# TARGET T0627 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0627.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1054 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.103 0.018 0.020 0.048 0.249 0.561 2 I 0.219 0.033 0.029 0.079 0.196 0.444 3 D 0.173 0.023 0.044 0.068 0.309 0.383 4 T 0.118 0.024 0.093 0.103 0.328 0.335 5 F 0.131 0.030 0.119 0.119 0.299 0.302 6 E 0.153 0.021 0.156 0.121 0.312 0.237 7 R 0.155 0.020 0.083 0.151 0.295 0.296 8 T 0.124 0.025 0.040 0.135 0.272 0.404 9 G 0.090 0.014 0.018 0.034 0.255 0.589 10 P 0.103 0.020 0.033 0.047 0.281 0.516 11 L 0.108 0.038 0.108 0.084 0.298 0.365 12 M 0.114 0.050 0.108 0.105 0.282 0.340 13 E 0.087 0.022 0.121 0.108 0.349 0.314 14 A 0.033 0.014 0.161 0.125 0.360 0.307 15 S 0.025 0.020 0.093 0.108 0.385 0.369 16 S 0.013 0.015 0.048 0.086 0.341 0.496 17 Y 0.005 0.008 0.016 0.115 0.180 0.676 18 P 0.003 0.006 0.028 0.540 0.150 0.272 19 A 0.001 0.002 0.048 0.845 0.059 0.045 20 W 0.001 0.001 0.028 0.940 0.022 0.009 21 A 0.001 0.001 0.014 0.962 0.012 0.009 22 Q 0.001 0.001 0.014 0.968 0.011 0.007 23 Q 0.002 0.001 0.011 0.966 0.013 0.008 24 L 0.001 0.001 0.009 0.976 0.010 0.005 25 I 0.001 0.001 0.017 0.960 0.014 0.007 26 N 0.001 0.001 0.028 0.931 0.026 0.014 27 D 0.001 0.001 0.032 0.778 0.064 0.123 28 C 0.002 0.004 0.011 0.633 0.072 0.278 29 S 0.003 0.003 0.007 0.271 0.130 0.586 30 P 0.001 0.001 0.028 0.829 0.072 0.069 31 A 0.002 0.001 0.055 0.873 0.051 0.018 32 K 0.004 0.001 0.031 0.920 0.032 0.011 33 A 0.006 0.001 0.035 0.905 0.033 0.020 34 R 0.007 0.001 0.030 0.899 0.034 0.030 35 V 0.012 0.002 0.029 0.862 0.049 0.046 36 V 0.015 0.005 0.016 0.801 0.065 0.097 37 E 0.010 0.003 0.007 0.691 0.063 0.226 38 H 0.006 0.001 0.004 0.713 0.051 0.225 39 E 0.003 0.001 0.003 0.954 0.013 0.026 40 L 0.004 0.001 0.002 0.982 0.005 0.006 41 Y 0.003 0.001 0.001 0.990 0.003 0.003 42 Q 0.002 0.001 0.002 0.992 0.002 0.001 43 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 44 M 0.001 0.001 0.003 0.989 0.006 0.002 45 R 0.001 0.001 0.003 0.974 0.014 0.008 46 D 0.001 0.001 0.008 0.846 0.088 0.056 47 A 0.002 0.004 0.012 0.170 0.373 0.439 48 K 0.004 0.009 0.004 0.005 0.181 0.798 49 L 0.013 0.032 0.002 0.002 0.206 0.745 50 S 0.007 0.005 0.001 0.006 0.102 0.880 51 P 0.001 0.001 0.014 0.976 0.005 0.005 52 Q 0.001 0.001 0.010 0.988 0.001 0.001 53 I 0.001 0.001 0.014 0.984 0.002 0.001 54 M 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 55 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 56 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 57 Y 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 58 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.007 0.002 59 I 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.002 60 G 0.001 0.001 0.003 0.956 0.009 0.030 61 G 0.001 0.001 0.005 0.933 0.008 0.052 62 W 0.001 0.001 0.015 0.947 0.015 0.022 63 P 0.001 0.001 0.022 0.963 0.010 0.004 64 V 0.001 0.001 0.019 0.969 0.008 0.003 65 V 0.001 0.001 0.015 0.975 0.006 0.002 66 E 0.001 0.001 0.007 0.984 0.006 0.003 67 Q 0.001 0.001 0.006 0.978 0.007 0.008 68 F 0.001 0.001 0.004 0.963 0.008 0.024 69 A 0.001 0.001 0.005 0.981 0.006 0.007 70 V 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.001 71 Y 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 72 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 73 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 74 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 75 N 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 76 L 0.001 0.001 0.007 0.972 0.012 0.008 77 T 0.001 0.001 0.010 0.957 0.017 0.015 78 K 0.001 0.001 0.014 0.884 0.034 0.066 79 T 0.003 0.005 0.016 0.381 0.101 0.494 80 R 0.006 0.010 0.026 0.293 0.166 0.498 81 F 0.008 0.015 0.070 0.144 0.375 0.387 82 G 0.007 0.016 0.071 0.125 0.475 0.306 83 R 0.009 0.015 0.046 0.079 0.497 0.354 84 H 0.005 0.013 0.018 0.039 0.614 0.311 85 P 0.002 0.008 0.075 0.250 0.444 0.221 86 G 0.002 0.007 0.071 0.392 0.296 0.231 87 E 0.002 0.004 0.028 0.699 0.140 0.126 88 D 0.001 0.001 0.008 0.964 0.014 0.013 89 M 0.001 0.001 0.007 0.983 0.006 0.004 90 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 91 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 92 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 93 W 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 94 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 95 M 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 96 R 0.001 0.001 0.005 0.980 0.007 0.006 97 N 0.002 0.001 0.004 0.942 0.012 0.039 98 I 0.006 0.002 0.007 0.929 0.021 0.035 99 R 0.020 0.002 0.013 0.882 0.038 0.046 100 V 0.028 0.003 0.020 0.877 0.041 0.032 101 E 0.025 0.004 0.012 0.888 0.044 0.028 102 L 0.010 0.003 0.013 0.855 0.063 0.056 103 N 0.003 0.002 0.012 0.808 0.091 0.083 104 H 0.004 0.003 0.016 0.784 0.089 0.104 105 A 0.004 0.002 0.009 0.896 0.037 0.052 106 D 0.004 0.001 0.010 0.956 0.017 0.012 107 Y 0.002 0.001 0.013 0.967 0.010 0.006 108 W 0.002 0.001 0.009 0.977 0.005 0.007 109 V 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 110 N 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 111 W 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 112 C 0.001 0.001 0.005 0.987 0.005 0.002 113 A 0.001 0.001 0.010 0.983 0.005 0.002 114 A 0.001 0.001 0.014 0.971 0.008 0.007 115 H 0.001 0.001 0.013 0.906 0.016 0.064 116 D 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.972 117 V 0.002 0.007 0.001 0.001 0.046 0.943 118 T 0.005 0.007 0.001 0.002 0.030 0.955 119 L 0.001 0.001 0.116 0.855 0.014 0.015 120 E 0.002 0.001 0.156 0.825 0.012 0.004 121 D 0.002 0.001 0.141 0.839 0.015 0.002 122 L 0.002 0.001 0.030 0.944 0.018 0.004 123 H 0.002 0.001 0.021 0.922 0.043 0.011 124 D 0.003 0.001 0.042 0.623 0.205 0.125 125 Q 0.010 0.014 0.022 0.272 0.237 0.445 126 R 0.008 0.021 0.011 0.058 0.122 0.779 127 V 0.008 0.016 0.007 0.033 0.145 0.791 128 A 0.005 0.004 0.003 0.041 0.158 0.788 129 P 0.001 0.001 0.030 0.887 0.038 0.043 130 E 0.001 0.001 0.027 0.943 0.020 0.009 131 L 0.001 0.001 0.031 0.950 0.013 0.005 132 H 0.001 0.001 0.008 0.980 0.005 0.005 133 A 0.001 0.001 0.010 0.980 0.004 0.004 134 L 0.001 0.001 0.007 0.988 0.003 0.002 135 S 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 136 H 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.002 137 W 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 138 C 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 139 W 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.001 140 Q 0.001 0.001 0.007 0.987 0.004 0.002 141 T 0.001 0.001 0.008 0.967 0.010 0.014 142 S 0.002 0.003 0.016 0.822 0.048 0.109 143 S 0.003 0.005 0.019 0.663 0.172 0.139 144 S 0.003 0.005 0.017 0.385 0.316 0.274 145 D 0.003 0.005 0.011 0.237 0.365 0.380 146 S 0.004 0.007 0.009 0.338 0.174 0.468 147 L 0.001 0.001 0.004 0.967 0.011 0.016 148 A 0.003 0.001 0.003 0.978 0.008 0.007 149 V 0.008 0.001 0.003 0.969 0.013 0.007 150 A 0.021 0.001 0.003 0.963 0.009 0.004 151 M 0.011 0.001 0.002 0.982 0.003 0.001 152 A 0.005 0.001 0.001 0.991 0.002 0.001 153 A 0.003 0.001 0.001 0.991 0.002 0.002 154 T 0.005 0.001 0.003 0.977 0.005 0.009 155 N 0.014 0.002 0.023 0.887 0.028 0.045 156 Y 0.019 0.004 0.061 0.794 0.069 0.054 157 A 0.029 0.011 0.076 0.704 0.117 0.063 158 I 0.021 0.011 0.063 0.730 0.131 0.044 159 E 0.015 0.004 0.078 0.695 0.156 0.052 160 G 0.012 0.003 0.095 0.614 0.187 0.089 161 A 0.015 0.009 0.067 0.599 0.179 0.131 162 T 0.016 0.015 0.041 0.510 0.206 0.212 163 G 0.013 0.006 0.059 0.561 0.196 0.165 164 E 0.025 0.004 0.082 0.568 0.193 0.128 165 W 0.023 0.005 0.058 0.798 0.073 0.043 166 S 0.021 0.004 0.021 0.883 0.032 0.040 167 A 0.012 0.001 0.014 0.939 0.016 0.018 168 V 0.016 0.001 0.017 0.944 0.014 0.009 169 V 0.012 0.001 0.014 0.954 0.013 0.006 170 C 0.007 0.002 0.012 0.949 0.017 0.013 171 S 0.004 0.001 0.011 0.938 0.022 0.024 172 T 0.001 0.001 0.023 0.931 0.023 0.022 173 G 0.003 0.001 0.040 0.863 0.053 0.040 174 V 0.009 0.005 0.084 0.758 0.092 0.053 175 Y 0.013 0.006 0.081 0.722 0.100 0.079 176 A 0.010 0.002 0.143 0.685 0.100 0.060 177 E 0.010 0.002 0.136 0.674 0.110 0.067 178 A 0.009 0.003 0.108 0.599 0.128 0.152 179 F 0.010 0.010 0.048 0.383 0.201 0.348 180 A 0.015 0.010 0.036 0.221 0.253 0.466 181 E 0.012 0.003 0.097 0.435 0.227 0.224 182 E 0.017 0.005 0.090 0.618 0.178 0.091 183 T 0.021 0.009 0.079 0.581 0.216 0.093 184 R 0.020 0.008 0.037 0.520 0.181 0.234 185 K 0.014 0.005 0.054 0.660 0.143 0.126 186 K 0.027 0.006 0.059 0.660 0.133 0.115 187 S 0.045 0.006 0.032 0.721 0.078 0.117 188 M 0.045 0.003 0.017 0.814 0.050 0.071 189 K 0.077 0.002 0.017 0.796 0.051 0.056 190 W 0.185 0.003 0.017 0.719 0.042 0.035 191 L 0.185 0.002 0.010 0.766 0.020 0.018 192 K 0.164 0.001 0.009 0.783 0.022 0.022 193 M 0.131 0.003 0.008 0.770 0.030 0.058 194 H 0.133 0.007 0.014 0.543 0.084 0.219 195 A 0.132 0.012 0.028 0.248 0.182 0.397 196 Q 0.109 0.017 0.057 0.215 0.246 0.355 197 Y 0.098 0.028 0.084 0.143 0.349 0.298 198 D 0.043 0.015 0.069 0.130 0.449 0.293 199 D 0.018 0.009 0.087 0.164 0.476 0.246 200 A 0.023 0.019 0.038 0.191 0.401 0.329 201 H 0.018 0.013 0.009 0.219 0.213 0.528 202 P 0.004 0.002 0.005 0.871 0.033 0.085 203 W 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 204 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.003 205 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 206 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 207 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 208 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 209 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 210 C 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 211 T 0.001 0.001 0.006 0.989 0.002 0.002 212 L 0.001 0.001 0.006 0.978 0.007 0.009 213 V 0.001 0.001 0.011 0.897 0.062 0.028 214 G 0.001 0.002 0.022 0.456 0.350 0.169 215 N 0.001 0.003 0.019 0.195 0.497 0.286 216 K 0.001 0.003 0.014 0.026 0.539 0.416 217 P 0.001 0.004 0.004 0.013 0.280 0.698 218 S 0.002 0.007 0.002 0.048 0.181 0.759 219 L 0.001 0.001 0.003 0.987 0.006 0.004 220 Q 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 221 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 222 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 223 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 224 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 225 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 226 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 227 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 228 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 229 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 230 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 231 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 232 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 233 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 234 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 235 Y 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 236 M 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 237 Y 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 238 L 0.001 0.001 0.005 0.991 0.002 0.001 239 F 0.001 0.001 0.007 0.983 0.004 0.005 240 L 0.001 0.001 0.010 0.974 0.006 0.008 241 E 0.001 0.001 0.012 0.972 0.009 0.006 242 R 0.001 0.001 0.010 0.973 0.008 0.007 243 C 0.001 0.001 0.018 0.914 0.021 0.045 244 I 0.003 0.002 0.034 0.868 0.043 0.049 245 Q 0.006 0.002 0.030 0.815 0.071 0.077 246 L 0.008 0.003 0.039 0.703 0.098 0.150 247 D 0.012 0.004 0.050 0.513 0.166 0.256 248 K 0.030 0.010 0.071 0.274 0.291 0.324 249 V 0.057 0.023 0.036 0.156 0.311 0.417 250 K 0.054 0.024 0.022 0.073 0.248 0.578 251 S 0.042 0.019 0.013 0.031 0.265 0.630 252 P 0.035 0.015 0.024 0.029 0.407 0.489 253 R 0.035 0.013 0.098 0.084 0.477 0.292 254 G 0.065 0.011 0.118 0.070 0.475 0.260 255 R 0.186 0.013 0.132 0.106 0.347 0.216 256 V 0.314 0.023 0.061 0.150 0.170 0.281 257 A 0.404 0.021 0.061 0.152 0.146 0.217 258 A 0.409 0.016 0.034 0.105 0.149 0.285 259 L 0.322 0.019 0.035 0.127 0.125 0.372 260 E 0.216 0.020 0.016 0.089 0.123 0.535 261 M 0.081 0.007 0.007 0.030 0.101 0.775