# TARGET T0627 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0627.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1054 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.004 0.005 0.050 0.013 0.016 0.879 2 I 0.132 0.042 0.013 0.134 0.021 0.031 0.627 3 D 0.149 0.021 0.041 0.195 0.136 0.063 0.395 4 T 0.108 0.008 0.106 0.211 0.107 0.138 0.322 5 F 0.130 0.024 0.151 0.235 0.087 0.131 0.242 6 E 0.121 0.029 0.160 0.226 0.125 0.117 0.222 7 R 0.101 0.030 0.088 0.202 0.158 0.191 0.231 8 T 0.059 0.036 0.037 0.114 0.241 0.171 0.342 9 G 0.044 0.017 0.028 0.056 0.324 0.058 0.472 10 P 0.058 0.020 0.072 0.073 0.118 0.157 0.502 11 L 0.049 0.030 0.223 0.115 0.099 0.173 0.309 12 M 0.044 0.036 0.286 0.100 0.146 0.116 0.272 13 E 0.043 0.027 0.247 0.094 0.127 0.149 0.314 14 A 0.021 0.009 0.268 0.096 0.135 0.141 0.332 15 S 0.014 0.019 0.191 0.081 0.147 0.260 0.290 16 S 0.007 0.018 0.118 0.081 0.175 0.310 0.291 17 Y 0.003 0.004 0.038 0.187 0.151 0.057 0.559 18 P 0.002 0.003 0.038 0.661 0.047 0.047 0.203 19 A 0.001 0.004 0.019 0.892 0.016 0.027 0.041 20 W 0.001 0.001 0.008 0.971 0.002 0.009 0.009 21 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 24 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.006 0.001 25 I 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.012 0.001 26 N 0.001 0.001 0.009 0.902 0.001 0.088 0.001 27 D 0.001 0.001 0.008 0.717 0.002 0.267 0.005 28 C 0.001 0.002 0.013 0.672 0.033 0.183 0.097 29 S 0.001 0.004 0.021 0.432 0.122 0.073 0.347 30 P 0.001 0.001 0.091 0.730 0.030 0.097 0.050 31 A 0.002 0.003 0.061 0.822 0.014 0.069 0.030 32 K 0.001 0.002 0.032 0.918 0.005 0.028 0.014 33 A 0.001 0.001 0.023 0.932 0.007 0.021 0.015 34 R 0.002 0.001 0.024 0.927 0.005 0.029 0.011 35 V 0.003 0.003 0.028 0.900 0.009 0.047 0.011 36 V 0.003 0.006 0.021 0.769 0.018 0.163 0.020 37 E 0.002 0.002 0.011 0.569 0.061 0.299 0.056 38 H 0.002 0.003 0.005 0.507 0.195 0.037 0.251 39 E 0.001 0.001 0.016 0.901 0.010 0.047 0.024 40 L 0.001 0.002 0.017 0.929 0.005 0.034 0.012 41 Y 0.001 0.002 0.015 0.965 0.002 0.009 0.006 42 Q 0.001 0.001 0.013 0.969 0.002 0.010 0.004 43 Q 0.002 0.001 0.017 0.943 0.002 0.031 0.005 44 M 0.007 0.004 0.050 0.840 0.014 0.056 0.029 45 R 0.005 0.003 0.057 0.655 0.023 0.234 0.023 46 D 0.006 0.003 0.057 0.106 0.074 0.715 0.041 47 A 0.014 0.004 0.018 0.021 0.467 0.201 0.274 48 K 0.026 0.023 0.009 0.006 0.251 0.078 0.607 49 L 0.031 0.073 0.001 0.004 0.228 0.005 0.658 50 S 0.010 0.014 0.001 0.003 0.026 0.001 0.946 51 P 0.001 0.001 0.011 0.985 0.001 0.003 0.001 52 Q 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 53 I 0.001 0.001 0.008 0.991 0.001 0.001 0.001 54 M 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 55 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 56 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 57 Y 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 58 L 0.003 0.001 0.004 0.970 0.003 0.017 0.003 59 I 0.002 0.002 0.006 0.910 0.004 0.074 0.003 60 G 0.001 0.001 0.007 0.513 0.019 0.448 0.011 61 G 0.001 0.001 0.006 0.332 0.074 0.525 0.061 62 W 0.005 0.003 0.007 0.494 0.095 0.032 0.363 63 P 0.013 0.005 0.031 0.763 0.037 0.038 0.113 64 V 0.023 0.008 0.033 0.866 0.017 0.019 0.034 65 V 0.008 0.001 0.012 0.958 0.003 0.010 0.009 66 E 0.004 0.001 0.004 0.968 0.008 0.011 0.004 67 Q 0.001 0.001 0.001 0.980 0.004 0.010 0.004 68 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.003 69 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 71 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 72 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 73 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 74 K 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.011 0.001 75 N 0.001 0.001 0.004 0.935 0.001 0.058 0.002 76 L 0.001 0.001 0.022 0.855 0.007 0.094 0.019 77 T 0.002 0.003 0.069 0.595 0.038 0.243 0.050 78 K 0.006 0.003 0.051 0.467 0.040 0.343 0.091 79 T 0.013 0.006 0.011 0.106 0.144 0.047 0.673 80 R 0.027 0.044 0.011 0.083 0.086 0.065 0.684 81 F 0.024 0.056 0.010 0.032 0.100 0.071 0.707 82 G 0.007 0.004 0.008 0.006 0.102 0.182 0.691 83 R 0.008 0.033 0.010 0.007 0.106 0.179 0.657 84 H 0.005 0.010 0.010 0.007 0.210 0.079 0.679 85 P 0.002 0.008 0.025 0.032 0.110 0.638 0.186 86 G 0.003 0.025 0.025 0.117 0.187 0.375 0.269 87 E 0.002 0.005 0.008 0.352 0.121 0.021 0.490 88 D 0.001 0.001 0.005 0.944 0.008 0.017 0.023 89 M 0.001 0.001 0.004 0.978 0.003 0.006 0.008 90 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.003 91 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 92 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 93 W 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.008 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.012 0.002 95 M 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.006 0.001 96 R 0.001 0.001 0.005 0.972 0.001 0.021 0.001 97 N 0.001 0.001 0.004 0.951 0.001 0.040 0.003 98 I 0.001 0.001 0.007 0.926 0.009 0.038 0.017 99 R 0.003 0.003 0.015 0.860 0.011 0.069 0.039 100 V 0.003 0.001 0.031 0.834 0.017 0.063 0.050 101 E 0.003 0.001 0.024 0.847 0.017 0.062 0.044 102 L 0.002 0.002 0.032 0.784 0.031 0.110 0.039 103 N 0.003 0.003 0.026 0.644 0.074 0.170 0.079 104 H 0.001 0.001 0.011 0.840 0.025 0.050 0.071 105 A 0.001 0.001 0.005 0.964 0.006 0.012 0.012 106 D 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.003 0.002 107 Y 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 108 W 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 109 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 110 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 111 W 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 112 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 113 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 114 A 0.001 0.001 0.003 0.956 0.002 0.039 0.001 115 H 0.001 0.001 0.005 0.356 0.008 0.627 0.003 116 D 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.934 0.038 117 V 0.005 0.016 0.001 0.001 0.033 0.001 0.945 118 T 0.016 0.022 0.001 0.001 0.010 0.001 0.951 119 L 0.001 0.001 0.177 0.806 0.001 0.012 0.003 120 E 0.001 0.001 0.360 0.617 0.001 0.020 0.001 121 D 0.001 0.001 0.403 0.580 0.001 0.010 0.006 122 L 0.002 0.003 0.142 0.813 0.004 0.023 0.013 123 H 0.004 0.003 0.119 0.605 0.015 0.233 0.021 124 D 0.011 0.002 0.101 0.282 0.081 0.480 0.044 125 Q 0.026 0.004 0.012 0.070 0.591 0.065 0.232 126 R 0.037 0.025 0.009 0.017 0.153 0.034 0.726 127 V 0.011 0.030 0.002 0.017 0.068 0.006 0.866 128 A 0.004 0.013 0.001 0.020 0.015 0.001 0.945 129 P 0.001 0.001 0.034 0.945 0.002 0.014 0.005 130 E 0.001 0.001 0.023 0.962 0.001 0.012 0.002 131 L 0.001 0.001 0.013 0.978 0.001 0.005 0.004 132 H 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 133 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.006 0.001 134 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.001 135 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 136 H 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 137 W 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 138 C 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.011 0.002 139 W 0.001 0.001 0.006 0.983 0.001 0.008 0.001 140 Q 0.001 0.001 0.009 0.964 0.001 0.024 0.001 141 T 0.001 0.001 0.015 0.913 0.003 0.062 0.006 142 S 0.002 0.003 0.037 0.700 0.034 0.176 0.049 143 S 0.006 0.008 0.057 0.346 0.060 0.376 0.147 144 S 0.007 0.004 0.049 0.195 0.276 0.255 0.215 145 D 0.004 0.002 0.014 0.128 0.548 0.136 0.168 146 S 0.007 0.009 0.013 0.237 0.286 0.098 0.349 147 L 0.003 0.002 0.013 0.914 0.010 0.021 0.037 148 A 0.005 0.001 0.008 0.959 0.005 0.007 0.015 149 V 0.015 0.001 0.008 0.957 0.005 0.005 0.010 150 A 0.033 0.001 0.007 0.943 0.003 0.007 0.005 151 M 0.052 0.002 0.007 0.906 0.003 0.027 0.004 152 A 0.094 0.002 0.011 0.842 0.006 0.034 0.011 153 A 0.140 0.003 0.021 0.740 0.016 0.046 0.034 154 T 0.076 0.012 0.025 0.731 0.026 0.070 0.060 155 N 0.021 0.005 0.024 0.787 0.036 0.058 0.069 156 Y 0.016 0.003 0.056 0.764 0.032 0.064 0.066 157 A 0.019 0.005 0.086 0.708 0.029 0.100 0.053 158 I 0.021 0.010 0.109 0.631 0.045 0.139 0.046 159 E 0.017 0.007 0.101 0.396 0.061 0.354 0.064 160 G 0.007 0.003 0.080 0.210 0.061 0.538 0.101 161 A 0.015 0.010 0.068 0.209 0.160 0.207 0.330 162 T 0.019 0.011 0.067 0.255 0.135 0.115 0.397 163 G 0.013 0.004 0.087 0.446 0.114 0.179 0.157 164 E 0.023 0.007 0.041 0.636 0.094 0.103 0.096 165 W 0.026 0.003 0.016 0.856 0.019 0.026 0.053 166 S 0.045 0.004 0.009 0.864 0.010 0.022 0.046 167 A 0.027 0.001 0.008 0.924 0.007 0.012 0.020 168 V 0.043 0.001 0.009 0.901 0.013 0.014 0.019 169 V 0.055 0.004 0.009 0.881 0.008 0.018 0.024 170 C 0.055 0.006 0.014 0.823 0.020 0.031 0.052 171 S 0.023 0.002 0.014 0.832 0.019 0.048 0.062 172 T 0.006 0.001 0.021 0.819 0.020 0.112 0.021 173 G 0.004 0.001 0.019 0.752 0.020 0.171 0.032 174 V 0.010 0.010 0.030 0.749 0.029 0.088 0.084 175 Y 0.009 0.003 0.039 0.813 0.020 0.050 0.066 176 A 0.012 0.003 0.082 0.790 0.015 0.044 0.054 177 E 0.007 0.002 0.079 0.764 0.020 0.082 0.046 178 A 0.007 0.006 0.064 0.649 0.031 0.148 0.094 179 F 0.011 0.015 0.036 0.414 0.082 0.194 0.248 180 A 0.014 0.005 0.039 0.165 0.062 0.092 0.623 181 E 0.007 0.003 0.157 0.494 0.053 0.153 0.133 182 E 0.003 0.004 0.200 0.432 0.041 0.199 0.120 183 T 0.004 0.009 0.131 0.409 0.072 0.164 0.212 184 R 0.005 0.008 0.031 0.340 0.043 0.076 0.496 185 K 0.003 0.003 0.061 0.710 0.036 0.066 0.122 186 K 0.003 0.003 0.052 0.794 0.023 0.074 0.050 187 S 0.004 0.002 0.028 0.883 0.008 0.043 0.033 188 M 0.004 0.002 0.015 0.945 0.007 0.013 0.015 189 K 0.005 0.001 0.012 0.956 0.005 0.010 0.011 190 W 0.004 0.001 0.014 0.960 0.003 0.015 0.004 191 L 0.007 0.002 0.015 0.949 0.004 0.018 0.005 192 K 0.016 0.002 0.024 0.892 0.007 0.047 0.012 193 M 0.020 0.002 0.033 0.812 0.017 0.089 0.027 194 H 0.021 0.010 0.039 0.676 0.036 0.135 0.084 195 A 0.019 0.011 0.071 0.368 0.150 0.140 0.241 196 Q 0.024 0.013 0.097 0.269 0.156 0.133 0.309 197 Y 0.012 0.011 0.108 0.292 0.157 0.183 0.237 198 D 0.009 0.009 0.106 0.243 0.161 0.175 0.297 199 D 0.004 0.005 0.092 0.313 0.115 0.373 0.097 200 A 0.003 0.003 0.044 0.415 0.147 0.310 0.077 201 H 0.008 0.019 0.012 0.298 0.301 0.060 0.302 202 P 0.002 0.003 0.007 0.826 0.018 0.033 0.111 203 W 0.001 0.001 0.004 0.984 0.002 0.005 0.004 204 E 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.002 0.003 205 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 206 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 207 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 208 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 209 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 210 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 211 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 212 L 0.001 0.001 0.003 0.968 0.001 0.027 0.001 213 V 0.001 0.001 0.009 0.867 0.006 0.113 0.005 214 G 0.001 0.002 0.022 0.334 0.025 0.587 0.030 215 N 0.002 0.002 0.024 0.136 0.247 0.440 0.148 216 K 0.003 0.005 0.005 0.026 0.247 0.073 0.640 217 P 0.002 0.005 0.001 0.004 0.060 0.006 0.924 218 S 0.002 0.019 0.001 0.012 0.046 0.002 0.918 219 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 220 Q 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 221 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 222 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 223 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 224 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 225 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 226 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 227 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 228 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 229 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 230 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 231 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 232 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 233 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 234 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 235 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 236 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 237 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 238 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 239 F 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.015 0.001 240 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 241 E 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.006 0.001 242 R 0.001 0.001 0.005 0.978 0.001 0.017 0.001 243 C 0.001 0.001 0.013 0.942 0.002 0.039 0.003 244 I 0.001 0.001 0.025 0.855 0.006 0.104 0.009 245 Q 0.002 0.001 0.033 0.700 0.011 0.216 0.036 246 L 0.004 0.003 0.065 0.602 0.038 0.152 0.136 247 D 0.009 0.006 0.085 0.371 0.077 0.224 0.229 248 K 0.031 0.015 0.144 0.230 0.137 0.195 0.246 249 V 0.063 0.018 0.037 0.100 0.313 0.103 0.366 250 K 0.072 0.017 0.026 0.046 0.178 0.133 0.527 251 S 0.049 0.031 0.009 0.037 0.210 0.030 0.635 252 P 0.034 0.013 0.019 0.032 0.061 0.041 0.801 253 R 0.015 0.007 0.130 0.184 0.076 0.488 0.100 254 G 0.033 0.007 0.124 0.107 0.098 0.474 0.158 255 R 0.112 0.032 0.086 0.086 0.106 0.079 0.498 256 V 0.248 0.023 0.034 0.103 0.088 0.055 0.449 257 A 0.412 0.021 0.033 0.108 0.055 0.036 0.336 258 A 0.364 0.022 0.040 0.111 0.061 0.041 0.360 259 L 0.240 0.021 0.050 0.112 0.117 0.099 0.362 260 E 0.129 0.019 0.014 0.053 0.062 0.068 0.655 261 M 0.011 0.001 0.003 0.008 0.017 0.008 0.951