# TARGET T0627 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0627.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1054 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.176 0.130 0.140 0.189 0.182 0.146 0.037 2 I 0.160 0.160 0.166 0.187 0.171 0.124 0.033 3 D 0.300 0.233 0.170 0.139 0.092 0.050 0.016 4 T 0.252 0.241 0.186 0.150 0.098 0.057 0.016 5 F 0.101 0.094 0.149 0.237 0.251 0.143 0.024 6 E 0.259 0.298 0.217 0.130 0.062 0.028 0.006 7 R 0.191 0.194 0.196 0.197 0.144 0.067 0.010 8 T 0.273 0.206 0.171 0.153 0.118 0.065 0.015 9 G 0.161 0.158 0.193 0.236 0.161 0.076 0.013 10 P 0.373 0.272 0.163 0.105 0.053 0.027 0.007 11 L 0.200 0.172 0.160 0.182 0.158 0.106 0.022 12 M 0.156 0.153 0.179 0.213 0.180 0.100 0.018 13 E 0.254 0.317 0.215 0.126 0.058 0.025 0.005 14 A 0.200 0.193 0.187 0.194 0.144 0.071 0.011 15 S 0.230 0.200 0.163 0.154 0.138 0.094 0.022 16 S 0.201 0.279 0.225 0.160 0.080 0.043 0.012 17 Y 0.063 0.117 0.176 0.260 0.237 0.127 0.020 18 P 0.223 0.265 0.225 0.157 0.086 0.038 0.006 19 A 0.206 0.400 0.240 0.098 0.039 0.014 0.002 20 W 0.010 0.020 0.060 0.194 0.407 0.285 0.023 21 A 0.013 0.047 0.106 0.254 0.339 0.221 0.020 22 Q 0.071 0.341 0.336 0.182 0.055 0.014 0.001 23 Q 0.020 0.104 0.329 0.376 0.149 0.021 0.001 24 L 0.006 0.006 0.013 0.068 0.353 0.522 0.031 25 I 0.015 0.060 0.204 0.421 0.254 0.045 0.001 26 N 0.149 0.556 0.233 0.052 0.008 0.001 0.001 27 D 0.056 0.190 0.332 0.307 0.100 0.014 0.001 28 C 0.011 0.031 0.079 0.250 0.377 0.240 0.012 29 S 0.276 0.362 0.202 0.106 0.042 0.010 0.001 30 P 0.622 0.272 0.070 0.026 0.008 0.002 0.001 31 A 0.146 0.189 0.242 0.251 0.128 0.041 0.004 32 K 0.181 0.237 0.224 0.207 0.105 0.043 0.003 33 A 0.343 0.364 0.188 0.076 0.024 0.004 0.001 34 R 0.100 0.208 0.278 0.261 0.124 0.027 0.002 35 V 0.021 0.041 0.084 0.208 0.349 0.270 0.027 36 V 0.022 0.071 0.161 0.301 0.283 0.150 0.013 37 E 0.105 0.317 0.283 0.161 0.084 0.040 0.009 38 H 0.006 0.024 0.086 0.244 0.383 0.238 0.019 39 E 0.047 0.187 0.279 0.252 0.158 0.069 0.009 40 L 0.004 0.008 0.023 0.094 0.310 0.480 0.080 41 Y 0.008 0.026 0.065 0.206 0.381 0.286 0.028 42 Q 0.058 0.317 0.327 0.198 0.074 0.023 0.002 43 Q 0.027 0.114 0.241 0.352 0.204 0.058 0.004 44 M 0.012 0.027 0.072 0.198 0.395 0.278 0.018 45 R 0.121 0.259 0.297 0.220 0.085 0.016 0.001 46 D 0.464 0.356 0.129 0.040 0.009 0.002 0.001 47 A 0.179 0.274 0.281 0.184 0.069 0.012 0.001 48 K 0.454 0.331 0.132 0.059 0.019 0.005 0.001 49 L 0.035 0.062 0.150 0.317 0.327 0.104 0.005 50 S 0.264 0.402 0.210 0.085 0.029 0.008 0.001 51 P 0.092 0.280 0.318 0.231 0.069 0.010 0.001 52 Q 0.315 0.417 0.177 0.064 0.022 0.005 0.001 53 I 0.008 0.108 0.314 0.351 0.178 0.038 0.002 54 M 0.002 0.004 0.010 0.083 0.345 0.497 0.058 55 R 0.002 0.038 0.177 0.419 0.294 0.067 0.003 56 Q 0.010 0.042 0.138 0.287 0.278 0.221 0.023 57 Y 0.003 0.007 0.012 0.026 0.110 0.568 0.273 58 L 0.004 0.005 0.009 0.027 0.109 0.421 0.424 59 I 0.012 0.043 0.123 0.265 0.288 0.193 0.077 60 G 0.005 0.017 0.039 0.112 0.278 0.409 0.139 61 G 0.002 0.009 0.019 0.060 0.182 0.516 0.211 62 W 0.004 0.032 0.099 0.219 0.321 0.257 0.067 63 P 0.022 0.085 0.161 0.241 0.259 0.169 0.063 64 V 0.008 0.016 0.031 0.071 0.185 0.393 0.295 65 V 0.003 0.006 0.008 0.028 0.098 0.461 0.396 66 E 0.003 0.028 0.119 0.306 0.311 0.178 0.054 67 Q 0.004 0.014 0.060 0.205 0.331 0.315 0.071 68 F 0.004 0.008 0.008 0.014 0.060 0.400 0.505 69 A 0.002 0.004 0.010 0.044 0.173 0.517 0.249 70 V 0.003 0.027 0.123 0.328 0.355 0.127 0.037 71 Y 0.005 0.010 0.032 0.135 0.319 0.377 0.121 72 M 0.002 0.004 0.004 0.009 0.035 0.278 0.669 73 A 0.007 0.016 0.032 0.081 0.180 0.372 0.312 74 K 0.015 0.061 0.143 0.261 0.236 0.148 0.136 75 N 0.005 0.009 0.015 0.053 0.141 0.378 0.399 76 L 0.011 0.023 0.025 0.041 0.107 0.364 0.428 77 T 0.022 0.052 0.089 0.168 0.258 0.294 0.117 78 K 0.049 0.130 0.208 0.245 0.208 0.114 0.045 79 T 0.052 0.071 0.114 0.214 0.291 0.207 0.050 80 R 0.166 0.218 0.207 0.203 0.132 0.064 0.010 81 F 0.163 0.230 0.230 0.211 0.120 0.039 0.006 82 G 0.524 0.229 0.110 0.073 0.041 0.018 0.005 83 R 0.508 0.289 0.127 0.055 0.017 0.004 0.001 84 H 0.511 0.247 0.128 0.074 0.029 0.009 0.001 85 P 0.755 0.168 0.041 0.020 0.011 0.004 0.001 86 G 0.329 0.291 0.226 0.109 0.038 0.007 0.001 87 E 0.319 0.302 0.198 0.132 0.040 0.008 0.001 88 D 0.384 0.374 0.159 0.060 0.018 0.004 0.001 89 M 0.062 0.193 0.315 0.271 0.132 0.026 0.002 90 A 0.028 0.034 0.055 0.168 0.320 0.334 0.062 91 R 0.007 0.038 0.107 0.292 0.337 0.197 0.022 92 R 0.029 0.183 0.327 0.269 0.134 0.051 0.007 93 W 0.005 0.022 0.066 0.182 0.363 0.322 0.040 94 L 0.001 0.002 0.004 0.017 0.109 0.512 0.355 95 M 0.005 0.036 0.118 0.295 0.307 0.207 0.033 96 R 0.023 0.201 0.326 0.281 0.126 0.037 0.006 97 N 0.003 0.016 0.071 0.250 0.382 0.251 0.028 98 I 0.006 0.013 0.031 0.104 0.312 0.442 0.092 99 R 0.074 0.272 0.289 0.215 0.115 0.030 0.004 100 V 0.132 0.292 0.261 0.191 0.090 0.029 0.005 101 E 0.027 0.082 0.146 0.246 0.281 0.193 0.026 102 L 0.107 0.174 0.206 0.229 0.175 0.095 0.013 103 N 0.101 0.286 0.274 0.191 0.099 0.039 0.010 104 H 0.028 0.037 0.061 0.162 0.292 0.311 0.109 105 A 0.045 0.161 0.231 0.277 0.176 0.091 0.019 106 D 0.111 0.350 0.292 0.152 0.064 0.025 0.007 107 Y 0.009 0.029 0.093 0.208 0.355 0.265 0.041 108 W 0.005 0.006 0.012 0.043 0.191 0.541 0.202 109 V 0.013 0.080 0.225 0.373 0.219 0.082 0.007 110 N 0.035 0.206 0.304 0.284 0.127 0.040 0.005 111 W 0.006 0.019 0.045 0.145 0.318 0.406 0.059 112 C 0.010 0.016 0.044 0.166 0.391 0.328 0.046 113 A 0.128 0.370 0.302 0.143 0.045 0.011 0.001 114 A 0.182 0.296 0.250 0.172 0.074 0.022 0.003 115 H 0.029 0.070 0.153 0.285 0.305 0.148 0.011 116 D 0.226 0.331 0.231 0.133 0.058 0.018 0.002 117 V 0.072 0.080 0.136 0.277 0.308 0.118 0.009 118 T 0.272 0.378 0.220 0.091 0.031 0.008 0.001 119 L 0.123 0.240 0.312 0.243 0.072 0.009 0.001 120 E 0.693 0.223 0.057 0.019 0.006 0.001 0.001 121 D 0.296 0.336 0.230 0.105 0.029 0.005 0.001 122 L 0.043 0.070 0.159 0.370 0.282 0.074 0.002 123 H 0.291 0.387 0.211 0.086 0.021 0.004 0.001 124 D 0.423 0.343 0.154 0.061 0.016 0.003 0.001 125 Q 0.236 0.204 0.192 0.200 0.123 0.042 0.003 126 R 0.246 0.263 0.208 0.148 0.088 0.040 0.007 127 V 0.118 0.181 0.228 0.231 0.152 0.078 0.011 128 A 0.139 0.209 0.199 0.205 0.153 0.082 0.014 129 P 0.142 0.172 0.185 0.191 0.162 0.113 0.035 130 E 0.086 0.170 0.196 0.193 0.153 0.142 0.059 131 L 0.020 0.031 0.055 0.143 0.274 0.337 0.140 132 H 0.043 0.120 0.182 0.221 0.205 0.162 0.067 133 A 0.034 0.080 0.126 0.178 0.198 0.252 0.132 134 L 0.012 0.021 0.032 0.062 0.133 0.346 0.393 135 S 0.010 0.021 0.040 0.095 0.188 0.326 0.321 136 H 0.012 0.041 0.090 0.188 0.244 0.254 0.169 137 W 0.007 0.014 0.030 0.076 0.173 0.374 0.325 138 C 0.003 0.006 0.008 0.019 0.060 0.291 0.613 139 W 0.004 0.014 0.039 0.118 0.224 0.328 0.273 140 Q 0.009 0.037 0.085 0.168 0.235 0.280 0.186 141 T 0.004 0.011 0.020 0.055 0.151 0.391 0.368 142 S 0.003 0.008 0.018 0.060 0.180 0.433 0.298 143 S 0.014 0.061 0.114 0.198 0.265 0.245 0.104 144 S 0.031 0.124 0.191 0.224 0.213 0.152 0.065 145 D 0.032 0.133 0.208 0.238 0.196 0.141 0.051 146 S 0.020 0.093 0.152 0.207 0.248 0.205 0.075 147 L 0.008 0.021 0.046 0.115 0.220 0.344 0.246 148 A 0.007 0.018 0.032 0.072 0.185 0.388 0.298 149 V 0.002 0.005 0.017 0.063 0.173 0.377 0.364 150 A 0.002 0.003 0.004 0.010 0.039 0.213 0.730 151 M 0.002 0.003 0.003 0.008 0.029 0.150 0.806 152 A 0.001 0.002 0.005 0.013 0.033 0.120 0.826 153 A 0.001 0.001 0.002 0.007 0.025 0.122 0.841 154 T 0.003 0.005 0.007 0.014 0.030 0.131 0.809 155 N 0.003 0.005 0.011 0.031 0.057 0.166 0.727 156 Y 0.009 0.013 0.019 0.039 0.077 0.212 0.631 157 A 0.011 0.017 0.026 0.052 0.091 0.258 0.546 158 I 0.009 0.014 0.020 0.045 0.087 0.282 0.544 159 E 0.013 0.024 0.031 0.061 0.115 0.273 0.482 160 G 0.011 0.025 0.044 0.087 0.141 0.297 0.395 161 A 0.021 0.041 0.062 0.102 0.142 0.251 0.380 162 T 0.017 0.033 0.039 0.056 0.089 0.245 0.521 163 G 0.019 0.031 0.056 0.117 0.177 0.283 0.316 164 E 0.054 0.113 0.136 0.180 0.178 0.192 0.148 165 W 0.058 0.052 0.058 0.103 0.183 0.277 0.270 166 S 0.047 0.044 0.052 0.077 0.131 0.305 0.344 167 A 0.028 0.058 0.094 0.171 0.209 0.248 0.193 168 V 0.037 0.097 0.154 0.205 0.216 0.187 0.105 169 V 0.018 0.042 0.088 0.182 0.303 0.281 0.086 170 C 0.026 0.031 0.049 0.099 0.225 0.399 0.172 171 S 0.036 0.070 0.123 0.229 0.276 0.214 0.052 172 T 0.082 0.207 0.241 0.219 0.147 0.080 0.024 173 G 0.073 0.184 0.237 0.247 0.160 0.080 0.019 174 V 0.016 0.036 0.078 0.182 0.303 0.315 0.069 175 Y 0.040 0.067 0.120 0.235 0.297 0.206 0.034 176 A 0.170 0.304 0.279 0.167 0.064 0.015 0.002 177 E 0.226 0.331 0.236 0.137 0.054 0.014 0.002 178 A 0.109 0.173 0.223 0.246 0.170 0.073 0.006 179 F 0.112 0.167 0.236 0.275 0.164 0.044 0.002 180 A 0.540 0.271 0.119 0.053 0.015 0.002 0.001 181 E 0.573 0.262 0.106 0.043 0.013 0.003 0.001 182 E 0.654 0.207 0.076 0.040 0.017 0.006 0.001 183 T 0.487 0.271 0.135 0.076 0.026 0.006 0.001 184 R 0.420 0.295 0.158 0.084 0.033 0.008 0.001 185 K 0.563 0.273 0.099 0.044 0.017 0.004 0.001 186 K 0.164 0.391 0.269 0.128 0.039 0.008 0.001 187 S 0.020 0.041 0.085 0.262 0.374 0.198 0.020 188 M 0.018 0.093 0.235 0.363 0.225 0.062 0.004 189 K 0.060 0.274 0.373 0.224 0.060 0.009 0.001 190 W 0.006 0.014 0.048 0.159 0.355 0.384 0.035 191 L 0.002 0.004 0.012 0.061 0.273 0.541 0.107 192 K 0.016 0.126 0.307 0.330 0.162 0.053 0.006 193 M 0.024 0.129 0.226 0.303 0.221 0.089 0.008 194 H 0.003 0.015 0.055 0.163 0.350 0.373 0.040 195 A 0.018 0.058 0.146 0.286 0.318 0.162 0.012 196 Q 0.277 0.369 0.202 0.098 0.040 0.011 0.002 197 Y 0.179 0.243 0.224 0.192 0.105 0.046 0.010 198 D 0.247 0.251 0.186 0.157 0.099 0.052 0.007 199 D 0.248 0.242 0.207 0.163 0.092 0.040 0.007 200 A 0.376 0.253 0.154 0.106 0.069 0.035 0.007 201 H 0.147 0.174 0.184 0.203 0.166 0.104 0.021 202 P 0.130 0.137 0.132 0.194 0.205 0.164 0.039 203 W 0.077 0.167 0.237 0.248 0.170 0.086 0.014 204 E 0.068 0.158 0.228 0.245 0.189 0.092 0.020 205 A 0.012 0.016 0.020 0.044 0.139 0.452 0.318 206 L 0.008 0.024 0.060 0.187 0.317 0.330 0.074 207 E 0.011 0.098 0.284 0.332 0.187 0.074 0.014 208 I 0.003 0.009 0.035 0.143 0.360 0.390 0.060 209 I 0.002 0.003 0.004 0.013 0.094 0.545 0.339 210 C 0.008 0.046 0.156 0.328 0.307 0.138 0.016 211 T 0.034 0.227 0.332 0.264 0.113 0.027 0.004 212 L 0.008 0.028 0.079 0.251 0.378 0.232 0.024 213 V 0.026 0.054 0.115 0.278 0.363 0.155 0.010 214 G 0.250 0.378 0.234 0.104 0.030 0.004 0.001 215 N 0.595 0.260 0.098 0.037 0.009 0.001 0.001 216 K 0.354 0.331 0.193 0.091 0.025 0.005 0.001 217 P 0.458 0.296 0.142 0.074 0.025 0.005 0.001 218 S 0.470 0.298 0.137 0.065 0.024 0.005 0.001 219 L 0.661 0.216 0.076 0.033 0.012 0.003 0.001 220 Q 0.623 0.267 0.070 0.027 0.010 0.003 0.001 221 L 0.156 0.250 0.266 0.222 0.091 0.014 0.001 222 Q 0.044 0.202 0.289 0.305 0.132 0.027 0.001 223 A 0.243 0.436 0.221 0.080 0.018 0.002 0.001 224 E 0.014 0.109 0.375 0.357 0.129 0.016 0.001 225 L 0.001 0.002 0.004 0.035 0.263 0.629 0.066 226 R 0.001 0.024 0.147 0.433 0.302 0.089 0.003 227 Q 0.013 0.239 0.417 0.248 0.069 0.013 0.001 228 A 0.001 0.004 0.030 0.142 0.438 0.364 0.022 229 V 0.001 0.001 0.002 0.019 0.176 0.654 0.148 230 T 0.005 0.098 0.359 0.375 0.136 0.027 0.001 231 K 0.006 0.051 0.214 0.433 0.253 0.041 0.002 232 S 0.002 0.005 0.009 0.030 0.160 0.628 0.165 233 Y 0.003 0.012 0.043 0.173 0.372 0.349 0.049 234 D 0.016 0.122 0.252 0.312 0.224 0.067 0.009 235 Y 0.006 0.015 0.046 0.186 0.362 0.307 0.078 236 M 0.002 0.007 0.007 0.021 0.077 0.392 0.494 237 Y 0.007 0.038 0.103 0.205 0.296 0.277 0.074 238 L 0.006 0.020 0.095 0.299 0.362 0.166 0.052 239 F 0.003 0.004 0.004 0.009 0.042 0.327 0.610 240 L 0.003 0.006 0.009 0.032 0.121 0.471 0.357 241 E 0.007 0.045 0.156 0.289 0.284 0.161 0.059 242 R 0.005 0.020 0.073 0.260 0.386 0.219 0.037 243 C 0.003 0.005 0.007 0.028 0.136 0.576 0.245 244 I 0.007 0.031 0.080 0.222 0.371 0.261 0.028 245 Q 0.085 0.308 0.312 0.192 0.079 0.020 0.004 246 L 0.055 0.149 0.236 0.299 0.188 0.064 0.009 247 D 0.111 0.177 0.213 0.245 0.174 0.072 0.007 248 K 0.218 0.326 0.229 0.138 0.063 0.023 0.003 249 V 0.136 0.138 0.186 0.259 0.209 0.066 0.005 250 K 0.321 0.338 0.191 0.099 0.037 0.013 0.002 251 S 0.270 0.221 0.191 0.179 0.099 0.036 0.004 252 P 0.444 0.230 0.148 0.105 0.052 0.017 0.003 253 R 0.425 0.251 0.160 0.103 0.044 0.014 0.002 254 G 0.322 0.235 0.176 0.142 0.081 0.037 0.006 255 R 0.207 0.196 0.190 0.185 0.137 0.074 0.012 256 V 0.137 0.145 0.177 0.219 0.191 0.112 0.020 257 A 0.120 0.149 0.180 0.223 0.181 0.124 0.023 258 A 0.185 0.173 0.172 0.192 0.162 0.100 0.016 259 L 0.218 0.208 0.204 0.184 0.122 0.056 0.008 260 E 0.480 0.259 0.134 0.075 0.035 0.014 0.003 261 M 0.404 0.229 0.171 0.116 0.056 0.020 0.004