# TARGET T0618 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0618.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.2384 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.422 0.103 0.063 0.094 0.081 0.053 0.084 0.052 0.026 0.014 0.007 2 K 0.240 0.195 0.147 0.171 0.088 0.054 0.053 0.026 0.015 0.008 0.003 3 K 0.104 0.132 0.141 0.170 0.136 0.100 0.106 0.057 0.031 0.016 0.008 4 E 0.213 0.192 0.123 0.171 0.109 0.061 0.058 0.039 0.019 0.010 0.005 5 S 0.118 0.120 0.104 0.154 0.115 0.095 0.126 0.082 0.047 0.027 0.010 6 Q 0.154 0.138 0.143 0.203 0.127 0.086 0.074 0.040 0.020 0.011 0.004 7 V 0.168 0.092 0.146 0.163 0.121 0.102 0.101 0.056 0.029 0.016 0.006 8 I 0.092 0.125 0.124 0.169 0.136 0.112 0.114 0.065 0.035 0.020 0.008 9 F 0.018 0.040 0.033 0.052 0.066 0.099 0.215 0.167 0.145 0.113 0.052 10 D 0.159 0.182 0.185 0.196 0.119 0.067 0.052 0.021 0.010 0.005 0.002 11 K 0.511 0.130 0.157 0.127 0.044 0.015 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 12 N 0.092 0.108 0.063 0.148 0.143 0.129 0.157 0.086 0.041 0.024 0.009 13 V 0.004 0.009 0.010 0.024 0.043 0.077 0.170 0.176 0.213 0.176 0.097 14 I 0.035 0.028 0.188 0.175 0.170 0.163 0.133 0.062 0.026 0.015 0.005 15 E 0.011 0.057 0.346 0.248 0.146 0.096 0.062 0.021 0.008 0.003 0.001 16 F 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.014 0.055 0.103 0.233 0.273 0.304 17 V 0.001 0.001 0.003 0.009 0.032 0.094 0.224 0.163 0.202 0.174 0.097 18 T 0.024 0.047 0.690 0.174 0.046 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 19 V 0.002 0.003 0.018 0.028 0.077 0.199 0.360 0.160 0.081 0.049 0.021 20 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.033 0.063 0.234 0.321 0.333 21 A 0.018 0.017 0.137 0.157 0.208 0.175 0.189 0.061 0.023 0.010 0.004 22 E 0.006 0.033 0.588 0.195 0.092 0.049 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 23 F 0.001 0.002 0.009 0.009 0.021 0.042 0.153 0.179 0.219 0.210 0.155 24 C 0.001 0.002 0.004 0.007 0.017 0.061 0.168 0.143 0.231 0.241 0.125 25 A 0.012 0.047 0.595 0.208 0.083 0.030 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 26 F 0.004 0.006 0.042 0.040 0.083 0.168 0.330 0.169 0.082 0.052 0.024 27 L 0.002 0.002 0.005 0.006 0.010 0.020 0.065 0.099 0.245 0.286 0.260 28 E 0.031 0.027 0.085 0.109 0.151 0.158 0.226 0.110 0.058 0.033 0.012 29 R 0.014 0.085 0.390 0.218 0.120 0.077 0.055 0.022 0.011 0.006 0.002 30 A 0.024 0.032 0.036 0.052 0.079 0.133 0.280 0.161 0.102 0.065 0.036 31 E 0.604 0.178 0.075 0.073 0.030 0.014 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 32 S 0.275 0.191 0.156 0.185 0.086 0.044 0.036 0.016 0.007 0.003 0.002 33 M 0.093 0.072 0.060 0.081 0.091 0.106 0.160 0.111 0.092 0.084 0.050 34 K 0.158 0.320 0.140 0.176 0.095 0.047 0.034 0.018 0.007 0.004 0.001 35 R 0.112 0.140 0.174 0.199 0.124 0.098 0.073 0.044 0.019 0.011 0.004 36 S 0.144 0.068 0.093 0.136 0.118 0.123 0.148 0.088 0.044 0.026 0.011 37 T 0.116 0.145 0.134 0.233 0.138 0.091 0.077 0.039 0.016 0.008 0.003 38 F 0.009 0.012 0.022 0.029 0.046 0.083 0.146 0.144 0.193 0.186 0.130 39 V 0.015 0.024 0.037 0.079 0.117 0.128 0.211 0.147 0.116 0.084 0.044 40 D 0.055 0.060 0.206 0.209 0.150 0.114 0.100 0.051 0.029 0.017 0.007 41 T 0.021 0.033 0.071 0.119 0.142 0.177 0.220 0.110 0.059 0.032 0.016 42 T 0.004 0.007 0.012 0.024 0.031 0.037 0.091 0.125 0.225 0.235 0.207 43 L 0.002 0.003 0.007 0.015 0.031 0.074 0.148 0.132 0.210 0.218 0.160 44 K 0.021 0.071 0.266 0.261 0.174 0.092 0.060 0.025 0.016 0.008 0.005 45 I 0.003 0.007 0.025 0.026 0.050 0.078 0.185 0.170 0.173 0.167 0.116 46 L 0.002 0.004 0.006 0.016 0.028 0.063 0.123 0.129 0.230 0.236 0.161 47 P 0.069 0.079 0.098 0.143 0.100 0.105 0.157 0.090 0.082 0.053 0.024 48 L 0.007 0.012 0.036 0.073 0.102 0.166 0.215 0.141 0.117 0.084 0.047 49 L 0.002 0.005 0.011 0.013 0.022 0.035 0.099 0.154 0.210 0.243 0.205 50 Y 0.003 0.007 0.017 0.042 0.073 0.087 0.141 0.155 0.173 0.170 0.133 51 L 0.003 0.003 0.012 0.011 0.022 0.044 0.098 0.135 0.226 0.243 0.205 52 K 0.009 0.027 0.049 0.150 0.189 0.124 0.176 0.122 0.081 0.046 0.025 53 A 0.003 0.003 0.008 0.009 0.014 0.023 0.065 0.104 0.211 0.265 0.296 54 S 0.034 0.054 0.066 0.165 0.189 0.146 0.137 0.086 0.061 0.036 0.027 55 M 0.029 0.032 0.042 0.071 0.083 0.097 0.177 0.151 0.139 0.103 0.076 56 L 0.014 0.021 0.022 0.045 0.064 0.077 0.120 0.118 0.167 0.159 0.193 57 P 0.092 0.076 0.049 0.105 0.113 0.098 0.156 0.108 0.098 0.064 0.042 58 K 0.246 0.186 0.103 0.214 0.104 0.052 0.045 0.023 0.015 0.008 0.005 59 C 0.051 0.035 0.024 0.064 0.079 0.113 0.190 0.136 0.133 0.101 0.073 60 E 0.176 0.164 0.082 0.200 0.133 0.078 0.073 0.045 0.026 0.016 0.008 61 M 0.084 0.076 0.060 0.103 0.100 0.131 0.161 0.103 0.086 0.062 0.033 62 I 0.095 0.135 0.063 0.135 0.110 0.108 0.132 0.083 0.067 0.049 0.024 63 G 0.279 0.256 0.066 0.141 0.079 0.052 0.058 0.032 0.020 0.011 0.005 64 D 0.531 0.194 0.062 0.109 0.046 0.021 0.016 0.010 0.005 0.003 0.002 65 E 0.391 0.194 0.051 0.111 0.069 0.057 0.057 0.033 0.019 0.012 0.006 66 S 0.200 0.226 0.055 0.163 0.116 0.079 0.067 0.046 0.026 0.014 0.008 67 P 0.247 0.137 0.049 0.106 0.094 0.083 0.111 0.081 0.048 0.030 0.015 68 E 0.171 0.152 0.091 0.191 0.124 0.093 0.084 0.047 0.026 0.015 0.006 69 T 0.224 0.140 0.095 0.169 0.113 0.082 0.083 0.048 0.026 0.014 0.006 70 Y 0.121 0.096 0.058 0.142 0.131 0.122 0.139 0.090 0.053 0.033 0.015 71 V 0.061 0.107 0.046 0.090 0.093 0.115 0.168 0.121 0.099 0.070 0.030 72 T 0.152 0.352 0.108 0.177 0.088 0.047 0.041 0.019 0.009 0.005 0.002 73 E 0.600 0.113 0.062 0.097 0.053 0.029 0.025 0.012 0.005 0.003 0.001 74 E 0.651 0.171 0.053 0.073 0.028 0.010 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 75 I 0.017 0.053 0.030 0.091 0.107 0.143 0.207 0.153 0.107 0.070 0.023 76 Y 0.018 0.025 0.034 0.066 0.100 0.199 0.268 0.139 0.084 0.051 0.017 77 E 0.089 0.108 0.550 0.182 0.047 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 78 V 0.020 0.019 0.087 0.115 0.136 0.173 0.235 0.119 0.052 0.033 0.012 79 L 0.002 0.003 0.007 0.009 0.016 0.043 0.116 0.132 0.254 0.287 0.131 80 R 0.011 0.036 0.158 0.177 0.186 0.163 0.145 0.068 0.033 0.018 0.005 81 I 0.027 0.028 0.486 0.153 0.097 0.082 0.067 0.034 0.014 0.008 0.003 82 N 0.025 0.047 0.092 0.145 0.151 0.155 0.214 0.101 0.042 0.020 0.009 83 L 0.002 0.003 0.006 0.007 0.013 0.021 0.073 0.131 0.240 0.275 0.229 84 A 0.014 0.020 0.070 0.115 0.174 0.192 0.206 0.098 0.058 0.037 0.016 85 S 0.055 0.072 0.481 0.195 0.093 0.044 0.033 0.014 0.007 0.004 0.002 86 I 0.012 0.014 0.025 0.038 0.064 0.165 0.275 0.145 0.129 0.084 0.049 87 L 0.006 0.013 0.009 0.015 0.021 0.034 0.098 0.115 0.228 0.238 0.222 88 A 0.125 0.148 0.158 0.215 0.158 0.076 0.063 0.029 0.016 0.008 0.004 89 E 0.395 0.203 0.173 0.139 0.050 0.018 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 90 K 0.131 0.085 0.038 0.106 0.102 0.115 0.174 0.115 0.068 0.045 0.022 91 D 0.068 0.072 0.038 0.104 0.103 0.147 0.170 0.123 0.087 0.060 0.029 92 D 0.087 0.129 0.161 0.207 0.137 0.113 0.084 0.042 0.022 0.012 0.006 93 Y 0.018 0.019 0.041 0.056 0.067 0.100 0.184 0.151 0.161 0.130 0.073 94 L 0.020 0.025 0.029 0.062 0.068 0.105 0.189 0.145 0.169 0.126 0.061 95 E 0.049 0.079 0.111 0.192 0.148 0.120 0.121 0.076 0.054 0.033 0.017 96 V 0.025 0.018 0.034 0.053 0.075 0.106 0.171 0.167 0.149 0.126 0.076 97 F 0.022 0.030 0.028 0.059 0.071 0.102 0.181 0.161 0.158 0.129 0.059 98 L 0.028 0.038 0.041 0.085 0.091 0.114 0.173 0.141 0.138 0.100 0.052 99 P 0.154 0.103 0.087 0.148 0.114 0.095 0.116 0.076 0.055 0.033 0.018 100 D 0.155 0.123 0.077 0.158 0.120 0.093 0.119 0.070 0.046 0.026 0.014 101 M 0.085 0.049 0.040 0.090 0.103 0.112 0.179 0.132 0.100 0.068 0.042 102 A 0.161 0.128 0.098 0.167 0.125 0.090 0.096 0.058 0.037 0.026 0.014 103 Y 0.053 0.098 0.061 0.104 0.102 0.132 0.169 0.104 0.085 0.063 0.029 104 S 0.152 0.221 0.077 0.169 0.113 0.077 0.081 0.048 0.032 0.020 0.009 105 D 0.455 0.145 0.065 0.114 0.066 0.050 0.051 0.027 0.015 0.008 0.004 106 E 0.391 0.185 0.092 0.164 0.078 0.039 0.029 0.013 0.006 0.003 0.002 107 P 0.054 0.050 0.030 0.058 0.069 0.082 0.132 0.127 0.151 0.134 0.113 108 I 0.028 0.059 0.035 0.096 0.126 0.128 0.177 0.135 0.102 0.076 0.037 109 K 0.144 0.205 0.197 0.212 0.102 0.057 0.041 0.021 0.012 0.007 0.002 110 K 0.185 0.087 0.122 0.196 0.130 0.103 0.089 0.048 0.022 0.012 0.006 111 N 0.160 0.159 0.075 0.181 0.121 0.093 0.099 0.059 0.029 0.016 0.007 112 I 0.010 0.019 0.013 0.024 0.036 0.064 0.128 0.139 0.213 0.203 0.152 113 S 0.069 0.091 0.087 0.160 0.156 0.123 0.133 0.077 0.053 0.033 0.017 114 E 0.288 0.131 0.193 0.185 0.082 0.047 0.039 0.017 0.010 0.005 0.002 115 D 0.024 0.041 0.042 0.097 0.116 0.147 0.229 0.138 0.089 0.054 0.023 116 L 0.002 0.005 0.007 0.018 0.027 0.057 0.115 0.149 0.245 0.223 0.152 117 A 0.018 0.012 0.035 0.057 0.086 0.135 0.221 0.161 0.130 0.093 0.052 118 D 0.014 0.041 0.200 0.190 0.161 0.120 0.127 0.069 0.041 0.026 0.011 119 I 0.001 0.002 0.006 0.009 0.018 0.030 0.092 0.143 0.234 0.275 0.190 120 Y 0.003 0.004 0.009 0.024 0.044 0.094 0.185 0.158 0.198 0.196 0.084 121 Q 0.028 0.049 0.284 0.195 0.130 0.113 0.101 0.047 0.030 0.016 0.007 122 D 0.011 0.031 0.077 0.126 0.166 0.163 0.227 0.115 0.045 0.026 0.012 123 I 0.001 0.003 0.005 0.006 0.009 0.021 0.063 0.079 0.231 0.293 0.290 124 K 0.090 0.070 0.099 0.188 0.186 0.121 0.133 0.058 0.030 0.016 0.009 125 D 0.030 0.066 0.232 0.211 0.138 0.115 0.106 0.048 0.029 0.018 0.007 126 F 0.001 0.004 0.007 0.013 0.026 0.061 0.139 0.141 0.221 0.224 0.164 127 I 0.001 0.002 0.004 0.008 0.017 0.046 0.102 0.132 0.234 0.260 0.194 128 F 0.008 0.025 0.124 0.163 0.162 0.144 0.155 0.093 0.062 0.044 0.020 129 V 0.001 0.001 0.007 0.007 0.016 0.040 0.087 0.111 0.225 0.283 0.224 130 F 0.001 0.002 0.003 0.007 0.016 0.040 0.100 0.117 0.256 0.257 0.202 131 Q 0.025 0.070 0.136 0.188 0.158 0.121 0.141 0.070 0.048 0.030 0.015 132 L 0.024 0.023 0.053 0.082 0.117 0.195 0.223 0.122 0.081 0.050 0.030 133 G 0.271 0.258 0.069 0.121 0.066 0.052 0.070 0.042 0.026 0.017 0.008 134 L 0.075 0.064 0.029 0.091 0.095 0.111 0.176 0.133 0.104 0.073 0.051 135 N 0.370 0.179 0.098 0.135 0.081 0.050 0.041 0.023 0.012 0.008 0.004 136 E 0.141 0.155 0.120 0.223 0.138 0.091 0.069 0.034 0.016 0.008 0.005 137 T 0.033 0.043 0.027 0.045 0.064 0.080 0.135 0.145 0.149 0.140 0.139 138 M 0.031 0.042 0.032 0.102 0.144 0.136 0.182 0.132 0.098 0.065 0.036 139 N 0.124 0.080 0.150 0.188 0.125 0.097 0.104 0.063 0.038 0.022 0.010 140 D 0.031 0.051 0.070 0.185 0.168 0.145 0.178 0.083 0.049 0.025 0.014 141 S 0.001 0.003 0.005 0.010 0.018 0.022 0.061 0.109 0.214 0.240 0.316 142 L 0.001 0.002 0.006 0.017 0.048 0.085 0.146 0.152 0.206 0.189 0.147 143 A 0.007 0.013 0.093 0.097 0.119 0.122 0.184 0.127 0.109 0.085 0.044 144 I 0.001 0.003 0.015 0.024 0.043 0.097 0.183 0.140 0.198 0.188 0.108 145 C 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.011 0.034 0.050 0.234 0.318 0.345 146 Q 0.004 0.008 0.027 0.061 0.120 0.139 0.222 0.148 0.129 0.086 0.055 147 E 0.022 0.038 0.210 0.154 0.130 0.145 0.140 0.070 0.047 0.030 0.015 148 N 0.013 0.027 0.044 0.077 0.094 0.158 0.255 0.141 0.093 0.062 0.035 149 F 0.010 0.011 0.010 0.021 0.027 0.047 0.115 0.145 0.222 0.225 0.167 150 G 0.087 0.120 0.132 0.200 0.136 0.100 0.099 0.054 0.036 0.022 0.013 151 L 0.040 0.049 0.125 0.148 0.141 0.149 0.146 0.083 0.056 0.037 0.027 152 L 0.025 0.029 0.036 0.051 0.068 0.108 0.175 0.148 0.142 0.121 0.096 153 W 0.013 0.024 0.024 0.055 0.080 0.092 0.178 0.163 0.166 0.118 0.086 154 G 0.032 0.026 0.043 0.065 0.078 0.082 0.150 0.129 0.157 0.137 0.102 155 Q 0.034 0.047 0.091 0.156 0.137 0.134 0.164 0.092 0.074 0.047 0.025 156 K 0.010 0.025 0.037 0.082 0.106 0.133 0.227 0.157 0.115 0.073 0.037 157 L 0.001 0.002 0.005 0.008 0.016 0.023 0.061 0.115 0.208 0.243 0.318 158 V 0.004 0.006 0.020 0.033 0.060 0.081 0.154 0.150 0.187 0.173 0.135 159 N 0.004 0.010 0.050 0.060 0.084 0.094 0.173 0.136 0.170 0.137 0.083 160 T 0.001 0.002 0.007 0.011 0.026 0.036 0.094 0.137 0.224 0.239 0.225 161 M 0.001 0.003 0.008 0.014 0.025 0.044 0.107 0.135 0.234 0.248 0.182 162 R 0.007 0.014 0.061 0.099 0.140 0.142 0.212 0.134 0.096 0.057 0.038 163 A 0.002 0.004 0.022 0.024 0.046 0.063 0.147 0.170 0.185 0.174 0.163 164 L 0.001 0.003 0.010 0.014 0.025 0.043 0.091 0.104 0.220 0.253 0.236 165 H 0.008 0.013 0.036 0.053 0.081 0.125 0.253 0.143 0.145 0.095 0.048 166 D 0.024 0.061 0.187 0.236 0.165 0.114 0.101 0.049 0.033 0.019 0.011 167 V 0.011 0.010 0.023 0.024 0.036 0.076 0.171 0.152 0.185 0.172 0.141 168 K 0.057 0.081 0.078 0.179 0.172 0.121 0.133 0.082 0.051 0.029 0.017 169 Y 0.016 0.023 0.039 0.039 0.054 0.087 0.177 0.153 0.161 0.145 0.106 170 S 0.056 0.113 0.137 0.212 0.176 0.107 0.091 0.049 0.031 0.018 0.010 171 P 0.360 0.134 0.090 0.116 0.075 0.058 0.087 0.042 0.022 0.011 0.005 172 K 0.171 0.156 0.131 0.218 0.127 0.074 0.063 0.031 0.016 0.009 0.004 173 A 0.071 0.049 0.052 0.079 0.092 0.131 0.219 0.131 0.091 0.058 0.027 174 R 0.089 0.275 0.226 0.206 0.092 0.048 0.035 0.016 0.007 0.004 0.001 175 L 0.087 0.086 0.122 0.122 0.117 0.137 0.168 0.079 0.046 0.025 0.011 176 E 0.517 0.197 0.125 0.100 0.033 0.011 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 177 H 0.143 0.129 0.129 0.178 0.115 0.102 0.111 0.053 0.024 0.013 0.004 178 H 0.163 0.171 0.153 0.165 0.113 0.081 0.078 0.044 0.018 0.011 0.004 179 H 0.170 0.166 0.211 0.190 0.102 0.063 0.053 0.028 0.010 0.005 0.002 180 H 0.130 0.158 0.214 0.153 0.099 0.084 0.085 0.045 0.018 0.010 0.004 181 H 0.133 0.201 0.151 0.171 0.109 0.077 0.080 0.044 0.020 0.010 0.004 182 H 0.477 0.171 0.097 0.105 0.061 0.032 0.031 0.017 0.006 0.003 0.001