# TARGET T0627 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0627.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 45 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.004 0.008 0.078 0.127 0.766 2 I 0.035 0.012 0.019 0.175 0.151 0.608 3 D 0.054 0.016 0.046 0.322 0.219 0.344 4 T 0.060 0.013 0.085 0.443 0.190 0.209 5 F 0.053 0.010 0.111 0.453 0.237 0.137 6 E 0.095 0.013 0.094 0.409 0.261 0.128 7 R 0.097 0.016 0.058 0.248 0.377 0.204 8 T 0.035 0.013 0.031 0.200 0.287 0.433 9 G 0.014 0.003 0.060 0.058 0.360 0.505 10 P 0.019 0.002 0.167 0.110 0.357 0.345 11 L 0.081 0.029 0.248 0.195 0.302 0.144 12 M 0.132 0.051 0.144 0.149 0.332 0.192 13 E 0.202 0.012 0.085 0.108 0.249 0.345 14 A 0.137 0.031 0.071 0.096 0.219 0.446 15 S 0.075 0.041 0.019 0.070 0.284 0.511 16 S 0.045 0.008 0.012 0.045 0.216 0.674 17 Y 0.012 0.005 0.003 0.033 0.103 0.845 18 P 0.004 0.002 0.011 0.806 0.070 0.107 19 A 0.001 0.001 0.007 0.955 0.026 0.011 20 W 0.001 0.001 0.009 0.979 0.009 0.002 21 A 0.001 0.001 0.010 0.979 0.008 0.002 22 Q 0.001 0.001 0.005 0.984 0.008 0.002 23 Q 0.001 0.001 0.004 0.982 0.010 0.003 24 L 0.001 0.001 0.003 0.977 0.011 0.008 25 I 0.001 0.001 0.009 0.952 0.020 0.017 26 N 0.002 0.001 0.024 0.911 0.033 0.030 27 D 0.003 0.001 0.033 0.792 0.064 0.107 28 C 0.005 0.002 0.012 0.636 0.050 0.295 29 S 0.002 0.001 0.011 0.359 0.084 0.544 30 P 0.001 0.001 0.039 0.892 0.037 0.032 31 A 0.001 0.001 0.037 0.903 0.043 0.015 32 K 0.001 0.001 0.042 0.898 0.047 0.012 33 A 0.002 0.001 0.034 0.926 0.028 0.009 34 R 0.001 0.001 0.041 0.908 0.035 0.014 35 V 0.003 0.002 0.054 0.900 0.029 0.011 36 V 0.005 0.008 0.072 0.821 0.049 0.044 37 E 0.005 0.002 0.019 0.578 0.072 0.324 38 H 0.001 0.001 0.013 0.169 0.053 0.764 39 E 0.001 0.001 0.170 0.739 0.025 0.066 40 L 0.001 0.001 0.165 0.827 0.007 0.001 41 Y 0.001 0.001 0.252 0.739 0.008 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.097 0.875 0.026 0.001 43 Q 0.001 0.001 0.053 0.907 0.034 0.006 44 M 0.001 0.001 0.022 0.947 0.025 0.005 45 R 0.001 0.002 0.034 0.865 0.075 0.022 46 D 0.008 0.003 0.036 0.433 0.259 0.261 47 A 0.021 0.001 0.020 0.024 0.304 0.629 48 K 0.044 0.011 0.012 0.009 0.257 0.667 49 L 0.066 0.077 0.004 0.006 0.202 0.645 50 S 0.010 0.004 0.003 0.011 0.131 0.841 51 P 0.001 0.001 0.063 0.892 0.032 0.012 52 Q 0.001 0.001 0.036 0.936 0.024 0.003 53 I 0.001 0.001 0.023 0.959 0.016 0.002 54 M 0.001 0.001 0.003 0.985 0.004 0.006 55 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 56 Q 0.001 0.001 0.004 0.989 0.005 0.001 57 Y 0.001 0.001 0.009 0.980 0.009 0.002 58 L 0.001 0.001 0.013 0.967 0.015 0.004 59 I 0.001 0.001 0.013 0.956 0.024 0.007 60 G 0.001 0.001 0.010 0.894 0.051 0.044 61 G 0.001 0.001 0.004 0.810 0.043 0.140 62 W 0.001 0.001 0.003 0.937 0.017 0.041 63 P 0.002 0.001 0.006 0.946 0.015 0.030 64 V 0.002 0.001 0.012 0.973 0.007 0.006 65 V 0.001 0.001 0.010 0.978 0.006 0.004 66 E 0.001 0.001 0.005 0.983 0.005 0.006 67 Q 0.001 0.001 0.003 0.983 0.005 0.008 68 F 0.001 0.001 0.002 0.986 0.003 0.008 69 A 0.001 0.001 0.005 0.981 0.005 0.008 70 V 0.001 0.001 0.006 0.976 0.008 0.010 71 Y 0.001 0.001 0.008 0.973 0.011 0.009 72 M 0.001 0.001 0.007 0.967 0.015 0.010 73 A 0.001 0.001 0.009 0.929 0.035 0.025 74 K 0.001 0.001 0.011 0.929 0.038 0.021 75 N 0.002 0.001 0.014 0.904 0.048 0.032 76 L 0.003 0.002 0.017 0.878 0.057 0.043 77 T 0.008 0.007 0.030 0.702 0.120 0.133 78 K 0.011 0.007 0.023 0.500 0.181 0.279 79 T 0.007 0.005 0.021 0.319 0.249 0.399 80 R 0.006 0.005 0.044 0.314 0.354 0.277 81 F 0.005 0.004 0.082 0.311 0.398 0.200 82 G 0.012 0.009 0.103 0.332 0.385 0.159 83 R 0.016 0.013 0.066 0.320 0.392 0.192 84 H 0.013 0.009 0.031 0.348 0.390 0.209 85 P 0.008 0.011 0.022 0.520 0.274 0.166 86 G 0.007 0.012 0.010 0.333 0.261 0.377 87 E 0.003 0.002 0.009 0.860 0.065 0.062 88 D 0.001 0.001 0.004 0.959 0.018 0.017 89 M 0.001 0.001 0.004 0.971 0.013 0.011 90 A 0.001 0.001 0.002 0.982 0.007 0.008 91 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 92 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.002 93 W 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.004 94 L 0.001 0.001 0.002 0.983 0.008 0.006 95 M 0.001 0.001 0.005 0.971 0.014 0.010 96 R 0.002 0.001 0.005 0.930 0.028 0.036 97 N 0.003 0.001 0.003 0.900 0.030 0.063 98 I 0.005 0.001 0.002 0.923 0.019 0.050 99 R 0.012 0.003 0.005 0.861 0.049 0.070 100 V 0.013 0.005 0.015 0.819 0.068 0.081 101 E 0.021 0.005 0.027 0.776 0.096 0.075 102 L 0.015 0.002 0.033 0.786 0.100 0.064 103 N 0.007 0.002 0.025 0.796 0.075 0.094 104 H 0.006 0.004 0.021 0.812 0.059 0.099 105 A 0.002 0.001 0.010 0.940 0.019 0.029 106 D 0.003 0.001 0.012 0.941 0.024 0.020 107 Y 0.003 0.001 0.011 0.952 0.017 0.015 108 W 0.004 0.001 0.004 0.974 0.008 0.009 109 V 0.002 0.001 0.002 0.986 0.007 0.003 110 N 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.002 111 W 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.001 112 C 0.001 0.001 0.004 0.987 0.007 0.002 113 A 0.001 0.001 0.012 0.972 0.011 0.004 114 A 0.001 0.001 0.016 0.956 0.017 0.011 115 H 0.001 0.001 0.006 0.915 0.020 0.058 116 D 0.002 0.001 0.001 0.010 0.032 0.955 117 V 0.006 0.012 0.001 0.003 0.040 0.939 118 T 0.004 0.002 0.001 0.014 0.047 0.933 119 L 0.001 0.001 0.058 0.902 0.025 0.013 120 E 0.001 0.001 0.118 0.845 0.032 0.004 121 D 0.001 0.001 0.161 0.795 0.040 0.004 122 L 0.002 0.001 0.046 0.923 0.017 0.011 123 H 0.002 0.001 0.054 0.896 0.032 0.016 124 D 0.004 0.001 0.036 0.583 0.167 0.211 125 Q 0.006 0.001 0.016 0.087 0.261 0.629 126 R 0.005 0.014 0.011 0.055 0.214 0.701 127 V 0.006 0.008 0.011 0.087 0.210 0.678 128 A 0.002 0.002 0.009 0.098 0.140 0.749 129 P 0.001 0.001 0.019 0.903 0.038 0.038 130 E 0.002 0.001 0.018 0.925 0.038 0.017 131 L 0.002 0.001 0.014 0.949 0.024 0.010 132 H 0.001 0.001 0.007 0.971 0.013 0.006 133 A 0.001 0.001 0.007 0.974 0.011 0.006 134 L 0.003 0.001 0.005 0.975 0.008 0.008 135 S 0.002 0.001 0.003 0.981 0.005 0.009 136 H 0.002 0.001 0.002 0.987 0.003 0.005 137 W 0.004 0.001 0.004 0.982 0.004 0.005 138 C 0.006 0.001 0.004 0.978 0.006 0.005 139 W 0.013 0.001 0.010 0.953 0.014 0.009 140 Q 0.011 0.001 0.012 0.908 0.040 0.028 141 T 0.006 0.001 0.013 0.852 0.066 0.061 142 S 0.011 0.008 0.018 0.577 0.197 0.189 143 S 0.008 0.008 0.035 0.378 0.297 0.274 144 S 0.004 0.004 0.042 0.369 0.283 0.297 145 D 0.002 0.003 0.034 0.213 0.320 0.428 146 S 0.003 0.007 0.078 0.481 0.188 0.243 147 L 0.001 0.002 0.040 0.904 0.037 0.016 148 A 0.001 0.001 0.017 0.954 0.020 0.007 149 V 0.001 0.001 0.008 0.969 0.016 0.005 150 A 0.002 0.001 0.005 0.971 0.013 0.010 151 M 0.001 0.001 0.003 0.987 0.005 0.003 152 A 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.002 153 A 0.001 0.001 0.006 0.979 0.009 0.005 154 T 0.001 0.001 0.004 0.983 0.005 0.007 155 N 0.001 0.001 0.008 0.933 0.023 0.035 156 Y 0.001 0.001 0.020 0.914 0.033 0.032 157 A 0.004 0.004 0.026 0.889 0.042 0.035 158 I 0.005 0.002 0.016 0.938 0.024 0.014 159 E 0.006 0.001 0.020 0.937 0.022 0.014 160 G 0.004 0.001 0.016 0.931 0.026 0.021 161 A 0.006 0.004 0.015 0.908 0.035 0.032 162 T 0.008 0.005 0.008 0.838 0.057 0.084 163 G 0.001 0.001 0.004 0.930 0.020 0.045 164 E 0.001 0.001 0.003 0.985 0.005 0.006 165 W 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 166 S 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 167 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.002 168 V 0.005 0.001 0.009 0.959 0.019 0.008 169 V 0.010 0.002 0.007 0.932 0.029 0.020 170 C 0.020 0.005 0.008 0.885 0.048 0.034 171 S 0.036 0.003 0.010 0.803 0.084 0.065 172 T 0.034 0.002 0.014 0.662 0.136 0.152 173 G 0.049 0.004 0.023 0.656 0.149 0.119 174 V 0.199 0.015 0.022 0.525 0.131 0.109 175 Y 0.213 0.014 0.035 0.452 0.154 0.133 176 A 0.220 0.021 0.054 0.317 0.223 0.165 177 E 0.221 0.008 0.050 0.200 0.320 0.201 178 A 0.175 0.006 0.030 0.077 0.383 0.329 179 F 0.158 0.043 0.016 0.035 0.331 0.417 180 A 0.118 0.021 0.025 0.043 0.401 0.391 181 E 0.041 0.006 0.193 0.181 0.407 0.171 182 E 0.035 0.021 0.149 0.209 0.415 0.172 183 T 0.022 0.010 0.070 0.259 0.369 0.269 184 R 0.009 0.002 0.006 0.224 0.123 0.637 185 K 0.005 0.003 0.007 0.824 0.049 0.112 186 K 0.001 0.001 0.005 0.973 0.011 0.010 187 S 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.004 188 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 189 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 190 W 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 191 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 192 K 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 193 M 0.001 0.001 0.005 0.987 0.004 0.003 194 H 0.002 0.001 0.008 0.959 0.016 0.015 195 A 0.005 0.001 0.015 0.900 0.043 0.035 196 Q 0.008 0.003 0.019 0.559 0.208 0.203 197 Y 0.004 0.002 0.069 0.608 0.204 0.113 198 D 0.009 0.005 0.095 0.298 0.384 0.209 199 D 0.006 0.005 0.062 0.377 0.394 0.156 200 A 0.003 0.003 0.030 0.616 0.212 0.136 201 H 0.004 0.004 0.007 0.304 0.214 0.466 202 P 0.002 0.001 0.007 0.786 0.067 0.137 203 W 0.002 0.001 0.004 0.922 0.035 0.036 204 E 0.001 0.001 0.004 0.956 0.023 0.015 205 A 0.001 0.001 0.003 0.978 0.008 0.009 206 L 0.001 0.001 0.002 0.983 0.006 0.009 207 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.006 0.006 208 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 209 I 0.001 0.001 0.002 0.986 0.007 0.005 210 C 0.001 0.001 0.004 0.979 0.011 0.005 211 T 0.001 0.001 0.004 0.942 0.031 0.022 212 L 0.001 0.001 0.004 0.898 0.043 0.053 213 V 0.002 0.007 0.011 0.770 0.087 0.123 214 G 0.003 0.005 0.022 0.317 0.358 0.295 215 N 0.003 0.002 0.033 0.188 0.389 0.384 216 K 0.003 0.004 0.020 0.062 0.402 0.510 217 P 0.002 0.004 0.017 0.078 0.403 0.496 218 S 0.002 0.003 0.013 0.178 0.234 0.569 219 L 0.001 0.001 0.018 0.837 0.091 0.053 220 Q 0.002 0.001 0.012 0.890 0.054 0.040 221 L 0.002 0.001 0.009 0.937 0.026 0.025 222 Q 0.001 0.001 0.002 0.985 0.006 0.007 223 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.003 224 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.005 225 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 226 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 227 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 228 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 229 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 230 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 231 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.004 232 S 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.008 233 Y 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 234 D 0.001 0.001 0.002 0.987 0.005 0.005 235 Y 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.005 236 M 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.005 237 Y 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 238 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.003 239 F 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 240 L 0.001 0.001 0.009 0.980 0.007 0.003 241 E 0.001 0.001 0.018 0.958 0.019 0.005 242 R 0.001 0.001 0.023 0.945 0.021 0.011 243 C 0.001 0.002 0.015 0.894 0.049 0.039 244 I 0.006 0.009 0.046 0.636 0.158 0.145 245 Q 0.024 0.013 0.028 0.204 0.349 0.383 246 L 0.032 0.003 0.187 0.165 0.379 0.233 247 D 0.052 0.012 0.222 0.131 0.322 0.261 248 K 0.084 0.014 0.243 0.121 0.264 0.274 249 V 0.126 0.037 0.071 0.108 0.248 0.409 250 K 0.087 0.024 0.029 0.092 0.230 0.538 251 S 0.091 0.018 0.027 0.077 0.364 0.422 252 P 0.070 0.010 0.049 0.150 0.383 0.338 253 R 0.132 0.012 0.049 0.086 0.373 0.348 254 G 0.393 0.012 0.031 0.080 0.217 0.266 255 R 0.574 0.022 0.019 0.070 0.105 0.210 256 V 0.585 0.024 0.022 0.091 0.094 0.184 257 A 0.603 0.006 0.032 0.101 0.096 0.161 258 A 0.523 0.014 0.038 0.089 0.101 0.235 259 L 0.421 0.022 0.028 0.072 0.097 0.359 260 E 0.212 0.016 0.017 0.068 0.086 0.600 261 M 0.004 0.003 0.001 0.005 0.018 0.969