# TARGET T0618 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0618.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.2384 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.693 0.197 0.066 0.032 0.011 0.002 0.001 2 K 0.701 0.215 0.061 0.018 0.004 0.001 0.001 3 K 0.641 0.229 0.090 0.033 0.006 0.001 0.001 4 E 0.690 0.220 0.063 0.022 0.005 0.001 0.001 5 S 0.621 0.238 0.084 0.042 0.013 0.002 0.001 6 Q 0.574 0.271 0.100 0.039 0.013 0.002 0.001 7 V 0.384 0.317 0.189 0.082 0.024 0.004 0.001 8 I 0.239 0.263 0.254 0.165 0.065 0.012 0.001 9 F 0.138 0.151 0.241 0.247 0.171 0.051 0.002 10 D 0.351 0.320 0.191 0.095 0.035 0.008 0.001 11 K 0.514 0.357 0.092 0.029 0.007 0.001 0.001 12 N 0.130 0.288 0.273 0.208 0.082 0.017 0.001 13 V 0.011 0.030 0.062 0.159 0.383 0.328 0.027 14 I 0.013 0.079 0.243 0.384 0.197 0.080 0.003 15 E 0.042 0.179 0.318 0.270 0.143 0.045 0.005 16 F 0.001 0.003 0.009 0.028 0.152 0.591 0.215 17 V 0.001 0.008 0.027 0.095 0.295 0.462 0.112 18 T 0.020 0.177 0.299 0.289 0.143 0.062 0.009 19 V 0.002 0.015 0.081 0.213 0.411 0.234 0.043 20 A 0.001 0.002 0.003 0.009 0.097 0.681 0.208 21 A 0.016 0.120 0.296 0.359 0.158 0.046 0.004 22 E 0.047 0.271 0.343 0.257 0.062 0.019 0.002 23 F 0.001 0.005 0.016 0.057 0.278 0.578 0.065 24 C 0.004 0.017 0.056 0.188 0.400 0.307 0.026 25 A 0.049 0.321 0.334 0.200 0.072 0.023 0.001 26 F 0.011 0.044 0.139 0.292 0.371 0.135 0.008 27 L 0.011 0.025 0.048 0.096 0.291 0.483 0.045 28 E 0.129 0.328 0.279 0.176 0.076 0.011 0.001 29 R 0.194 0.410 0.235 0.125 0.030 0.006 0.001 30 A 0.113 0.156 0.285 0.296 0.132 0.018 0.001 31 E 0.624 0.291 0.058 0.019 0.007 0.001 0.001 32 S 0.537 0.346 0.088 0.024 0.005 0.001 0.001 33 M 0.314 0.235 0.250 0.156 0.041 0.004 0.001 34 K 0.562 0.312 0.093 0.027 0.005 0.001 0.001 35 R 0.536 0.317 0.099 0.038 0.010 0.002 0.001 36 S 0.286 0.312 0.215 0.131 0.046 0.009 0.001 37 T 0.101 0.252 0.305 0.237 0.086 0.018 0.001 38 F 0.031 0.060 0.117 0.192 0.346 0.220 0.034 39 V 0.017 0.063 0.119 0.242 0.281 0.241 0.037 40 D 0.034 0.125 0.250 0.292 0.190 0.097 0.012 41 T 0.015 0.072 0.220 0.315 0.230 0.122 0.025 42 T 0.005 0.012 0.024 0.067 0.185 0.489 0.217 43 L 0.008 0.018 0.044 0.135 0.253 0.368 0.174 44 K 0.033 0.138 0.247 0.269 0.156 0.118 0.038 45 I 0.007 0.016 0.037 0.097 0.248 0.396 0.198 46 L 0.005 0.010 0.019 0.050 0.131 0.409 0.377 47 P 0.008 0.028 0.056 0.119 0.218 0.334 0.237 48 L 0.015 0.039 0.077 0.153 0.207 0.272 0.238 49 L 0.004 0.009 0.015 0.038 0.128 0.416 0.391 50 Y 0.008 0.017 0.035 0.099 0.156 0.319 0.365 51 L 0.011 0.019 0.034 0.086 0.170 0.368 0.312 52 K 0.033 0.088 0.151 0.229 0.200 0.186 0.113 53 A 0.031 0.033 0.046 0.111 0.207 0.380 0.192 54 S 0.073 0.144 0.170 0.200 0.190 0.168 0.054 55 M 0.062 0.098 0.131 0.205 0.226 0.219 0.058 56 L 0.089 0.102 0.128 0.189 0.234 0.204 0.055 57 P 0.206 0.205 0.174 0.183 0.143 0.075 0.014 58 K 0.325 0.277 0.171 0.116 0.074 0.032 0.005 59 C 0.210 0.185 0.193 0.207 0.143 0.056 0.005 60 E 0.365 0.338 0.160 0.082 0.040 0.013 0.001 61 M 0.217 0.215 0.214 0.209 0.110 0.033 0.002 62 I 0.296 0.216 0.224 0.165 0.079 0.019 0.001 63 G 0.562 0.244 0.113 0.058 0.019 0.004 0.001 64 D 0.753 0.194 0.037 0.012 0.004 0.001 0.001 65 E 0.626 0.234 0.082 0.043 0.013 0.002 0.001 66 S 0.540 0.281 0.112 0.047 0.016 0.004 0.001 67 P 0.329 0.243 0.196 0.152 0.063 0.016 0.001 68 E 0.403 0.252 0.174 0.103 0.054 0.013 0.001 69 T 0.388 0.296 0.177 0.093 0.036 0.009 0.001 70 Y 0.296 0.239 0.245 0.149 0.056 0.014 0.001 71 V 0.297 0.202 0.207 0.183 0.088 0.022 0.001 72 T 0.511 0.294 0.110 0.053 0.025 0.007 0.001 73 E 0.536 0.258 0.119 0.063 0.020 0.004 0.001 74 E 0.557 0.331 0.077 0.026 0.007 0.002 0.001 75 I 0.148 0.195 0.248 0.254 0.116 0.036 0.003 76 Y 0.074 0.124 0.245 0.292 0.196 0.065 0.003 77 E 0.258 0.392 0.199 0.099 0.040 0.012 0.001 78 V 0.048 0.122 0.237 0.315 0.207 0.065 0.007 79 L 0.020 0.038 0.055 0.121 0.322 0.381 0.064 80 R 0.026 0.122 0.254 0.323 0.177 0.090 0.008 81 I 0.071 0.187 0.274 0.270 0.135 0.057 0.006 82 N 0.030 0.118 0.282 0.312 0.191 0.061 0.007 83 L 0.010 0.018 0.025 0.083 0.283 0.477 0.104 84 A 0.021 0.097 0.210 0.319 0.236 0.109 0.008 85 S 0.110 0.288 0.290 0.211 0.068 0.031 0.003 86 I 0.032 0.066 0.153 0.279 0.292 0.162 0.016 87 L 0.046 0.062 0.104 0.208 0.317 0.235 0.028 88 A 0.195 0.278 0.237 0.168 0.092 0.027 0.003 89 E 0.405 0.373 0.128 0.060 0.025 0.008 0.001 90 K 0.198 0.237 0.219 0.199 0.101 0.040 0.005 91 D 0.179 0.192 0.191 0.190 0.162 0.076 0.010 92 D 0.136 0.202 0.221 0.210 0.145 0.072 0.015 93 Y 0.036 0.048 0.076 0.131 0.235 0.322 0.152 94 L 0.026 0.038 0.055 0.110 0.210 0.363 0.198 95 E 0.049 0.101 0.148 0.193 0.206 0.202 0.102 96 V 0.032 0.046 0.059 0.109 0.190 0.330 0.235 97 F 0.023 0.032 0.044 0.100 0.200 0.374 0.227 98 L 0.056 0.100 0.128 0.203 0.215 0.209 0.088 99 P 0.119 0.152 0.170 0.211 0.188 0.129 0.030 100 D 0.269 0.296 0.202 0.133 0.061 0.033 0.006 101 M 0.215 0.162 0.185 0.196 0.154 0.077 0.011 102 A 0.382 0.260 0.163 0.110 0.059 0.024 0.003 103 Y 0.307 0.218 0.188 0.154 0.087 0.041 0.006 104 S 0.450 0.246 0.136 0.098 0.050 0.019 0.002 105 D 0.512 0.289 0.107 0.056 0.027 0.009 0.001 106 E 0.312 0.345 0.178 0.102 0.047 0.014 0.001 107 P 0.106 0.143 0.211 0.267 0.199 0.068 0.005 108 I 0.093 0.151 0.230 0.261 0.187 0.071 0.005 109 K 0.228 0.300 0.237 0.147 0.065 0.022 0.002 110 K 0.291 0.305 0.214 0.135 0.043 0.011 0.001 111 N 0.164 0.303 0.238 0.188 0.084 0.021 0.001 112 I 0.028 0.046 0.087 0.197 0.296 0.298 0.048 113 S 0.034 0.068 0.137 0.256 0.276 0.198 0.031 114 E 0.165 0.303 0.273 0.163 0.067 0.026 0.003 115 D 0.043 0.101 0.184 0.259 0.245 0.136 0.033 116 L 0.007 0.014 0.026 0.061 0.191 0.495 0.205 117 A 0.019 0.048 0.114 0.222 0.286 0.239 0.071 118 D 0.059 0.167 0.235 0.233 0.177 0.096 0.033 119 I 0.005 0.011 0.020 0.050 0.170 0.494 0.250 120 Y 0.009 0.029 0.073 0.174 0.305 0.320 0.089 121 Q 0.082 0.257 0.262 0.221 0.123 0.048 0.007 122 D 0.021 0.075 0.182 0.290 0.283 0.128 0.021 123 I 0.010 0.018 0.033 0.100 0.269 0.455 0.117 124 K 0.041 0.145 0.274 0.283 0.179 0.070 0.008 125 D 0.051 0.177 0.326 0.282 0.105 0.050 0.009 126 F 0.007 0.013 0.027 0.090 0.228 0.473 0.160 127 I 0.006 0.012 0.024 0.072 0.211 0.463 0.213 128 F 0.012 0.065 0.177 0.238 0.244 0.202 0.061 129 V 0.009 0.026 0.048 0.095 0.264 0.386 0.172 130 F 0.008 0.018 0.033 0.100 0.255 0.439 0.147 131 Q 0.051 0.190 0.270 0.252 0.163 0.066 0.007 132 L 0.060 0.154 0.266 0.305 0.158 0.054 0.003 133 G 0.236 0.306 0.205 0.152 0.073 0.026 0.001 134 L 0.149 0.159 0.232 0.257 0.148 0.053 0.003 135 N 0.462 0.308 0.152 0.059 0.016 0.004 0.001 136 E 0.369 0.356 0.170 0.078 0.022 0.005 0.001 137 T 0.084 0.120 0.165 0.250 0.282 0.091 0.009 138 M 0.060 0.143 0.196 0.253 0.214 0.124 0.011 139 N 0.112 0.221 0.250 0.213 0.126 0.070 0.008 140 D 0.071 0.154 0.269 0.270 0.152 0.067 0.016 141 S 0.009 0.014 0.025 0.059 0.177 0.456 0.260 142 L 0.009 0.020 0.043 0.105 0.215 0.391 0.217 143 A 0.019 0.066 0.133 0.218 0.237 0.243 0.083 144 I 0.017 0.046 0.096 0.175 0.279 0.275 0.113 145 C 0.008 0.016 0.027 0.073 0.194 0.470 0.212 146 Q 0.040 0.126 0.214 0.276 0.211 0.111 0.022 147 E 0.102 0.192 0.217 0.228 0.154 0.093 0.015 148 N 0.099 0.174 0.196 0.236 0.176 0.101 0.017 149 F 0.055 0.054 0.093 0.197 0.299 0.251 0.051 150 G 0.189 0.286 0.235 0.156 0.087 0.041 0.007 151 L 0.222 0.233 0.211 0.180 0.096 0.048 0.009 152 L 0.127 0.132 0.148 0.211 0.211 0.136 0.034 153 W 0.072 0.093 0.123 0.183 0.223 0.229 0.077 154 G 0.080 0.104 0.136 0.197 0.214 0.195 0.074 155 Q 0.169 0.231 0.210 0.179 0.124 0.069 0.018 156 K 0.050 0.100 0.164 0.231 0.228 0.163 0.064 157 L 0.015 0.018 0.027 0.067 0.161 0.409 0.302 158 V 0.028 0.042 0.073 0.160 0.234 0.307 0.156 159 N 0.052 0.104 0.150 0.180 0.199 0.194 0.121 160 T 0.008 0.014 0.027 0.066 0.134 0.362 0.390 161 M 0.006 0.009 0.017 0.040 0.141 0.412 0.375 162 R 0.029 0.082 0.158 0.207 0.206 0.195 0.123 163 A 0.012 0.021 0.038 0.091 0.174 0.371 0.294 164 L 0.011 0.014 0.026 0.068 0.144 0.392 0.345 165 H 0.027 0.059 0.103 0.165 0.252 0.286 0.108 166 D 0.073 0.186 0.209 0.206 0.176 0.115 0.034 167 V 0.030 0.045 0.078 0.190 0.292 0.310 0.055 168 K 0.097 0.232 0.242 0.220 0.147 0.057 0.005 169 Y 0.059 0.103 0.174 0.273 0.265 0.121 0.007 170 S 0.240 0.281 0.244 0.155 0.065 0.015 0.001 171 P 0.466 0.301 0.126 0.075 0.026 0.005 0.001 172 K 0.523 0.294 0.126 0.043 0.012 0.002 0.001 173 A 0.379 0.224 0.197 0.151 0.043 0.005 0.001 174 R 0.714 0.233 0.042 0.009 0.002 0.001 0.001 175 L 0.582 0.245 0.112 0.051 0.009 0.001 0.001 176 E 0.789 0.176 0.028 0.006 0.002 0.001 0.001 177 H 0.694 0.220 0.064 0.019 0.003 0.001 0.001 178 H 0.802 0.162 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 179 H 0.801 0.171 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 180 H 0.801 0.157 0.032 0.008 0.001 0.001 0.001 181 H 0.824 0.138 0.029 0.008 0.001 0.001 0.001 182 H 0.858 0.123 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001