# TARGET T0627 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0627.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1052 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.288 0.181 0.154 0.154 0.134 0.075 0.014 2 I 0.285 0.193 0.180 0.182 0.100 0.051 0.009 3 D 0.480 0.243 0.144 0.078 0.035 0.017 0.003 4 T 0.340 0.251 0.190 0.120 0.065 0.029 0.005 5 F 0.185 0.141 0.144 0.211 0.197 0.106 0.015 6 E 0.368 0.271 0.174 0.115 0.048 0.021 0.004 7 R 0.320 0.243 0.178 0.139 0.080 0.035 0.006 8 T 0.239 0.206 0.182 0.175 0.119 0.067 0.012 9 G 0.225 0.202 0.193 0.197 0.118 0.053 0.011 10 P 0.309 0.290 0.188 0.125 0.056 0.027 0.006 11 L 0.148 0.144 0.166 0.209 0.194 0.121 0.019 12 M 0.150 0.145 0.167 0.224 0.188 0.104 0.021 13 E 0.259 0.289 0.207 0.144 0.065 0.031 0.006 14 A 0.199 0.164 0.164 0.196 0.170 0.092 0.015 15 S 0.233 0.210 0.177 0.181 0.118 0.068 0.012 16 S 0.295 0.273 0.192 0.128 0.068 0.035 0.009 17 Y 0.176 0.196 0.176 0.204 0.143 0.092 0.014 18 P 0.185 0.215 0.234 0.194 0.113 0.051 0.008 19 A 0.173 0.321 0.245 0.156 0.070 0.031 0.004 20 W 0.028 0.046 0.091 0.195 0.334 0.267 0.039 21 A 0.022 0.050 0.131 0.238 0.311 0.217 0.031 22 Q 0.118 0.389 0.293 0.145 0.039 0.014 0.002 23 Q 0.035 0.163 0.329 0.291 0.145 0.034 0.003 24 L 0.004 0.008 0.019 0.085 0.432 0.415 0.038 25 I 0.016 0.085 0.268 0.356 0.214 0.057 0.004 26 N 0.302 0.458 0.185 0.043 0.009 0.002 0.001 27 D 0.068 0.284 0.328 0.223 0.083 0.013 0.001 28 C 0.017 0.024 0.053 0.209 0.465 0.221 0.010 29 S 0.189 0.329 0.300 0.137 0.037 0.007 0.001 30 P 0.491 0.353 0.115 0.032 0.008 0.002 0.001 31 A 0.150 0.232 0.226 0.215 0.137 0.037 0.002 32 K 0.146 0.217 0.250 0.234 0.108 0.040 0.005 33 A 0.333 0.365 0.171 0.092 0.030 0.008 0.001 34 R 0.095 0.234 0.241 0.254 0.140 0.034 0.002 35 V 0.032 0.042 0.100 0.198 0.356 0.254 0.017 36 V 0.045 0.153 0.235 0.275 0.198 0.085 0.010 37 E 0.104 0.344 0.234 0.193 0.076 0.042 0.008 38 H 0.018 0.063 0.149 0.301 0.344 0.111 0.013 39 E 0.086 0.319 0.318 0.195 0.051 0.027 0.005 40 L 0.007 0.023 0.059 0.176 0.436 0.272 0.028 41 Y 0.006 0.016 0.063 0.180 0.389 0.314 0.031 42 Q 0.076 0.335 0.367 0.150 0.050 0.020 0.002 43 Q 0.046 0.225 0.340 0.267 0.101 0.021 0.001 44 M 0.021 0.031 0.073 0.228 0.427 0.209 0.012 45 R 0.145 0.315 0.297 0.186 0.048 0.009 0.001 46 D 0.588 0.307 0.085 0.016 0.003 0.001 0.001 47 A 0.304 0.347 0.193 0.119 0.033 0.005 0.001 48 K 0.401 0.413 0.131 0.042 0.009 0.002 0.001 49 L 0.038 0.091 0.187 0.377 0.256 0.050 0.001 50 S 0.191 0.349 0.232 0.158 0.055 0.013 0.001 51 P 0.137 0.265 0.233 0.243 0.103 0.018 0.001 52 Q 0.386 0.338 0.176 0.071 0.022 0.006 0.001 53 I 0.038 0.125 0.276 0.284 0.202 0.067 0.007 54 M 0.011 0.026 0.051 0.145 0.321 0.377 0.069 55 R 0.027 0.112 0.227 0.297 0.210 0.107 0.020 56 Q 0.043 0.138 0.178 0.210 0.199 0.176 0.057 57 Y 0.016 0.039 0.090 0.171 0.249 0.323 0.112 58 L 0.010 0.016 0.026 0.070 0.197 0.410 0.270 59 I 0.040 0.115 0.169 0.238 0.223 0.149 0.068 60 G 0.056 0.139 0.170 0.199 0.185 0.163 0.088 61 G 0.027 0.077 0.122 0.195 0.206 0.256 0.116 62 W 0.019 0.040 0.077 0.162 0.277 0.298 0.126 63 P 0.034 0.091 0.121 0.168 0.228 0.250 0.107 64 V 0.015 0.029 0.053 0.104 0.178 0.352 0.269 65 V 0.008 0.013 0.023 0.055 0.142 0.387 0.373 66 E 0.027 0.081 0.144 0.225 0.211 0.186 0.126 67 Q 0.023 0.069 0.122 0.185 0.231 0.215 0.154 68 F 0.004 0.009 0.015 0.038 0.117 0.399 0.419 69 A 0.006 0.018 0.037 0.093 0.206 0.347 0.292 70 V 0.019 0.079 0.128 0.200 0.219 0.214 0.141 71 Y 0.009 0.033 0.070 0.153 0.244 0.281 0.209 72 M 0.003 0.006 0.012 0.030 0.102 0.376 0.471 73 A 0.007 0.027 0.058 0.133 0.253 0.315 0.207 74 K 0.013 0.051 0.093 0.170 0.216 0.255 0.202 75 N 0.004 0.009 0.017 0.041 0.109 0.386 0.435 76 L 0.004 0.006 0.014 0.035 0.100 0.327 0.515 77 T 0.012 0.041 0.060 0.130 0.219 0.317 0.221 78 K 0.025 0.073 0.145 0.239 0.234 0.189 0.095 79 T 0.012 0.022 0.038 0.095 0.238 0.440 0.156 80 R 0.048 0.146 0.209 0.238 0.216 0.121 0.021 81 F 0.075 0.133 0.167 0.285 0.233 0.095 0.011 82 G 0.304 0.298 0.202 0.129 0.047 0.018 0.002 83 R 0.401 0.273 0.185 0.088 0.039 0.013 0.001 84 H 0.338 0.253 0.194 0.146 0.055 0.013 0.001 85 P 0.562 0.285 0.106 0.035 0.009 0.003 0.001 86 G 0.312 0.321 0.164 0.119 0.062 0.020 0.002 87 E 0.165 0.215 0.244 0.227 0.106 0.039 0.004 88 D 0.158 0.294 0.233 0.195 0.090 0.027 0.003 89 M 0.028 0.098 0.238 0.317 0.242 0.070 0.008 90 A 0.005 0.009 0.018 0.054 0.220 0.536 0.159 91 R 0.011 0.052 0.140 0.259 0.301 0.189 0.049 92 R 0.027 0.161 0.228 0.275 0.172 0.102 0.035 93 W 0.010 0.038 0.110 0.224 0.289 0.261 0.069 94 L 0.005 0.010 0.016 0.048 0.163 0.460 0.297 95 M 0.018 0.079 0.156 0.263 0.266 0.168 0.051 96 R 0.065 0.208 0.237 0.220 0.148 0.090 0.032 97 N 0.020 0.069 0.151 0.247 0.244 0.206 0.062 98 I 0.014 0.018 0.035 0.089 0.254 0.429 0.160 99 R 0.065 0.186 0.225 0.254 0.166 0.083 0.020 100 V 0.102 0.192 0.229 0.225 0.151 0.078 0.023 101 E 0.063 0.076 0.097 0.169 0.239 0.278 0.077 102 L 0.117 0.169 0.183 0.243 0.173 0.092 0.024 103 N 0.244 0.322 0.196 0.120 0.066 0.041 0.011 104 H 0.070 0.110 0.119 0.177 0.209 0.228 0.087 105 A 0.036 0.086 0.127 0.203 0.219 0.228 0.101 106 D 0.077 0.218 0.252 0.219 0.134 0.075 0.024 107 Y 0.012 0.031 0.103 0.207 0.318 0.260 0.068 108 W 0.004 0.008 0.017 0.045 0.176 0.524 0.227 109 V 0.006 0.031 0.118 0.202 0.349 0.227 0.067 110 N 0.018 0.176 0.301 0.313 0.124 0.054 0.015 111 W 0.009 0.038 0.105 0.231 0.354 0.236 0.028 112 C 0.010 0.020 0.045 0.153 0.362 0.349 0.061 113 A 0.088 0.293 0.345 0.185 0.068 0.019 0.002 114 A 0.134 0.396 0.243 0.157 0.054 0.014 0.001 115 H 0.059 0.129 0.197 0.289 0.230 0.093 0.004 116 D 0.224 0.496 0.168 0.085 0.021 0.006 0.001 117 V 0.056 0.092 0.166 0.351 0.273 0.059 0.002 118 T 0.252 0.446 0.189 0.085 0.022 0.004 0.001 119 L 0.168 0.274 0.234 0.226 0.085 0.012 0.001 120 E 0.599 0.298 0.073 0.025 0.005 0.001 0.001 121 D 0.251 0.415 0.198 0.101 0.030 0.005 0.001 122 L 0.057 0.073 0.184 0.326 0.310 0.049 0.001 123 H 0.248 0.387 0.210 0.128 0.023 0.004 0.001 124 D 0.517 0.321 0.112 0.036 0.012 0.002 0.001 125 Q 0.193 0.211 0.240 0.221 0.108 0.026 0.001 126 R 0.318 0.314 0.213 0.108 0.033 0.013 0.001 127 V 0.125 0.220 0.237 0.221 0.148 0.045 0.004 128 A 0.113 0.154 0.216 0.246 0.172 0.089 0.010 129 P 0.127 0.225 0.221 0.213 0.138 0.065 0.010 130 E 0.106 0.199 0.271 0.218 0.123 0.064 0.019 131 L 0.017 0.028 0.051 0.120 0.264 0.396 0.124 132 H 0.034 0.112 0.187 0.251 0.214 0.154 0.047 133 A 0.021 0.077 0.130 0.216 0.264 0.206 0.086 134 L 0.005 0.012 0.021 0.049 0.126 0.397 0.390 135 S 0.003 0.014 0.037 0.106 0.238 0.362 0.241 136 H 0.010 0.071 0.168 0.258 0.233 0.167 0.093 137 W 0.002 0.012 0.036 0.105 0.255 0.366 0.223 138 C 0.001 0.001 0.003 0.009 0.050 0.397 0.538 139 W 0.002 0.011 0.034 0.102 0.229 0.363 0.258 140 Q 0.012 0.064 0.116 0.203 0.216 0.233 0.156 141 T 0.007 0.018 0.048 0.115 0.213 0.417 0.181 142 S 0.009 0.018 0.033 0.086 0.231 0.413 0.209 143 S 0.046 0.147 0.194 0.244 0.209 0.121 0.038 144 S 0.114 0.204 0.199 0.220 0.147 0.087 0.029 145 D 0.159 0.245 0.206 0.181 0.107 0.079 0.023 146 S 0.069 0.155 0.185 0.224 0.211 0.118 0.037 147 L 0.020 0.045 0.080 0.159 0.267 0.302 0.127 148 A 0.012 0.030 0.057 0.124 0.242 0.356 0.179 149 V 0.008 0.025 0.052 0.126 0.201 0.284 0.304 150 A 0.001 0.002 0.005 0.011 0.044 0.280 0.656 151 M 0.001 0.001 0.003 0.010 0.037 0.211 0.738 152 A 0.001 0.001 0.002 0.007 0.029 0.156 0.805 153 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.130 0.854 154 T 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.172 0.795 155 N 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.196 0.761 156 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.183 0.783 157 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.157 0.828 158 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.026 0.166 0.799 159 E 0.001 0.003 0.005 0.016 0.053 0.229 0.693 160 G 0.007 0.016 0.032 0.075 0.135 0.287 0.448 161 A 0.008 0.018 0.032 0.075 0.163 0.337 0.367 162 T 0.015 0.041 0.048 0.095 0.162 0.307 0.332 163 G 0.024 0.063 0.090 0.164 0.229 0.242 0.188 164 E 0.047 0.135 0.169 0.219 0.174 0.153 0.104 165 W 0.011 0.026 0.073 0.148 0.257 0.321 0.163 166 S 0.003 0.006 0.011 0.028 0.109 0.428 0.415 167 A 0.006 0.016 0.055 0.110 0.215 0.313 0.284 168 V 0.011 0.041 0.076 0.117 0.167 0.340 0.249 169 V 0.008 0.028 0.105 0.222 0.297 0.256 0.085 170 C 0.003 0.006 0.016 0.052 0.233 0.467 0.223 171 S 0.020 0.107 0.191 0.231 0.222 0.175 0.053 172 T 0.065 0.234 0.265 0.241 0.118 0.061 0.016 173 G 0.047 0.176 0.243 0.273 0.160 0.086 0.015 174 V 0.018 0.042 0.105 0.217 0.340 0.240 0.040 175 Y 0.024 0.053 0.085 0.181 0.338 0.283 0.036 176 A 0.083 0.213 0.286 0.243 0.133 0.039 0.005 177 E 0.145 0.380 0.240 0.157 0.056 0.019 0.002 178 A 0.085 0.138 0.196 0.266 0.221 0.089 0.005 179 F 0.098 0.142 0.197 0.300 0.199 0.060 0.003 180 A 0.436 0.346 0.149 0.052 0.014 0.003 0.001 181 E 0.528 0.257 0.138 0.059 0.015 0.002 0.001 182 E 0.686 0.225 0.067 0.017 0.004 0.001 0.001 183 T 0.484 0.268 0.149 0.073 0.023 0.004 0.001 184 R 0.570 0.272 0.113 0.036 0.008 0.001 0.001 185 K 0.467 0.334 0.127 0.054 0.016 0.003 0.001 186 K 0.122 0.303 0.254 0.211 0.093 0.017 0.001 187 S 0.019 0.055 0.107 0.229 0.340 0.234 0.016 188 M 0.019 0.084 0.218 0.356 0.252 0.065 0.006 189 K 0.035 0.222 0.313 0.274 0.118 0.033 0.005 190 W 0.007 0.023 0.073 0.167 0.307 0.363 0.062 191 L 0.003 0.007 0.016 0.064 0.239 0.510 0.161 192 K 0.033 0.186 0.309 0.296 0.121 0.044 0.011 193 M 0.040 0.146 0.194 0.264 0.219 0.113 0.023 194 H 0.025 0.064 0.123 0.221 0.267 0.264 0.036 195 A 0.056 0.102 0.154 0.256 0.265 0.147 0.021 196 Q 0.270 0.338 0.216 0.109 0.048 0.016 0.002 197 Y 0.212 0.245 0.216 0.192 0.095 0.036 0.004 198 D 0.370 0.293 0.161 0.105 0.046 0.023 0.003 199 D 0.340 0.235 0.184 0.144 0.071 0.023 0.003 200 A 0.430 0.294 0.149 0.084 0.031 0.012 0.001 201 H 0.113 0.163 0.211 0.224 0.187 0.090 0.012 202 P 0.057 0.091 0.143 0.217 0.229 0.227 0.036 203 W 0.076 0.171 0.240 0.250 0.174 0.078 0.012 204 E 0.049 0.186 0.267 0.267 0.153 0.062 0.014 205 A 0.005 0.013 0.024 0.065 0.207 0.498 0.188 206 L 0.004 0.024 0.088 0.231 0.313 0.257 0.083 207 E 0.020 0.163 0.359 0.257 0.120 0.061 0.020 208 I 0.002 0.014 0.062 0.203 0.376 0.282 0.061 209 I 0.001 0.001 0.003 0.014 0.111 0.559 0.311 210 C 0.002 0.022 0.082 0.166 0.303 0.338 0.087 211 T 0.018 0.196 0.308 0.305 0.120 0.042 0.011 212 L 0.006 0.025 0.078 0.202 0.337 0.321 0.031 213 V 0.016 0.039 0.075 0.203 0.391 0.244 0.031 214 G 0.188 0.357 0.287 0.122 0.037 0.008 0.001 215 N 0.487 0.323 0.142 0.036 0.011 0.001 0.001 216 K 0.510 0.377 0.073 0.034 0.006 0.001 0.001 217 P 0.502 0.279 0.141 0.057 0.019 0.002 0.001 218 S 0.472 0.384 0.102 0.033 0.008 0.001 0.001 219 L 0.326 0.374 0.149 0.119 0.031 0.002 0.001 220 Q 0.419 0.403 0.102 0.061 0.014 0.002 0.001 221 L 0.138 0.293 0.253 0.195 0.106 0.015 0.001 222 Q 0.055 0.165 0.302 0.321 0.141 0.017 0.001 223 A 0.269 0.467 0.147 0.096 0.019 0.002 0.001 224 E 0.075 0.278 0.348 0.208 0.080 0.011 0.001 225 L 0.006 0.013 0.044 0.159 0.435 0.328 0.014 226 R 0.022 0.136 0.309 0.377 0.126 0.028 0.002 227 Q 0.163 0.434 0.270 0.088 0.033 0.011 0.001 228 A 0.015 0.057 0.158 0.304 0.275 0.173 0.017 229 V 0.010 0.027 0.050 0.149 0.305 0.384 0.077 230 T 0.055 0.204 0.275 0.244 0.148 0.063 0.011 231 K 0.075 0.193 0.207 0.240 0.169 0.091 0.025 232 S 0.029 0.080 0.130 0.196 0.231 0.253 0.081 233 Y 0.021 0.047 0.073 0.179 0.274 0.298 0.108 234 D 0.060 0.173 0.260 0.240 0.152 0.083 0.032 235 Y 0.013 0.029 0.041 0.093 0.205 0.389 0.230 236 M 0.011 0.038 0.062 0.134 0.208 0.329 0.218 237 Y 0.010 0.034 0.071 0.151 0.248 0.323 0.162 238 L 0.013 0.058 0.132 0.222 0.261 0.210 0.104 239 F 0.003 0.007 0.014 0.036 0.120 0.424 0.397 240 L 0.003 0.007 0.018 0.059 0.193 0.426 0.294 241 E 0.020 0.099 0.208 0.268 0.205 0.138 0.063 242 R 0.013 0.077 0.172 0.301 0.249 0.143 0.045 243 C 0.006 0.010 0.021 0.060 0.221 0.525 0.157 244 I 0.020 0.064 0.116 0.257 0.293 0.207 0.042 245 Q 0.094 0.267 0.271 0.198 0.113 0.049 0.008 246 L 0.063 0.123 0.195 0.319 0.198 0.092 0.010 247 D 0.247 0.290 0.200 0.148 0.073 0.037 0.005 248 K 0.311 0.336 0.175 0.111 0.050 0.016 0.002 249 V 0.207 0.161 0.179 0.242 0.158 0.049 0.003 250 K 0.426 0.294 0.168 0.077 0.024 0.009 0.001 251 S 0.364 0.235 0.175 0.138 0.066 0.021 0.002 252 P 0.507 0.236 0.137 0.074 0.033 0.012 0.002 253 R 0.445 0.252 0.148 0.098 0.039 0.015 0.003 254 G 0.389 0.234 0.162 0.119 0.066 0.026 0.004 255 R 0.256 0.207 0.189 0.171 0.111 0.058 0.008 256 V 0.227 0.161 0.178 0.185 0.153 0.083 0.012 257 A 0.238 0.204 0.199 0.176 0.113 0.061 0.008 258 A 0.319 0.207 0.179 0.149 0.095 0.045 0.006 259 L 0.369 0.227 0.181 0.129 0.071 0.020 0.003 260 E 0.675 0.241 0.051 0.025 0.006 0.002 0.001 261 M 0.464 0.212 0.142 0.105 0.060 0.014 0.001