 0.007 0.010 0.003 0.009 0.198 0.004 0.740 87 E 0.179 0.016 0.009 0.003 0.004 0.105 0.004 0.679 88 D 0.029 0.046 0.005 0.001 0.003 0.061 0.002 0.853 89 M 0.035 0.184 0.008 0.002 0.005 0.270 0.003 0.492 90 A 0.049 0.484 0.004 0.001 0.004 0.188 0.003 0.266 91 R 0.024 0.901 0.003 0.001 0.002 0.016 0.002 0.051 92 R 0.006 0.957 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 93 W 0.004 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 94 L 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 95 M 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 96 R 0.010 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 97 N 0.029 0.928 0.004 0.001 0.001 0.002 0.017 0.019 98 I 0.037 0.894 0.020 0.001 0.001 0.003 0.013 0.030 99 R 0.021 0.789 0.049 0.010 0.007 0.020 0.013 0.091 100 V 0.060 0.690 0.033 0.010 0.011 0.028 0.015 0.153 101 E 0.072 0.740 0.027 0.004 0.006 0.016 0.015 0.120 102 L 0.079 0.688 0.040 0.008 0.009 0.021 0.018 0.138 103 N 0.086 0.468 0.034 0.007 0.009 0.054 0.032 0.310 104 H 0.178 0.321 0.038 0.008 0.013 0.057 0.035 0.351 105 A 0.069 0.245 0.035 0.006 0.007 0.091 0.014 0.533 106 D 0.038 0.232 0.013 0.003 0.004 0.155 0.007 0.548 107 Y 0.079 0.494 0.017 0.002 0.004 0.128 0.006 0.270 108 W 0.038 0.791 0.008 0.001 0.003 0.050 0.003 0.106 109 V 0.028 0.878 0.004 0.002 0.004 0.017 0.003 0.064 110 N 0.010 0.907 0.003 0.001 0.001 0.015 0.002 0.061 111 W 0.011 0.953 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.026 112 C 0.015 0.951 0.009 0.001 0.002 0.001 0.003 0.019 113 A 0.019 0.953 0.007 0.002 0.002 0.002 0.005 0.010 114 A 0.062 0.873 0.006 0.001 0.001 0.002 0.022 0.033 115 H 0.134 0.683 0.015 0.001 0.001 0.007 0.117 0.042 116 D 0.434 0.161 0.062 0.005 0.004 0.011 0.157 0.167 117 V 0.045 0.047 0.715 0.015 0.008 0.035 0.006 0.128 118 T 0.023 0.036 0.107 0.035 0.015 0.340 0.006 0.438 119 L 0.011 0.018 0.018 0.003 0.007 0.034 0.001 0.908 120 E 0.005 0.021 0.010 0.001 0.002 0.573 0.001 0.387 121 D 0.076 0.032 0.002 0.001 0.001 0.745 0.007 0.136 122 L 0.243 0.660 0.009 0.001 0.003 0.007 0.009 0.068 123 H 0.029 0.869 0.009 0.001 0.002 0.026 0.004 0.059 124 D 0.135 0.640 0.005 0.002 0.004 0.018 0.036 0.160 125 Q 0.526 0.310 0.009 0.001 0.003 0.005 0.060 0.086 126 R 0.176 0.298 0.035 0.017 0.008 0.095 0.047 0.323 127 V 0.039 0.077 0.020 0.004 0.006 0.044 0.013 0.798 128 A 0.104 0.143 0.052 0.009 0.012 0.102 0.009 0.568 129 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 130 E 0.013 0.065 0.006 0.002 0.003 0.275 0.002 0.633 131 L 0.186 0.385 0.012 0.002 0.004 0.113 0.004 0.294 132 H 0.026 0.893 0.007 0.001 0.003 0.010 0.001 0.059 133 A 0.010 0.954 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 134 L 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 135 S 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 136 H 0.005 0.974 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 137 W 0.008 0.958 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.022 138 C 0.010 0.967 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 139 W 0.009 0.962 0.007 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 140 Q 0.012 0.957 0.007 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 141 T 0.044 0.915 0.006 0.001 0.001 0.002 0.012 0.019 142 S 0.064 0.870 0.012 0.003 0.003 0.003 0.017 0.028 143 S 0.086 0.709 0.033 0.009 0.009 0.029 0.039 0.085 144 S 0.232 0.319 0.021 0.009 0.009 0.049 0.090 0.271 145 D 0.178 0.134 0.025 0.004 0.004 0.068 0.051 0.535 146 S 0.046 0.056 0.014 0.003 0.002 0.383 0.013 0.482 147 L 0.024 0.073 0.009 0.002 0.003 0.143 0.004 0.742 148 A 0.012 0.197 0.010 0.004 0.007 0.311 0.002 0.457 149 V 0.016 0.489 0.008 0.005 0.006 0.255 0.001 0.220 150 A 0.005 0.962 0.007 0.001 0.002 0.004 0.001 0.020 151 M 0.002 0.989 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 152 A 0.004 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 153 A 0.010 0.979 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 154 T 0.040 0.887 0.005 0.003 0.004 0.002 0.041 0.018 155 N 0.062 0.740 0.058 0.011 0.009 0.009 0.050 0.061 156 Y 0.050 0.296 0.147 0.019 0.013 0.051 0.045 0.379 157 A 0.090 0.213 0.176 0.028 0.023 0.099 0.027 0.344 158 I 0.069 0.284 0.184 0.037 0.039 0.071 0.012 0.305 159 E 0.063 0.396 0.114 0.038 0.049 0.067 0.014 0.259 160 G 0.144 0.240 0.076 0.021 0.038 0.031 0.023 0.425 161 A 0.194 0.230 0.076 0.027 0.039 0.064 0.032 0.338 162 T 0.079 0.177 0.078 0.055 0.073 0.076 0.019 0.444 163 G 0.033 0.066 0.030 0.016 0.033 0.057 0.009 0.757 164 E 0.073 0.082 0.028 0.016 0.022 0.256 0.012 0.511 165 W 0.096 0.147 0.022 0.010 0.016 0.118 0.012 0.580 166 S 0.049 0.460 0.034 0.027 0.055 0.099 0.008 0.269 167 A 0.046 0.503 0.040 0.023 0.044 0.056 0.005 0.283 168 V 0.037 0.644 0.024 0.028 0.041 0.041 0.005 0.179 169 V 0.030 0.785 0.014 0.014 0.026 0.023 0.004 0.103 170 C 0.021 0.889 0.012 0.008 0.023 0.006 0.004 0.037 171 S 0.029 0.879 0.011 0.007 0.018 0.006 0.009 0.040 172 T 0.053 0.748 0.007 0.004 0.007 0.015 0.025 0.141 173 G 0.122 0.495 0.012 0.005 0.007 0.036 0.053 0.270 174 V 0.148 0.472 0.061 0.010 0.010 0.054 0.030 0.215 175 Y 0.046 0.544 0.089 0.027 0.026 0.056 0.010 0.204 176 A 0.051 0.530 0.035 0.010 0.015 0.048 0.007 0.303 177 E 0.082 0.609 0.025 0.006 0.011 0.042 0.013 0.211 178 A 0.182 0.513 0.022 0.005 0.008 0.041 0.032 0.197 179 F 0.127 0.510 0.044 0.010 0.013 0.047 0.028 0.221 180 A 0.073 0.250 0.028 0.009 0.011 0.082 0.022 0.523 181 E 0.092 0.227 0.031 0.009 0.012 0.067 0.018 0.545 182 E 0.128 0.249 0.025 0.007 0.009 0.134 0.024 0.425 183 T 0.169 0.349 0.026 0.009 0.011 0.097 0.025 0.313 184 R 0.131 0.313 0.025 0.006 0.010 0.067 0.022 0.427 185 K 0.104 0.241 0.020 0.008 0.009 0.070 0.020 0.527 186 K 0.087 0.185 0.016 0.007 0.010 0.091 0.015 0.590 187 S 0.087 0.425 0.026 0.010 0.017 0.108 0.016 0.312 188 M 0.081 0.522 0.025 0.019 0.029 0.049 0.013 0.261 189 K 0.050 0.505 0.026 0.030 0.027 0.119 0.006 0.237 190 W 0.032 0.633 0.023 0.013 0.020 0.045 0.006 0.229 191 L 0.020 0.798 0.027 0.033 0.064 0.010 0.003 0.043 192 K 0.020 0.822 0.028 0.029 0.039 0.008 0.004 0.050 193 M 0.035 0.806 0.023 0.015 0.030 0.007 0.014 0.069 194 H 0.146 0.604 0.028 0.019 0.038 0.015 0.041 0.109 195 A 0.079 0.480 0.059 0.046 0.050 0.036 0.034 0.216 196 Q 0.080 0.166 0.099 0.040 0.059 0.075 0.042 0.438 197 Y 0.145 0.078 0.057 0.022 0.022 0.102 0.023 0.551 198 D 0.066 0.063 0.040 0.019 0.018 0.127 0.018 0.650 199 D 0.144 0.045 0.025 0.006 0.010 0.153 0.021 0.595 200 A 0.212 0.084 0.021 0.005 0.008 0.313 0.030 0.327 201 H 0.178 0.060 0.012 0.006 0.008 0.285 0.016 0.434 202 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.990 203 W 0.030 0.096 0.025 0.012 0.024 0.176 0.003 0.634 204 E 0.065 0.313 0.013 0.008 0.009 0.167 0.002 0.421 205 A 0.028 0.782 0.004 0.001 0.005 0.031 0.002 0.147 206 L 0.023 0.914 0.003 0.001 0.002 0.006 0.002 0.049 207 E 0.007 0.949 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.031 208 I 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 209 I 0.004 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 210 C 0.014 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 211 T 0.019 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 212 L 0.077 0.856 0.003 0.001 0.001 0.002 0.037 0.024 213 V 0.085 0.800 0.013 0.002 0.001 0.007 0.031 0.061 214 G 0.114 0.415 0.081 0.009 0.007 0.036 0.053 0.284 215 N 0.287 0.153 0.039 0.006 0.006 0.050 0.070 0.389 216 K 0.381 0.056 0.042 0.007 0.004 0.078 0.034 0.399 217 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 218 S 0.025 0.015 0.013 0.003 0.004 0.511 0.003 0.425 219 L 0.037 0.015 0.003 0.001 0.001 0.030 0.001 0.913 220 Q 0.005 0.050 0.001 0.001 0.001 0.313 0.001 0.630 221 L 0.012 0.074 0.001 0.001 0.001 0.841 0.001 0.073 222 Q 0.026 0.916 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.048 223 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 224 E 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 225 L 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 226 R 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 227 Q 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 228 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 229 V 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 230 T 0.008 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 231 K 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 232 S 0.011 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.015 233 Y 0.013 0.958 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.019 234 D 0.007 0.923 0.013 0.001 0.001 0.006 0.003 0.047 235 Y 0.008 0.947 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.030 236 M 0.006 0.974 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 237 Y 0.005 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 238 L 0.005 0.980 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 239 F 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 240 L 0.009 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 241 E 0.009 0.955 0.003 0.001 0.001 0.006 0.004 0.023 242 R 0.016 0.941 0.002 0.001 0.001 0.006 0.007 0.027 243 C 0.025 0.947 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 244 I 0.014 0.947 0.013 0.001 0.001 0.003 0.004 0.018 245 Q 0.040 0.901 0.007 0.002 0.002 0.004 0.012 0.033 246 L 0.095 0.811 0.010 0.002 0.002 0.003 0.024 0.053 247 D 0.099 0.593 0.027 0.010 0.007 0.024 0.060 0.181 248 K 0.185 0.271 0.060 0.018 0.012 0.040 0.067 0.346 249 V 0.164 0.203 0.141 0.062 0.038 0.058 0.030 0.303 250 K 0.065 0.062 0.043 0.031 0.036 0.043 0.012 0.708 251 S 0.096 0.061 0.097 0.065 0.089 0.080 0.012 0.500 252 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 253 R 0.016 0.007 0.025 0.031 0.063 0.075 0.004 0.778 254 G 0.254 0.010 0.039 0.035 0.058 0.090 0.021 0.494 255 R 0.307 0.022 0.077 0.090 0.081 0.104 0.010 0.308 256 V 0.034 0.024 0.095 0.116 0.162 0.064 0.004 0.501 257 A 0.023 0.015 0.072 0.238 0.346 0.048 0.002 0.256 258 A 0.016 0.024 0.054 0.106 0.215 0.047 0.003 0.534 259 L 0.034 0.039 0.052 0.164 0.332 0.079 0.006 0.294 260 E 0.058 0.049 0.044 0.084 0.163 0.125 0.010 0.467 261 M 0.059 0.054 0.039 0.067 0.129 0.054 0.013 0.585