# TARGET T0627 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0627.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 45 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 I 0.072 0.048 0.010 0.135 0.006 0.034 0.695 3 D 0.108 0.022 0.024 0.180 0.127 0.058 0.483 4 T 0.122 0.011 0.058 0.214 0.073 0.116 0.407 5 F 0.191 0.015 0.067 0.279 0.117 0.100 0.232 6 E 0.293 0.015 0.075 0.253 0.091 0.071 0.203 7 R 0.230 0.030 0.055 0.210 0.132 0.096 0.248 8 T 0.210 0.023 0.027 0.120 0.189 0.109 0.323 9 G 0.055 0.010 0.055 0.062 0.273 0.194 0.352 10 P 0.046 0.008 0.092 0.040 0.230 0.332 0.253 11 L 0.274 0.021 0.125 0.035 0.094 0.187 0.264 12 M 0.548 0.035 0.039 0.024 0.075 0.045 0.235 13 E 0.656 0.018 0.024 0.018 0.079 0.028 0.177 14 A 0.453 0.017 0.027 0.022 0.107 0.050 0.324 15 S 0.196 0.015 0.019 0.014 0.155 0.063 0.536 16 S 0.085 0.066 0.011 0.012 0.233 0.061 0.531 17 Y 0.027 0.011 0.004 0.045 0.186 0.016 0.711 18 P 0.002 0.001 0.019 0.866 0.027 0.025 0.061 19 A 0.001 0.001 0.010 0.971 0.006 0.009 0.004 20 W 0.001 0.001 0.009 0.980 0.002 0.008 0.002 21 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.002 22 Q 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.007 0.002 23 Q 0.001 0.001 0.002 0.980 0.002 0.014 0.002 24 L 0.001 0.001 0.003 0.979 0.002 0.013 0.002 25 I 0.001 0.001 0.007 0.965 0.003 0.021 0.003 26 N 0.001 0.001 0.009 0.872 0.005 0.111 0.003 27 D 0.001 0.001 0.013 0.740 0.010 0.224 0.013 28 C 0.001 0.006 0.010 0.605 0.146 0.092 0.141 29 S 0.002 0.003 0.008 0.497 0.095 0.046 0.349 30 P 0.001 0.001 0.018 0.895 0.017 0.030 0.038 31 A 0.001 0.001 0.017 0.914 0.013 0.034 0.020 32 K 0.002 0.001 0.019 0.932 0.009 0.026 0.012 33 A 0.003 0.001 0.022 0.921 0.013 0.031 0.011 34 R 0.005 0.001 0.025 0.868 0.013 0.075 0.013 35 V 0.004 0.003 0.023 0.834 0.018 0.093 0.025 36 V 0.008 0.007 0.025 0.675 0.039 0.172 0.073 37 E 0.011 0.007 0.014 0.607 0.063 0.177 0.121 38 H 0.006 0.003 0.005 0.448 0.126 0.036 0.376 39 E 0.002 0.001 0.019 0.887 0.014 0.039 0.038 40 L 0.002 0.002 0.023 0.916 0.013 0.028 0.017 41 Y 0.003 0.001 0.022 0.939 0.009 0.013 0.013 42 Q 0.006 0.001 0.020 0.929 0.008 0.021 0.015 43 Q 0.006 0.001 0.024 0.899 0.016 0.037 0.016 44 M 0.005 0.004 0.046 0.856 0.021 0.043 0.025 45 R 0.002 0.001 0.027 0.812 0.018 0.124 0.016 46 D 0.002 0.001 0.017 0.274 0.035 0.656 0.015 47 A 0.008 0.002 0.006 0.070 0.389 0.268 0.256 48 K 0.017 0.025 0.004 0.008 0.189 0.039 0.718 49 L 0.052 0.186 0.004 0.013 0.152 0.010 0.583 50 S 0.006 0.003 0.002 0.006 0.019 0.003 0.962 51 P 0.001 0.001 0.061 0.896 0.007 0.019 0.016 52 Q 0.001 0.001 0.017 0.968 0.003 0.010 0.003 53 I 0.001 0.001 0.018 0.964 0.003 0.010 0.004 54 M 0.001 0.001 0.004 0.983 0.002 0.007 0.003 55 R 0.001 0.001 0.004 0.978 0.003 0.012 0.002 56 Q 0.001 0.001 0.005 0.968 0.003 0.021 0.003 57 Y 0.001 0.001 0.009 0.949 0.003 0.034 0.004 58 L 0.001 0.002 0.013 0.926 0.008 0.041 0.010 59 I 0.001 0.001 0.020 0.913 0.007 0.053 0.007 60 G 0.001 0.001 0.015 0.805 0.011 0.161 0.008 61 G 0.001 0.001 0.010 0.847 0.017 0.107 0.019 62 W 0.001 0.002 0.007 0.859 0.041 0.027 0.063 63 P 0.003 0.001 0.024 0.880 0.020 0.044 0.028 64 V 0.003 0.001 0.048 0.886 0.009 0.043 0.010 65 V 0.002 0.001 0.068 0.890 0.006 0.024 0.010 66 E 0.003 0.001 0.062 0.862 0.007 0.061 0.006 67 Q 0.002 0.001 0.054 0.785 0.012 0.133 0.013 68 F 0.003 0.007 0.016 0.821 0.053 0.048 0.052 69 A 0.001 0.001 0.006 0.958 0.007 0.010 0.017 70 V 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.006 0.002 71 Y 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.007 0.001 72 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 73 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.007 0.002 74 K 0.001 0.001 0.003 0.975 0.003 0.016 0.002 75 N 0.001 0.001 0.007 0.953 0.004 0.031 0.005 76 L 0.002 0.003 0.019 0.883 0.006 0.077 0.010 77 T 0.006 0.005 0.029 0.594 0.032 0.282 0.052 78 K 0.008 0.009 0.030 0.414 0.065 0.398 0.076 79 T 0.011 0.010 0.024 0.186 0.247 0.129 0.394 80 R 0.011 0.015 0.062 0.172 0.191 0.174 0.374 81 F 0.016 0.011 0.107 0.133 0.177 0.180 0.376 82 G 0.012 0.011 0.235 0.139 0.127 0.240 0.236 83 R 0.014 0.011 0.123 0.148 0.229 0.172 0.302 84 H 0.010 0.008 0.081 0.166 0.183 0.089 0.463 85 P 0.004 0.006 0.074 0.267 0.104 0.351 0.194 86 G 0.005 0.005 0.059 0.221 0.107 0.413 0.190 87 E 0.008 0.007 0.035 0.547 0.118 0.048 0.237 88 D 0.005 0.002 0.011 0.887 0.028 0.019 0.048 89 M 0.003 0.001 0.007 0.937 0.011 0.018 0.024 90 A 0.002 0.001 0.005 0.949 0.008 0.019 0.016 91 R 0.002 0.001 0.003 0.963 0.007 0.016 0.009 92 R 0.002 0.001 0.003 0.962 0.006 0.020 0.007 93 W 0.001 0.001 0.003 0.952 0.004 0.030 0.009 94 L 0.003 0.002 0.005 0.911 0.012 0.038 0.030 95 M 0.004 0.003 0.008 0.907 0.014 0.041 0.024 96 R 0.004 0.001 0.010 0.855 0.021 0.085 0.024 97 N 0.003 0.003 0.013 0.754 0.028 0.150 0.050 98 I 0.008 0.005 0.014 0.692 0.063 0.097 0.121 99 R 0.020 0.007 0.042 0.639 0.064 0.150 0.077 100 V 0.024 0.007 0.062 0.514 0.135 0.141 0.116 101 E 0.018 0.005 0.067 0.571 0.069 0.105 0.166 102 L 0.005 0.001 0.070 0.725 0.054 0.093 0.052 103 N 0.005 0.008 0.073 0.595 0.054 0.171 0.094 104 H 0.004 0.003 0.024 0.815 0.032 0.047 0.076 105 A 0.001 0.001 0.006 0.963 0.005 0.008 0.017 106 D 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.005 0.002 107 Y 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 108 W 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 109 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 110 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 111 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 112 C 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 113 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.008 0.001 114 A 0.001 0.001 0.007 0.927 0.002 0.063 0.001 115 H 0.001 0.001 0.008 0.398 0.011 0.579 0.003 116 D 0.001 0.004 0.003 0.020 0.031 0.888 0.053 117 V 0.006 0.020 0.001 0.003 0.167 0.008 0.797 118 T 0.021 0.020 0.001 0.004 0.039 0.002 0.914 119 L 0.001 0.001 0.044 0.925 0.011 0.012 0.007 120 E 0.001 0.001 0.048 0.933 0.006 0.009 0.003 121 D 0.001 0.001 0.061 0.925 0.003 0.007 0.003 122 L 0.001 0.001 0.024 0.953 0.004 0.013 0.005 123 H 0.002 0.001 0.020 0.867 0.006 0.095 0.008 124 D 0.002 0.001 0.020 0.512 0.017 0.435 0.013 125 Q 0.004 0.004 0.012 0.239 0.292 0.222 0.227 126 R 0.005 0.017 0.014 0.041 0.176 0.085 0.661 127 V 0.003 0.009 0.009 0.047 0.190 0.019 0.723 128 A 0.002 0.003 0.007 0.091 0.081 0.021 0.795 129 P 0.001 0.001 0.055 0.888 0.009 0.042 0.007 130 E 0.001 0.001 0.031 0.934 0.005 0.024 0.005 131 L 0.001 0.001 0.015 0.968 0.003 0.009 0.005 132 H 0.001 0.001 0.002 0.986 0.003 0.003 0.004 133 A 0.002 0.001 0.002 0.982 0.002 0.008 0.004 134 L 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.007 0.002 135 S 0.002 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.002 136 H 0.002 0.001 0.001 0.976 0.002 0.017 0.001 137 W 0.002 0.001 0.002 0.960 0.003 0.028 0.003 138 C 0.004 0.001 0.004 0.959 0.008 0.017 0.008 139 W 0.009 0.001 0.025 0.906 0.013 0.035 0.011 140 Q 0.017 0.002 0.052 0.783 0.025 0.099 0.023 141 T 0.015 0.006 0.072 0.578 0.055 0.223 0.051 142 S 0.021 0.024 0.051 0.238 0.184 0.311 0.171 143 S 0.023 0.011 0.029 0.085 0.179 0.138 0.536 144 S 0.019 0.009 0.039 0.089 0.195 0.226 0.422 145 D 0.012 0.009 0.023 0.101 0.342 0.226 0.287 146 S 0.011 0.018 0.007 0.232 0.280 0.037 0.415 147 L 0.001 0.001 0.006 0.970 0.011 0.006 0.006 148 A 0.001 0.001 0.004 0.981 0.002 0.008 0.004 149 V 0.001 0.001 0.005 0.974 0.002 0.016 0.002 150 A 0.002 0.001 0.004 0.979 0.004 0.008 0.002 151 M 0.005 0.001 0.005 0.974 0.003 0.008 0.004 152 A 0.003 0.001 0.007 0.962 0.003 0.022 0.003 153 A 0.004 0.001 0.007 0.936 0.006 0.036 0.011 154 T 0.005 0.002 0.015 0.904 0.009 0.053 0.014 155 N 0.004 0.001 0.011 0.916 0.019 0.037 0.013 156 Y 0.003 0.001 0.017 0.935 0.010 0.021 0.013 157 A 0.003 0.001 0.029 0.914 0.009 0.036 0.008 158 I 0.004 0.002 0.031 0.871 0.010 0.069 0.013 159 E 0.004 0.001 0.035 0.734 0.024 0.174 0.028 160 G 0.004 0.001 0.022 0.402 0.036 0.507 0.029 161 A 0.014 0.010 0.023 0.391 0.125 0.188 0.250 162 T 0.036 0.014 0.025 0.511 0.113 0.052 0.248 163 G 0.039 0.004 0.027 0.753 0.053 0.045 0.081 164 E 0.017 0.002 0.032 0.892 0.012 0.029 0.016 165 W 0.029 0.003 0.023 0.909 0.008 0.018 0.010 166 S 0.063 0.001 0.019 0.879 0.006 0.018 0.013 167 A 0.104 0.001 0.019 0.820 0.008 0.030 0.018 168 V 0.146 0.002 0.026 0.743 0.015 0.043 0.024 169 V 0.212 0.007 0.022 0.645 0.025 0.050 0.039 170 C 0.166 0.009 0.021 0.584 0.042 0.080 0.098 171 S 0.119 0.005 0.024 0.454 0.100 0.178 0.120 172 T 0.111 0.006 0.022 0.338 0.136 0.232 0.154 173 G 0.101 0.010 0.045 0.427 0.113 0.117 0.187 174 V 0.200 0.015 0.058 0.433 0.085 0.069 0.140 175 Y 0.231 0.012 0.063 0.450 0.058 0.078 0.108 176 A 0.191 0.015 0.062 0.446 0.058 0.119 0.109 177 E 0.154 0.009 0.044 0.327 0.093 0.231 0.143 178 A 0.110 0.011 0.032 0.154 0.149 0.303 0.240 179 F 0.054 0.015 0.012 0.056 0.224 0.043 0.595 180 A 0.054 0.018 0.014 0.036 0.099 0.049 0.729 181 E 0.024 0.014 0.165 0.273 0.132 0.267 0.125 182 E 0.019 0.011 0.185 0.243 0.118 0.276 0.148 183 T 0.015 0.009 0.121 0.333 0.122 0.199 0.202 184 R 0.013 0.006 0.028 0.340 0.193 0.095 0.324 185 K 0.003 0.003 0.034 0.803 0.049 0.051 0.057 186 K 0.001 0.001 0.019 0.904 0.010 0.045 0.019 187 S 0.002 0.001 0.009 0.959 0.004 0.016 0.010 188 M 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.004 0.004 189 K 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.004 0.002 190 W 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.001 191 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.004 0.001 192 K 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.008 0.001 193 M 0.001 0.001 0.006 0.965 0.003 0.022 0.003 194 H 0.002 0.002 0.014 0.911 0.004 0.061 0.006 195 A 0.002 0.003 0.033 0.770 0.020 0.145 0.027 196 Q 0.002 0.002 0.065 0.670 0.038 0.169 0.054 197 Y 0.001 0.001 0.114 0.479 0.096 0.208 0.100 198 D 0.002 0.003 0.141 0.298 0.081 0.395 0.079 199 D 0.004 0.007 0.119 0.244 0.125 0.314 0.187 200 A 0.005 0.010 0.073 0.231 0.190 0.258 0.234 201 H 0.003 0.002 0.014 0.182 0.132 0.055 0.611 202 P 0.003 0.002 0.027 0.688 0.042 0.060 0.177 203 W 0.003 0.003 0.021 0.842 0.026 0.039 0.066 204 E 0.002 0.002 0.013 0.890 0.016 0.028 0.049 205 A 0.001 0.001 0.003 0.962 0.007 0.011 0.016 206 L 0.001 0.001 0.001 0.981 0.004 0.007 0.007 207 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.006 0.004 208 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.003 0.004 209 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.003 0.002 210 C 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 211 T 0.001 0.001 0.001 0.974 0.002 0.020 0.003 212 L 0.001 0.001 0.003 0.936 0.004 0.048 0.008 213 V 0.001 0.002 0.012 0.746 0.015 0.206 0.018 214 G 0.001 0.002 0.024 0.364 0.059 0.489 0.059 215 N 0.001 0.006 0.023 0.168 0.324 0.215 0.262 216 K 0.002 0.010 0.019 0.064 0.240 0.114 0.552 217 P 0.001 0.005 0.037 0.085 0.199 0.121 0.553 218 S 0.001 0.003 0.018 0.128 0.119 0.047 0.686 219 L 0.001 0.001 0.033 0.862 0.024 0.061 0.020 220 Q 0.001 0.001 0.015 0.931 0.009 0.030 0.014 221 L 0.001 0.001 0.009 0.958 0.005 0.015 0.012 222 Q 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.004 0.003 223 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 224 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 225 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 226 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 227 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 228 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 229 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 230 T 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.013 0.001 231 K 0.001 0.001 0.001 0.953 0.002 0.042 0.002 232 S 0.001 0.001 0.001 0.971 0.003 0.018 0.006 233 Y 0.001 0.001 0.001 0.984 0.003 0.007 0.005 234 D 0.001 0.001 0.001 0.983 0.004 0.008 0.004 235 Y 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.008 0.005 236 M 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 237 Y 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.009 0.002 238 L 0.001 0.001 0.001 0.973 0.002 0.020 0.003 239 F 0.001 0.001 0.002 0.956 0.005 0.031 0.005 240 L 0.001 0.001 0.008 0.932 0.011 0.033 0.014 241 E 0.004 0.001 0.039 0.846 0.019 0.080 0.012 242 R 0.005 0.001 0.069 0.652 0.019 0.233 0.022 243 C 0.013 0.011 0.067 0.472 0.080 0.235 0.121 244 I 0.044 0.023 0.052 0.315 0.146 0.155 0.265 245 Q 0.065 0.022 0.043 0.172 0.128 0.131 0.439 246 L 0.023 0.008 0.155 0.263 0.106 0.228 0.218 247 D 0.026 0.007 0.166 0.220 0.118 0.335 0.128 248 K 0.035 0.009 0.172 0.179 0.150 0.242 0.213 249 V 0.076 0.028 0.064 0.110 0.180 0.167 0.376 250 K 0.104 0.018 0.031 0.065 0.211 0.225 0.347 251 S 0.132 0.015 0.023 0.049 0.247 0.129 0.406 252 P 0.137 0.014 0.030 0.075 0.178 0.158 0.408 253 R 0.289 0.019 0.029 0.075 0.127 0.084 0.376 254 G 0.466 0.017 0.019 0.070 0.091 0.029 0.309 255 R 0.549 0.011 0.016 0.057 0.057 0.013 0.297 256 V 0.612 0.015 0.028 0.079 0.036 0.015 0.215 257 A 0.763 0.008 0.028 0.053 0.026 0.021 0.101 258 A 0.779 0.007 0.018 0.040 0.037 0.026 0.093 259 L 0.710 0.007 0.009 0.034 0.055 0.022 0.163 260 E 0.417 0.018 0.005 0.027 0.003 0.023 0.506 261 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999