# TARGET T0618 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0618.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.2384 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.114 0.225 0.087 0.022 0.242 0.018 0.021 0.085 0.045 0.086 0.055 2 K 0.208 0.157 0.042 0.010 0.324 0.011 0.020 0.091 0.038 0.053 0.044 3 K 0.121 0.162 0.075 0.027 0.186 0.026 0.045 0.178 0.080 0.054 0.044 4 E 0.096 0.093 0.051 0.038 0.122 0.046 0.076 0.196 0.097 0.126 0.060 5 S 0.077 0.204 0.084 0.037 0.141 0.035 0.042 0.119 0.074 0.133 0.055 6 Q 0.115 0.140 0.067 0.027 0.192 0.020 0.028 0.101 0.076 0.157 0.076 7 V 0.135 0.212 0.052 0.008 0.320 0.012 0.022 0.081 0.054 0.062 0.042 8 I 0.153 0.193 0.061 0.011 0.334 0.014 0.031 0.088 0.028 0.046 0.041 9 F 0.099 0.275 0.106 0.024 0.182 0.031 0.040 0.069 0.038 0.090 0.047 10 D 0.089 0.271 0.161 0.020 0.185 0.007 0.008 0.139 0.063 0.029 0.028 11 K 0.003 0.013 0.005 0.003 0.005 0.007 0.024 0.693 0.236 0.009 0.002 12 N 0.013 0.031 0.012 0.002 0.017 0.003 0.014 0.631 0.105 0.153 0.017 13 V 0.010 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.802 0.142 0.019 0.008 14 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.947 0.041 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.014 0.002 0.001 16 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.008 0.003 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.015 0.001 0.001 18 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 19 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.002 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.012 0.001 0.001 23 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.009 0.006 0.001 24 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.036 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.041 0.001 0.001 26 F 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.027 0.014 0.001 27 L 0.005 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.873 0.090 0.013 0.002 28 E 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.003 0.022 0.869 0.085 0.007 0.001 29 R 0.018 0.018 0.006 0.001 0.020 0.002 0.038 0.739 0.078 0.073 0.006 30 A 0.017 0.088 0.046 0.008 0.039 0.009 0.027 0.535 0.163 0.053 0.014 31 E 0.011 0.024 0.011 0.012 0.016 0.018 0.079 0.553 0.223 0.042 0.012 32 S 0.036 0.038 0.025 0.008 0.041 0.007 0.043 0.326 0.118 0.322 0.036 33 M 0.042 0.223 0.071 0.008 0.106 0.010 0.027 0.318 0.086 0.086 0.024 34 K 0.038 0.078 0.036 0.016 0.058 0.020 0.044 0.483 0.137 0.061 0.029 35 R 0.028 0.030 0.015 0.008 0.032 0.009 0.026 0.566 0.191 0.076 0.019 36 S 0.008 0.026 0.012 0.005 0.015 0.007 0.022 0.720 0.140 0.036 0.008 37 T 0.016 0.029 0.009 0.002 0.023 0.004 0.014 0.769 0.071 0.054 0.011 38 F 0.023 0.035 0.004 0.001 0.029 0.002 0.005 0.766 0.074 0.051 0.009 39 V 0.004 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.916 0.054 0.007 0.003 40 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.927 0.059 0.002 0.001 41 T 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.943 0.034 0.012 0.001 42 T 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.939 0.035 0.014 0.001 43 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.908 0.076 0.004 0.001 44 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.929 0.046 0.009 0.001 45 I 0.008 0.011 0.002 0.001 0.009 0.001 0.015 0.848 0.056 0.045 0.006 46 L 0.010 0.020 0.009 0.004 0.015 0.005 0.014 0.809 0.095 0.012 0.007 47 P 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.883 0.092 0.004 0.002 48 L 0.006 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.894 0.066 0.015 0.002 49 L 0.006 0.019 0.001 0.001 0.010 0.001 0.007 0.903 0.038 0.012 0.002 50 Y 0.020 0.005 0.001 0.001 0.014 0.004 0.014 0.843 0.064 0.025 0.008 51 L 0.010 0.044 0.006 0.001 0.021 0.003 0.018 0.812 0.067 0.014 0.004 52 K 0.026 0.013 0.009 0.012 0.025 0.017 0.127 0.525 0.101 0.107 0.037 53 A 0.099 0.131 0.040 0.006 0.142 0.011 0.031 0.286 0.157 0.057 0.039 54 S 0.031 0.095 0.038 0.025 0.074 0.049 0.180 0.302 0.110 0.060 0.034 55 M 0.123 0.088 0.050 0.015 0.141 0.015 0.064 0.130 0.070 0.244 0.060 56 L 0.054 0.392 0.164 0.022 0.177 0.015 0.022 0.048 0.036 0.045 0.025 57 P 0.054 0.244 0.139 0.027 0.127 0.021 0.051 0.170 0.118 0.027 0.021 58 K 0.079 0.057 0.024 0.009 0.089 0.013 0.073 0.201 0.212 0.190 0.053 59 C 0.070 0.290 0.086 0.013 0.210 0.018 0.034 0.087 0.086 0.072 0.034 60 E 0.156 0.147 0.047 0.011 0.306 0.014 0.035 0.090 0.053 0.076 0.065 61 M 0.208 0.127 0.047 0.009 0.289 0.012 0.026 0.063 0.041 0.114 0.063 62 I 0.060 0.301 0.166 0.063 0.154 0.040 0.039 0.049 0.034 0.060 0.034 63 G 0.079 0.206 0.159 0.060 0.153 0.028 0.033 0.084 0.085 0.074 0.038 64 D 0.066 0.088 0.053 0.016 0.116 0.015 0.047 0.197 0.238 0.131 0.034 65 E 0.063 0.149 0.062 0.022 0.148 0.028 0.065 0.107 0.103 0.213 0.040 66 S 0.123 0.290 0.114 0.009 0.342 0.006 0.008 0.029 0.020 0.034 0.025 67 P 0.078 0.122 0.055 0.015 0.138 0.023 0.039 0.220 0.197 0.072 0.041 68 E 0.089 0.190 0.078 0.020 0.182 0.022 0.043 0.139 0.106 0.098 0.034 69 T 0.080 0.221 0.073 0.013 0.183 0.018 0.030 0.133 0.104 0.100 0.044 70 Y 0.104 0.146 0.069 0.012 0.224 0.013 0.030 0.163 0.082 0.099 0.058 71 V 0.099 0.219 0.070 0.015 0.185 0.024 0.034 0.091 0.052 0.163 0.048 72 T 0.033 0.439 0.280 0.020 0.109 0.005 0.007 0.046 0.023 0.022 0.016 73 E 0.010 0.032 0.013 0.005 0.017 0.008 0.023 0.586 0.277 0.021 0.008 74 E 0.011 0.052 0.023 0.003 0.024 0.005 0.017 0.649 0.155 0.054 0.007 75 I 0.013 0.014 0.001 0.001 0.014 0.001 0.006 0.798 0.103 0.042 0.008 76 Y 0.006 0.007 0.001 0.001 0.009 0.002 0.005 0.884 0.072 0.009 0.003 77 E 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.941 0.040 0.003 0.001 78 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.025 0.005 0.001 79 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.965 0.020 0.006 0.001 80 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.022 0.003 0.001 81 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.028 0.003 0.001 82 N 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.937 0.029 0.018 0.001 83 L 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.847 0.122 0.014 0.002 84 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.725 0.225 0.008 0.001 85 S 0.003 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.041 0.727 0.189 0.021 0.001 86 I 0.012 0.027 0.011 0.001 0.018 0.004 0.134 0.491 0.200 0.092 0.010 87 L 0.060 0.115 0.050 0.011 0.082 0.017 0.055 0.225 0.109 0.231 0.044 88 A 0.049 0.235 0.134 0.035 0.105 0.022 0.036 0.168 0.081 0.097 0.038 89 E 0.074 0.074 0.056 0.010 0.108 0.010 0.063 0.288 0.149 0.134 0.034 90 K 0.050 0.126 0.048 0.012 0.108 0.016 0.042 0.264 0.166 0.139 0.030 91 D 0.084 0.145 0.060 0.018 0.170 0.019 0.034 0.268 0.105 0.063 0.033 92 D 0.030 0.056 0.026 0.008 0.052 0.013 0.031 0.484 0.200 0.077 0.023 93 Y 0.089 0.062 0.015 0.004 0.112 0.008 0.040 0.351 0.137 0.142 0.040 94 L 0.097 0.130 0.027 0.006 0.185 0.014 0.032 0.276 0.140 0.060 0.034 95 E 0.101 0.099 0.023 0.007 0.200 0.015 0.054 0.296 0.114 0.055 0.036 96 V 0.161 0.108 0.024 0.004 0.268 0.008 0.051 0.197 0.062 0.082 0.035 97 F 0.097 0.293 0.105 0.017 0.249 0.019 0.034 0.066 0.023 0.058 0.040 98 L 0.155 0.232 0.122 0.017 0.266 0.012 0.014 0.074 0.034 0.036 0.039 99 P 0.030 0.115 0.044 0.016 0.064 0.023 0.065 0.338 0.250 0.039 0.017 100 D 0.035 0.075 0.034 0.019 0.061 0.019 0.072 0.250 0.217 0.184 0.033 101 M 0.073 0.113 0.041 0.010 0.127 0.014 0.030 0.172 0.149 0.212 0.058 102 A 0.104 0.135 0.074 0.017 0.169 0.018 0.049 0.177 0.094 0.108 0.054 103 Y 0.097 0.124 0.075 0.039 0.150 0.041 0.054 0.125 0.074 0.171 0.050 104 S 0.069 0.313 0.176 0.024 0.208 0.012 0.018 0.069 0.039 0.047 0.024 105 D 0.054 0.057 0.042 0.025 0.064 0.030 0.045 0.236 0.203 0.189 0.054 106 E 0.041 0.385 0.171 0.016 0.154 0.010 0.021 0.093 0.047 0.043 0.017 107 P 0.216 0.121 0.022 0.005 0.307 0.007 0.025 0.146 0.071 0.047 0.032 108 I 0.105 0.218 0.052 0.009 0.238 0.015 0.028 0.171 0.083 0.046 0.035 109 K 0.116 0.083 0.024 0.016 0.153 0.029 0.045 0.283 0.114 0.084 0.054 110 K 0.059 0.142 0.059 0.026 0.127 0.033 0.053 0.238 0.102 0.121 0.041 111 N 0.092 0.154 0.078 0.014 0.208 0.010 0.026 0.169 0.063 0.124 0.062 112 I 0.088 0.199 0.051 0.009 0.158 0.017 0.031 0.160 0.083 0.159 0.046 113 S 0.049 0.371 0.185 0.017 0.147 0.008 0.012 0.123 0.045 0.023 0.021 114 E 0.006 0.017 0.006 0.003 0.009 0.008 0.033 0.675 0.219 0.020 0.005 115 D 0.011 0.081 0.035 0.005 0.027 0.005 0.024 0.591 0.129 0.080 0.012 116 L 0.009 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.661 0.270 0.031 0.008 117 A 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.892 0.081 0.007 0.001 118 D 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.913 0.052 0.012 0.001 119 I 0.002 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.922 0.042 0.016 0.001 120 Y 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.903 0.068 0.009 0.003 121 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.918 0.067 0.003 0.001 122 D 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.906 0.039 0.034 0.001 123 I 0.008 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.816 0.112 0.040 0.005 124 K 0.002 0.003 0.002 0.006 0.003 0.014 0.060 0.771 0.131 0.006 0.002 125 D 0.018 0.011 0.009 0.003 0.016 0.004 0.019 0.753 0.089 0.072 0.008 126 F 0.031 0.046 0.005 0.001 0.040 0.001 0.014 0.693 0.100 0.053 0.017 127 I 0.083 0.045 0.007 0.003 0.119 0.011 0.038 0.594 0.066 0.018 0.016 128 F 0.090 0.058 0.005 0.002 0.156 0.005 0.012 0.593 0.044 0.020 0.015 129 V 0.119 0.067 0.008 0.001 0.193 0.004 0.025 0.470 0.061 0.032 0.019 130 F 0.109 0.099 0.026 0.004 0.190 0.008 0.033 0.421 0.048 0.030 0.032 131 Q 0.087 0.042 0.027 0.024 0.074 0.033 0.050 0.479 0.067 0.068 0.048 132 L 0.009 0.251 0.094 0.092 0.027 0.091 0.222 0.149 0.033 0.023 0.008 133 G 0.036 0.024 0.043 0.106 0.029 0.021 0.011 0.067 0.039 0.479 0.148 134 L 0.039 0.164 0.051 0.014 0.085 0.016 0.033 0.288 0.221 0.065 0.025 135 N 0.023 0.056 0.038 0.039 0.031 0.032 0.069 0.356 0.221 0.095 0.041 136 E 0.047 0.089 0.033 0.009 0.068 0.013 0.044 0.456 0.122 0.096 0.022 137 T 0.060 0.130 0.036 0.007 0.111 0.012 0.033 0.410 0.078 0.098 0.026 138 M 0.053 0.045 0.015 0.006 0.055 0.008 0.016 0.557 0.149 0.066 0.029 139 N 0.008 0.011 0.005 0.004 0.012 0.007 0.018 0.797 0.119 0.012 0.006 140 D 0.007 0.006 0.003 0.001 0.007 0.002 0.013 0.828 0.103 0.025 0.004 141 S 0.006 0.023 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.885 0.037 0.031 0.004 142 L 0.018 0.008 0.001 0.001 0.018 0.001 0.004 0.876 0.063 0.006 0.004 143 A 0.004 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.947 0.032 0.003 0.001 144 I 0.006 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.947 0.021 0.010 0.001 145 C 0.010 0.016 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.903 0.032 0.019 0.003 146 Q 0.008 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.011 0.854 0.097 0.011 0.004 147 E 0.004 0.010 0.004 0.002 0.007 0.003 0.027 0.822 0.107 0.011 0.002 148 N 0.026 0.018 0.009 0.004 0.023 0.006 0.069 0.600 0.117 0.112 0.017 149 F 0.040 0.151 0.037 0.006 0.075 0.011 0.026 0.434 0.109 0.087 0.025 150 G 0.056 0.052 0.023 0.018 0.070 0.022 0.056 0.412 0.156 0.089 0.046 151 L 0.059 0.060 0.026 0.006 0.080 0.009 0.040 0.462 0.107 0.121 0.029 152 L 0.036 0.103 0.041 0.016 0.074 0.016 0.052 0.467 0.074 0.091 0.030 153 W 0.025 0.058 0.026 0.019 0.036 0.018 0.030 0.574 0.115 0.080 0.020 154 G 0.004 0.010 0.009 0.008 0.005 0.003 0.004 0.838 0.095 0.017 0.006 155 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.920 0.071 0.002 0.001 156 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.009 0.006 0.001 157 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 159 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.005 0.001 0.001 160 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 0.001 161 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.013 0.001 0.001 162 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 163 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.012 0.004 0.001 164 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.884 0.102 0.005 0.001 165 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.855 0.131 0.002 0.001 166 D 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.859 0.077 0.033 0.001 167 V 0.021 0.076 0.011 0.001 0.050 0.003 0.034 0.611 0.134 0.048 0.010 168 K 0.074 0.036 0.014 0.007 0.092 0.013 0.094 0.446 0.110 0.070 0.043 169 Y 0.083 0.155 0.053 0.017 0.150 0.024 0.049 0.171 0.051 0.210 0.038 170 S 0.061 0.339 0.255 0.013 0.237 0.004 0.009 0.036 0.015 0.019 0.012 171 P 0.019 0.031 0.012 0.003 0.032 0.007 0.029 0.387 0.447 0.023 0.010 172 K 0.032 0.067 0.025 0.008 0.059 0.014 0.084 0.358 0.198 0.133 0.023 173 A 0.056 0.149 0.048 0.010 0.115 0.015 0.037 0.262 0.104 0.158 0.046 174 R 0.104 0.166 0.059 0.012 0.189 0.011 0.022 0.181 0.058 0.137 0.062 175 L 0.079 0.210 0.066 0.011 0.171 0.011 0.015 0.281 0.084 0.046 0.025 176 E 0.048 0.069 0.023 0.007 0.080 0.011 0.037 0.517 0.138 0.051 0.020 177 H 0.041 0.063 0.017 0.005 0.060 0.008 0.030 0.498 0.174 0.085 0.019 178 H 0.037 0.066 0.020 0.007 0.065 0.011 0.040 0.463 0.168 0.099 0.023 179 H 0.064 0.049 0.028 0.007 0.076 0.008 0.049 0.424 0.165 0.098 0.031 180 H 0.059 0.056 0.041 0.019 0.072 0.028 0.084 0.359 0.119 0.131 0.033 181 H 0.051 0.282 0.114 0.049 0.108 0.046 0.081 0.124 0.047 0.072 0.025 182 H 0.072 0.066 0.068 0.071 0.077 0.032 0.024 0.091 0.073 0.303 0.125