# TARGET T0621 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0621.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 N 0.008 0.002 0.001 0.001 0.063 0.925 2 P 0.050 0.040 0.004 0.004 0.098 0.804 3 N 0.103 0.014 0.014 0.005 0.262 0.602 4 P 0.182 0.008 0.045 0.011 0.291 0.463 5 I 0.444 0.028 0.036 0.011 0.210 0.271 6 S 0.641 0.027 0.014 0.004 0.104 0.210 7 I 0.681 0.010 0.006 0.003 0.093 0.208 8 P 0.727 0.013 0.006 0.002 0.078 0.174 9 I 0.575 0.059 0.005 0.005 0.089 0.268 10 D 0.316 0.034 0.015 0.023 0.308 0.305 11 L 0.014 0.002 0.537 0.083 0.319 0.045 12 S 0.008 0.003 0.509 0.046 0.397 0.038 13 Q 0.009 0.003 0.488 0.081 0.398 0.020 14 A 0.033 0.015 0.137 0.102 0.491 0.221 15 G 0.074 0.022 0.014 0.019 0.440 0.431 16 S 0.217 0.018 0.012 0.006 0.296 0.451 17 V 0.418 0.024 0.010 0.010 0.206 0.331 18 V 0.480 0.039 0.018 0.019 0.156 0.288 19 E 0.582 0.013 0.049 0.030 0.143 0.184 20 K 0.640 0.006 0.051 0.029 0.117 0.157 21 E 0.758 0.011 0.028 0.032 0.071 0.100 22 V 0.849 0.011 0.008 0.017 0.039 0.076 23 K 0.825 0.012 0.004 0.015 0.040 0.103 24 I 0.625 0.016 0.016 0.028 0.099 0.216 25 E 0.265 0.008 0.064 0.074 0.327 0.262 26 E 0.132 0.006 0.169 0.169 0.394 0.130 27 S 0.184 0.006 0.142 0.139 0.428 0.101 28 W 0.207 0.014 0.105 0.205 0.359 0.110 29 S 0.421 0.009 0.047 0.139 0.221 0.164 30 Y 0.660 0.010 0.023 0.116 0.105 0.086 31 H 0.754 0.003 0.011 0.063 0.066 0.103 32 L 0.921 0.002 0.002 0.026 0.013 0.037 33 I 0.957 0.002 0.001 0.016 0.006 0.018 34 L 0.940 0.002 0.001 0.016 0.007 0.034 35 Q 0.925 0.002 0.002 0.017 0.012 0.042 36 F 0.853 0.003 0.007 0.022 0.028 0.087 37 A 0.835 0.006 0.009 0.039 0.039 0.072 38 V 0.730 0.006 0.028 0.073 0.076 0.086 39 H 0.599 0.010 0.035 0.126 0.106 0.124 40 D 0.501 0.016 0.042 0.173 0.137 0.131 41 R 0.310 0.012 0.035 0.280 0.169 0.194 42 K 0.180 0.029 0.023 0.297 0.245 0.225 43 E 0.097 0.015 0.022 0.280 0.377 0.208 44 D 0.036 0.008 0.017 0.176 0.493 0.270 45 G 0.022 0.007 0.016 0.129 0.513 0.313 46 G 0.031 0.012 0.015 0.116 0.433 0.393 47 L 0.044 0.019 0.028 0.238 0.377 0.295 48 D 0.049 0.014 0.043 0.310 0.336 0.248 49 G 0.055 0.007 0.073 0.456 0.254 0.155 50 K 0.140 0.011 0.060 0.479 0.168 0.142 51 R 0.289 0.024 0.065 0.381 0.111 0.130 52 V 0.353 0.013 0.057 0.360 0.092 0.126 53 W 0.432 0.009 0.077 0.297 0.088 0.097 54 K 0.449 0.005 0.073 0.288 0.094 0.091 55 F 0.492 0.009 0.046 0.248 0.099 0.106 56 L 0.549 0.021 0.025 0.141 0.118 0.146 57 G 0.462 0.013 0.025 0.087 0.221 0.191 58 F 0.325 0.018 0.042 0.065 0.305 0.245 59 N 0.202 0.026 0.051 0.044 0.380 0.297 60 S 0.219 0.027 0.037 0.035 0.408 0.274 61 Y 0.231 0.058 0.028 0.032 0.308 0.344 62 D 0.119 0.055 0.032 0.024 0.415 0.355 63 P 0.055 0.019 0.071 0.028 0.657 0.171 64 R 0.030 0.012 0.124 0.039 0.666 0.128 65 D 0.043 0.009 0.083 0.019 0.731 0.114 66 G 0.091 0.019 0.069 0.016 0.652 0.153 67 K 0.191 0.033 0.043 0.019 0.334 0.381 68 Q 0.337 0.054 0.037 0.024 0.244 0.303 69 V 0.361 0.027 0.025 0.027 0.238 0.322 70 G 0.281 0.013 0.011 0.022 0.218 0.455 71 Y 0.292 0.040 0.014 0.054 0.208 0.391 72 V 0.236 0.023 0.012 0.070 0.186 0.473 73 D 0.238 0.019 0.013 0.107 0.177 0.446 74 Y 0.071 0.007 0.077 0.503 0.168 0.174 75 R 0.035 0.004 0.098 0.619 0.141 0.104 76 L 0.021 0.003 0.104 0.707 0.123 0.042 77 A 0.023 0.005 0.052 0.710 0.132 0.078 78 K 0.021 0.004 0.036 0.680 0.137 0.122 79 S 0.020 0.004 0.054 0.635 0.154 0.134 80 E 0.019 0.009 0.055 0.604 0.155 0.159 81 L 0.015 0.012 0.091 0.611 0.140 0.131 82 G 0.018 0.006 0.186 0.411 0.218 0.161 83 D 0.033 0.009 0.256 0.348 0.221 0.133 84 L 0.057 0.019 0.162 0.301 0.305 0.156 85 I 0.069 0.020 0.081 0.244 0.335 0.251 86 D 0.058 0.008 0.092 0.138 0.475 0.228 87 E 0.056 0.009 0.144 0.166 0.415 0.210 88 T 0.136 0.022 0.110 0.093 0.398 0.240 89 Y 0.230 0.045 0.076 0.067 0.339 0.243 90 D 0.232 0.024 0.021 0.028 0.367 0.328 91 C 0.167 0.034 0.028 0.020 0.536 0.215 92 D 0.101 0.007 0.017 0.015 0.632 0.227 93 G 0.261 0.006 0.014 0.015 0.518 0.187 94 T 0.677 0.013 0.004 0.013 0.135 0.158 95 V 0.881 0.017 0.001 0.006 0.026 0.069 96 V 0.925 0.006 0.001 0.002 0.021 0.046 97 P 0.905 0.003 0.001 0.001 0.025 0.065 98 I 0.904 0.001 0.001 0.001 0.022 0.072 99 K 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 100 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 101 T 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 102 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 103 H 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 104 Q 0.969 0.001 0.001 0.001 0.010 0.019 105 I 0.865 0.009 0.001 0.001 0.042 0.081 106 N 0.480 0.021 0.007 0.004 0.344 0.143 107 Q 0.076 0.005 0.028 0.012 0.786 0.093 108 D 0.041 0.007 0.040 0.018 0.822 0.073 109 N 0.087 0.009 0.017 0.013 0.733 0.141 110 T 0.404 0.021 0.009 0.008 0.265 0.292 111 K 0.764 0.017 0.004 0.005 0.065 0.145 112 K 0.915 0.005 0.002 0.003 0.022 0.053 113 L 0.946 0.005 0.002 0.002 0.016 0.030 114 I 0.943 0.004 0.002 0.002 0.017 0.031 115 A 0.924 0.003 0.006 0.003 0.033 0.030 116 D 0.808 0.001 0.016 0.007 0.093 0.075 117 N 0.863 0.002 0.007 0.006 0.071 0.051 118 L 0.931 0.007 0.003 0.004 0.028 0.028 119 Y 0.930 0.004 0.002 0.005 0.027 0.032 120 M 0.848 0.014 0.005 0.009 0.055 0.069 121 T 0.524 0.018 0.012 0.020 0.246 0.179 122 K 0.118 0.007 0.021 0.039 0.531 0.283 123 G 0.033 0.007 0.020 0.028 0.642 0.271 124 N 0.028 0.016 0.031 0.037 0.628 0.260 125 G 0.036 0.020 0.033 0.064 0.519 0.328 126 S 0.050 0.019 0.086 0.216 0.419 0.210 127 G 0.080 0.014 0.076 0.244 0.373 0.212 128 A 0.107 0.022 0.099 0.337 0.290 0.145 129 Y 0.143 0.030 0.065 0.429 0.172 0.160 130 T 0.212 0.009 0.071 0.436 0.162 0.108 131 R 0.194 0.005 0.079 0.509 0.128 0.085 132 D 0.323 0.014 0.072 0.400 0.098 0.093 133 I 0.365 0.009 0.090 0.338 0.089 0.109 134 T 0.427 0.005 0.081 0.258 0.080 0.149 135 T 0.596 0.009 0.037 0.167 0.065 0.127 136 I 0.663 0.020 0.014 0.093 0.071 0.140 137 S 0.620 0.016 0.008 0.035 0.114 0.207 138 L 0.259 0.011 0.038 0.037 0.428 0.227 139 D 0.084 0.006 0.047 0.030 0.576 0.257 140 K 0.119 0.007 0.046 0.017 0.664 0.146 141 G 0.190 0.007 0.016 0.006 0.557 0.224 142 K 0.514 0.005 0.006 0.002 0.186 0.286 143 Y 0.918 0.005 0.001 0.001 0.020 0.055 144 I 0.971 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 145 F 0.981 0.003 0.001 0.001 0.003 0.012 146 R 0.960 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 147 I 0.943 0.002 0.001 0.002 0.009 0.044 148 E 0.787 0.008 0.001 0.004 0.032 0.168 149 N 0.528 0.010 0.002 0.011 0.072 0.378 150 I 0.090 0.003 0.087 0.334 0.258 0.229 151 E 0.041 0.006 0.122 0.390 0.290 0.151 152 A 0.023 0.003 0.103 0.554 0.224 0.093 153 F 0.026 0.007 0.059 0.560 0.220 0.128 154 S 0.021 0.005 0.108 0.672 0.149 0.045 155 E 0.016 0.002 0.154 0.676 0.125 0.027 156 M 0.011 0.002 0.174 0.702 0.091 0.020 157 I 0.007 0.003 0.144 0.670 0.126 0.048 158 G 0.015 0.002 0.067 0.311 0.304 0.301 159 R 0.050 0.006 0.029 0.092 0.280 0.542 160 K 0.129 0.005 0.003 0.006 0.147 0.711 161 V 0.625 0.004 0.001 0.002 0.045 0.324 162 D 0.931 0.002 0.001 0.001 0.008 0.058 163 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 164 T 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 165 I 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 166 Y 0.934 0.001 0.001 0.001 0.013 0.050 167 I 0.803 0.004 0.003 0.002 0.047 0.141 168 N 0.594 0.004 0.009 0.006 0.123 0.264 169 K 0.415 0.029 0.022 0.009 0.200 0.325 170 R 0.147 0.010 0.018 0.011 0.254 0.560 171 D 0.023 0.006 0.007 0.006 0.184 0.774 172 K 0.002 0.003 0.005 0.007 0.121 0.863