# TARGET T0627 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0627.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 45 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.603 0.223 0.108 0.051 0.012 0.002 0.001 2 I 0.645 0.207 0.089 0.043 0.014 0.002 0.001 3 D 0.471 0.256 0.136 0.085 0.040 0.011 0.001 4 T 0.523 0.259 0.117 0.062 0.028 0.010 0.001 5 F 0.302 0.171 0.181 0.211 0.109 0.024 0.002 6 E 0.601 0.275 0.087 0.029 0.007 0.001 0.001 7 R 0.489 0.288 0.143 0.062 0.016 0.002 0.001 8 T 0.438 0.248 0.142 0.118 0.046 0.008 0.001 9 G 0.571 0.267 0.115 0.040 0.007 0.001 0.001 10 P 0.782 0.178 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 11 L 0.469 0.286 0.147 0.076 0.021 0.002 0.001 12 M 0.279 0.219 0.209 0.193 0.084 0.015 0.001 13 E 0.329 0.303 0.202 0.116 0.039 0.009 0.001 14 A 0.220 0.131 0.141 0.228 0.204 0.071 0.006 15 S 0.152 0.232 0.216 0.190 0.137 0.062 0.010 16 S 0.198 0.247 0.201 0.189 0.109 0.045 0.010 17 Y 0.096 0.177 0.183 0.201 0.177 0.136 0.031 18 P 0.343 0.280 0.186 0.110 0.056 0.021 0.004 19 A 0.360 0.338 0.185 0.087 0.024 0.005 0.001 20 W 0.145 0.129 0.151 0.227 0.224 0.112 0.012 21 A 0.111 0.136 0.153 0.245 0.235 0.107 0.013 22 Q 0.177 0.386 0.266 0.126 0.036 0.008 0.001 23 Q 0.147 0.249 0.304 0.213 0.073 0.014 0.001 24 L 0.042 0.057 0.061 0.138 0.320 0.350 0.032 25 I 0.039 0.101 0.206 0.345 0.226 0.077 0.007 26 N 0.241 0.410 0.219 0.091 0.030 0.009 0.001 27 D 0.161 0.259 0.264 0.206 0.089 0.020 0.002 28 C 0.124 0.188 0.191 0.228 0.182 0.080 0.006 29 S 0.280 0.302 0.218 0.138 0.052 0.009 0.001 30 P 0.397 0.383 0.154 0.053 0.011 0.002 0.001 31 A 0.079 0.126 0.170 0.258 0.258 0.100 0.008 32 K 0.068 0.164 0.224 0.287 0.200 0.053 0.004 33 A 0.352 0.417 0.157 0.057 0.013 0.003 0.001 34 R 0.166 0.274 0.270 0.198 0.074 0.016 0.001 35 V 0.036 0.069 0.117 0.223 0.332 0.211 0.012 36 V 0.052 0.152 0.246 0.316 0.189 0.043 0.003 37 E 0.160 0.380 0.250 0.131 0.057 0.021 0.002 38 H 0.027 0.125 0.256 0.336 0.203 0.049 0.003 39 E 0.119 0.384 0.290 0.149 0.047 0.011 0.001 40 L 0.008 0.031 0.100 0.273 0.405 0.174 0.010 41 Y 0.012 0.028 0.054 0.179 0.383 0.311 0.033 42 Q 0.075 0.278 0.273 0.235 0.104 0.032 0.003 43 Q 0.062 0.224 0.326 0.268 0.094 0.026 0.001 44 M 0.018 0.042 0.065 0.175 0.377 0.297 0.027 45 R 0.058 0.119 0.216 0.310 0.220 0.072 0.006 46 D 0.330 0.415 0.186 0.056 0.011 0.002 0.001 47 A 0.116 0.250 0.243 0.262 0.104 0.023 0.001 48 K 0.264 0.389 0.189 0.095 0.044 0.018 0.002 49 L 0.017 0.049 0.142 0.299 0.358 0.126 0.009 50 S 0.062 0.273 0.286 0.257 0.104 0.017 0.001 51 P 0.045 0.239 0.361 0.252 0.089 0.013 0.001 52 Q 0.277 0.481 0.177 0.051 0.012 0.002 0.001 53 I 0.011 0.080 0.233 0.340 0.257 0.070 0.008 54 M 0.003 0.007 0.019 0.094 0.367 0.459 0.052 55 R 0.007 0.095 0.278 0.367 0.199 0.051 0.003 56 Q 0.064 0.262 0.284 0.245 0.109 0.035 0.002 57 Y 0.005 0.008 0.023 0.092 0.293 0.501 0.078 58 L 0.006 0.006 0.012 0.051 0.198 0.583 0.144 59 I 0.080 0.204 0.287 0.251 0.130 0.043 0.006 60 G 0.091 0.147 0.197 0.249 0.200 0.103 0.014 61 G 0.007 0.014 0.020 0.067 0.167 0.466 0.260 62 W 0.008 0.030 0.066 0.186 0.323 0.318 0.069 63 P 0.022 0.077 0.153 0.272 0.299 0.150 0.026 64 V 0.010 0.020 0.064 0.176 0.347 0.314 0.068 65 V 0.009 0.010 0.017 0.053 0.177 0.528 0.205 66 E 0.019 0.059 0.164 0.300 0.281 0.147 0.030 67 Q 0.050 0.110 0.146 0.224 0.257 0.177 0.036 68 F 0.015 0.025 0.034 0.097 0.220 0.449 0.160 69 A 0.028 0.037 0.045 0.123 0.242 0.417 0.108 70 V 0.062 0.136 0.185 0.247 0.225 0.123 0.023 71 Y 0.039 0.045 0.075 0.161 0.301 0.288 0.092 72 M 0.016 0.024 0.031 0.070 0.146 0.380 0.334 73 A 0.029 0.052 0.072 0.141 0.183 0.302 0.221 74 K 0.039 0.064 0.080 0.145 0.215 0.274 0.184 75 N 0.019 0.026 0.038 0.094 0.199 0.365 0.258 76 L 0.020 0.027 0.049 0.104 0.186 0.389 0.225 77 T 0.029 0.048 0.087 0.166 0.253 0.316 0.102 78 K 0.039 0.077 0.129 0.221 0.277 0.211 0.046 79 T 0.052 0.063 0.098 0.185 0.292 0.259 0.051 80 R 0.132 0.221 0.240 0.207 0.124 0.065 0.010 81 F 0.222 0.247 0.192 0.175 0.114 0.044 0.005 82 G 0.175 0.155 0.177 0.232 0.177 0.074 0.009 83 R 0.477 0.255 0.134 0.081 0.037 0.014 0.002 84 H 0.376 0.232 0.156 0.127 0.074 0.030 0.004 85 P 0.441 0.222 0.127 0.103 0.069 0.034 0.005 86 G 0.345 0.248 0.170 0.130 0.075 0.028 0.005 87 E 0.295 0.258 0.189 0.143 0.075 0.033 0.008 88 D 0.356 0.313 0.171 0.098 0.044 0.016 0.003 89 M 0.194 0.263 0.250 0.172 0.087 0.030 0.005 90 A 0.046 0.078 0.116 0.212 0.290 0.224 0.033 91 R 0.046 0.093 0.145 0.236 0.275 0.180 0.024 92 R 0.133 0.249 0.249 0.195 0.110 0.056 0.008 93 W 0.061 0.094 0.154 0.262 0.255 0.156 0.019 94 L 0.025 0.027 0.046 0.116 0.268 0.424 0.094 95 M 0.069 0.097 0.150 0.246 0.260 0.151 0.027 96 R 0.184 0.301 0.233 0.163 0.081 0.032 0.007 97 N 0.184 0.214 0.202 0.193 0.121 0.068 0.018 98 I 0.102 0.137 0.153 0.201 0.217 0.156 0.035 99 R 0.201 0.268 0.224 0.164 0.097 0.040 0.006 100 V 0.139 0.150 0.165 0.221 0.205 0.105 0.014 101 E 0.117 0.156 0.170 0.222 0.193 0.123 0.019 102 L 0.110 0.240 0.233 0.218 0.138 0.053 0.008 103 N 0.083 0.183 0.221 0.253 0.179 0.069 0.011 104 H 0.011 0.030 0.057 0.133 0.281 0.387 0.100 105 A 0.006 0.025 0.060 0.169 0.330 0.342 0.069 106 D 0.016 0.114 0.267 0.328 0.190 0.077 0.007 107 Y 0.002 0.009 0.035 0.152 0.380 0.374 0.048 108 W 0.003 0.004 0.004 0.016 0.101 0.562 0.312 109 V 0.007 0.036 0.119 0.326 0.341 0.159 0.013 110 N 0.017 0.129 0.296 0.337 0.171 0.046 0.003 111 W 0.004 0.011 0.024 0.102 0.312 0.476 0.072 112 C 0.006 0.012 0.039 0.145 0.353 0.387 0.058 113 A 0.087 0.345 0.307 0.172 0.063 0.022 0.004 114 A 0.122 0.264 0.228 0.228 0.118 0.034 0.005 115 H 0.020 0.072 0.150 0.256 0.282 0.192 0.029 116 D 0.103 0.213 0.236 0.212 0.155 0.074 0.006 117 V 0.051 0.081 0.137 0.262 0.309 0.143 0.018 118 T 0.152 0.283 0.238 0.197 0.104 0.025 0.002 119 L 0.208 0.292 0.257 0.180 0.053 0.009 0.001 120 E 0.626 0.302 0.057 0.012 0.002 0.001 0.001 121 D 0.228 0.351 0.248 0.132 0.034 0.006 0.001 122 L 0.046 0.066 0.156 0.324 0.317 0.088 0.004 123 H 0.320 0.363 0.196 0.091 0.025 0.005 0.001 124 D 0.575 0.302 0.087 0.027 0.007 0.002 0.001 125 Q 0.110 0.178 0.256 0.270 0.141 0.041 0.004 126 R 0.275 0.259 0.203 0.154 0.079 0.026 0.004 127 V 0.223 0.257 0.205 0.176 0.100 0.034 0.005 128 A 0.235 0.225 0.209 0.179 0.108 0.040 0.004 129 P 0.308 0.284 0.185 0.135 0.064 0.021 0.003 130 E 0.211 0.224 0.192 0.192 0.123 0.050 0.009 131 L 0.102 0.086 0.102 0.181 0.257 0.231 0.041 132 H 0.095 0.168 0.191 0.224 0.200 0.102 0.020 133 A 0.073 0.161 0.206 0.249 0.183 0.100 0.027 134 L 0.030 0.039 0.052 0.112 0.230 0.395 0.142 135 S 0.014 0.029 0.054 0.131 0.220 0.359 0.194 136 H 0.029 0.087 0.150 0.247 0.249 0.180 0.058 137 W 0.018 0.027 0.056 0.136 0.314 0.343 0.107 138 C 0.022 0.017 0.017 0.039 0.110 0.424 0.371 139 W 0.036 0.048 0.078 0.185 0.248 0.275 0.130 140 Q 0.060 0.114 0.156 0.218 0.209 0.179 0.064 141 T 0.019 0.030 0.053 0.125 0.244 0.364 0.165 142 S 0.018 0.036 0.062 0.141 0.229 0.315 0.199 143 S 0.061 0.156 0.182 0.220 0.207 0.126 0.049 144 S 0.043 0.136 0.185 0.235 0.231 0.127 0.044 145 D 0.095 0.242 0.215 0.217 0.130 0.072 0.029 146 S 0.020 0.044 0.104 0.189 0.285 0.249 0.109 147 L 0.003 0.006 0.010 0.032 0.156 0.513 0.281 148 A 0.004 0.022 0.053 0.161 0.294 0.338 0.127 149 V 0.004 0.023 0.070 0.177 0.246 0.324 0.157 150 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.041 0.320 0.630 151 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.262 0.699 152 A 0.001 0.005 0.014 0.043 0.115 0.320 0.503 153 A 0.002 0.004 0.010 0.036 0.100 0.306 0.542 154 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.137 0.845 155 N 0.001 0.001 0.002 0.009 0.032 0.188 0.767 156 Y 0.001 0.003 0.007 0.025 0.087 0.273 0.605 157 A 0.001 0.002 0.004 0.019 0.080 0.273 0.622 158 I 0.001 0.001 0.004 0.015 0.053 0.241 0.684 159 E 0.003 0.006 0.014 0.031 0.092 0.342 0.512 160 G 0.008 0.016 0.036 0.090 0.170 0.316 0.363 161 A 0.008 0.015 0.031 0.075 0.156 0.325 0.390 162 T 0.010 0.025 0.031 0.068 0.121 0.329 0.416 163 G 0.015 0.023 0.037 0.092 0.171 0.333 0.330 164 E 0.037 0.069 0.094 0.147 0.200 0.257 0.195 165 W 0.021 0.027 0.050 0.111 0.212 0.361 0.217 166 S 0.011 0.015 0.024 0.057 0.160 0.444 0.290 167 A 0.016 0.047 0.093 0.199 0.279 0.292 0.074 168 V 0.027 0.103 0.150 0.220 0.253 0.199 0.048 169 V 0.023 0.068 0.152 0.255 0.281 0.185 0.036 170 C 0.041 0.094 0.160 0.259 0.254 0.169 0.023 171 S 0.222 0.339 0.226 0.131 0.058 0.021 0.003 172 T 0.277 0.255 0.180 0.145 0.095 0.043 0.005 173 G 0.100 0.128 0.187 0.265 0.222 0.091 0.008 174 V 0.335 0.279 0.185 0.117 0.060 0.022 0.003 175 Y 0.320 0.280 0.188 0.129 0.059 0.021 0.002 176 A 0.164 0.142 0.173 0.225 0.192 0.097 0.007 177 E 0.212 0.214 0.194 0.200 0.129 0.048 0.003 178 A 0.478 0.248 0.128 0.084 0.044 0.017 0.002 179 F 0.346 0.232 0.182 0.151 0.069 0.018 0.002 180 A 0.585 0.251 0.100 0.044 0.015 0.004 0.001 181 E 0.524 0.248 0.113 0.074 0.032 0.009 0.001 182 E 0.438 0.254 0.156 0.096 0.042 0.012 0.002 183 T 0.226 0.232 0.206 0.188 0.113 0.032 0.003 184 R 0.108 0.260 0.274 0.210 0.109 0.035 0.004 185 K 0.184 0.329 0.223 0.164 0.076 0.022 0.002 186 K 0.036 0.156 0.265 0.304 0.181 0.052 0.006 187 S 0.002 0.008 0.024 0.102 0.345 0.454 0.064 188 M 0.006 0.051 0.140 0.275 0.338 0.173 0.018 189 K 0.019 0.138 0.255 0.326 0.180 0.076 0.006 190 W 0.001 0.006 0.020 0.088 0.297 0.505 0.083 191 L 0.001 0.002 0.004 0.023 0.132 0.569 0.270 192 K 0.010 0.082 0.217 0.346 0.229 0.104 0.012 193 M 0.010 0.064 0.180 0.340 0.290 0.110 0.006 194 H 0.005 0.015 0.025 0.087 0.291 0.486 0.090 195 A 0.029 0.076 0.160 0.290 0.279 0.152 0.015 196 Q 0.187 0.407 0.241 0.118 0.039 0.008 0.001 197 Y 0.157 0.224 0.254 0.243 0.101 0.020 0.002 198 D 0.298 0.292 0.186 0.124 0.067 0.029 0.004 199 D 0.215 0.215 0.201 0.209 0.117 0.038 0.004 200 A 0.271 0.293 0.186 0.132 0.083 0.030 0.005 201 H 0.112 0.227 0.241 0.243 0.130 0.042 0.005 202 P 0.096 0.207 0.252 0.235 0.145 0.059 0.007 203 W 0.312 0.320 0.194 0.106 0.048 0.017 0.002 204 E 0.119 0.306 0.281 0.195 0.078 0.019 0.003 205 A 0.012 0.036 0.077 0.197 0.380 0.271 0.027 206 L 0.015 0.104 0.249 0.333 0.223 0.070 0.005 207 E 0.094 0.480 0.308 0.093 0.020 0.004 0.001 208 I 0.007 0.040 0.150 0.335 0.345 0.117 0.005 209 I 0.003 0.006 0.016 0.094 0.383 0.464 0.034 210 C 0.035 0.190 0.357 0.301 0.094 0.020 0.002 211 T 0.193 0.421 0.253 0.099 0.028 0.006 0.001 212 L 0.025 0.070 0.158 0.298 0.320 0.122 0.008 213 V 0.053 0.089 0.195 0.318 0.265 0.076 0.004 214 G 0.414 0.345 0.152 0.065 0.019 0.004 0.001 215 N 0.379 0.328 0.166 0.094 0.027 0.006 0.001 216 K 0.393 0.263 0.166 0.109 0.051 0.016 0.002 217 P 0.365 0.258 0.179 0.119 0.062 0.016 0.002 218 S 0.468 0.299 0.130 0.077 0.022 0.004 0.001 219 L 0.426 0.324 0.163 0.065 0.019 0.003 0.001 220 Q 0.631 0.287 0.062 0.016 0.003 0.001 0.001 221 L 0.059 0.181 0.286 0.293 0.149 0.030 0.002 222 Q 0.010 0.071 0.197 0.353 0.297 0.069 0.003 223 A 0.074 0.431 0.321 0.133 0.036 0.005 0.001 224 E 0.015 0.126 0.362 0.365 0.108 0.023 0.002 225 L 0.001 0.001 0.004 0.032 0.274 0.622 0.066 226 R 0.001 0.008 0.086 0.322 0.432 0.146 0.007 227 Q 0.006 0.144 0.354 0.366 0.108 0.022 0.001 228 A 0.001 0.003 0.016 0.099 0.393 0.446 0.043 229 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.088 0.641 0.265 230 T 0.001 0.037 0.192 0.457 0.253 0.056 0.003 231 K 0.003 0.040 0.173 0.394 0.295 0.089 0.006 232 S 0.001 0.001 0.003 0.015 0.112 0.592 0.277 233 Y 0.001 0.007 0.033 0.164 0.392 0.354 0.049 234 D 0.012 0.142 0.298 0.332 0.164 0.047 0.005 235 Y 0.004 0.018 0.044 0.163 0.366 0.329 0.076 236 M 0.001 0.006 0.011 0.040 0.146 0.521 0.274 237 Y 0.002 0.025 0.109 0.299 0.367 0.182 0.017 238 L 0.007 0.052 0.156 0.337 0.309 0.127 0.011 239 F 0.002 0.006 0.010 0.040 0.175 0.497 0.270 240 L 0.002 0.004 0.010 0.047 0.193 0.554 0.190 241 E 0.008 0.074 0.203 0.344 0.258 0.106 0.007 242 R 0.021 0.095 0.180 0.323 0.272 0.102 0.007 243 C 0.007 0.020 0.045 0.117 0.288 0.460 0.064 244 I 0.018 0.054 0.131 0.324 0.337 0.129 0.007 245 Q 0.179 0.471 0.236 0.088 0.022 0.004 0.001 246 L 0.218 0.297 0.258 0.167 0.050 0.009 0.001 247 D 0.408 0.319 0.162 0.077 0.026 0.006 0.001 248 K 0.378 0.326 0.174 0.086 0.030 0.006 0.001 249 V 0.182 0.219 0.221 0.223 0.121 0.031 0.003 250 K 0.234 0.261 0.199 0.175 0.095 0.032 0.003 251 S 0.238 0.215 0.193 0.181 0.120 0.046 0.006 252 P 0.389 0.224 0.151 0.121 0.076 0.034 0.005 253 R 0.338 0.263 0.184 0.134 0.060 0.018 0.003 254 G 0.321 0.247 0.183 0.143 0.073 0.029 0.005 255 R 0.262 0.216 0.167 0.162 0.130 0.057 0.006 256 V 0.278 0.185 0.187 0.173 0.108 0.058 0.010 257 A 0.237 0.173 0.159 0.197 0.145 0.081 0.008 258 A 0.249 0.167 0.154 0.170 0.160 0.092 0.007 259 L 0.226 0.190 0.182 0.204 0.139 0.053 0.005 260 E 0.470 0.293 0.146 0.069 0.018 0.004 0.001 261 M 0.525 0.239 0.120 0.071 0.035 0.009 0.001