# TARGET T0618 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0618.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 40.052 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.179 0.204 0.307 0.110 0.067 0.037 0.042 0.008 0.039 0.008 0.001 2 K 0.296 0.133 0.408 0.080 0.025 0.028 0.012 0.002 0.013 0.002 0.002 3 K 0.224 0.225 0.271 0.095 0.071 0.053 0.024 0.007 0.022 0.006 0.001 4 E 0.264 0.269 0.231 0.113 0.052 0.034 0.013 0.002 0.018 0.003 0.001 5 S 0.183 0.214 0.236 0.145 0.098 0.045 0.039 0.005 0.029 0.006 0.001 6 Q 0.249 0.264 0.258 0.063 0.078 0.037 0.020 0.005 0.022 0.004 0.001 7 V 0.301 0.261 0.273 0.055 0.023 0.055 0.009 0.001 0.020 0.001 0.002 8 I 0.222 0.394 0.186 0.091 0.052 0.034 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 9 F 0.191 0.351 0.200 0.094 0.071 0.050 0.013 0.002 0.024 0.004 0.001 10 D 0.135 0.112 0.276 0.082 0.064 0.143 0.077 0.006 0.097 0.007 0.002 11 K 0.796 0.018 0.083 0.068 0.007 0.011 0.008 0.004 0.003 0.002 0.001 12 N 0.417 0.068 0.137 0.245 0.026 0.045 0.029 0.003 0.028 0.002 0.001 13 V 0.919 0.010 0.031 0.028 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 I 0.982 0.003 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.979 0.003 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 F 0.978 0.004 0.004 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.987 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 T 0.990 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 V 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 F 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 C 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.981 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 F 0.963 0.002 0.001 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.974 0.004 0.004 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 28 E 0.944 0.003 0.005 0.040 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.787 0.012 0.016 0.163 0.005 0.008 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 30 A 0.882 0.012 0.031 0.058 0.003 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 31 E 0.922 0.006 0.022 0.033 0.002 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 32 S 0.768 0.016 0.027 0.153 0.005 0.014 0.012 0.002 0.003 0.001 0.001 33 M 0.684 0.041 0.082 0.161 0.007 0.011 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 34 K 0.694 0.060 0.113 0.085 0.013 0.017 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 35 R 0.643 0.033 0.086 0.165 0.020 0.021 0.022 0.003 0.005 0.002 0.001 36 S 0.707 0.039 0.069 0.120 0.020 0.012 0.015 0.008 0.006 0.004 0.001 37 T 0.756 0.039 0.066 0.071 0.017 0.023 0.019 0.003 0.005 0.001 0.001 38 F 0.705 0.036 0.049 0.099 0.021 0.046 0.027 0.006 0.009 0.002 0.001 39 V 0.910 0.024 0.037 0.013 0.003 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 40 D 0.963 0.002 0.010 0.011 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 T 0.979 0.001 0.002 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 T 0.959 0.003 0.004 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.980 0.002 0.006 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 K 0.976 0.001 0.004 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 I 0.949 0.002 0.004 0.043 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 L 0.948 0.007 0.017 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 47 P 0.993 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.989 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.980 0.003 0.003 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Y 0.970 0.004 0.003 0.010 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 51 L 0.954 0.004 0.004 0.025 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 K 0.923 0.011 0.003 0.055 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.847 0.019 0.011 0.093 0.015 0.005 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 54 S 0.715 0.030 0.037 0.150 0.015 0.016 0.030 0.001 0.007 0.001 0.001 55 M 0.285 0.036 0.067 0.456 0.017 0.031 0.086 0.009 0.010 0.002 0.001 56 L 0.037 0.141 0.628 0.026 0.012 0.013 0.005 0.001 0.138 0.001 0.001 57 P 0.283 0.005 0.663 0.014 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 58 K 0.624 0.057 0.139 0.121 0.021 0.013 0.009 0.007 0.005 0.002 0.001 59 C 0.363 0.094 0.234 0.195 0.035 0.026 0.020 0.009 0.016 0.004 0.002 60 E 0.254 0.151 0.317 0.086 0.041 0.036 0.064 0.012 0.029 0.007 0.002 61 M 0.187 0.175 0.432 0.086 0.017 0.059 0.012 0.003 0.025 0.002 0.002 62 I 0.125 0.320 0.350 0.116 0.028 0.025 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 63 G 0.121 0.032 0.207 0.036 0.125 0.030 0.067 0.166 0.018 0.197 0.001 64 D 0.380 0.063 0.272 0.154 0.035 0.034 0.026 0.009 0.010 0.011 0.005 65 E 0.261 0.175 0.196 0.233 0.030 0.035 0.027 0.006 0.026 0.006 0.004 66 S 0.061 0.219 0.486 0.025 0.049 0.023 0.015 0.002 0.111 0.005 0.002 67 P 0.248 0.018 0.638 0.027 0.004 0.023 0.005 0.002 0.004 0.001 0.030 68 E 0.276 0.170 0.368 0.075 0.034 0.028 0.011 0.006 0.025 0.003 0.002 69 T 0.227 0.144 0.442 0.085 0.024 0.033 0.015 0.004 0.020 0.002 0.005 70 Y 0.113 0.293 0.288 0.092 0.043 0.071 0.051 0.006 0.037 0.002 0.002 71 V 0.055 0.452 0.359 0.051 0.023 0.031 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 72 T 0.091 0.133 0.577 0.031 0.055 0.051 0.007 0.001 0.046 0.006 0.002 73 E 0.720 0.026 0.179 0.033 0.016 0.014 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 74 E 0.794 0.036 0.064 0.074 0.010 0.012 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 75 I 0.775 0.073 0.046 0.074 0.011 0.013 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 76 Y 0.896 0.033 0.031 0.017 0.008 0.007 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 77 E 0.975 0.005 0.008 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 V 0.986 0.003 0.003 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.987 0.002 0.001 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 R 0.992 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 I 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.930 0.001 0.002 0.055 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.971 0.002 0.002 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.983 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 S 0.948 0.002 0.005 0.040 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 I 0.830 0.005 0.011 0.145 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.506 0.036 0.175 0.253 0.003 0.007 0.009 0.001 0.010 0.001 0.001 88 A 0.629 0.025 0.188 0.063 0.016 0.017 0.043 0.008 0.006 0.004 0.001 89 E 0.698 0.030 0.124 0.087 0.012 0.024 0.011 0.007 0.005 0.002 0.001 90 K 0.609 0.065 0.112 0.170 0.006 0.018 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 91 D 0.385 0.065 0.137 0.153 0.029 0.075 0.094 0.010 0.047 0.003 0.002 92 D 0.700 0.023 0.066 0.148 0.010 0.020 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 93 Y 0.585 0.087 0.067 0.197 0.025 0.015 0.010 0.002 0.010 0.001 0.001 94 L 0.544 0.154 0.152 0.073 0.031 0.021 0.012 0.001 0.011 0.001 0.001 95 E 0.545 0.165 0.147 0.061 0.020 0.034 0.012 0.001 0.014 0.001 0.001 96 V 0.310 0.374 0.185 0.067 0.024 0.022 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 97 F 0.209 0.243 0.235 0.117 0.034 0.100 0.018 0.001 0.040 0.001 0.001 98 L 0.060 0.321 0.333 0.013 0.050 0.034 0.008 0.001 0.179 0.001 0.001 99 P 0.347 0.013 0.572 0.020 0.004 0.020 0.003 0.001 0.005 0.001 0.013 100 D 0.457 0.053 0.184 0.195 0.017 0.037 0.030 0.012 0.012 0.002 0.003 101 M 0.279 0.157 0.213 0.207 0.045 0.030 0.030 0.010 0.021 0.006 0.001 102 A 0.226 0.244 0.311 0.121 0.033 0.026 0.016 0.001 0.017 0.003 0.001 103 Y 0.198 0.164 0.347 0.127 0.043 0.049 0.020 0.007 0.035 0.008 0.002 104 S 0.372 0.101 0.244 0.140 0.051 0.029 0.030 0.008 0.011 0.014 0.002 105 D 0.265 0.086 0.153 0.260 0.040 0.065 0.075 0.021 0.024 0.007 0.005 106 E 0.044 0.285 0.400 0.011 0.040 0.018 0.013 0.001 0.185 0.003 0.001 107 P 0.226 0.008 0.690 0.014 0.002 0.028 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 108 I 0.358 0.302 0.207 0.055 0.029 0.032 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 109 K 0.455 0.099 0.199 0.095 0.046 0.063 0.013 0.002 0.022 0.003 0.003 110 K 0.399 0.173 0.089 0.177 0.076 0.021 0.037 0.007 0.015 0.006 0.001 111 N 0.144 0.143 0.234 0.198 0.045 0.113 0.058 0.005 0.054 0.003 0.001 112 I 0.495 0.104 0.214 0.122 0.012 0.037 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 113 S 0.618 0.087 0.101 0.093 0.056 0.017 0.011 0.001 0.008 0.008 0.001 114 E 0.780 0.028 0.061 0.080 0.022 0.012 0.006 0.003 0.004 0.003 0.001 115 D 0.553 0.048 0.121 0.133 0.017 0.071 0.032 0.002 0.021 0.002 0.001 116 L 0.981 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 A 0.991 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 D 0.991 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 I 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 Y 0.978 0.002 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 Q 0.975 0.002 0.003 0.014 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 122 D 0.943 0.003 0.007 0.028 0.001 0.013 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 123 I 0.968 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 K 0.980 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 D 0.884 0.003 0.005 0.091 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 126 F 0.875 0.006 0.014 0.085 0.005 0.004 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 127 I 0.927 0.020 0.029 0.015 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 128 F 0.884 0.040 0.021 0.027 0.005 0.018 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 129 V 0.778 0.105 0.041 0.049 0.007 0.016 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 130 F 0.698 0.139 0.052 0.052 0.027 0.018 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 131 Q 0.718 0.102 0.052 0.060 0.015 0.029 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 132 L 0.370 0.043 0.081 0.427 0.007 0.024 0.034 0.001 0.014 0.001 0.001 133 G 0.030 0.002 0.015 0.018 0.045 0.004 0.092 0.576 0.002 0.217 0.001 134 L 0.460 0.049 0.307 0.119 0.016 0.025 0.011 0.001 0.009 0.002 0.001 135 N 0.663 0.025 0.098 0.121 0.016 0.024 0.031 0.007 0.008 0.005 0.001 136 E 0.843 0.020 0.045 0.057 0.011 0.012 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 137 T 0.757 0.039 0.055 0.106 0.008 0.027 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 138 M 0.883 0.028 0.041 0.024 0.005 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 139 N 0.946 0.003 0.019 0.021 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 140 D 0.953 0.003 0.007 0.027 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 141 S 0.973 0.003 0.005 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 L 0.979 0.005 0.005 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 A 0.974 0.006 0.005 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 I 0.936 0.012 0.011 0.026 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 145 C 0.856 0.035 0.028 0.058 0.005 0.012 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 146 Q 0.899 0.027 0.016 0.029 0.006 0.016 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 147 E 0.859 0.031 0.016 0.071 0.006 0.010 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 148 N 0.438 0.018 0.013 0.434 0.010 0.027 0.049 0.003 0.008 0.001 0.001 149 F 0.483 0.061 0.037 0.307 0.024 0.017 0.059 0.003 0.010 0.001 0.001 150 G 0.730 0.022 0.041 0.086 0.043 0.017 0.038 0.013 0.002 0.007 0.001 151 L 0.679 0.084 0.094 0.102 0.013 0.017 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 152 L 0.803 0.033 0.052 0.072 0.010 0.020 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 153 W 0.895 0.008 0.015 0.060 0.008 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 154 G 0.978 0.001 0.003 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 155 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 N 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 L 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 H 0.978 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 166 D 0.898 0.002 0.003 0.087 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 167 V 0.852 0.016 0.032 0.087 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 168 K 0.772 0.025 0.040 0.112 0.004 0.025 0.014 0.001 0.008 0.001 0.001 169 Y 0.289 0.069 0.054 0.507 0.025 0.020 0.024 0.003 0.009 0.001 0.001 170 S 0.119 0.157 0.421 0.055 0.059 0.036 0.016 0.002 0.133 0.003 0.001 171 P 0.681 0.008 0.242 0.040 0.003 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 172 K 0.419 0.129 0.122 0.242 0.031 0.017 0.018 0.005 0.013 0.003 0.001 173 A 0.268 0.196 0.300 0.148 0.030 0.023 0.011 0.002 0.018 0.001 0.001 174 R 0.134 0.172 0.407 0.083 0.042 0.057 0.049 0.005 0.044 0.005 0.002 175 L 0.359 0.158 0.369 0.047 0.022 0.024 0.004 0.001 0.013 0.002 0.002 176 E 0.470 0.082 0.237 0.098 0.023 0.042 0.019 0.007 0.017 0.004 0.002 177 H 0.307 0.158 0.157 0.163 0.066 0.050 0.043 0.017 0.030 0.008 0.001 178 H 0.378 0.145 0.220 0.152 0.030 0.027 0.022 0.003 0.017 0.004 0.001 179 H 0.322 0.126 0.158 0.192 0.062 0.040 0.051 0.020 0.017 0.011 0.001 180 H 0.211 0.253 0.180 0.149 0.088 0.039 0.040 0.009 0.024 0.007 0.001 181 H 0.256 0.189 0.307 0.115 0.040 0.040 0.022 0.004 0.021 0.005 0.002 182 H 0.250 0.178 0.283 0.104 0.057 0.044 0.036 0.009 0.027 0.009 0.002