# TARGET T0618 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0618.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.2384 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.047 0.034 0.044 0.061 0.113 0.106 0.521 2 K 0.068 0.033 0.039 0.040 0.059 0.101 0.071 0.588 3 K 0.191 0.032 0.020 0.031 0.037 0.084 0.050 0.554 4 E 0.084 0.030 0.021 0.019 0.033 0.091 0.038 0.684 5 S 0.049 0.032 0.014 0.018 0.040 0.122 0.040 0.685 6 Q 0.059 0.048 0.034 0.035 0.064 0.106 0.062 0.593 7 V 0.061 0.045 0.033 0.050 0.040 0.111 0.067 0.593 8 I 0.025 0.079 0.041 0.036 0.048 0.134 0.114 0.523 9 F 0.020 0.252 0.017 0.010 0.021 0.083 0.090 0.507 10 D 0.067 0.823 0.002 0.002 0.002 0.009 0.050 0.046 11 K 0.017 0.847 0.002 0.003 0.004 0.014 0.028 0.084 12 N 0.004 0.913 0.004 0.003 0.004 0.006 0.029 0.037 13 V 0.003 0.964 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.011 14 I 0.008 0.434 0.007 0.005 0.003 0.006 0.513 0.023 15 E 0.002 0.877 0.003 0.002 0.003 0.003 0.097 0.013 16 F 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 17 V 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 18 T 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 19 V 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 20 A 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 21 A 0.006 0.948 0.002 0.001 0.001 0.002 0.029 0.012 22 E 0.004 0.940 0.003 0.001 0.001 0.003 0.032 0.018 23 F 0.002 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 24 C 0.007 0.946 0.004 0.001 0.001 0.003 0.019 0.019 25 A 0.014 0.885 0.009 0.003 0.005 0.007 0.031 0.046 26 F 0.022 0.860 0.010 0.004 0.007 0.007 0.033 0.057 27 L 0.076 0.615 0.027 0.009 0.011 0.025 0.110 0.127 28 E 0.047 0.181 0.065 0.013 0.016 0.073 0.292 0.313 29 R 0.091 0.278 0.025 0.007 0.011 0.055 0.076 0.458 30 A 0.375 0.161 0.017 0.006 0.005 0.049 0.088 0.299 31 E 0.077 0.099 0.012 0.005 0.007 0.083 0.056 0.662 32 S 0.061 0.064 0.006 0.003 0.005 0.079 0.063 0.720 33 M 0.051 0.038 0.025 0.005 0.005 0.093 0.430 0.354 34 K 0.070 0.200 0.016 0.006 0.009 0.110 0.083 0.506 35 R 0.120 0.378 0.006 0.003 0.005 0.038 0.043 0.406 36 S 0.054 0.322 0.023 0.008 0.011 0.070 0.176 0.336 37 T 0.031 0.206 0.021 0.007 0.011 0.075 0.443 0.205 38 F 0.025 0.237 0.035 0.005 0.006 0.031 0.566 0.096 39 V 0.027 0.748 0.019 0.007 0.010 0.029 0.057 0.103 40 D 0.023 0.718 0.016 0.007 0.013 0.022 0.049 0.153 41 T 0.021 0.712 0.030 0.010 0.014 0.022 0.106 0.085 42 T 0.030 0.698 0.022 0.009 0.017 0.028 0.098 0.098 43 L 0.049 0.524 0.035 0.009 0.011 0.036 0.168 0.169 44 K 0.017 0.678 0.035 0.009 0.014 0.031 0.073 0.143 45 I 0.015 0.791 0.010 0.006 0.008 0.017 0.030 0.123 46 L 0.020 0.825 0.011 0.005 0.005 0.014 0.065 0.054 47 P 0.021 0.846 0.005 0.003 0.006 0.015 0.046 0.057 48 L 0.024 0.758 0.022 0.006 0.011 0.020 0.069 0.091 49 L 0.030 0.776 0.022 0.013 0.020 0.017 0.055 0.066 50 Y 0.081 0.277 0.060 0.019 0.025 0.044 0.319 0.175 51 L 0.121 0.191 0.094 0.027 0.034 0.063 0.271 0.198 52 K 0.175 0.149 0.049 0.027 0.043 0.088 0.098 0.371 53 A 0.156 0.059 0.032 0.020 0.030 0.096 0.060 0.545 54 S 0.036 0.033 0.041 0.033 0.045 0.150 0.051 0.611 55 M 0.034 0.048 0.024 0.019 0.038 0.114 0.031 0.691 56 L 0.142 0.056 0.027 0.025 0.030 0.110 0.081 0.528 57 P 0.116 0.060 0.028 0.025 0.034 0.113 0.072 0.552 58 K 0.094 0.040 0.023 0.017 0.041 0.099 0.060 0.625 59 C 0.092 0.023 0.048 0.029 0.042 0.127 0.069 0.569 60 E 0.041 0.015 0.067 0.053 0.092 0.111 0.043 0.578 61 M 0.053 0.010 0.031 0.033 0.053 0.094 0.043 0.682 62 I 0.090 0.007 0.037 0.032 0.038 0.128 0.062 0.605 63 G 0.106 0.013 0.016 0.014 0.023 0.095 0.063 0.670 64 D 0.085 0.014 0.009 0.014 0.020 0.106 0.039 0.712 65 E 0.014 0.007 0.014 0.020 0.023 0.117 0.025 0.780 66 S 0.116 0.060 0.013 0.018 0.024 0.090 0.137 0.542 67 P 0.218 0.068 0.009 0.014 0.019 0.103 0.084 0.485 68 E 0.069 0.029 0.023 0.030 0.046 0.102 0.114 0.587 69 T 0.037 0.022 0.027 0.037 0.060 0.112 0.067 0.639 70 Y 0.043 0.039 0.038 0.044 0.054 0.127 0.085 0.571 71 V 0.021 0.047 0.038 0.041 0.043 0.125 0.063 0.622 72 T 0.140 0.443 0.008 0.006 0.008 0.040 0.117 0.238 73 E 0.121 0.461 0.009 0.008 0.010 0.053 0.072 0.264 74 E 0.016 0.656 0.011 0.011 0.012 0.042 0.041 0.210 75 I 0.015 0.838 0.003 0.003 0.008 0.013 0.043 0.076 76 Y 0.010 0.862 0.006 0.005 0.007 0.008 0.054 0.047 77 E 0.008 0.922 0.003 0.005 0.007 0.005 0.023 0.027 78 V 0.017 0.520 0.018 0.008 0.010 0.014 0.342 0.071 79 L 0.003 0.944 0.006 0.003 0.005 0.003 0.020 0.017 80 R 0.004 0.976 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.011 81 I 0.016 0.559 0.020 0.005 0.004 0.009 0.343 0.042 82 N 0.017 0.835 0.008 0.002 0.002 0.007 0.111 0.018 83 L 0.045 0.853 0.010 0.002 0.002 0.008 0.046 0.034 84 A 0.106 0.544 0.062 0.004 0.005 0.030 0.104 0.146 85 S 0.198 0.334 0.014 0.005 0.009 0.048 0.047 0.345 86 I 0.109 0.072 0.027 0.005 0.007 0.080 0.105 0.595 87 L 0.069 0.031 0.015 0.004 0.004 0.178 0.067 0.632 88 A 0.052 0.037 0.009 0.003 0.005 0.099 0.045 0.750 89 E 0.045 0.081 0.011 0.004 0.007 0.095 0.033 0.724 90 K 0.112 0.105 0.016 0.005 0.009 0.120 0.041 0.592 91 D 0.233 0.166 0.022 0.009 0.013 0.091 0.093 0.372 92 D 0.067 0.157 0.054 0.014 0.034 0.119 0.079 0.477 93 Y 0.063 0.089 0.074 0.025 0.073 0.118 0.135 0.424 94 L 0.082 0.066 0.099 0.083 0.124 0.102 0.124 0.321 95 E 0.040 0.036 0.111 0.085 0.147 0.090 0.086 0.404 96 V 0.014 0.015 0.095 0.132 0.177 0.115 0.052 0.400 97 F 0.015 0.017 0.100 0.082 0.160 0.107 0.034 0.487 98 L 0.391 0.072 0.021 0.032 0.029 0.052 0.185 0.218 99 P 0.111 0.057 0.023 0.018 0.029 0.100 0.062 0.601 100 D 0.113 0.027 0.027 0.023 0.035 0.105 0.069 0.601 101 M 0.113 0.010 0.051 0.038 0.065 0.121 0.064 0.539 102 A 0.076 0.004 0.027 0.032 0.045 0.110 0.028 0.679 103 Y 0.073 0.007 0.015 0.024 0.030 0.110 0.042 0.698 104 S 0.029 0.017 0.009 0.008 0.017 0.125 0.026 0.768 105 D 0.099 0.092 0.010 0.017 0.021 0.101 0.057 0.602 106 E 0.079 0.114 0.023 0.051 0.057 0.110 0.088 0.478 107 P 0.057 0.081 0.046 0.032 0.047 0.095 0.137 0.503 108 I 0.125 0.134 0.031 0.038 0.065 0.099 0.119 0.389 109 K 0.115 0.068 0.052 0.024 0.038 0.091 0.184 0.428 110 K 0.038 0.043 0.050 0.022 0.038 0.117 0.077 0.615 111 N 0.028 0.171 0.051 0.033 0.040 0.118 0.100 0.459 112 I 0.017 0.458 0.025 0.008 0.011 0.068 0.062 0.350 113 S 0.043 0.886 0.002 0.001 0.001 0.007 0.027 0.033 114 E 0.020 0.869 0.002 0.001 0.002 0.012 0.041 0.053 115 D 0.005 0.921 0.002 0.001 0.001 0.006 0.043 0.020 116 L 0.004 0.944 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.010 117 A 0.012 0.754 0.009 0.001 0.002 0.006 0.196 0.020 118 D 0.011 0.854 0.007 0.003 0.003 0.006 0.089 0.027 119 I 0.010 0.916 0.009 0.001 0.002 0.004 0.032 0.027 120 Y 0.028 0.796 0.020 0.003 0.003 0.012 0.094 0.044 121 Q 0.031 0.516 0.018 0.003 0.004 0.046 0.174 0.207 122 D 0.022 0.796 0.008 0.001 0.002 0.014 0.075 0.083 123 I 0.040 0.794 0.008 0.001 0.001 0.019 0.072 0.066 124 K 0.035 0.679 0.007 0.002 0.003 0.031 0.106 0.137 125 D 0.009 0.848 0.005 0.002 0.004 0.018 0.028 0.087 126 F 0.014 0.826 0.018 0.006 0.016 0.016 0.050 0.054 127 I 0.017 0.822 0.016 0.011 0.019 0.013 0.046 0.055 128 F 0.044 0.643 0.031 0.028 0.058 0.021 0.066 0.110 129 V 0.058 0.124 0.179 0.049 0.054 0.036 0.361 0.139 130 F 0.287 0.058 0.084 0.060 0.076 0.068 0.136 0.231 131 Q 0.134 0.020 0.025 0.024 0.033 0.077 0.048 0.638 132 L 0.026 0.008 0.011 0.007 0.011 0.129 0.011 0.797 133 G 0.067 0.030 0.017 0.010 0.016 0.114 0.131 0.614 134 L 0.075 0.057 0.009 0.005 0.008 0.122 0.055 0.668 135 N 0.207 0.093 0.014 0.011 0.010 0.084 0.129 0.451 136 E 0.066 0.155 0.026 0.010 0.018 0.124 0.096 0.505 137 T 0.034 0.301 0.033 0.009 0.016 0.094 0.140 0.373 138 M 0.016 0.612 0.018 0.009 0.013 0.039 0.103 0.189 139 N 0.015 0.881 0.004 0.004 0.007 0.012 0.031 0.046 140 D 0.005 0.907 0.007 0.005 0.009 0.008 0.024 0.036 141 S 0.003 0.925 0.006 0.005 0.015 0.005 0.018 0.025 142 L 0.003 0.941 0.006 0.005 0.012 0.003 0.014 0.015 143 A 0.010 0.878 0.010 0.012 0.017 0.005 0.041 0.027 144 I 0.015 0.298 0.054 0.027 0.022 0.013 0.515 0.056 145 C 0.044 0.518 0.057 0.028 0.036 0.023 0.205 0.090 146 Q 0.149 0.340 0.047 0.027 0.028 0.041 0.158 0.211 147 E 0.076 0.302 0.036 0.022 0.029 0.068 0.074 0.393 148 N 0.051 0.332 0.019 0.010 0.021 0.070 0.080 0.417 149 F 0.059 0.333 0.033 0.013 0.018 0.076 0.186 0.284 150 G 0.050 0.318 0.037 0.012 0.018 0.068 0.243 0.254 151 L 0.058 0.430 0.026 0.008 0.012 0.051 0.113 0.301 152 L 0.025 0.707 0.017 0.004 0.007 0.031 0.065 0.143 153 W 0.007 0.872 0.003 0.001 0.002 0.011 0.042 0.062 154 G 0.007 0.923 0.001 0.001 0.001 0.003 0.050 0.015 155 Q 0.006 0.305 0.001 0.001 0.001 0.003 0.677 0.007 156 K 0.002 0.296 0.002 0.001 0.001 0.002 0.691 0.005 157 L 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 158 V 0.004 0.948 0.003 0.001 0.001 0.001 0.038 0.005 159 N 0.003 0.940 0.003 0.001 0.001 0.002 0.042 0.009 160 T 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 161 M 0.014 0.800 0.025 0.002 0.001 0.006 0.133 0.018 162 R 0.038 0.780 0.010 0.002 0.003 0.019 0.070 0.078 163 A 0.067 0.473 0.027 0.006 0.009 0.037 0.105 0.277 164 L 0.057 0.493 0.056 0.008 0.011 0.056 0.086 0.233 165 H 0.092 0.287 0.022 0.014 0.025 0.099 0.065 0.395 166 D 0.064 0.078 0.051 0.016 0.040 0.076 0.127 0.547 167 V 0.085 0.041 0.064 0.050 0.061 0.118 0.133 0.448 168 K 0.026 0.042 0.078 0.070 0.089 0.123 0.065 0.507 169 Y 0.013 0.045 0.037 0.015 0.035 0.090 0.022 0.741 170 S 0.338 0.176 0.022 0.011 0.011 0.044 0.189 0.208 171 P 0.244 0.198 0.019 0.009 0.012 0.064 0.072 0.382 172 K 0.083 0.128 0.013 0.009 0.013 0.074 0.051 0.630 173 A 0.052 0.171 0.015 0.009 0.014 0.106 0.061 0.570 174 R 0.080 0.378 0.014 0.010 0.014 0.070 0.067 0.367 175 L 0.124 0.371 0.010 0.015 0.016 0.056 0.084 0.323 176 E 0.109 0.361 0.021 0.012 0.018 0.065 0.085 0.328 177 H 0.167 0.223 0.032 0.012 0.021 0.074 0.083 0.389 178 H 0.261 0.053 0.050 0.013 0.017 0.073 0.099 0.434 179 H 0.162 0.012 0.019 0.012 0.017 0.098 0.033 0.647 180 H 0.056 0.003 0.007 0.004 0.007 0.095 0.018 0.809 181 H 0.037 0.004 0.011 0.005 0.008 0.146 0.035 0.754 182 H 0.026 0.005 0.018 0.009 0.016 0.142 0.040 0.744